ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ gmx ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
gmx - ຊຸດຈຳລອງການເຄື່ອນໄຫວໂມເລກຸນ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
gmx [-[ບໍ່]ຊ] [-[ບໍ່]ງຽບ] [-[ບໍ່ມີ] ສະບັບ] [-[ບໍ່ມີລິຂະສິດ] [- ງາມ ]
[-[ບໍ່]ສໍາຮອງ]
ລາຍລະອຽດ
GROMACS ເປັນຊຸດໂປຣແກມເຕັມຮູບແບບເພື່ອປະຕິບັດການຈຳລອງການເຄື່ອນໄຫວໂມເລກຸນ,
ie, ເພື່ອຈໍາລອງພຶດຕິກໍາຂອງລະບົບທີ່ມີຫຼາຍຮ້ອຍຫາລ້ານ particles ການນໍາໃຊ້
ສົມຜົນ Newtonian ຂອງການເຄື່ອນໄຫວ. ມັນຖືກນໍາໃຊ້ຕົ້ນຕໍສໍາລັບການຄົ້ນຄ້ວາກ່ຽວກັບທາດໂປຼຕີນ, lipids, ແລະ
ໂພລີເມີ, ແຕ່ສາມາດນໍາໃຊ້ກັບການຄົ້ນຄວ້າທາງເຄມີແລະຊີວະວິທະຍາທີ່ຫລາກຫລາຍ
ຄຳ ຖາມ.
OPTIONS
ທາງເລືອກອື່ນ:
-[ບໍ່]ຊ (ບໍ່ມີ)
ພິມການຊ່ວຍເຫຼືອແລະອອກ
-[ບໍ່]ງຽບ (ບໍ່ມີ)
ຢ່າພິມຂໍ້ມູນການເລີ່ມຕົ້ນທົ່ວໄປຫຼືຄໍາເວົ້າ
-[ບໍ່ມີ] ສະບັບ (ບໍ່ມີ)
ພິມຂໍ້ມູນລຸ້ນຂະຫຍາຍແລະອອກ
-[ບໍ່ມີລິຂະສິດ (ແມ່ນແລ້ວ)
ພິມຂໍ້ມູນລິຂະສິດກ່ຽວກັບການເລີ່ມຕົ້ນ
- ງາມ (19)
ຕັ້ງຄ່າ nicelevel (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນຂຶ້ນກັບຄໍາສັ່ງ)
-[ບໍ່]ສໍາຮອງ (ແມ່ນແລ້ວ)
ຂຽນ backup ຖ້າໄຟລ໌ຜົນຜະລິດມີຢູ່
GMX ສາມາດ
ຄໍາສັ່ງຕໍ່ໄປນີ້ສາມາດໃຊ້ໄດ້. ກະລຸນາເບິ່ງຫນ້າຜູ້ຊາຍຂອງເຂົາເຈົ້າສ່ວນບຸກຄົນຫຼື gmx
ຊ່ວຍເຫຼືອ ສໍາລັບລາຍລະອຽດເພີ່ມເຕີມ.
ເສັ້ນທາງ ການວິເຄາະ
gmx-gangle(1)
ຄິດໄລ່ມຸມ
gmx-ໄລຍະທາງ(1)
ຄິດໄລ່ໄລຍະຫ່າງລະຫວ່າງຄູ່ຂອງຕໍາແຫນ່ງ
gmx-freevolume(1)
ຄິດໄລ່ປະລິມານຟຣີ
gmx-pairdist(1)
ຄິດໄລ່ໄລຍະຫ່າງຄູ່ລະຫວ່າງກຸ່ມຂອງຕໍາແຫນ່ງ
gmx-rdf(1)
ຄິດໄລ່ຟັງຊັນການແຈກຢາຍ radial
gmx-sasa(1)
ຄິດໄລ່ພື້ນທີ່ຜິວທີ່ສາມາດເຂົ້າເຖິງໄດ້
gmx-ເລືອກ(1)
ພິມຂໍ້ມູນທົ່ວໄປກ່ຽວກັບການເລືອກ
ກຳ ລັງຜະລິດ topologies ແລະ coordinates
gmx-editconf(1)
ແກ້ໄຂກ່ອງແລະຂຽນກຸ່ມຍ່ອຍ
gmx-x2top(1)
ສ້າງ topology primitive ຈາກພິກັດ
gmx-solvate(1)
ແກ້ໄຂລະບົບ
gmx-insert-molecules(1)
ໃສ່ໂມເລກຸນເຂົ້າໄປໃນບ່ອນຫວ່າງທີ່ມີຢູ່
gmx-genconf(1)
ຄູນຄວາມສອດຄ່ອງໃນທິດທາງ 'ສຸ່ມ'
gmx-genion(1)
ສ້າງ ions monoatomic ໃນຕໍາແຫນ່ງທີ່ເອື້ອອໍານວຍຢ່າງແຂງແຮງ
gmx-ປະເພດ(1)
ສ້າງການຍັບຍັ້ງຕໍາແຫນ່ງຫຼືການຍັບຍັ້ງໄລຍະຫ່າງສໍາລັບກຸ່ມດັດສະນີ
gmx-pdb2gmx(1)
ປ່ຽນໄຟລ໌ປະສານງານເປັນ topology ແລະໄຟລ໌ປະສານງານທີ່ສອດຄ່ອງກັບ FF
ເຮັດວຽກ a simulation
gmx-grompp(1)
ສ້າງໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນແລ່ນ
gmx-mdrun(1)
ດໍາເນີນການຈໍາລອງ, ເຮັດການວິເຄາະຮູບແບບປົກກະຕິຫຼືການຫຼຸດຜ່ອນພະລັງງານ
gmx-convert-tpr(1)
ສ້າງໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນແລ່ນທີ່ຖືກດັດແປງ
ການເບິ່ງ ເສັ້ນທາງ
gmx-nmtraj(1)
ສ້າງ trajectory oscillating virtual ຈາກ eigenvector
gmx-view(1)
ເບິ່ງ trajectory ໃນ terminal X-Windows
ການປະມວນຜົນ ພະລັງງານ
gmx-enemat(1)
ສະກັດເມທຣິກພະລັງງານຈາກໄຟລ໌ພະລັງງານ
gmx-ພະລັງງານ(1)
ຂຽນພະລັງງານໃສ່ໄຟລ໌ xvg ແລະສະແດງຄ່າສະເລ່ຍ
gmx-mdrun(1)
(Re)ຄິດໄລ່ພະລັງງານສໍາລັບເຟຣມ trajectory ດ້ວຍ -rerun
ການແປງ ໄຟ
gmx-editconf(1)
ແປງແລະຈັດການໄຟລ໌ໂຄງສ້າງ
gmx-eneconv(1)
ປ່ຽນໄຟລ໌ພະລັງງານ
gmx-sigeps(1)
ປ່ຽນການປະສົມ c6/12 ຫຼື c6/cn ເປັນ ແລະຈາກ sigma/epsilon
gmx-trjcat(1)
ປະກອບໄຟລ໌ trajectory
gmx-trjconv(1)
ແປງແລະຈັດການໄຟລ໌ trajectory
gmx-xpm2ps(1)
ປ່ຽນເມທຣິກ XPM (XPixelMap) ເປັນ postscript ຫຼື XPM
ເຄື່ອງມື
gmx-ວິເຄາະ(1)
ວິເຄາະຊຸດຂໍ້ມູນ
gmx-dyndom(1)
Interpolate ແລະ extrapolate ພືດຫມູນວຽນໂຄງສ້າງ
gmx-filter(1)
trajectories ການກັ່ນຕອງຄວາມຖີ່, ເປັນປະໂຫຍດສໍາລັບການເຮັດໃຫ້ຮູບເງົາກ້ຽງ
gmx-lie(1)
ຄາດຄະເນພະລັງງານຟຣີຈາກການປະສົມເສັ້ນ
gmx-morph(1)
Interpolate linearly ລະຫວ່າງຄວາມສອດຄ່ອງ
gmx-pme_error(1)
ປະເມີນຄວາມຜິດພາດຂອງການໃຊ້ PME ກັບໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນໃຫ້
gmx-sham(1)
ຄິດໄລ່ພະລັງງານຟຣີ ຫຼື histograms ອື່ນໆຈາກ histograms
gmx-spatial(1)
ຄິດໄລ່ຟັງຊັນການແຈກຢາຍທາງກວ້າງຂອງພື້ນ
gmx-traj(1)
Plot x, v, f, ກ່ອງ, ອຸນຫະພູມ ແລະພະລັງງານຫມຸນຈາກ trajectories
gmx-tune_pme(1)
ເວລາ mdrun ເປັນຫນ້າທີ່ຂອງ PME ຈັດລຽງລໍາດັບເພື່ອເພີ່ມປະສິດທິພາບການຕັ້ງຄ່າ
gmx-wham(1)
ປະຕິບັດການວິເຄາະ histogram ນ້ໍາຫນັກຫຼັງຈາກການເກັບຕົວຢ່າງ umbrella
gmx-ກວດ(1)
ກວດເບິ່ງແລະປຽບທຽບໄຟລ໌
gmx-dump(1)
ເຮັດໃຫ້ໄຟລ໌ໄບນາຣີຂອງມະນຸດສາມາດອ່ານໄດ້
gmx-make_ndx(1)
ສ້າງໄຟລ໌ດັດສະນີ
gmx-mk_angndx(1)
ສ້າງໄຟລ໌ດັດສະນີສໍາລັບ 'gmx angle'
gmx-trjorder(1)
ສັ່ງໃຫ້ໂມເລກຸນຕາມໄລຍະຫ່າງຂອງກຸ່ມ
gmx-xpm2ps(1)
ປ່ຽນເມທຣິກ XPM (XPixelMap) ເປັນ postscript ຫຼື XPM
ໄລຍະທາງ ລະຫວ່າງ ໂຄງສ້າງ
gmx-cluster(1)
ໂຄງສ້າງກຸ່ມ
gmx-confrms(1)
ພໍດີສອງໂຄງສ້າງ ແລະຄຳນວນ RMSD
gmx-rms(1)
ຄິດໄລ່ RMSDs ດ້ວຍໂຄງສ້າງອ້າງອີງແລະ RMSD matrices
gmx-rmsf(1)
ຄິດໄລ່ການເຫນັງຕີງຂອງປະລໍາມະນູ
ໄລຍະທາງ in ໂຄງສ້າງ ໃນໄລຍະ ທີ່ໃຊ້ເວລາ
gmx-mindist(1)
ຄິດໄລ່ໄລຍະຫ່າງຕໍາ່ສຸດທີ່ລະຫວ່າງສອງກຸ່ມ
gmx-mdmat(1)
ຄິດໄລ່ແຜນທີ່ຕິດຕໍ່ທີ່ຕົກຄ້າງ
gmx-polystat(1)
ຄິດໄລ່ຄຸນສົມບັດຄົງທີ່ຂອງໂພລີເມີ
gmx-rmsdist(1)
ຄິດໄລ່ໄລຍະຫ່າງຂອງຄູ່ອະຕອມໂດຍສະເລ່ຍດ້ວຍພະລັງງານ -2, -3 ຫຼື -6
ມະຫາຊົນ ການແຜ່ກະຈາຍ ຄຸນສົມບັດ ໃນໄລຍະ ທີ່ໃຊ້ເວລາ
gmx-gyrate(1)
ຄິດໄລ່ລັດສະໝີຂອງ gyration
gmx-msd(1)
ຄຳນວນໝາຍເຖິງການຍ້າຍສີ່ຫຼ່ຽມ
gmx-polystat(1)
ຄິດໄລ່ຄຸນສົມບັດຄົງທີ່ຂອງໂພລີເມີ
gmx-rdf(1)
ຄິດໄລ່ຟັງຊັນການແຈກຢາຍ radial
gmx-rotacf(1)
ຄິດໄລ່ການທໍາງານຂອງສະຫະພັນພືດຫມູນວຽນສໍາລັບໂມເລກຸນ
gmx-rotmat(1)
ວາງເມຕຣິກການຫມຸນເພື່ອປັບຕົວເຂົ້າກັບໂຄງສ້າງອ້າງອີງ
gmx-sans(1)
ຄິດໄລ່ການກະແຈກກະຈາຍນິວຕຣອນມຸມນ້ອຍ
gmx-saxs(1)
ຄິດໄລ່ການກະແຈກກະຈາຍ X-ray ມຸມນ້ອຍ
gmx-traj(1)
Plot x, v, f, ກ່ອງ, ອຸນຫະພູມ ແລະພະລັງງານຫມຸນຈາກ trajectories
gmx-vanhove(1)
Compute Van Hove ການເຄື່ອນຍ້າຍແລະຫນ້າທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ
ການວິເຄາະ ຜູກພັນ interactions
gmx-ມຸມ(1)
ຄິດໄລ່ການແຜ່ກະຈາຍແລະການພົວພັນສໍາລັບມຸມແລະ dihedrals
gmx-mk_angndx(1)
ສ້າງໄຟລ໌ດັດສະນີສໍາລັບ 'gmx angle'
ໂຄງສ້າງ ຄຸນສົມບັດ
gmx-anadock(1)
ໂຄງສ້າງກຸ່ມຈາກ Autodock ແລ່ນ
gmx-bundle(1)
ວິເຄາະມັດຂອງແກນ, ຕົວຢ່າງ, helices
gmx-clustsize(1)
ຄິດໄລ່ການແຈກຢາຍຂະໜາດຂອງກຸ່ມປະລໍາມະນູ
gmx-disre(1)
ວິເຄາະການຈຳກັດໄລຍະຫ່າງ
gmx-hbond(1)
ຄິດໄລ່ແລະວິເຄາະພັນທະບັດ hydrogen
gmx-order(1)
ຄິດໄລ່ຕົວກໍານົດການຄໍາສັ່ງຕໍ່ອະຕອມສໍາລັບຫາງຄາບອນ
gmx-princip(1)
ຄິດໄລ່ແກນຫຼັກຂອງ inertia ສໍາລັບກຸ່ມຂອງປະລໍາມະນູ
gmx-rdf(1)
ຄິດໄລ່ຟັງຊັນການແຈກຢາຍ radial
gmx-saltbr(1)
ຄິດໄລ່ຂົວເກືອ
gmx-sorient(1)
ວິເຄາະທິດທາງຂອງສານລະລາຍຮອບຕົວລະລາຍ
gmx-spol(1)
ວິເຄາະທິດທາງ dipole ທາດລະລາຍ ແລະ polarization ອ້ອມຕົວລະລາຍ
Kinetic ຄຸນສົມບັດ
gmx-bar(1)
ຄິດໄລ່ການຄາດຄະເນຄວາມແຕກຕ່າງຂອງພະລັງງານຟຣີຜ່ານອັດຕາສ່ວນການຍອມຮັບຂອງ Bennett
gmx-ປະຈຸບັນ(1)
ຄິດໄລ່ຄ່າຄົງທີ່ຂອງ dielectric ແລະຟັງຊັນ autocorrelation ໃນປັດຈຸບັນ
gmx-dos(1)
ວິເຄາະຄວາມຫນາແຫນ້ນຂອງລັດແລະຄຸນສົມບັດໂດຍອີງໃສ່ນັ້ນ
gmx-dyecoupl(1)
ສະກັດການຍ້ອມສີຈາກ trajectories
gmx-princip(1)
ຄິດໄລ່ແກນຫຼັກຂອງ inertia ສໍາລັບກຸ່ມຂອງປະລໍາມະນູ
gmx-tcaf(1)
ຄິດໄລ່ຄວາມຫນືດຂອງນໍ້າ
gmx-traj(1)
Plot x, v, f, ກ່ອງ, ອຸນຫະພູມ ແລະພະລັງງານຫມຸນຈາກ trajectories
gmx-vanhove(1)
Compute Van Hove ການເຄື່ອນຍ້າຍແລະຫນ້າທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ
gmx-velacc(1)
ຄິດໄລ່ອັດຕະໂນມັດອັດຕະໂນມັດການທໍາງານຂອງຄວາມໄວ
ໄຟຟ້າ ຄຸນສົມບັດ
gmx-ປະຈຸບັນ(1)
ຄິດໄລ່ຄ່າຄົງທີ່ຂອງ dielectric ແລະຟັງຊັນ autocorrelation ໃນປັດຈຸບັນ
gmx-dielectric(1)
ຄິດໄລ່ຄວາມຖີ່ຂອງຄ່າຄົງທີ່ dielectric
gmx-dipoles(1)
ຄິດໄລ່ການເໜັງຕີງຂອງ dipole ທັງໝົດ
gmx-ທ່າແຮງ(1)
ຄິດໄລ່ທ່າແຮງໄຟຟ້າສະຖິດໃນທົ່ວກ່ອງ
gmx-spol(1)
ວິເຄາະທິດທາງ dipole ທາດລະລາຍ ແລະ polarization ອ້ອມຕົວລະລາຍ
gmx-genion(1)
ສ້າງ ions monoatomic ໃນຕໍາແຫນ່ງທີ່ເອື້ອອໍານວຍຢ່າງແຂງແຮງ
ໂປຣຕີນສະເພາະ ການວິເຄາະ
gmx-do_dssp(1)
ກໍານົດໂຄງສ້າງຂັ້ນສອງແລະຄິດໄລ່ພື້ນທີ່ຫນ້າດິນທີ່ສາມາດເຂົ້າເຖິງໄດ້ຂອງສານລະລາຍ
gmx-chi(1)
ຄິດໄລ່ທຸກຢ່າງທີ່ທ່ານຕ້ອງການຮູ້ກ່ຽວກັບ chi ແລະຕົວຊີ້ບອກອື່ນໆ
gmx-helix(1)
ຄິດໄລ່ຄຸນສົມບັດພື້ນຖານຂອງ alpha helices
gmx-helixorient(1)
ການຄິດໄລ່ໃນທ້ອງຖິ່ນ pitch / bending / rotation / ທິດທາງພາຍໃນ helices
gmx-rama(1)
ຄິດໄລ່ພື້ນທີ່ Ramachandran
gmx-ລໍ້(1)
Plot ລໍ້ helical
ການໂຕ້ຕອບ
gmx-bundle(1)
ວິເຄາະມັດຂອງແກນ, ຕົວຢ່າງ, helices
gmx-ຄວາມຫນາແຫນ້ນ(1)
ຄິດໄລ່ຄວາມຫນາແຫນ້ນຂອງລະບົບ
gmx-densmap(1)
ຄິດໄລ່ແຜນຜັງ 2D ຫຼືແຜນທີ່ຄວາມຫນາແຫນ້ນຂອງແກນ-radial
gmx-densorder(1)
ຄິດໄລ່ການເຫນັງຕີງຂອງຫນ້າດິນ
gmx-h2order(1)
ຄິດໄລ່ທິດທາງຂອງໂມເລກຸນນ້ໍາ
gmx-hydrorder(1)
ຄິດໄລ່ຕົວກໍານົດການ tetrahedrality ຮອບອະຕອມທີ່ໃຫ້
gmx-order(1)
ຄິດໄລ່ຕົວກໍານົດການຄໍາສັ່ງຕໍ່ອະຕອມສໍາລັບຫາງຄາບອນ
gmx-ທ່າແຮງ(1)
ຄິດໄລ່ທ່າແຮງໄຟຟ້າສະຖິດໃນທົ່ວກ່ອງ
ຄວາມຜູກພັນ ການວິເຄາະ
gmx-anaeig(1)
ວິເຄາະ eigenvectors
gmx-covar(1)
ຄິດໄລ່ແລະ diagonalize matrix covariance
gmx-make_edi(1)
ສ້າງໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນສໍາລັບການເກັບຕົວຢ່າງນະໂຍບາຍດ້ານທີ່ສໍາຄັນ
ຕາມປົກກະຕິ ໂຫມດ
gmx-anaeig(1)
ວິເຄາະຮູບແບບປົກກະຕິ
gmx-nmeig(1)
Diagonalize Hessian ສໍາລັບການວິເຄາະຮູບແບບປົກກະຕິ
gmx-nmtraj(1)
ສ້າງ trajectory oscillating virtual ຈາກ eigenvector
gmx-nmens(1)
ສ້າງກຸ່ມຂອງໂຄງສ້າງຈາກໂຫມດປົກກະຕິ
gmx-grompp(1)
ສ້າງໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນແລ່ນ
gmx-mdrun(1)
ຊອກຫາຕໍາ່ສຸດທີ່ພະລັງງານທີ່ມີທ່າແຮງແລະຄິດໄລ່ Hessian
COPYRIGHT
2015, ທີມງານພັດທະນາ GROMACS
ໃຊ້ gmx ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net