ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ king-probe ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
king-probe - ປະເມີນແລະເບິ່ງເຫັນການຫຸ້ມຫໍ່ຂອງທາດໂປຼຕີນຈາກ interatomic
ລາຍລະອຽດ
Syntax: probe input.pdb >> out.kin
ຫຼື: probe [ທຸງ] "ຮູບແບບ src" ["ຮູບແບບເປົ້າຫມາຍ"] pdbfiles ... >> out.kin
ທຸງ:
- ຕົນເອງ ຕົວຕັດກັນເອງ: src -> src (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
-ທັງສອງ ຕັດກັນທັງສອງທາງ: src <=> targ
-ຄັ້ງດຽວ ຈຸດຕັດດຽວ: src -> targ
- ອອກ ດ້ານນອກ van der Waals ຂອງ src (ຫນ້າດິນຕິດຕໍ່ຕົວລະລາຍ)
-AUTObondrot ຊື່ເອກະສານ
ອ່ານ ແລະປະມວນຜົນໄຟລ໌ autobondrot
ທາງລັດ:
< > ເຊັ່ນດຽວກັນກັບ: -4 ຮ -mc - ເຮດ - ຕົນເອງ "altA ogt33"
- ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ຄືກັນກັບ: < >, ແຕ່ອະນຸຍາດໃຫ້ບາງທຸງອື່ນໆ
-SCSurface ຄືກັນກັບ: - ລຸດລົງ -rad1.4 - ອອກ "ບໍ່ແມ່ນນ້ໍາ"
-EXPOsed
ຄືກັນກັບ: - ລຸດລົງ -rad1.4 - ອອກ (ຫມາຍເຫດ: ຮູບແບບການອຸປະກອນຜູ້ໃຊ້)
- ດ້ານ
ຄືກັນກັບ: - ລຸດລົງ -rad0.0 - ເພີ່ມ 1.4 - ອອກ "ບໍ່ແມ່ນນ້ໍາ"
- ການເຂົ້າເຖິງ
ຄືກັນກັບ: - ລຸດລົງ -rad0.0 - ເພີ່ມ 1.4 - ອອກ (ຫມາຍເຫດ: ຮູບແບບການອຸປະກອນຜູ້ໃຊ້)
-SCAN0 ຄືກັນກັບ: -4 ຮ -mc - ຕົນເອງ "alta blt40 ogt33"
-SCAN1 ຄືກັນກັບ: -4 ຮ - ຄັ້ງດຽວ "sc alta blt40 ogt33" "alta blt40 ogt65, (ບໍ່ແມ່ນນ້ໍາ ogt33)"
-DUMPAtominfo
ນັບອະຕອມໃນການຄັດເລືອກ: src
(ສັງເກດວ່າທັງສອງແລະ ONCE ຕ້ອງການສອງຮູບແບບໃນຂະນະທີ່
OUT, ຕົວເອງແລະ DUMPATOMINFO ຕ້ອງການຮູບແບບດຽວເທົ່ານັ້ນ)
- ມີຄວາມໝາຍ
ໄຮໂດເຈນ implicit
- ສະຫຼຸບ
ໄຮໂດເຈນທີ່ຊັດເຈນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
-ຄວາມຫນາແຫນ້ນ#
ກໍານົດຄວາມຫນາແຫນ້ນຂອງຈຸດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 16 ຈຸດ/sq A)
- ລັດສະໝີ#.#
ຕັ້ງລັດສະໝີຂອງ probe (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0.25 A)
-ADDw#.#
ຊົດເຊີຍເພີ່ມໃສ່ Van der Waals radii (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0.0)
-SCALEvdw#.# ປັດໄຈຂະໜາດສຳລັບ Van der Waals radii (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 1.0)
-COSCale#.#
ຂະໜາດ C=O ຄາບອນ Van der Waals radii (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0.94)
- ເຂັມ ແຕ້ມ spike ແທນຈຸດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
- ເຂັມ#.#
ກໍານົດຂອບເຂດຂະຫນາດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 0.5)
-NOSpike
ແຕ້ມພຽງແຕ່ຈຸດ
-HBRປົກກະຕິ#.# ການທັບຊ້ອນກັນສູງສຸດສຳລັບ Hbonds ປົກກະຕິ(default=0.6)
-HBC charged#.# ການທັບຊ້ອນກັນສູງສຸດສຳລັບ Hbonds ທີ່ຄິດຄ່າແລ້ວ(default=0.8)
- ຮັກສາ ຮັກສາອະຕອມທີ່ບໍ່ເລືອກໄວ້ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
- ຫຼຸດ ຖິ້ມອະຕອມທີ່ບໍ່ເລືອກ
- ຈຳກັດ ຈໍາກັດຈຸດຕໍາ່ສຸດທີ່ສຸດໃນເວລາທີ່ kissing (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
-NOLIMit
ບໍ່ຈໍາກັດຈຸດຕໍາ
-LENs ເພີ່ມຄໍາສໍາຄັນຂອງເລນໃສ່ໄຟລ໌ kin
-NOLENs
ຢ່າເພີ່ມຄໍາສໍາຄັນຂອງເລນໃສ່ໄຟລ໌ kin (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
-MC ປະກອບມີ mainchain->ການໂຕ້ຕອບຂອງ mainchain
-HETs ລວມຈຸດໄປຫາກຸ່ມ HET ທີ່ບໍ່ແມ່ນນໍ້າ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
-NOHETs
ບໍ່ລວມຈຸດໄປຫາກຸ່ມ HET ທີ່ບໍ່ແມ່ນນໍ້າ
- ນໍ້າ
ຮວມຈຸດໃສ່ນ້ຳ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
- ປ່າສະຫງວນ
ບໍ່ລວມຈຸດໃສ່ນ້ໍາ
- ວັດ 2 ວັດ
ສະແດງຈຸດລະຫວ່າງນ້ໍາ
-DUMPH2O
ລວມເອົານ້ໍາ H? vectorlist ໃນຜົນຜະລິດ
-4 ຮ ຂະຫຍາຍການກໍາຈັດຈຸດຕ່ອງໂສ້ພັນທະບັດເປັນ 4 ສໍາລັບ H (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
-3 ຈຳກັດການກຳຈັດຈຸດຕ່ອງໂສ້ພັນທະບັດເປັນ 3
-2 ຈຳກັດການກຳຈັດຈຸດຕ່ອງໂສ້ພັນທະບັດເປັນ 2
-1 ຈຳກັດການກຳຈັດຈຸດຕ່ອງໂສ້ພັນທະບັດເປັນ 1
-ບໍ່ສົນໃຈ "ຮູບແບບ" ຫຼຸດລົງຢ່າງຈະແຈ້ງ: ບໍ່ສົນໃຈອະຕອມທີ່ເລືອກໂດຍຮູບແບບ
-DOCHO
ຮັບຮູ້ CH..O Hbonds
-CHO#.#
ປັດໄຈຂະໜາດຂອງຄະແນນ CH..O Hbond (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ=0.5)
-PolarH
ໃຊ້ radii ສັ້ນຂອງໄຮໂດເຈນຂົ້ວໂລກ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
-NOPolarH
ຫ້າມຫຼຸດ radii ຂອງໄຮໂດເຈນຂົ້ວໂລກ
-NOFACEhbond ບໍ່ໄດ້ລະບຸ HBonds ກັບໃບຫນ້າທີ່ມີກິ່ນຫອມ
- ຊື່ "ຊື່" ລະບຸຊື່ກຸ່ມ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ "ຈຸດ")
- DOTMASTER
ຊື່ກຸ່ມທີ່ໃຊ້ເປັນແມ່ແບບພິເສດ={name} ໃນລາຍຊື່
-NOGroup
ບໍ່ສ້າງ @group statement ໃນຮູບແບບ .kin output
-KINemage
ເພີ່ມ @kinemage 1 ຄໍາຖະແຫຼງທີ່ຢູ່ເທິງສຸດຂອງຜົນຜະລິດຮູບແບບ .kin
- ນັບຈຸດ
ຜະລິດຈໍານວນຈຸດ - ບໍ່ແມ່ນລາຍຊື່ຈຸດ
- ບໍ່ມີຂໍ້ມູນ
ສົ່ງຂໍ້ມູນຈຸດດິບ
ຊື່:pat:type:srcAtom:targAtom:mingap:gap:spX:
spY:spZ:spikeLen:score:stype:ttype:x:y:z:sBval:tBval:
-OFORMAT
output dot ຂໍ້ມູນທີ່ຈັດຮູບແບບສໍາລັບການສະແດງໃນ O
-XVFORMAT
ຂໍ້ມູນຈຸດທີ່ສົ່ງອອກທີ່ຈັດຮູບແບບສໍາລັບການສະແດງໃນ XtalView
-ONELINE
output one line :contacts:by:severity:type:
-GAPcolor
ຈຸດສີຕາມຈຳນວນຊ່ອງຫວ່າງ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
-ATOM ສີ
ຈຸດສີຕາມປະເພດປະລໍາມະນູ
-BASEcolor
ຈຸດສີຕາມປະເພດຖານອາຊິດນິວຄລີອິກ
-COLORBase
ຈຸດສີຕາມຊ່ອງຫວ່າງ ແລະປະເພດຖານອາຊິດນິວຄລີອິກ
-OUTCOLor "ຊື່" ລະບຸສີຈຸດສໍາລັບ - ອອກ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ "ສີຂີ້ເຖົ່າ")
-GAPWeight#
ກໍານົດນ້ໍາຫນັກສໍາລັບຊ່ອງຫວ່າງຄະແນນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0.25)
-BUMPWeight# ກຳນົດລະດັບຄວາມສຳພັນສຳລັບການໃຫ້ຄະແນນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 10.0)
-HBWeight#
ກຳນົດລະດັບຄວາມສຳພັນສຳລັບການໃຫ້ຄະແນນ Hbonds (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 4.0)
-DIVLow#.#
ການຈັດແບ່ງປະເພດ Bump (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ -04)
-DIV ສູງ#.#
ພະແນກສໍາລັບປະເພດການຕິດຕໍ່ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0.25)
-MINOCCupancy#.#
ທີ່ຢູ່ຂ້າງລຸ່ມນີ້ແມ່ນເທົ່າກັບສູນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0.02)
-ELEment
ເພີ່ມປຸ່ມຕົ້ນສະບັບສໍາລັບອົງປະກອບທີ່ແຕກຕ່າງກັນໃນຜົນຜະລິດ kin
-NOHBOUT
ຫ້າມສົ່ງຂໍ້ມູນການຕິດຕໍ່ສໍາລັບ HBonds
-NOCLASHOUT
ບໍ່ອອກການຕິດຕໍ່ສໍາລັບການປະທະກັນ
-NOVDWOUT
ຢ່າສົ່ງຂໍ້ມູນການຕິດຕໍ່ສໍາລັບການໂຕ້ຕອບ van der Waals
- ພຽງແຕ່BADOUT
onlybadout ສົ່ງອອກການປະທະກັນທີ່ບໍ່ດີ (ຕິດຕໍ່ພົວພັນການຊ້ອນກັນຢ່າງຮຸນແຮງ)
- ບົດສະຫຼຸບ
ຜົນຜະລິດສະຫຼຸບບັນຊີລາຍຊື່ຂອງການຕິດຕໍ່ແລະການປະທະກັນ
-ONELINE
ບັນຊີລາຍຊື່ສະຫຼຸບຜົນໄດ້ຮັບຢູ່ໃນເສັ້ນດຽວ
-ໝາຍເຫດ
ບໍ່ສະແດງ ticker ຊື່ residue ໃນລະຫວ່າງການປະມວນຜົນ
-STBONDs
ສົມມຸດພຽງແຕ່ຮູບແບບການຜູກມັດມາດຕະຖານໃນ residue ມາດຕະຖານ
-NOPArent
ຢ່າຜູກມັດ hydrogens ໂດຍອີງໃສ່ຕາຕະລາງຂອງອາຕອມຫນັກຂອງພໍ່ແມ່
-SEGID ໃຊ້ພາກສະຫນາມ PDB SegID ເພື່ອກໍານົດລະຫວ່າງ residues
-OLDU ສ້າງແບບເກົ່າ -u ຜົນຜະລິດ: kissEdge2BullsEye, ແລະອື່ນໆ
- Verbose
ໂໝດ verbose (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
- ອ້າງອີງ
ສະແດງສະຕຣິງອ້າງອີງ
- ການປ່ຽນແປງ
ສະແດງບັນຊີລາຍຊື່ຂອງການປ່ຽນແປງໂຄງການ
- ງຽບ ໂໝດງຽບ
- ຊ່ວຍເຫຼືອ ສະແດງໃຫ້ເຫັນແຈ້ງການການຊ່ວຍເຫຼືອຂະຫຍາຍ (ລວມທັງທຸງອື່ນໆ)
-VERSION
ສະບັບແຖວຫນຶ່ງເພື່ອ stdout
ອົງປະກອບຮູບແບບ: (ຄວນໃສ່ໃນວົງຢືມໃນແຖວຄໍາສັ່ງ)
FILE# ພາຍໃນໄຟລ໌ #
MODEL# ພາຍໃນຕົວແບບ #
ໄຊນາ
ພາຍໃນລະບົບຕ່ອງໂສ້ ກ
SEGaaaa
segment identifier aaaa (ທີ່ _ ເປັນຕົວແທນຫວ່າງເປົ່າ)
ການຈັດລຽງສະລັບກັນຂອງ ALTA a
ATOMaaaa
ຊື່ອະຕອມ aaaa (ບ່ອນທີ່ _ ເປັນຕົວແທນຫວ່າງເປົ່າ) (ທັງ 4 ຕົວອັກສອນຖືກໃຊ້ເພື່ອ H ຈະເປັນ
ATOM_H__)
ຕົກຄ້າງ RESaaa aaa
#ສານຕົກຄ້າງ #
#a residue #, ໃສ່ a
#-# ໄລຍະ residue # (ໃສ່ລະຫັດບໍ່ສົນໃຈ)
ປະເພດ residue ໂດຍລະຫັດຕົວອັກສອນດຽວ (ເຊັ່ນ: y)
aaa ປະເພດ residue ໂດຍສາມລະຫັດຕົວອັກສອນ (ເຊັ່ນ: tyr)
ທັງໝົດ, ໂປຣຕີນ, MC, SC, BASE, ALPHA, ເບຕ້າ, ໄນໂຕຣເຈນ, ຄາບອນ,
ອົກຊີເຈນ, ຊູນຟູຣິກ, ຟົດສະຟໍຣັດ, ໄຮໂດຣເຈນ, ໂລຫະ, ຂົ້ວໂລກ,
NONPOLAR, ຮຽກເກັບ, ຜູ້ໃຫ້ທຶນ, ຜູ້ຮັບ, ກິ່ນຫອມ, methyl, HET, ນ້ໍາ, DNA, RNA
ທັງໝົດ ຫຼືຊຸດຍ່ອຍຂອງອະຕອມ
OLT# ການຄອບຄອງໜ້ອຍກວ່າ # (ຈຳນວນເຕັມເປີເຊັນ)
OGT# ການຄອບຄອງຫຼາຍກວ່າ # (ຈຳນວນເຕັມເປີເຊັນ)
BLT# B-value ຫນ້ອຍກວ່າ # (ຈໍານວນເຕັມ)
BGT# B-value ຫຼາຍກວ່າ # (ຈໍານວນເຕັມ)
INSa ໃສ່ລະຫັດ a (ບ່ອນທີ່ _ ເປັນຕົວແທນຫວ່າງເປົ່າ)
ພາຍໃນ #.# ຂອງ #.#, #.#, #.#
ປະລໍາມະນູພາຍໃນໄລຍະຫ່າງຈາກຈຸດ
ຮູບແບບສາມາດຖືກລວມເຂົ້າກັນເປັນລາຍການທີ່ແຍກດ້ວຍເຄື່ອງໝາຍຈຸດເຊັ່ນ "trp,phe,tyr".
TRP ຫຼື PHE ຫຼື TYR.
ຮູບແບບທີ່ແຍກອອກໂດຍຊ່ອງຫວ່າງທັງໝົດຈະຕ້ອງເປັນຄວາມຈິງເຊັ່ນ "ຕ່ອງໂສ້ 1-5" ຄວາມຫມາຍ.
ຕົກຄ້າງ 1 ຫາ 5 ໃນຕ່ອງໂສ້ B.
ທ່ານຍັງສາມາດຈັດກຸ່ມຮູບແບບທີ່ມີວົງເລັບ, ແຍກຫຼາຍຮູບແບບດ້ວຍ |
ຫມາຍຄວາມວ່າ 'ຫຼື' ແລະເລືອກສ່ວນເສີມກັບ NOT ຄືກັບ "not file1" ຫມາຍຄວາມວ່າບໍ່ຢູ່ໃນ
ໄຟລ໌ 1.
ໄຟລ໌ autobondrot ແມ່ນຄ້າຍຄືກັນກັບໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ PDB ອື່ນໆ ແຕ່ມັນປະກອບມີຂໍ້ມູນ
ການກໍານົດອະຕອມຂຶ້ນກັບການຫມຸນແລະການຫັນປ່ຽນອື່ນໆ.
ຕົວຢ່າງຊິ້ນສ່ວນໄຟລ໌ autobondrot ສະແດງໃຫ້ເຫັນການຫມຸນພັນທະບັດ Calpha-Cbeta ແລະເປັນໄລຍະ
ຟັງຊັນການລົງໂທດ torsion ສໍາລັບການຫມຸນນີ້
ATOM 1 CB TYR 61 34.219 17.937 4.659 1.00 0.00.
bondrot:chi1:78.7:
0:359:5:33.138:18.517: 5.531:34.219:17.937: 4.659
cos:-3:60:3: ATOM 1 1HB TYR 61 34.766 18.777 4.206 1.00 0.00
ATOM 1 2HB TYR 61 34.927 17.409 5.315 1.00 0.00 ATOM 1 CG
TYR 61 33.836 16.989 3.546 1.00 0.00 ...
ຄໍາສັ່ງ Autobondrot ໃຊ້ຈໍ້າສອງເມັດເພື່ອແຍກຄ່າ Transformations:
BONDROT:id:currAng:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2
TRANS: id:currpos:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2
NULL # dummy
ຟັງຊັນ Bias:
COS:scale:phaseOffset:frequency POLY:scale:offset:polynomialDegree CONST:value
ສາຂາ:
ບັນທຶກແລະຟື້ນຟູຫຼື "(" ແລະ ")"
(ເຊັ່ນ: ການຫມຸນແຕ່ລະ Chi ແລະ methyls ສໍາລັບ isoleucine ໄດ້
ລໍາດັບແມ່ນ: rotChi1/SAVE/rotChi2/rotCD1/RESTORE/rotCG2)
ກຳນົດທິດທາງ: GO:angle1:angle2:... ລວມໄຟລ໌: @filename ຄຳເຫັນ:
# ຂໍ້ຄວາມສະແດງຄວາມຄິດເຫັນ
probe: ສະບັບ 2.13.110909, ສະຫງວນລິຂະສິດ 1996-2011, J. Michael Word
ໃຊ້ king-probe ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net