kalign - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

kalign - ປະຕິບັດການຈັດລໍາດັບຫຼາຍທາງຊີວະພາບ.

ສະຫຼຸບສັງລວມ

kalign [infile.fasta] [outfile.fasta] [ຕົວເລືອກ]

kalign [-i infile.fasta] [-ອ outfile.fasta] [ຕົວເລືອກ]

kalign [< infile.fasta] [> outfile.fasta] [ຕົວເລືອກ]

ລາຍລະອຽດ

Kalign ເປັນ​ເຄື່ອງ​ມື​ບັນ​ຊີ​ຄໍາ​ສັ່ງ​ເພື່ອ​ປະ​ຕິ​ບັດ​ການ​ສອດ​ຄ່ອງ​ຫຼາຍ​ລໍາ​ດັບ​ຊີ​ວະ​ພາບ​. ມັນ
ໃຊ້ Muth?Manber string-matching algorithm, ເພື່ອປັບປຸງທັງຄວາມຖືກຕ້ອງ ແລະຄວາມໄວ.
ຂອງ​ການ​ຈັດ​ຕັ້ງ​. ມັນ​ນໍາ​ໃຊ້​ວິ​ທີ​ການ​ຈັດ​ຕັ້ງ​ທີ່​ກ້າວ​ຫນ້າ​ໃນ​ທົ່ວ​ໂລກ​, ການ​ເສີມ​ຂະ​ຫຍາຍ​ໂດຍ​ການ​ຈ້າງ​ງານ​
ຂັ້ນຕອນການຈັບຄູ່ສະຕຣິງໂດຍປະມານເພື່ອຄິດໄລ່ໄລຍະຫ່າງຂອງລຳດັບ ແລະໂດຍການລວມເຂົ້າກັນ
ການແຂ່ງຂັນໃນທ້ອງຖິ່ນເຂົ້າໄປໃນການຈັດລໍາດັບທົ່ວໂລກ.

OPTIONS

-s -gpo -gapopen -gap_open x
ຊ່ອງ​ຫວ່າງ​ການ​ລົງ​ໂທດ​.

-e -gpe -gap_ext - gapextension x
ການລົງໂທດການຂະຫຍາຍຊ່ອງຫວ່າງ.

-t -tgpe -terminal_gap_extension_penalty x
ການລົງໂທດຊ່ອງຫວ່າງຢູ່ປາຍຍອດ.

-m - ໂບນັດ -matrix_bonus x
A ຄົງທີ່ເພີ່ມໃສ່ matrix ທົດແທນ.

-c - ຄັດ <ການປ້ອນຂໍ້ມູນ, ຕົ້ນໄມ້, ຊ່ອງຫວ່າງ.>
ລໍາດັບທີ່ລໍາດັບປາກົດຢູ່ໃນການຈັດລໍາດັບຜົນໄດ້ຮັບ.

-g -ຄຸນ​ນະ​ສົມ​ບັດ
ເລືອກ​ຮູບ​ແບບ​ຄຸນ​ສົມ​ບັດ​ແລະ​ລະ​ບຸ​ວ່າ​ຄຸນ​ສົມ​ບັດ​ທີ່​ຈະ​ນໍາ​ໃຊ້​: ຕົວ​ຢ່າງ​ທັງ​ຫມົດ​, maxplp​,
STRUCT, PFAM-A?

-same_feature_score
ຄະແນນສໍາລັບການຈັດລໍາດັບລັກສະນະດຽວກັນ.

-diff_feature_score
ການລົງໂທດສໍາລັບການສອດຄ່ອງລັກສະນະທີ່ແຕກຕ່າງກັນ.

-d - ໄລ​ຍະ​ທາງ​ <wu, ຄູ່ >
ວິທີທາງໄກ

-b - ຕົ້ນ​ໄມ້​ - ຄູ່ມື - ຕົ້ນໄມ້ <nj, upgma>
ແນະນຳວິທີການຕົ້ນໄມ້.

-z -zcutoff
ພາລາມິເຕີທີ່ໃຊ້ໃນການຄິດໄລ່ໄລຍະທາງໂດຍອີງໃສ່ wu-manber.

-i -ໃນ - ການ​ປ້ອນ​ຂໍ້​ມູນ​
ຊື່ຂອງໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ.

-o - ອອກ - ຜົນ​ຜະ​ລິດ​
ຊື່ຂອງໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ.

-a -gap_inc
ເພີ່ມທະວີການລົງໂທດຊ່ອງຫວ່າງຂຶ້ນກັບຈໍານວນຂອງຊ່ອງຫວ່າງທີ່ມີຢູ່ແລ້ວ.

-f - ຮູບ​ແບບ​ <ໄວ, msf, ແອນ, ກຸ່ມ, macsim>
ຮູບແບບຜົນຜະລິດ.

-q - ງຽບ
ພິມຫຍັງໃສ່ STDERR. ອ່ານບໍ່ມີຫຍັງຈາກ STDIN.

ຂໍ້ມູນອ້າງອິງ

· Timo Lassmann ແລະ Erik LL Sonnhammer (2005) Kalign - ຄວາມຫຼາກຫຼາຍທີ່ຖືກຕ້ອງແລະໄວ
ຂັ້ນຕອນການຈັດລໍາດັບລໍາດັບ. BMC Bioinformatics 6:298

· Timo Lassmann, Oliver Frings ແລະ Erik LL Sonnhammer (2009) Kalign2:
ການສອດຄ່ອງຫຼາຍອັນທີ່ມີປະສິດທິພາບສູງຂອງລໍາດັບທາດໂປຼຕີນແລະ nucleotide ອະນຸຍາດໃຫ້
ລັກສະນະພາຍນອກ. ການຄົ້ນຄວ້າອາຊິດນິວຄລີອິກ 3:858?865.

AUTHORS

Timo ລາສມັນ <timolassmann@gmail.com>
ຜູ້ຂຽນ Upstream ຂອງ Kalign.

Charles Plessy <plesy@debian.org>
ຂຽນ manpage.

COPYRIGHT

ສະຫງວນລິຂະສິດ © 2004, 2005, 2006, 2007, 2008 Timo Lassmann

Kalign ເປັນຊອບແວຟຣີ. ທ່ານ​ສາ​ມາດ​ແຈກ​ຢາຍ​ຄືນ​ໃຫມ່​ແລະ / ຫຼື​ປັບ​ປຸງ​ແກ້​ໄຂ​ມັນ​ພາຍ​ໃຕ້​ເງື່ອນ​ໄຂ​ຂອງ​
ໃບອະນຸຍາດສາທາລະນະທົ່ວໄປຂອງ GNU ທີ່ເຜີຍແຜ່ໂດຍມູນນິທິຊອບແວຟຣີ.

ຫນ້າຄູ່ມືນີ້ຖືກຂຽນໂດຍ Charles Plessyplesy@debian.org> ສໍາລັບ Debian(TM)
ລະບົບ (ແຕ່ອາດຈະຖືກນໍາໃຊ້ໂດຍຜູ້ອື່ນ). ການ​ອະ​ນຸ​ຍາດ​ແມ່ນ​ອະ​ນຸ​ຍາດ​ໃຫ້​ສໍາ​ເນົາ​, ແຈກ​ຢາຍ​ແລະ / ຫຼື​
ແກ້ໄຂເອກະສານນີ້ພາຍໃຕ້ເງື່ອນໄຂດຽວກັນກັບ kalign ຕົວຂອງມັນເອງ.

ໃນລະບົບ Debian, ຂໍ້ຄວາມທີ່ສົມບູນຂອງ GNU General Public License version 2 ສາມາດເປັນ
ພົບເຫັນຢູ່ໃນ /usr/share/common-licenses/GPL-2.

ໃຊ້ kalign ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net