ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ seqfragglee ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
seqfraggle - ເອົາ fragment sequences ຈາກໄຟລ໌ DHF.
ສະຫຼຸບສັງລວມ
seqfraggle -dhfinpath ບັນຊີລາຍການ - ຟາດ integer -dhfoutdir ຂີ້ຮ້າຍ
seqfraggle -ຊ່ວຍ
ລາຍລະອຽດ
seqfraggle ແມ່ນໂຄງການເສັ້ນຄໍາສັ່ງຈາກ EMBOSS ("The European Molecular Biology Open
Software Suite”). ມັນເປັນສ່ວນຫນຶ່ງຂອງກຸ່ມຄໍາສັ່ງ "Protein: 3D Structure".
OPTIONS
ການປ້ອນຂໍ້ມູນ ສ່ວນ
-dhfinpath ບັນຊີລາຍການ
ຕົວເລືອກນີ້ລະບຸສະຖານທີ່ຂອງໄຟລ໌ DHF (ໂດເມນ hits ໄຟລ໌) ຫຼືລໍາດັບອື່ນໆ
ໄຟລ໌ (ການປ້ອນຂໍ້ມູນ). 'domain hits file' ມີຖານຂໍ້ມູນ hits (ລໍາດັບ) ກັບໂດເມນ
ຂໍ້ມູນການຈັດປະເພດ, ໃນຮູບແບບ FASTA ຫຼື EMBL. hits ແມ່ນພີ່ນ້ອງກັບ SCOP
ຫຼືຄອບຄົວ CATH ແລະຖືກພົບເຫັນຈາກການຄົ້ນຫາຖານຂໍ້ມູນລໍາດັບ. ໄຟລ໌ທີ່ບັນຈຸ
hits ດຶງມາໂດຍ PSIBLAST ແມ່ນສ້າງຂຶ້ນໂດຍໃຊ້ SEQSEARCH. ອີກທາງເລືອກ, SEQFRAGGLE
ຈະຍອມຮັບຊຸດລໍາດັບຫຼືລໍາດັບໃນຮູບແບບທົ່ວໄປໃດໆ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ./
ທີ່ກໍານົດໄວ້ ສ່ວນ
- ຟາດ integer
ຕົວເລືອກນີ້ກໍານົດອັດຕາສ່ວນຂອງຄວາມຍາວປານກາງສໍາລັບຄໍານິຍາມຂອງຊິ້ນສ່ວນ.
SEQFRAGGLE ທໍາອິດກໍານົດຄວາມຍາວປານກາງຂອງລໍາດັບທັງຫມົດໃນໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ,
ຫຼັງຈາກນັ້ນປະຖິ້ມລໍາດັບ hit ໃດທີ່ບໍ່ໄດ້ຢູ່ພາຍໃນອັດຕາສ່ວນຂອງ
ຄວາມຍາວປານກາງ. ລໍາດັບທີ່ຍັງເຫຼືອແມ່ນຂຽນໃສ່ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ:
50
ຜົນຜະລິດ ສ່ວນ
-dhfoutdir ຂີ້ຮ້າຍ
ທາງເລືອກນີ້ກໍານົດສະຖານທີ່ຂອງໄຟລ໌ DHF (ໂດເມນ hits ໄຟລ໌) (ຜົນຜະລິດ). ກ
'domain hits file' ມີຖານຂໍ້ມູນ hits (ລໍາດັບ) ທີ່ມີການຈັດປະເພດໂດເມນ
ຂໍ້ມູນ, ໃນຮູບແບບ FASTA ຫຼື EMBL. ຍອດນິຍົມແມ່ນຍາດພີ່ນ້ອງກັບຄອບຄົວ SCOP ຫຼື CATH
ແລະພົບເຫັນຈາກການຄົ້ນຫາຖານຂໍ້ມູນລໍາດັບ. ໄຟລ໌ທີ່ບັນຈຸ hits ດຶງມາໂດຍ
PSIBLAST ຖືກສ້າງຂື້ນໂດຍໃຊ້ SEQSEARCH. ອີກທາງເລືອກ, SEQFRAGGLE ຈະຂຽນຜົນຜະລິດ
ໄຟລ໌ໃນຮູບແບບທົ່ວໄປໃດໆ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ./
ໃຊ້ seqfragglee ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net