ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ gmx-rotacf ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
gmx-rotacf - ຄິດໄລ່ຟັງຊັນສະຫະພັນການຫມຸນສໍາລັບໂມເລກຸນ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
gmx rotacf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ]
[-[ບໍ່]ວ] [-xvg ] [-[ບໍ່]ງ] [-[ບໍ່]ເວີ]
[-acflen ] [-[ບໍ່]ເຮັດໃຫ້ປົກກະຕິ] [-P ]
[-fitfn ] [- ເລີ່ມຕົ້ນ ] [-endfit ]
ລາຍລະອຽດ
gmx rotacf ຄິດໄລ່ການທໍາງານຂອງການພົວພັນ rotational ສໍາລັບໂມເລກຸນ. ອະຕອມ triplets
(i,j,k) ຕ້ອງໄດ້ຮັບການໃຫ້ຢູ່ໃນໄຟລ໌ດັດສະນີ, ກໍານົດສອງ vectors ij ແລະ jk. ພືດຫມູນວຽນ
ACF ຖືກຄິດໄລ່ເປັນຟັງຊັນ autocorrelation ຂອງ vector n = ij x jk, ie the
ຜະລິດຕະພັນຂ້າມຂອງສອງ vectors. ນັບຕັ້ງແຕ່ສາມປະລໍາມະນູ span ຍົນ, ຄໍາສັ່ງຂອງສາມ
ປະລໍາມະນູບໍ່ສໍາຄັນ. ທາງເລືອກ, ໂດຍການຮຽກຮ້ອງ -d ສະຫຼັບ, ທ່ານສາມາດຄິດໄລ່ໄດ້
ຟັງຊັນ correlation rotational ສໍາລັບໂມເລກຸນ linear ໂດຍການລະບຸຄູ່ atom (i,j) ໃນ
ໄຟລ໌ດັດສະນີ.
ຕົວຢ່າງ
gmx rotacf -P 1 -nparm 2 -fft -n ດັດຊະນີ -o rotacf-x-P1 -fa expfit-x-P1 - ເລີ່ມຕົ້ນ 2.5
-endfit 20.0
ນີ້ຈະຄິດໄລ່ການທໍາງານຂອງການພົວພັນ rotational ໂດຍໃຊ້ຄໍາສັ່ງທໍາອິດ Legendre
polynomial ຂອງມຸມຂອງ vector ກໍານົດໂດຍໄຟລ໌ດັດຊະນີ. ການທໍາງານຂອງການພົວພັນກັນ
ຈະຖືກປັບໃຫ້ພໍດີຈາກ 2.5 ps ຈົນຮອດ 20.0 ps ໄປຫາຄ່າເລກກຳລັງສອງພາຣາມິເຕີ.
OPTIONS
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
ເສັ້ນທາງ: xtc tr cpt gro g96 pdb tng
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ xdr ແບບພົກພາ
-n [<.ndx>] (index.ndx)
ໄຟລ໌ດັດສະນີ
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ:
-o [<.xvg>] (rotacf.xvg)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr
ທາງເລືອກອື່ນ:
-b (0)
ກອບທໍາອິດ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory
-e (0)
ກອບສຸດທ້າຍ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory
-dt (0)
ໃຊ້ກອບພຽງແຕ່ເມື່ອ t MOD dt = ຄັ້ງທໍາອິດ (ps)
-[ບໍ່]ວ (ບໍ່ມີ)
ເບິ່ງຜົນຜະລິດ .xvg, .xpm, .eps ແລະ .pdb ໄຟ
-xvg
xvg ການຈັດຮູບແບບ: xmgrace, xmgr, ບໍ່ມີ
-[ບໍ່]ງ (ບໍ່ມີ)
ໃຊ້ index doublets (vectors) ສໍາລັບຟັງຊັນ correlation ແທນ triplets (ຍົນ)
-[ບໍ່]ເວີ (ແມ່ນແລ້ວ)
ສະເລ່ຍຫຼາຍກວ່າໂມເລກຸນ
-acflen (-1)
ຄວາມຍາວຂອງ ACF, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນເຄິ່ງຫນຶ່ງຂອງຈໍານວນກອບ
-[ບໍ່]ເຮັດໃຫ້ປົກກະຕິ (ແມ່ນແລ້ວ)
ປັບ ACF ໃຫ້ເປັນປົກກະຕິ
-P (0)
ຄໍາສັ່ງຂອງ Legendre polynomial ສໍາລັບ ACF (0 ຊີ້ໃຫ້ເຫັນບໍ່ມີ): 0, 1, 2, 3
-fitfn (none)
ຟັງຊັນ Fit: none, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9
- ເລີ່ມຕົ້ນ (0)
ເວລາທີ່ຈະເລີ່ມການປັບຕົວເລກກຳລັງຂອງຟັງຊັນຄວາມສຳພັນ
-endfit (-1)
ເວລາທີ່ຈະສິ້ນສຸດການພໍດີຂອງເລກກຳລັງຂອງຟັງຊັນຄວາມສຳພັນ, -1 ແມ່ນຈົນກ່ວາ
ໃນຕອນທ້າຍ
ໃຊ້ gmx-rotacf ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net