ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ hhsearch ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
hhsearch - ຄົ້ນຫາຖານຂໍ້ມູນຂອງ HMMs ດ້ວຍການຈັດລໍາດັບແບບສອບຖາມຫຼືຄໍາຖາມ HMM
ສະຫຼຸບສັງລວມ
hhsearch -i query -d ຖານຂໍ້ມູນ [ທາງເລືອກໃນການ]
ລາຍລະອຽດ
HHsearch ເວີຊັ່ນ 2.0.16 (ມັງກອນ 2013) ຄົ້ນຫາຖານຂໍ້ມູນຂອງ HMMs ດ້ວຍການຈັດລຽງແບບສອບຖາມ ຫຼື
ສອບຖາມ HMM (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas Hauser Soding,
J. ການກວດຫາທາດໂປຼຕີນຈາກການປຽບທຽບ HMM-HMM. ຊີວະຂໍ້ມູນຂ່າວສານ 21:951-960 (2005).
-i
ການປ້ອນຂໍ້ມູນ/ສອບຖາມການຈັດຮຽງລຳດັບຫຼາຍອັນ (a2m, a3m, FASTA) ຫຼື HMM
-d
ຖານຂໍ້ມູນ HMM ຂອງ HMMs ທີ່ປະສົມປະສານໃນຮູບແບບ hhm, HMMER, ຫຼື a3m, ຫຼື, ຖ້າໄຟລ໌ມີ
extension pal, ບັນຊີລາຍຊື່ຂອງຊື່ໄຟລ໌ HMM, ຫນຶ່ງຕໍ່ແຖວ. ຫຼາຍ dbs, HMMs, ຫຼື pal
ແຟ້ມກັບ -d ' ...'
ອາດຈະເປັນ 'stdin' ຫຼື 'stdout' ຕະຫຼອດ.
ຜົນຜະລິດ ຕົວເລືອກ:
-o
ຂຽນຜົນໄດ້ຮັບໃນຮູບແບບມາດຕະຖານເພື່ອໄຟລ໌ (default= )
- ໂອຟາສ
ຂຽນການຈັດຮຽງຄູ່ຂອງການຈັບຄູ່ທີ່ສໍາຄັນໃນຮູບແບບ FASTA Analogous ສໍາລັບ
ຜົນຜະລິດໃນຮູບແບບ a3m, a2m, ແລະ psi (ຕົວຢ່າງ -ໂອ 3ມ)
-oa3ມ
ຂຽນ MSA ຂອງການຈັບຄູ່ທີ່ສໍາຄັນໃນຮູບແບບ a3m Analogous ສໍາລັບຜົນຜະລິດໃນ a2m, psi,
ແລະຮູບແບບ hhm (ຕົວຢ່າງ - ໂອ້ຍ)
-e [0,1]
ການຕັດຄ່າ E-value ສໍາລັບການລວມຢູ່ໃນການຈັດຮຽງຫຼາຍ (def=0.001)
-seq
ສູງສຸດ ຈໍານວນການສອບຖາມ/ແມ່ແບບລໍາດັບທີ່ສະແດງ (def=1) ລະວັງການລົ້ນ! ທັງໝົດ
ລໍາດັບເຫຼົ່ານີ້ຖືກເກັບໄວ້ໃນຫນ່ວຍຄວາມຈໍາ.
-cons ສະແດງລໍາດັບຄວາມເຫັນດີເປັນລໍາດັບຕົ້ນສະບັບຂອງການສອບຖາມ MSA
- nocons
ບໍ່ສະແດງລໍາດັບຄວາມເຫັນດີນໍາໃນການຈັດຕໍາແຫນ່ງ (default=show)
- ບໍ່ມີ
ບໍ່ສະແດງໂຄງສ້າງອັນດັບທີ 2 ທີ່ຄາດຄະເນໄວ້ໃນການຈັດຮຽງ (default=show)
- nodssp
ບໍ່ສະແດງໂຄງສ້າງ DSSP 2ndary ໃນການຈັດຮຽງ (default=show)
-ssconf
ສະແດງໃຫ້ເຫັນຄວາມຫມັ້ນໃຈສໍາລັບການຄາດຄະເນໂຄງປະກອບການທີ 2 ໃນການສອດຄ່ອງ
-p
ຄວາມເປັນໄປໄດ້ຕໍ່າສຸດໃນລາຍການສະຫຼຸບ ແລະການຈັດຮຽງ (def=20)
-E
E-value ສູງສຸດໃນລາຍການສະຫຼຸບ ແລະການຈັດຮຽງ (def=1E+06)
-Z
ຈໍານວນສູງສຸດຂອງບັນຊີລາຍຊື່ hit ສະຫຼຸບ (def=500)
-z
ຈໍານວນຕໍາ່ສຸດທີ່ຂອງບັນຊີລາຍຊື່ hit ສະຫຼຸບ (def=10)
-B
ຈໍານວນສູງສຸດຂອງການຈັດຕັ້ງໃນບັນຊີລາຍການຈັດຕັ້ງ (def=500)
-b
ຈໍານວນຕໍາ່ສຸດທີ່ຂອງການຈັດຕັ້ງໃນບັນຊີລາຍການຈັດຕັ້ງ (def=10)
- ອາລິວ [40,...[
ຈຳນວນຖັນຕໍ່ແຖວໃນລາຍການການຈັດຮຽງ (def=80)
-dbstrlen
ຄວາມຍາວສູງສຸດຂອງສະຕຣິງຖານຂໍ້ມູນທີ່ຈະພິມໃນໄຟລ໌ hhr
ການກັ່ນຕອງການສອບຖາມການຈັດລໍາດັບຫຼາຍລໍາດັບ
-id [0,100] ຕົວຕົນຂອງລໍາດັບຄູ່ສູງສຸດ (%) (def=90)
- ຄວາມແຕກຕ່າງ [0,inf[
ການກັ່ນຕອງ MSA ໂດຍການເລືອກຊຸດລໍາດັບທີ່ຫຼາກຫຼາຍທີ່ສຸດ, ຮັກສາຢ່າງຫນ້ອຍຫຼາຍອັນນີ້
seqs ໃນແຕ່ລະ MSA ຂອງຄວາມຍາວ 50 (def=100)
-cov [0,100] ການຄຸ້ມຄອງຂັ້ນຕ່ຳດ້ວຍການສອບຖາມ (%) (def=0)
- qid [0,100] ການລະບຸຕົວຕົນຂອງລຳດັບຂັ້ນຕ່ຳດ້ວຍການສອບຖາມ (%) (def=0)
-qsc [0,100] ຄະແນນຕ່ຳສຸດຕໍ່ຖັນທີ່ມີຄຳຖາມ (def=-20.0)
-neff [1,inf]
ຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງການຈັດວາງເປົ້າໝາຍ (default=off)
ການປ້ອນຂໍ້ມູນ alignment ຮູບແບບ:
-M a2m ໃຊ້ A2M/A3M (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ): ຕົວພິມໃຫຍ່ = Match; ຕົວພິມນ້ອຍ = ແຊກ; '-' = ລຶບ; '.' =
ຊ່ອງຫວ່າງສອດຄ່ອງກັບການແຊກ (ອາດຈະຖືກລະເວັ້ນ)
-M ຄັ້ງທໍາອິດ
ໃຊ້ FASTA: ຖັນທີ່ມີ residue ໃນລໍາດັບທີ 1 ແມ່ນສະຖານະທີ່ກົງກັນ
-M [0,100]
ໃຊ້ FASTA: ຖັນທີ່ມີຊ່ອງຫວ່າງໜ້ອຍກວ່າ X% ແມ່ນສະຖານະທີ່ກົງກັນ
-ແທັກ ບໍ່ເຮັດໃຫ້ເປັນກາງ His-, C-myc-, FLAG-tags, ແລະລໍາດັບການຮັບຮູ້ trypsin ກັບ
ການແຜ່ກະຈາຍພື້ນຖານ
HMM-HMM alignment ຕົວເລືອກ:
- norealign
ຫ້າມຈັດການຕີທີ່ສະແດງຄືນໃໝ່ດ້ວຍວິທີການ MAC (def=realign)
-mact [0,1[
ເກນຄວາມເປັນໄປໄດ້ຫຼັງສຳລັບການຈັດຮຽງ MAC ຄືນໃໝ່ (def=0.350) ການຄວບຄຸມພາຣາມິເຕີ
ຄວາມໂລບໃນການຈັດຕຳແໜ່ງ: 0:ທົ່ວໂລກ >0.1:ທ້ອງຖິ່ນ
- ໂລກ/-loc
ໃຊ້ຮູບແບບການຈັດຕັ້ງທົ່ວໂລກ / ທ້ອງຖິ່ນສໍາລັບການຊອກຫາ / ການຈັດອັນດັບ (def=local)
-alt
ສະແດງໃຫ້ເຫັນເຖິງການຈັດລຽງທາງເລືອກທີ່ສໍາຄັນຈໍານວນຫຼາຍນີ້ (def=2)
-vit ໃຊ້ Viterbi algorithm ສໍາລັບການຊອກຫາ / ການຈັດອັນດັບ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
-mac ໃຊ້ລະບົບຄວາມຖືກຕ້ອງສູງສຸດ (MAC) algorithm ສໍາລັບການຊອກຫາ / ການຈັດອັນດັບ
- ຕໍ່ໄປ
ໃຊ້ຄວາມເປັນໄປໄດ້ Forward ສໍາລັບການຊອກຫາ
-ຍົກເວັ້ນ
ຍົກເວັ້ນຕຳແໜ່ງການສອບຖາມຈາກການຈັດຮຽງ, ຕົວຢ່າງ '1-33,97-168'
- ປ່ຽນ [-1,1]
ຄະແນນຊົດເຊີຍ (def=-0.03)
-corr [0,1]
ນ້ ຳ ໜັກ ຂອງໄລຍະການພົວພັນຄູ່ (def=0.10)
-sc ຄະແນນອາຊິດ amino (tja: ແມ່ແບບ HMM ຢູ່ຖັນ j) (def=1)
0 = log2 Sum(tja*qia/pa) (pa: ຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ aa)
1 = log2 Sum(tja*qia/pqa) (pqa = 1/2*(pa+ta))
2 = log2 Sum(tja*qia/ta) (ta: av. aa freqs ໃນແມ່ແບບ)
3 = log2 Sum(tja*qia/qa) (qa: av. aa freqs in query)
5 ການແກ້ໄຂອົງປະກອບອາຊິດ amino ທ້ອງຖິ່ນ
-ssm {0,..,4}
0: ບໍ່ມີຄະແນນ ss 1,2: ຄະແນນ ss ຫຼັງຈາກ ຫຼືໃນລະຫວ່າງການຈັດຮຽງ [default=2] 3,4: ss
ຄະແນນຫຼັງຈາກຫຼືໃນລະຫວ່າງການຈັດຕັ້ງ, ຄາດຄະເນທຽບກັບການຄາດຄະເນ
-ssw [0,1] ນ້ຳໜັກຂອງຄະແນນ ss ທຽບກັບຄະແນນຖັນ (def=0.11)
-ssa [0,1] SS substitution matrix = (1-ssa)*I + ssa*full-SS-substition-matrix
[def=1.00)
Gap ຄ່າໃຊ້ຈ່າຍ ຕົວເລືອກ:
-gapb [0,inf[
Transition pseudocount admixture (def=1.00)
-gapd [0,inf[
Transition pseudocount admixture ສໍາລັບຊ່ອງຫວ່າງເປີດ (default=0.15)
- ຊ່ອງຫວ່າງ [0,1.5]
Transition pseudocount admixture ສໍາລັບຂະຫຍາຍຊ່ອງຫວ່າງ (def=1.00)
-gapf ]0,inf]
ປັດໄຈທີ່ຈະເພີ່ມ / ຫຼຸດຜ່ອນຊ່ອງຫວ່າງການລົງໂທດສໍາລັບການລົບ (def=0.60)
-gapg ]0,inf]
ປັດໄຈທີ່ຈະເພີ່ມ / ຫຼຸດຜ່ອນຊ່ອງຫວ່າງການລົງໂທດສໍາລັບການແຊກ (def=0.60)
- ຊ່ອງຫວ່າງ ]0,inf]
ປັດໄຈທີ່ຈະເພີ່ມຂຶ້ນ / ຫຼຸດຜ່ອນຊ່ອງຫວ່າງຂະຫຍາຍການລົງໂທດສໍາລັບການລົບ (def=0.60)
-gapi ]0,inf]
ປັດໄຈທີ່ຈະເພີ່ມ / ຫຼຸດຜ່ອນຊ່ອງຫວ່າງຂະຫຍາຍການລົງໂທດສໍາລັບການໃສ່ (def=0.60)
-egq [0,inf[ການລົງໂທດ (ບິດ) ສໍາລັບຊ່ອງຫວ່າງສິ້ນສຸດສອດຄ່ອງກັບການສອບຖາມ residues (def=0.00)
-ເຊັ່ນ [0,inf[ການລົງໂທດ (ບິດ) ສໍາລັບຊ່ອງຫວ່າງສິ້ນສຸດທີ່ສອດຄ່ອງກັນກັບ template residues (def=0.00)
Pseudocount (ຄອມພິວເຕີ) ຕົວເລືອກ:
- pcm {0,..,3}
ການເພິ່ງພາອາໄສຕຳແໜ່ງຂອງເຄື່ອງປະສົມ 'tau' (PC mode, default=2) 0: ບໍ່ມີການນັບ pseudo:
tau = 0 1: tau = a 2: diversity-dependent: tau = a/(1 +
((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: ຈໍານວນຂອງ seqs ທີ່ມີປະສິດທິພາບໃນ MSA ທ້ອງຖິ່ນປະມານຖັນ i)
3: pseudocounts ຄວາມຫຼາກຫຼາຍຄົງທີ່
-pca [0,1] ການປະສົມ pseudocount ໂດຍລວມ (def=1.0)
-pcb [1,inf[ Neff threshold value for - pcm 2 (def=1.5)
-pcc [0,3] extinction exponent c ສໍາລັບ - pcm 2 (def=1.0)
ບໍລິບົດສະເພາະ pseudo-ນັບ:
- nocontxt
ໃຊ້ substitution-matrix ແທນ pseudocounts ສະເພາະບໍລິບົດ
- ຕິດຕໍ່ ໄຟລ໌ບໍລິບົດສຳລັບການຄິດໄລ່ pseudocounts ສະເພາະບໍລິບົດ
(default=./data/context_data.lib)
-cslib
ໄຟລ໌ສະຖານະຖັນສຳລັບການກັ່ນຕອງຖານຂໍ້ມູນໄວ (default=./data/cs219.lib)
-csw [0,inf] ນ້ຳໜັກຂອງຕຳແໜ່ງກາງໃນໂໝດ cs pseudocount (def=1.6)
-csb [0,1] ພາຣາມິເຕີການຫຼຸດນ້ຳໜັກສຳລັບຕຳແໜ່ງໃນໂໝດ cs pc (def=0.9)
ອື່ນ ໆ ຕົວເລືອກ:
-ຊີພີຢູ
ຈໍານວນຂອງ CPUs ທີ່ຈະນໍາໃຊ້ (ສໍາລັບການແບ່ງປັນ SMPs ຫນ່ວຍຄວາມຈໍາ) (default=1)
-v
ໂຫມດ verbose: 0: ບໍ່ມີຜົນຜະລິດຫນ້າຈໍ 1: warings ເທົ່ານັ້ນ 2: verbose
- ສູງສຸດ
ຈຳນວນສູງສຸດຂອງຖັນ HMM (def=15002)
- ສູງສຸດ [1,inf[ ຄວາມຊົງຈໍາສູງສຸດທີ່ມີຢູ່ໃນ GB (def=3.0)
- ຄະແນນ ຂຽນຄະແນນສໍາລັບການປຽບທຽບຄູ່ທັງຫມົດເພື່ອຍື່ນ
- ສະຫງົບ {0,..,3} ການສອບທຽບຄະແນນ empirical ຂອງ 0:query 1:template 2:ທັງສອງ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 3: ການຄາດຄະເນທີ່ອີງໃສ່ເຄືອຂ່າຍ neural ຂອງ EVD params
ຕົວຢ່າງ: hhsearch -i a.1.1.1.a3m -d scop70_1.71.hm
ໃຊ້ hhsearch ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net