prank - ອອນໄລນ໌ຢູ່ໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

prank - ຄິດໄລ່ການຈັດຮຽງລຳດັບຫຼາຍອັນທີ່ເປັນໄປໄດ້

ສະຫຼຸບສັງລວມ

prank sequence_file

prank [ຕົວກໍານົດການທາງເລືອກ] -d=sequence_file [ຕົວກໍານົດການທາງເລືອກ]

ລາຍລະອຽດ

ຊຸດ Probabilistic Alignment (PRANK) ແມ່ນໂຄງການການຈັດຮຽງຫຼາຍອັນທີ່ອາດຈະເປັນໄປໄດ້
DNA, codon ແລະລໍາດັບອາຊິດ amino. ມັນອີງໃສ່ສູດການຄິດໄລ່ນະວະນິຍາຍທີ່ປິ່ນປົວ
insertions ຢ່າງຖືກຕ້ອງແລະຫຼີກເວັ້ນການເກີນການຄາດຄະເນຂອງຈໍານວນຂອງເຫດການລຶບ.

ນອກຈາກນັ້ນ, PRANK ຢືມແນວຄວາມຄິດຈາກວິທີການທີ່ເປັນໄປໄດ້ສູງສຸດທີ່ໃຊ້ໃນ phylogenetics ແລະ
ຢ່າງຖືກຕ້ອງໃຊ້ເວລາເຂົ້າໄປໃນບັນຊີຂອງໄລຍະຫ່າງ evolutionary ລະຫວ່າງລໍາດັບ. ສຸດທ້າຍ, PRANK
ອະ​ນຸ​ຍາດ​ໃຫ້​ສໍາ​ລັບ​ການ​ກໍາ​ນົດ​ໂຄງ​ສ້າງ​ທີ່​ເປັນ​ໄປ​ໄດ້​ສໍາ​ລັບ​ການ​ລໍາ​ດັບ​ທີ່​ຈະ​ສອດ​ຄ່ອງ​ແລະ​ຫຼັງ​ຈາກ​ນັ້ນ​,
ພ້ອມໆກັນກັບການສອດຄ່ອງ, ຄາດຄະເນສະຖານທີ່ຂອງຫນ່ວຍງານໂຄງສ້າງໃນ
ລໍາດັບ.

OPTIONS

INPUT / OUTPUT PARAMETERS
-d=sequence_file
ໄຟລ໌ລໍາດັບການປ້ອນຂໍ້ມູນໃນຮູບແບບ FASTA.

-t=tree_file
ໄຟລ໌ຕົ້ນໄມ້ທີ່ຈະໃຊ້. ຖ້າບໍ່ໄດ້ຕັ້ງ, ຕົ້ນໄມ້ NJ ໂດຍປະມານຈະຖືກສ້າງຂຶ້ນ.

-o=output_file
ຕັ້ງຊື່ຂອງໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ. ຖ້າບໍ່ໄດ້ຕັ້ງ, output_file ຖືກກໍານົດໃຫ້ output.

-f=output_format
ກໍານົດຮູບແບບຜົນຜະລິດ. output_format ສາມາດເປັນຫນຶ່ງໃນ ໄວ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ), ຟີລິບປີ,
ຟີລິບ, paml, ຫຼື nexus.

-m=model_file
ໄຟລ໌ຕົວແບບທີ່ຈະໃຊ້. ຖ້າບໍ່ໄດ້ຕັ້ງ, model_file ຖືກກໍານົດໃຫ້ HKY2/WAG.

ສະ ໜັບ ສະ ໜູນ
ສະຫນັບສະຫນູນດ້ານຫລັງຂອງຄອມພິວເຕີ້.

-showxml
ການຈັດຮຽງຜົນຜະລິດ xml-file.

- ຕົ້ນ​ສະ​ແດງ​
ຄູ່ມືການຈັດວາງຜົນຜະລິດ.

- ສະ​ແດງ​ໃຫ້​ເຫັນ​
ຜົນຜະລິດລໍາດັບບັນພະບູລຸດ.

- ຫໍ
ຜົນຜະລິດທັງຫມົດເຫຼົ່ານີ້.

- ຜູ້​ມີ​ຊື່​ສຽງ​
ຢ່າໃຊ້ Exonerate anchoring. (Exonerate ທີ່ຈະຕິດຕັ້ງແຍກຕ່າງຫາກ.)

-nomafft
ຢ່າໃຊ້ MAFFT ສໍາລັບຕົ້ນໄມ້ແນະນໍາ. (MAFFT ຈະຖືກຕິດຕັ້ງແຍກຕ່າງຫາກ.)

-njtree ຄາດຄະເນຕົ້ນໄມ້ຈາກການຈັດຮຽງຂໍ້ມູນເຂົ້າ (ແລະຈັດຮຽງໃໝ່).

- ຊື່​ສັ້ນ​
ຕັດຊື່ໃສ່ຕົວອັກສອນຍະຫວ່າງທຳອິດ.

- ງຽບ ຫຼຸດຜ່ອນຜົນຜະລິດ.

ການຈັດການ ລວມ
-d1=alignment_file
ໄຟລ໌ການຈັດລໍາດັບການປ້ອນຂໍ້ມູນທໍາອິດໃນຮູບແບບ FASTA.

-d2=alignment_file
ໄຟລ໌ການຈັດຮຽງທີ່ສອງໃນຮູບແບບ FASTA.

-t1=tree_file
ໄຟລ໌ຕົ້ນໄມ້ສໍາລັບການຈັດລໍາດັບທໍາອິດ. ຖ້າບໍ່ໄດ້ຕັ້ງ, ຕົ້ນໄມ້ NJ ປະມານແມ່ນ
ສ້າງຂຶ້ນ.

-t2=tree_file
ໄຟລ໌ຕົ້ນໄມ້ສໍາລັບການຈັດລໍາດັບທີສອງ. ຖ້າບໍ່ໄດ້ຕັ້ງ, ຕົ້ນໄມ້ NJ ປະມານແມ່ນ
ສ້າງຂຶ້ນ.

MODEL PARAMETERS
-F, +F ບັງຄັບໃຫ້ຊ່ອງແຊກຖືກຂ້າມສະເໝີ.

-gaprate=#
ກໍານົດອັດຕາການເປີດຊ່ອງຫວ່າງ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0.025 ສໍາລັບ DNA ແລະ 0.005 ສໍາລັບທາດໂປຼຕີນ.

-gapext=#
ກໍານົດຄວາມເປັນໄປໄດ້ຂອງການຂະຫຍາຍຊ່ອງຫວ່າງ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0.75 ສໍາລັບ DNA ແລະ 0.5 ສໍາລັບການ
ໂປຣຕີນ.

-codon ໃຊ້ຕົວແບບ codon empirical ສໍາລັບການຂຽນລະຫັດ DNA.

- DNA, -ໂປຣ​ຕີນ
ໃຊ້ຕົວແບບ DNA ຫຼືທາດໂປຼຕີນ, ຕາມລໍາດັບ. ປິດໃຊ້ງານການຊອກຄົ້ນຫາແບບອັດຕະໂນມັດ.

-termgap
ລົງໂທດຊ່ອງຫວ່າງຢູ່ປາຍຍອດຕາມປົກກະຕິ.

- ນາມ
ບໍ່ມີຂໍ້ມູນທີ່ຂາດຫາຍໄປ. ໃຊ້ -F ສໍາລັບຊ່ອງຫວ່າງຢູ່ປາຍຍອດ.

- ຮັກສາ ຢ່າເອົາຊ່ອງຫວ່າງອອກຈາກລໍາດັບທີ່ວາງໄວ້ກ່ອນ.

ອື່ນໆ PARAMETERS
-iterate=#
ຮອບ​ຂອງ​ການ iteration re-alignment; ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, iterate ຫ້າເທື່ອແລະຮັກສາທີ່ດີທີ່ສຸດ
ຜົນໄດ້ຮັບ.

- ຄັ້ງດຽວ ແລ່ນພຽງແຕ່ຄັ້ງດຽວ. ຄືກັນກັບ -iterate=1.

- prunetree
ກິ່ງງ່າຂອງຕົ້ນໄມ້ນຳທາງ Prune ໂດຍບໍ່ມີຂໍ້ມູນລຳດັບ.

-prunedata
ຂໍ້ມູນລຳດັບ prune ທີ່ບໍ່ມີໃບແນະນຳ.

-uselogs
ຊ້າກວ່າແຕ່ຄວນເຮັດວຽກໃຫ້ຫຼາຍລໍາດັບ.

- ແປ
ແປຂໍ້ມູນປ້ອນເຂົ້າເປັນລໍາດັບທາດໂປຼຕີນ.

-mttranslate
ແປຂໍ້ມູນປ້ອນເຂົ້າເປັນລໍາດັບທາດໂປຼຕີນໂດຍໃຊ້ຕາຕະລາງ mt.

- ແປງ
ບໍ່ສອດຄ່ອງ, ພຽງແຕ່ປ່ຽນເປັນຮູບແບບທີ່ແຕກຕ່າງກັນ.

-dna=dna_sequence_file
ໄຟລ໌ລໍາດັບ DNA ສໍາລັບການແປຄືນຂອງການຈັດລໍາດັບທາດໂປຼຕີນ.

-ຊ່ວຍ ສະ​ແດງ​ຫນ້າ​ຊ່ວຍ​ເຫຼືອ​ຂະ​ຫຍາຍ​ທີ່​ມີ​ທາງ​ເລືອກ​ເພີ່ມ​ເຕີມ​.

-ການປ່ຽນແປງ
ສະແດງເວີຊັນ ແລະກວດສອບການອັບເດດ.

AUTHORS

prank ໄດ້ຖືກຂຽນໂດຍ Ari Lotynoja.

ຫນ້າຄູ່ມືນີ້ໄດ້ຖືກຂຽນໃນເບື້ອງຕົ້ນໂດຍ Manuel Prinzmanuel@debian.org> ສໍາລັບ Debian
ໂຄງການ (ແລະອາດຈະຖືກນໍາໃຊ້ໂດຍຜູ້ອື່ນ).

ໃຊ້ prank ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net