ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ theseus_align ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
theseus_align - ວິທີທີ່ໄວແລະເປື້ອນເພື່ອ superimpose ທາດໂປຼຕີນ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
theseus_align [ເຫຼົ່ານີ້ ທາງເລືອກໃນການ] -f pdbfile1.pdb pdbfile2.pdb ...
OPTIONS
ທາງເລືອກທີ່ໄດ້ຮັບໃຫ້ສະຄິບຈະໄດ້ຮັບການສົ່ງຕໍ່ກັບ ເຫຼົ່ານີ້. ສໍາລັບລາຍລະອຽດຄົບຖ້ວນສົມບູນ,
ເບິ່ງຫນ້າຜູ້ຊາຍສໍາລັບ ເຫຼົ່ານີ້ (1).
ລາຍລະອຽດ
ໜ້າຄູ່ມືນີ້ ບັນທຶກສະຄຣິບໂດຍຫຍໍ້ theseus_align, ຖືກອອກແບບສໍາລັບການໄວ -
ແລະວິທີການເປື້ອນຂອງທາດໂປຼຕີນຈາກ ML superposition ທີ່ມີລໍາດັບທີ່ແຕກຕ່າງກັນ. ມັນຄວນຈະເຮັດວຽກຫຼາຍ
ດີໃນເວລາທີ່ລໍາດັບທາດໂປຼຕີນແມ່ນຂ້ອນຂ້າງຄ້າຍຄືກັນ, ເຖິງແມ່ນວ່າວິທີການ ML ຈະຍັງ
ໃຫ້ຜົນໄດ້ຮັບທີ່ດີກ່ວາການເປັນສີ່ຫຼ່ຽມນ້ອຍທີ່ສຸດ ເມື່ອລໍາດັບແມ່ນ divergent ປານກາງ.
ທາງດ້ານເທກນິກ, ຂັ້ນຕອນນີ້ເຮັດໃຫ້ superposition ອີງໃສ່ໂຄງສ້າງຂອງລໍາດັບຕາມລໍາດັບ
ການຈັດວາງ. ມັນ ບໍ່ ບໍ່ ປະຕິບັດການຈັດລຽງຕາມໂຄງສ້າງ.
ທໍາອິດ, script ໃຊ້ ເຫຼົ່ານີ້ ເພື່ອສ້າງໄຟລ໌ລໍາດັບການຈັດຮູບແບບ FASTA ທີ່ສອດຄ້ອງກັນ
ລໍາດັບທາດໂປຼຕີນທີ່ແນ່ນອນພົບຢູ່ໃນໄຟລ໌ pdb ທີ່ທ່ານສະຫນອງ.
ອັນທີສອງ, ລໍາດັບເຫຼົ່ານີ້ແມ່ນສອດຄ່ອງໂດຍໃຊ້ໂຄງການການຈັດລໍາດັບຫຼາຍລໍາດັບຂອງເຈົ້າ
ທາງເລືອກ. ສະຄຣິບສາມາດຖືກດັດແປງໄດ້ຢ່າງງ່າຍດາຍສໍາລັບ CLUSTALW, T_COFFEE, KALIGN, DIALIGN2, ຫຼື
MAFFT. ທຸກໆໂຄງການການຈັດລໍາດັບຫຼາຍສາມາດຖືກນໍາໃຊ້, ຕາບໃດທີ່ມັນສາມາດສ້າງ
ໄຟລ໌ທີ່ມີຮູບແບບກຸ່ມ. ຢ່າງໃດກໍຕາມ, ຂ້າພະເຈົ້າຂໍແນະນໍາໂຄງການ MUSCLE ຂອງ Bob Edgar ສໍາລັບທັງສອງ
ຄວາມໄວແລະຄວາມຖືກຕ້ອງຂອງຕົນ. (ສໍາລັບຂໍ້ມູນເພີ່ມເຕີມເບິ່ງ http://www.drive5.com/muscle/ .)
ສາມ, ເຫຼົ່ານີ້ ປະຕິບັດ superposition ຂອງໂຄງສ້າງໂດຍໃຊ້ການຈັດລໍາດັບຕາມລໍາດັບ
ຄູ່ມື.
ຮຸ່ນທີ່ຕິດຕັ້ງຂອງ theseus_align ການນໍາໃຊ້ ກ້າມເນື້ອ (1) ສໍາລັບການເຮັດຫຼາຍລໍາດັບ
ການຈັດວາງ. ຖ້າທ່ານຕ້ອງການໃຊ້ຫນຶ່ງໃນໂຄງການອື່ນໆທີ່ໄດ້ກ່າວມາຂ້າງເທິງ, ທ່ານຈະຕ້ອງ
ຄັດລອກສະຄິບໃສ່ໄດເລກະທໍລີຂອງທ່ານເອງແລະແກ້ໄຂມັນ.
ໃຊ້ theseus_align ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net