HPCdaligner - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

HPCdaligner - ສ້າງສະຄຣິບເພື່ອແລ່ນ daligner(1​)

ສະຫຼຸບສັງລວມ

HPCdaligner [-vbAI] [-kint(14​)] [-wint(6​)][-hint(35​)] [-tint] [-Mint] [-eສອງ (70)]
[-lint(1000​)] [-sint(100​)] [-Hint] [-mຕິດຕາມ]+ [-dalint(4​)] [-degint(25​)] ເສັ້ນທາງ:db|ເຂື່ອນ
[ທໍາອິດ: int[-ສຸດທ້າຍ: int]]

ລາຍລະອຽດ

HPCdaligner ຂຽນສະຄຣິບ UNIX shell ໃສ່ຜົນຜະລິດມາດຕະຖານທີ່ປະກອບດ້ວຍລໍາດັບ
ຂອງຄໍາສັ່ງທີ່ດໍາເນີນການປະສິດທິຜົນ daligner(1) ໃນທຸກຄູ່ຂອງບລັອກຂອງຖານຂໍ້ມູນທີ່ແບ່ງປັນ
ແລະ​ຫຼັງ​ຈາກ​ນັ້ນ​ຄັດ​ຈາກ​ພາຍ​ນອກ​ແລະ​ປະ​ສົມ​ໃຫ້​ເຂົາ​ເຈົ້າ​ນໍາ​ໃຊ້​ LAsort(1) ແລະ ຂ້າມ(1​) ເຂົ້າ​ໄປ​ໃນ​ການ​ເກັບ​ກໍາ​
ຂອງໄຟລ໌ການຈັດຕໍາແຫນ່ງທີ່ມີຊື່ ເສັ້ນທາງ.#.las ບ່ອນທີ່ # ຕັ້ງແຕ່ 1 ເຖິງຈໍານວນຕັນ
ຖານຂໍ້ມູນຖືກແບ່ງອອກເປັນ. ໄຟລ໌ເຫຼົ່ານີ້ຖືກຈັດຮຽງຖ້າປະສົມປະສານໂດຍການເວົ້າ LAcat(1​) ຈະ​ປະ​ກອບ​ດ້ວຍ​
ການຈັດຮຽງທັງໝົດຕາມລໍາດັບ (ຂອງ a-read, ຫຼັງຈາກນັ້ນ b-read, ແລະອື່ນໆ). ຍິ່ງໄປກວ່ານັ້ນ, ທັງຫມົດ
ການທັບຊ້ອນກັນສໍາລັບການອ່ານທີ່ໃຫ້ມາແມ່ນຮັບປະກັນວ່າຈະບໍ່ຖືກແບ່ງອອກໃນທົ່ວໄຟລ໌, ດັ່ງນັ້ນຫນຶ່ງສາມາດດໍາເນີນການໄດ້
ເຄື່ອງວິເຄາະສິ່ງປະດິດ ຫຼືການແກ້ໄຂຂໍ້ຜິດພາດໃນແຕ່ລະໄຟລ໌ທີ່ຈັດຮຽງຕາມຂະໜານ.

ຖານຂໍ້ມູນຈະຕ້ອງໄດ້ຖືກແບ່ງອອກກ່ອນຫນ້ານີ້ໂດຍ DBsplit(1) ແລະຕົວກໍານົດການທັງຫມົດ, ຍົກເວັ້ນ
-v, -dal, ແລະ -deg, ແມ່ນ ຜ່ານ ການ ໂທ ຫາ daligner(1). ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນສໍາລັບ
ຕົວກໍານົດການເຫຼົ່ານີ້ແມ່ນສໍາລັບ daligner(1). ທ -v ທຸງ, ສໍາລັບ verbose-mode, ຍັງຖືກສົ່ງກັບ
ໂທທັງໝົດຫາ LAsort(1) ແລະ ຂ້າມ(1). -dal ແລະ -deg ທາງ​ເລືອກ​ແມ່ນ​ໄດ້​ອະ​ທິ​ບາຍ​ຕໍ່​ມາ​.

ສໍາ​ລັບ​ຖານ​ຂໍ້​ມູນ​ແບ່ງ​ອອກ​ເປັນ N ຕັນ​ຍ່ອຍ​, ການ​ໂທ​ຫາ​ daligner(1​) ຈະ​ຜະ​ລິດ​ຕະ​ພັນ​ທັງ​ຫມົດ​
ໄຟລ໌ 2TN^2 .las ສົມມຸດວ່າ daligner ແລ່ນດ້ວຍຫົວຂໍ້ T. ເຫຼົ່ານີ້ຈະຖືກຈັດຮຽງແລະ
ຮວມເຂົ້າໄປໃນໄຟລ໌ .las ທີ່ຖືກຈັດຮຽງ N^2, ນຶ່ງອັນສໍາລັບແຕ່ລະຄູ່ບລັອກ. ຫຼັງຈາກນັ້ນ, ສິ່ງເຫຼົ່ານີ້ຖືກລວມເຂົ້າກັນ
ceil(log_deg N) ໄລຍະທີ່ຈໍານວນຂອງໄຟລ໌ຫຼຸດລົງໃນ geometrically -deg ຈົນກ່ວາ
ມີ 1 ໄຟລ໌ຕໍ່ແຖວຂອງ N x N block matrix. ດັ່ງນັ້ນໃນຕອນທ້າຍຫນຶ່ງມີ N sorted .las
ໄຟລ​໌​ທີ່​ໃນ​ເວ​ລາ​ທີ່ concatenated ຈະ​ໃຫ້​ໄຟລ​໌​ທັບ​ຊ້ອນ​ໃຫຍ່​ດຽວ​.

ໄດ້ -dal ທາງ​ເລືອກ (ຄ່າ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ 4​) ໃຫ້​ຈໍາ​ນວນ​ທີ່​ຕ້ອງ​ການ​ຂອງ​ການ​ປຽບ​ທຽບ block ຕໍ່​ການ​ໂທ​ຫາ​
daligner(1). ບາງອັນຕ້ອງມີ dal-1 ການ​ປຽບ​ທຽບ​, ແລະ​ທໍາ​ອິດ​ dal-2 ການ​ປຽບ​ທຽບ block
ເຖິງແມ່ນວ່າຫນ້ອຍ, ແຕ່ HPCdaligner "ຜູ້ວາງແຜນ" ເຮັດດີທີ່ສຸດທີ່ມັນສາມາດເຮັດໄດ້ເພື່ອໃຫ້ການໂຫຼດສະເລ່ຍ
dal block ການປຽບທຽບຕໍ່ຄໍາສັ່ງ. ໄດ້ -deg ທາງເລືອກ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 25) ໃຫ້ຈໍານວນສູງສຸດ
ຂອງໄຟລ໌ທີ່ຈະຖືກລວມເຂົ້າຢູ່ໃນອັນດຽວ ຂ້າມ(1​) ຄໍາ​ສັ່ງ​. ຜູ້ວາງແຜນເຮັດໄດ້ຫຼາຍທີ່ສຸດ
ເຖິງແມ່ນວ່າຕົ້ນໄມ້ k-ary ຂອງການລວມ, ບ່ອນທີ່ຈໍານວນຂອງລະດັບແມ່ນ ceil(log_deg N).

ຖ້າຈຳນວນເຕັມ ຄັ້ງທໍາອິດ ແລະ ສຸດທ້າຍ ຫາຍໄປ, ຫຼັງຈາກນັ້ນ script ທີ່ຜະລິດແມ່ນສໍາລັບທຸກໆຕັນໃນ
ຖານຂໍ້ມູນ. ຖ້າ ຄັ້ງທໍາອິດ ປະຈຸບັນ, ຫຼັງຈາກນັ້ນ HPCdaligner ຜະລິດສະຄຣິບທີ່ເພີ່ມຂຶ້ນ
ປຽບທຽບທ່ອນໄມ້ ຄັ້ງທໍາອິດ ໂດຍຜ່ານການ ສຸດທ້າຍ (ສຸດທ້າຍ = ຄັ້ງທໍາອິດ ຖ້າບໍ່ມີ) ຕໍ່ກັນແລະກັນແລະ
ຕັນທີ່ຜ່ານມາທັງໝົດ 1 ຜ່ານ ຄັ້ງທໍາອິດ-1, ແລະຈາກນັ້ນ incrementally ປັບປຸງໄຟລ໌ .las ສໍາລັບ
ຕັນ 1 ຜ່ານ ຄັ້ງທໍາອິດ-1, ແລະສ້າງໄຟລ໌ .las ສໍາລັບຕັນ ຄັ້ງທໍາອິດ ໂດຍຜ່ານການ ສຸດທ້າຍ.

ແຕ່ລະເສັ້ນຄໍາສັ່ງ UNIX ຜົນຜະລິດໂດຍ HPCdaligner ສາມາດເປັນ batch job (ພວກເຮົາໃຊ້ &&
ປະຕິບັດການທີ່ຈະສົມທົບຄໍາສັ່ງຈໍານວນຫນຶ່ງເຂົ້າໄປໃນເສັ້ນດຽວເພື່ອເຮັດໃຫ້ເປັນດັ່ງນັ້ນ). ຄວາມເພິ່ງພາອາໄສລະຫວ່າງ
ວຽກສາມາດຮັກສາໄດ້ພຽງແຕ່ໂດຍທໍາອິດແລ່ນທັງຫມົດ daligner(1) ວຽກເຮັດງານທໍາ, ຫຼັງຈາກນັ້ນທັງຫມົດ
ວຽກຈັດລຽງເບື້ອງຕົ້ນ, ແລະຫຼັງຈາກນັ້ນວຽກທັງຫມົດໃນແຕ່ລະໄລຍະຂອງການຈັດລຽງລວມພາຍນອກ. ແຕ່ລະ
ໄລຍະເຫຼົ່ານີ້ຖືກແຍກອອກໂດຍແຖວຄໍາຄິດຄໍາເຫັນທີ່ມີຂໍ້ມູນສໍາລັບການຂຽນສະຄິບຂອງທ່ານ
ຄວາມສະດວກສະບາຍ.

ໃຊ້ HPCdaligner ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net