pbalign - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

pbalign - ການສ້າງແຜນທີ່ລໍາດັບ PacBio ກັບການອ້າງອີງ

ລາຍລະອຽດ

ການນໍາໃຊ້: pbalign [-h] [--verbose] [--version] [--profile] [--debug]

[--regionTable REGIONTABLE] [--configFile CONFIGFILE] [--pulseFile PULSEFILE]
[--algorithm {blasr, bowtie, gmap}] [--maxHits MAXHITS] [--minAnchorSize
MINANCHORSIZE] [--useccs {useccs,useccsall,useccsdenovo}] [--noSplitSubreads]
[--concordant] [--nproc NPROC] [--algorithmOptions ALGORITHMOPTIONS]
[--maxDivergence MAXDIVERGENCE] [--minaccuracy MINACCURACY] [--minLength MINLENGTH]
[--scoreFunction {alignerscore,editdist,blasrscore}] [--scoreCutoff SCORECUTOFF]
[--hitPolicy {randombest,allbest,random,all,leftmost}] [--filterAdapterOnly]
[--forQuiver] [--loadQVs] [--byread] [--metrics METRICS] [--seed SEED] [--tmpDir
TMPDIR] inputFileName referencePath outputFileName

ການສ້າງແຜນທີ່ PacBio ລໍາດັບການອ້າງອີງໂດຍໃຊ້ສູດການຄິດໄລ່ທີ່ເລືອກຈາກການຄັດເລືອກ
ຮອງຮັບລະບົບການຈັດຮຽງແຖວຄຳສັ່ງ. ການປ້ອນຂໍ້ມູນສາມາດເປັນ fasta, pls.h5, bas.h5 ຫຼື
ccs.h5 ໄຟລ໌ຫຼື fofn (ໄຟລ໌ຊື່ໄຟລ໌). ຜົນຜະລິດແມ່ນຢູ່ໃນຮູບແບບ cmp.h5 ຫຼື sam.

ຕຳ ແໜ່ງ ການໂຕ້ຖຽງ:
inputFileName
ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນສາມາດເປັນໄຟລ໌ fasta, plx.h5, bax.h5, ccs.h5 ຫຼື fofn.

ເສັ້ນທາງອ້າງອີງ
ບໍ່ວ່າຈະເປັນໄຟລ໌ fasta ອ້າງອີງ ຫຼືບ່ອນເກັບຂໍ້ມູນອ້າງອີງ.

outputFileName
ຜົນຜະລິດ cmp.h5 ຫຼືໄຟລ໌ sam.

ທາງເລືອກ ການໂຕ້ຖຽງ:
-h, - ຊ່ວຍ
ສະແດງຂໍ້ຄວາມຊ່ວຍເຫຼືອນີ້ ແລະອອກ

-- verbose, -v
ກໍານົດລະດັບ verbosity

- ການປ່ຽນແປງ
ສະ​ແດງ​ຕົວ​ເລກ​ສະ​ບັບ​ຂອງ​ໂຄງ​ການ​ແລະ​ອອກ​

--ໂປຣໄຟລ໌
ພິມໂປຣໄຟລ໌ເວລາແລ່ນຢູ່ທາງອອກ

--debug
ຈັບຂໍ້ຍົກເວັ້ນໃນ debugger (ຕ້ອງການ ipdb)

--ຕາຕະລາງພາກພື້ນ ພາກພື້ນ
ລະບຸຕາຕະລາງພາກພື້ນສໍາລັບການກັ່ນຕອງການອ່ານ.

--configFile ຕັ້ງຄ່າ
ລະບຸຊຸດຂອງຄ່າ argument ທີ່ກໍານົດໂດຍຜູ້ໃຊ້.

--pulseFile PULSEFILE
ເມື່ອການປ້ອນຂໍ້ມູນອ່ານຢູ່ໃນຮູບແບບ fasta ແລະຜົນຜະລິດແມ່ນ cmp.h5 ທາງເລືອກນີ້ສາມາດລະບຸໄດ້
pls.h5 ຫຼື bas.h5 ຫຼື FOFN ໄຟລ໌ທີ່ວັດແທກກໍາມະຈອນສາມາດໂຫຼດໄດ້ສໍາລັບ Quiver.

-- ສູດການຄິດໄລ່ { blasr, bowtie, gmap}
ເລືອກອັນໜຶ່ງຈາກ ('blasr', ' bowtie', 'gmap'). ສູດການຄິດໄລ່ເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ blasr.

--maxHits MAXHITS
ຈໍາ​ນວນ​ສູງ​ສຸດ​ຂອງ​ການ​ແຂ່ງ​ຂັນ​ຂອງ​ແຕ່​ລະ​ຄົນ​ທີ່​ອ່ານ​ກັບ​ລໍາ​ດັບ​ການ​ອ້າງ​ອີງ​ທີ່​ຈະ​ເປັນ​
ການ​ປະ​ເມີນ​ຜົນ​. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 10.

--minAnchorSize MINANCHORSIZE
ຂະໜາດສະມໍຕ່ຳສຸດກຳນົດຄວາມຍາວຂອງການອ່ານທີ່ຕ້ອງກົງກັບ
ລໍາດັບອ້າງອີງ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 12.

--useccs {useccs,useccsall,useccsdenovo}
ແຜນທີ່ ccsSequence ກັບ genome ທໍາອິດ, ຫຼັງຈາກນັ້ນຈັດລໍາດັບ subreads ກັບໄລຍະຫ່າງນັ້ນ
CCS ອ່ານແຜນທີ່.

useccs: ພຽງແຕ່ແຜນທີ່ຍ່ອຍທີ່ຂະຫຍາຍຄວາມຍາວຂອງ
ແມ່ແບບ.

useccsall: ແຜນທີ່ການອ່ານຍ່ອຍທັງໝົດ.
useccsdenovo: ແຜນທີ່ ccs ເທົ່ານັ້ນ.

--noSplitSubreads
ຢ່າແຍກການອ່ານອອກເປັນ subreads ເຖິງແມ່ນວ່າມີພື້ນທີ່ການອ່ານຍ່ອຍ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ຄ່າແມ່ນບໍ່ຖືກຕ້ອງ.

--ສອດຄ່ອງ
ແຜນທີ່ຍ່ອຍຍ່ອຍຂອງ ZMW ໄປຫາສະຖານທີ່ genomic ດຽວກັນ.

--nproc NPROC
ຈໍານວນຂອງກະທູ້. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 8.

--algorithmOptions ALGORITHMOPTIONS
ຜ່ານທາງເລືອກການຈັດຕໍາແຫນ່ງຜ່ານ.

--maxDivergence MAXDIVERGENCE
ຄວາມແຕກຕ່າງເປີເຊັນສູງສຸດທີ່ອະນຸຍາດໃຫ້ອ່ານຈາກລໍາດັບອ້າງອີງ.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 30.

--minaccuracy MINACURACY
ຄວາມຖືກຕ້ອງຂອງອັດຕາສ່ວນຕໍ່າສຸດຂອງການຈັດຕໍາແຫນ່ງທີ່ຈະໄດ້ຮັບການປະເມີນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ແມ່ນ 70.

-- ຄວາມຍາວນາທີ MINLENGTH
ຄວາມຍາວການອ່ານຕໍາ່ສຸດທີ່ຂອງການຈັດຕໍາແຫນ່ງທີ່ຈະໄດ້ຮັບການປະເມີນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ແມ່ນ 50.

--scoreFunction {alignerscore,editdist,blsrscore}
ກໍານົດຫນ້າທີ່ຄະແນນສໍາລັບການປະເມີນການຈັດຕໍາແຫນ່ງ.

alignerscore : ຄະແນນຂອງ aligner ໃນແທັກ SAM 'as'.
editdist : ແກ້ໄຂໄລຍະຫ່າງລະຫວ່າງການອ່ານແລະການອ້າງອີງ. blasrscore : blasr ຂອງ
ຟັງຊັນຄະແນນເລີ່ມຕົ້ນ.

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ alignerscore.

--ຄະແນນຕັດ SCORECUTOFF
ຄະແນນທີ່ບໍ່ດີທີ່ສຸດທີ່ຈະອອກການຈັດລໍາດັບ.

--hitPolicy {randombest,allbest,ສຸ່ມ,ທັງໝົດ,ຊ້າຍສຸດ}
ລະບຸນະໂຍບາຍສໍາລັບວິທີການປິ່ນປົວຫຼາຍຕີ

Random : ເລືອກການຕີແບບສຸ່ມ.

ທັງ​ຫມົດ : ເລືອກ hits ທັງ​ຫມົດ​.

ດີທີ່ສຸດ
: ເລືອກທຸກຄະແນນທີ່ດີທີ່ສຸດ hits.

Randombest: ເລືອກການຕີແບບສຸ່ມຈາກການຕີຄະແນນດີທີ່ສຸດທັງໝົດ.
ຊ້າຍ​ສຸດ​: ເລືອກ hit ທີ່​ມີ​ຄະ​ແນນ​ທີ່​ດີ​ທີ່​ສຸດ​ແລະ​ໄດ້​

ການປະສານງານແຜນທີ່ນ້ອຍທີ່ສຸດໃນການອ້າງອີງໃດໆ.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນແບບສຸ່ມທີ່ສຸດ.

--filterAdapterOnly
ຖ້າລະບຸໄວ້, ຢ່າລາຍງານການກົດດັນຂອງອະແດັບເຕີເທົ່ານັ້ນໂດຍໃຊ້ຄຳອະທິບາຍປະກອບທີ່ມີການອ້າງອີງ
entry

--forQuiver
ໄຟລ໌ cmp.h5 ຜົນຜະລິດທີ່ຈະຖືກຈັດຮຽງ, ໂຫຼດຂໍ້ມູນກໍາມະຈອນ QV, ແລະ
repacked, ດັ່ງນັ້ນມັນສາມາດໄດ້ຮັບການບໍລິໂພກໂດຍ quiver ໂດຍກົງ. ນີ້ຮຽກຮ້ອງໃຫ້ມີການປ້ອນຂໍ້ມູນ
ໄຟລ໌ທີ່ຈະຢູ່ໃນຮູບແບບ PacBio bas/pls.h5, ແລະ --useccs ຈະຕ້ອງບໍ່ມີ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ
ບໍ່ຖືກຕ້ອງ.

--loadQVs
ຄ້າຍ​ຄື​ກັບ --forQuiver, ຄວາມແຕກຕ່າງພຽງແຕ່ວ່າ --useccs ສາມາດລະບຸໄດ້.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນຜິດ.

--ອ່ານ
ໂຫຼດຂໍ້ມູນກໍາມະຈອນໂດຍໃຊ້ - ອ່ານ ທາງ​ເລືອກ​ແທນ​ທີ່​ຈະ​ເປັນ​ -bymetric. ພຽງແຕ່ເຮັດວຽກໃນເວລາທີ່
--forQuiver or --loadQVs ຖືກກໍານົດ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນຜິດ.

--metrics ມທ
ໂຫຼດຕົວຊີ້ວັດທີ່ລະບຸ (ລາຍການທີ່ຂັ້ນດ້ວຍເຄື່ອງໝາຍຈຸດ) ແທນການວັດແທກມາດຕະຖານ
ຕ້ອງການໂດຍ quiver. ທາງເລືອກນີ້ເຮັດວຽກພຽງແຕ່ເມື່ອ --forQuiver or --loadQVs ຖືກກໍານົດ.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ລຶບ QV, ລຶບແທັກ, ການແຊກ QV, ຮວມ QV, ການປ່ຽນແທນ QV

-- ແກ່ນ ແກ່ນ
ເລີ່ມຕົ້ນຕົວສ້າງຕົວເລກແບບສຸ່ມດ້ວຍຈຳນວນເຕັມທີ່ບໍ່ມີສູນ. Zero ຫມາຍຄວາມວ່າ
ເວລາລະບົບປະຈຸບັນຖືກນໍາໃຊ້. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 1.

--tmpDir TMPDIR
ລະບຸໄດເລກະທໍລີເພື່ອບັນທຶກໄຟລ໌ຊົ່ວຄາວ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ / ຮອຍຂີດຂ່ວນ.

ໃຊ້ pbalign ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net