hmmstat - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

hmmstat - ສະແດງສະຖິຕິສະຫຼຸບສໍາລັບໄຟລ໌ໂປຣໄຟລ໌

ສະຫຼຸບສັງລວມ

hmmstat [ທາງເລືອກ]

ລາຍລະອຽດ

ໄດ້ hmmstat utility ພິມອອກເປັນຕາຕະລາງຂອງສະຖິຕິສະຫຼຸບສໍາລັບແຕ່ລະໂປຣໄຟລ໌ໃນ
.

ອາດຈະເປັນ '-' (ຕົວອັກສອນ dash), ໃນກໍລະນີທີ່ໂປຣໄຟລ໌ຖືກອ່ານຈາກ a
ທໍ່ແທນທີ່ຈະມາຈາກໄຟລ໌.

ຖັນແມ່ນ:

idx ດັດ​ຊະ​ນີ​ຂອງ​ຂໍ້​ມູນ​ນີ້​, ນັບ​ແຕ່​ລະ​ໃນ​ໄຟລ​໌​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ​ຈາກ 1​.

ຊື່ ຊື່ຂອງໂປຣໄຟລ໌.

ການເຂົ້າເປັນສະມາຊິກ
ການເຂົ້າເປັນທາງເລືອກຂອງໂປຣໄຟລ໌, ຫຼື "-" ຖ້າບໍ່ມີ.

nseq ຈໍານວນຂອງລໍາດັບທີ່ໂປຣໄຟລ໌ໄດ້ຖືກຄາດຄະເນຈາກ.

eff_nseq
ຈໍານວນລໍາດັບປະສິດທິພາບທີ່ໂປຣໄຟລ໌ໄດ້ຖືກຄາດຄະເນຈາກ, ຫຼັງຈາກ HMMER
ນຳໃຊ້ການຄຳນວນເລກລຳດັບທີ່ມີປະສິດທິພາບ ເຊັ່ນ: entropy ເລີ່ມຕົ້ນ
ນ້ຳໜັກ.

M ຄວາມ​ຍາວ​ຂອງ​ຕົວ​ແບບ​ໃນ​ການ​ຕົກ​ຄ້າງ​ເປັນ​ເອ​ກະ​ພາບ (ລັດ​ທີ່​ກົງ​ກັນ​)​.

ສະອື້ນ ໝາຍເຖິງ entropy ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງຕໍ່ສະຖານະທີ່ກົງກັນ, ເປັນບິດ. ນີ້ແມ່ນຄະແນນທີ່ຄາດໄວ້ (ສະເລ່ຍ).
ຕໍ່​ຕໍາ​ແຫນ່ງ​ເປັນ​ເອ​ກະ​ພາບ​. ນີ້ແມ່ນສິ່ງທີ່ວິທີການເລີ່ມຕົ້ນ entropy-weighting ສໍາລັບ
ການປະເມີນຕົວເລກລໍາດັບທີ່ມີປະສິດທິພາບແມ່ນເນັ້ນໃສ່, ດັ່ງນັ້ນສໍາລັບຮູບແບບ HMMER3 ເລີ່ມຕົ້ນ, ທ່ານ
ຄາດຫວັງວ່າຄ່ານີ້ຈະສະທ້ອນເຖິງເປົ້າຫມາຍເລີ່ມຕົ້ນສໍາລັບ entropy-weighting.

ຂໍ້ມູນ ເນື້ອຫາຂໍ້ມູນສະເລ່ຍຕໍ່ສະຖານະທີ່ກົງກັນ, ເປັນບິດ. ອາດຈະບໍ່ເປັນປະໂຫຍດ.
ເນື້ອໃນຂໍ້ມູນແມ່ນການຄິດໄລ່ທີ່ແຕກຕ່າງກັນເລັກນ້ອຍກ່ວາ entropy ພີ່ນ້ອງ.

p relE ຄ່າສະເລ່ຍຂອງ entropy ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ, ເປັນບິດ. ນີ້ແມ່ນສະບັບ fancier ຂອງ per-
match-state relative entropy, ຄໍານຶງເຖິງການຫັນປ່ຽນ
(ການແຊກ/ລຶບ) ຄວາມເປັນໄປໄດ້; ມັນອາດຈະເປັນການຄາດຄະເນທີ່ຖືກຕ້ອງກວ່າຂອງ
ຄະແນນສະເລ່ຍປະກອບສ່ວນຕໍ່ຕຳແໜ່ງຄວາມເຫັນດີເຫັນພ້ອມຂອງຕົວແບບ.

compKL Kullback-Leibler ໄລຍະຫ່າງລະຫວ່າງອົງປະກອບຂອງ residue ສະເລ່ຍໂດຍລວມຂອງຕົວແບບ
ແລະການແຈກຢາຍຄວາມຖີ່ພື້ນຖານເລີ່ມຕົ້ນ. ຕົວເລກນີ້ສູງກວ່າ, ໄດ້
ຄວາມລໍາອຽງຫຼາຍອົງປະກອບ residue ຂອງ profile ແມ່ນ. ໂປຣໄຟລ໌ທີ່ມີຄວາມລຳອຽງສູງສາມາດ
ເຮັດໃຫ້ທໍ່ການເລັ່ງ HMMER3 ຊ້າລົງ, ໂດຍການເຮັດໃຫ້ລຳດັບທີ່ບໍ່ເປັນ homologous ຫຼາຍເກີນໄປ
ເພື່ອຜ່ານການກັ່ນຕອງ.

OPTIONS

-h ຊ່ວຍເຫຼືອ; ພິມການເຕືອນສັ້ນໆກ່ຽວກັບການນໍາໃຊ້ເສັ້ນຄໍາສັ່ງແລະທາງເລືອກທີ່ມີຢູ່ທັງຫມົດ.

ໃຊ້ hmmstat ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net