ນີ້ແມ່ນແອັບ Linux ທີ່ມີຊື່ວ່າ PASHA: Parallelized Short Read Assembly ເພື່ອແລ່ນໃນ Linux ອອນໄລນ໌ ເຊິ່ງລຸ້ນຫຼ້າສຸດສາມາດດາວໂຫຼດໄດ້ໃນນາມ Pasha-1.0.10.tar.bz2. ມັນສາມາດດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ຢູ່ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີສໍາລັບບ່ອນເຮັດວຽກ.
ດາວນ໌ໂຫລດແລະດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ app ນີ້ມີຊື່ PASHA: Parallelized Short Read Assembly ເພື່ອດໍາເນີນການໃນ Linux ອອນໄລນ໌ກັບ OnWorks ໄດ້ຟຣີ.
ປະຕິບັດຕາມຄໍາແນະນໍາເຫຼົ່ານີ້ເພື່ອດໍາເນີນການ app ນີ້:
- 1. ດາວໂຫຼດຄໍາຮ້ອງສະຫມັກນີ້ໃນ PC ຂອງທ່ານ.
- 2. ໃສ່ໃນຕົວຈັດການໄຟລ໌ຂອງພວກເຮົາ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ດ້ວຍຊື່ຜູ້ໃຊ້ທີ່ທ່ານຕ້ອງການ.
- 3. ອັບໂຫລດແອັບພລິເຄຊັນນີ້ຢູ່ໃນຕົວຈັດການໄຟລ໌ດັ່ງກ່າວ.
- 4. ເລີ່ມ OnWorks Linux ອອນລາຍ ຫຼື Windows online emulator ຫຼື MACOS online emulator ຈາກເວັບໄຊທ໌ນີ້.
- 5. ຈາກ OnWorks Linux OS ທີ່ເຈົ້າຫາກໍ່ເລີ່ມຕົ້ນ, ໄປທີ່ຕົວຈັດການໄຟລ໌ຂອງພວກເຮົາ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ດ້ວຍຊື່ຜູ້ໃຊ້ທີ່ທ່ານຕ້ອງການ.
- 6. ດາວນ໌ໂຫລດຄໍາຮ້ອງສະຫມັກ, ຕິດຕັ້ງມັນແລະດໍາເນີນການ.
PASHA: Parallelized Short Read Assembly ເພື່ອແລ່ນໃນ Linux ອອນໄລນ໌
DESCRIPTION:
PASHA ແມ່ນຕົວປະກອບການອ່ານສັ້ນຂະຫນານສໍາລັບ genomes ຂະຫນາດໃຫຍ່ໂດຍໃຊ້ de Bruijn graphs. ການໃຊ້ປະໂຍດຈາກທັງສອງ CPUs multi-core ທີ່ໃຊ້ຮ່ວມກັນແລະກຸ່ມຄອມພິວເຕີ້ຄວາມຈໍາທີ່ແຈກຢາຍ, PASHA ໄດ້ສະແດງໃຫ້ເຫັນທ່າແຮງຂອງຕົນໃນການປະຕິບັດການປະກອບ de-novo ທີ່ມີຄຸນນະພາບສູງຂອງ genomes ຂະຫນາດໃຫຍ່ໃນເວລາທີ່ເຫມາະສົມກັບຊັບພະຍາກອນຄອມພິວເຕີ້ເລັກນ້ອຍ. ການປະເມີນຜົນຂອງພວກເຮົາໂດຍນໍາໃຊ້ຊຸດຂໍ້ມູນຄູ່ທີ່ແທ້ຈິງສາມຊຸດສະແດງໃຫ້ເຫັນວ່າ PASHA ສາມາດຜະລິດການປະກອບທີ່ດີກວ່າທີ່ມີການຄຸ້ມຄອງ genome ປຽບທຽບແລະອັດຕາການປະກອບທີ່ຜິດພາດເມື່ອທຽບກັບສາມຕົວປະກອບຊັ້ນນໍາ: Velvet, ABySS ແລະ SOAPdenovo. ຍິ່ງໄປກວ່ານັ້ນ, PASHA ບັນລຸຄວາມໄວທີ່ໄວທີ່ສຸດສໍາລັບຊຸດຂໍ້ມູນທັງສາມໃນ CPU ດຽວ. ສໍາລັບ genome ຂອງມະນຸດ, PASHA ບັນລຸຄຸນນະພາບການປະກອບການແຂ່ງຂັນກັບ ABySS ແລະສາມາດສໍາເລັດການປະກອບໃນປະມານ 21 ຊົ່ວໂມງ, ເຊິ່ງປະມານ 2.38 × ໄວກ່ວາ ABySS ໃນການຕັ້ງຄ່າຮາດແວດຽວກັນ.ໃນການໂຕ້ຕອບຜູ້ໃຊ້
Console/Terminal
ພາສາການຂຽນໂປຣແກຣມ
C ++
ນີ້ແມ່ນແອັບພລິເຄຊັນທີ່ຍັງສາມາດເອົາມາຈາກ https://sourceforge.net/projects/pasha/. ມັນໄດ້ຖືກຈັດຢູ່ໃນ OnWorks ເພື່ອໃຫ້ດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ໃນວິທີທີ່ງ່າຍທີ່ສຸດຈາກຫນຶ່ງໃນລະບົບປະຕິບັດງານຟຣີຂອງພວກເຮົາ.