ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ gmx-polystat ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
gmx-polystat - ຄິດໄລ່ຄຸນສົມບັດຄົງທີ່ຂອງໂພລີເມີ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
gmx polystat [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.xvg>]] [-p [<.xvg>]] [-i [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-dt ] [- ເຈົ້າ ]
[-[ບໍ່]ວ] [-xvg ] [-[ບໍ່]mw] [-[ບໍ່]pc]
ລາຍລະອຽດ
gmx polystat ດິນຕອນຄຸນສົມບັດຄົງທີ່ຂອງໂພລີເມີເປັນຫນ້າທີ່ຂອງເວລາແລະພິມໄດ້
ໂດຍສະເລ່ຍ.
ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນມັນກໍານົດໄລຍະປາຍຫາທ້າຍໂດຍສະເລ່ຍແລະ radii ຂອງ gyration ຂອງ
ໂພລີເມີ. ມັນຮ້ອງຂໍໃຫ້ມີກຸ່ມດັດສະນີແລະແບ່ງອອກເປັນໂມເລກຸນ. ສິ້ນສຸດລົງ
ຫຼັງຈາກນັ້ນ, ໄລຍະຫ່າງແມ່ນຖືກກໍານົດໂດຍໃຊ້ອະຕອມທໍາອິດແລະສຸດທ້າຍໃນກຸ່ມດັດສະນີສໍາລັບແຕ່ລະຄົນ
ໂມເລກຸນ. ສໍາລັບ radius ຂອງ gyration ຈໍານວນທັງຫມົດແລະສາມອົງປະກອບຕົ້ນຕໍສໍາລັບການ
gyration tensor ສະເລ່ຍແມ່ນລາຍລັກອັກສອນ. ມີທາງເລືອກ -v eigenvectors ແມ່ນລາຍລັກອັກສອນ.
ມີທາງເລືອກ -pc ຍັງ eigenvalues ສະເລ່ຍຂອງ tensors gyration ສ່ວນບຸກຄົນແມ່ນ
ຂຽນ. ມີທາງເລືອກ -i ໄລຍະຫ່າງພາຍໃນສີ່ຫຼ່ຽມສະເລ່ຍແມ່ນຂຽນ.
ມີທາງເລືອກ -p ຄວາມຍາວຄົງທົນແມ່ນຖືກກໍານົດ. ກຸ່ມດັດຊະນີທີ່ເລືອກຄວນ
ປະກອບດ້ວຍປະລໍາມະນູທີ່ຕິດຕໍ່ກັນໃນສາຍຫຼັກ polymer. ຄວາມຄົງທົນ
ຫຼັງຈາກນັ້ນ, ຄວາມຍາວແມ່ນກໍານົດຈາກ cosine ຂອງມຸມລະຫວ່າງພັນທະບັດທີ່ມີດັດຊະນີ
ຄວາມແຕກຕ່າງທີ່ຄືກັນ, ຄູ່ຄີກບໍ່ໄດ້ຖືກນໍາໃຊ້, ເພາະວ່າກະດູກສັນຫຼັງໂພລີເມີຊື່
ປົກກະຕິແລ້ວແມ່ນ trans ທັງຫມົດແລະເພາະສະນັ້ນພຽງແຕ່ທຸກສອງພັນທະບັດສອດຄ່ອງ. ຄວາມຍາວຄົງທົນ
ຖືກກໍານົດເປັນຈໍານວນພັນທະບັດທີ່ cos ສະເລ່ຍໄປຮອດມູນຄ່າ 1/e. ຈຸດນີ້ແມ່ນ
ກໍານົດໂດຍການ interpolation ເສັ້ນຊື່ຂອງບັນທຶກ ( ).
OPTIONS
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ:
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ xdr ແບບພົກພາ
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
ເສັ້ນທາງ: xtc tr cpt gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (index.ndx) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ດັດສະນີ
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ:
-o [<.xvg>] (polystat.xvg)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr
-v [<.xvg>] (polyvec.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr
-p [<.xvg>] (persist.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr
-i [<.xvg>] (intdist.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr
ທາງເລືອກອື່ນ:
-b (0)
ກອບທໍາອິດ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory
-e (0)
ກອບສຸດທ້າຍ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory
-dt (0)
ໃຊ້ກອບພຽງແຕ່ເມື່ອ t MOD dt = ຄັ້ງທໍາອິດ (ps)
- ເຈົ້າ (ps)
ຫົວໜ່ວຍສໍາລັບຄ່າເວລາ: fs, ps, ns, us, ms, s
-[ບໍ່]ວ (ບໍ່ມີ)
ເບິ່ງຜົນຜະລິດ .xvg, .xpm, .eps ແລະ .pdb ໄຟ
-xvg
xvg ການຈັດຮູບແບບ: xmgrace, xmgr, ບໍ່ມີ
-[ບໍ່]mw (ແມ່ນແລ້ວ)
ໃຊ້ນ້ໍາຫນັກມະຫາຊົນສໍາລັບ radii ຂອງ gyration
-[ບໍ່]pc (ບໍ່ມີ)
ແຜນວາດ eigenvalues ສະເລ່ຍ
ໃຊ້ gmx-polystat ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net