ນີ້ແມ່ນແອັບ Linux ທີ່ມີຊື່ວ່າ CPAT ເພື່ອແລ່ນໃນ Linux ອອນໄລນ໌ ເຊິ່ງລຸ້ນຫຼ້າສຸດສາມາດດາວໂຫຼດໄດ້ໃນນາມ Human_coding_transcripts_mRNA.fa.gz. ມັນສາມາດດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ຢູ່ໃນຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີ OnWorks ສໍາລັບສະຖານີເຮັດວຽກ.
ດາວນ໌ໂຫລດແລະດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ app ນີ້ມີຊື່ CPAT ເພື່ອດໍາເນີນການໃນ Linux ອອນໄລນ໌ກັບ OnWorks ໄດ້ຟຣີ.
ປະຕິບັດຕາມຄໍາແນະນໍາເຫຼົ່ານີ້ເພື່ອດໍາເນີນການ app ນີ້:
- 1. ດາວໂຫຼດຄໍາຮ້ອງສະຫມັກນີ້ໃນ PC ຂອງທ່ານ.
- 2. ໃສ່ໃນຕົວຈັດການໄຟລ໌ຂອງພວກເຮົາ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ດ້ວຍຊື່ຜູ້ໃຊ້ທີ່ທ່ານຕ້ອງການ.
- 3. ອັບໂຫລດແອັບພລິເຄຊັນນີ້ຢູ່ໃນຕົວຈັດການໄຟລ໌ດັ່ງກ່າວ.
- 4. ເລີ່ມ OnWorks Linux ອອນລາຍ ຫຼື Windows online emulator ຫຼື MACOS online emulator ຈາກເວັບໄຊທ໌ນີ້.
- 5. ຈາກ OnWorks Linux OS ທີ່ເຈົ້າຫາກໍ່ເລີ່ມຕົ້ນ, ໄປທີ່ຕົວຈັດການໄຟລ໌ຂອງພວກເຮົາ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ດ້ວຍຊື່ຜູ້ໃຊ້ທີ່ທ່ານຕ້ອງການ.
- 6. ດາວນ໌ໂຫລດຄໍາຮ້ອງສະຫມັກ, ຕິດຕັ້ງມັນແລະດໍາເນີນການ.
CPAT ເພື່ອດໍາເນີນການໃນ Linux ອອນໄລນ໌
DESCRIPTION:
ການນໍາໃຊ້ RNA-seq, ຫລາຍສິບພັນຄົນຂອງ transcriptome ໃຫມ່ແລະ isoforms ໄດ້ຖືກກໍານົດ (Djebali, et al Nature, 2012, Carbili et al, Gene & Development, 2011) ການຄົ້ນພົບຂອງ transcriptome ທີ່ເຊື່ອງໄວ້ເຫຼົ່ານີ້ rejuvenate ຄວາມຕ້ອງການຂອງຈໍາແນກ coding ແລະການ noncoding RNA. . ຢ່າງໃດກໍ່ຕາມ, ວິທີການຄາດຄະເນທີ່ມີທ່າແຮງຂອງລະຫັດທີ່ຜ່ານມາສ່ວນໃຫຍ່ແມ່ນອີງໃສ່ການຈັດລໍາດັບ, ການຈັດຕໍາແຫນ່ງຄູ່ເພື່ອຊອກຫາຫຼັກຖານທາດໂປຼຕີນຫຼືການຈັດຕໍາແຫນ່ງຫຼາຍເພື່ອຄິດໄລ່ຄະແນນການອະນຸລັກ phylogenetic (ເຊັ່ນ: CPC , PhyloCSF ແລະ RNACode ). ນີ້ແມ່ນຍ້ອນວ່າການຖອດຂໍ້ຄວາມທີ່ໄດ້ລະບຸໄວ້ກ່ອນຫນ້ານີ້ລວມທັງລະຫັດໂປຣຕີນ RNA ແລະສັ້ນ, RNAs ການຮັກສາ / ກົດລະບຽບເຊັ່ນ snRNAs, snoRNA ແລະ tRNA ແມ່ນຖືກອະນຸລັກສູງ. ໃນຂະນະທີ່ຍັງມີປະໂຫຍດຫຼາຍ, ວິທີການເຫຼົ່ານີ້ມີຂໍ້ຈໍາກັດຫຼາຍ:lncRNAs ສ່ວນໃຫຍ່ໄດ້ຮັບການອະນຸລັກຫນ້ອຍແລະມີແນວໂນ້ມທີ່ຈະເປັນສາຍພັນສະເພາະທີ່ຈໍາກັດຢ່າງຫຼວງຫຼາຍອໍານາດການຈໍາແນກຂອງວິທີການທີ່ອີງໃສ່ການຈັດຕໍາແຫນ່ງ. ສໍາລັບຕົວຢ່າງ, ໃນຈໍານວນ 550 lncRNAs ທີ່ກວດພົບຈາກ zebrafish, ມີພຽງແຕ່ 29 ຊະນິດທີ່ມີລໍາດັບທີ່ກວດພົບ.
Audience
ວິທະຍາສາດ/ການຄົ້ນຄວ້າ
ໃນການໂຕ້ຕອບຜູ້ໃຊ້
ອີງໃສ່ເວັບ, ເສັ້ນຄໍາສັ່ງ
ພາສາການຂຽນໂປຣແກຣມ
Python
ນີ້ແມ່ນແອັບພລິເຄຊັນທີ່ຍັງສາມາດເອົາມາຈາກ https://sourceforge.net/projects/rna-cpat/. ມັນໄດ້ຖືກຈັດຢູ່ໃນ OnWorks ເພື່ອໃຫ້ດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ໃນວິທີທີ່ງ່າຍທີ່ສຸດຈາກຫນຶ່ງໃນລະບົບປະຕິບັດງານຟຣີຂອງພວກເຮົາ.