ນີ້ແມ່ນແອັບ Linux ທີ່ມີຊື່ວ່າ Swift Sequence Alignment Program ເຊິ່ງລຸ້ນຫຼ້າສຸດສາມາດດາວໂຫຼດໄດ້ເປັນ swift-0.11.2.tgz. ມັນສາມາດດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ຢູ່ໃນຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີ OnWorks ສໍາລັບສະຖານີເຮັດວຽກ.
ດາວນ໌ໂຫລດແລະດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ app ນີ້ມີຊື່ Swift Sequence Alignment Program ກັບ OnWorks ໄດ້ຟຣີ.
ປະຕິບັດຕາມຄໍາແນະນໍາເຫຼົ່ານີ້ເພື່ອດໍາເນີນການ app ນີ້:
- 1. ດາວໂຫຼດຄໍາຮ້ອງສະຫມັກນີ້ໃນ PC ຂອງທ່ານ.
- 2. ໃສ່ໃນຕົວຈັດການໄຟລ໌ຂອງພວກເຮົາ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ດ້ວຍຊື່ຜູ້ໃຊ້ທີ່ທ່ານຕ້ອງການ.
- 3. ອັບໂຫລດແອັບພລິເຄຊັນນີ້ຢູ່ໃນຕົວຈັດການໄຟລ໌ດັ່ງກ່າວ.
- 4. ເລີ່ມ OnWorks Linux ອອນລາຍ ຫຼື Windows online emulator ຫຼື MACOS online emulator ຈາກເວັບໄຊທ໌ນີ້.
- 5. ຈາກ OnWorks Linux OS ທີ່ເຈົ້າຫາກໍ່ເລີ່ມຕົ້ນ, ໄປທີ່ຕົວຈັດການໄຟລ໌ຂອງພວກເຮົາ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ດ້ວຍຊື່ຜູ້ໃຊ້ທີ່ທ່ານຕ້ອງການ.
- 6. ດາວນ໌ໂຫລດຄໍາຮ້ອງສະຫມັກ, ຕິດຕັ້ງມັນແລະດໍາເນີນການ.
ພາບຫນ້າຈໍ:
ໂຄງການຈັດຮຽງລໍາດັບໄວ
DESCRIPTION:
Swift ແມ່ນໂຄງການຈັດຮຽງລໍາດັບ DNA ທີ່ຜະລິດການຈັດລໍາດັບ gapped ໂດຍໃຊ້ສູດການຄິດໄລ່ Smith-Waterman. ມັນໃຊ້ເວລາໃນໄຟລ໌ສອບຖາມ (ຮູບແບບ FASTA) ແລະໄຟລ໌ອ້າງອີງ (ຮູບແບບ FASTA) ເປັນການປ້ອນຂໍ້ມູນ. ມັນອອກຊື່ອ້າງອີງ, ຊື່ອ່ານ, ການຈັດຮຽງ gapped, ຄະແນນການຈັດຕໍາແຫນ່ງ, ການຈັດຕໍາແຫນ່ງເລີ່ມຕົ້ນແລະສິ້ນສຸດ, ແລະຄວາມຍາວການຈັດຕໍາແຫນ່ງ.
ຂ້າພະເຈົ້າໄດ້ໃຫ້ການສົນທະນາກ່ຽວກັບ Swift ໃນກອງປະຊຸມເທກໂນໂລຍີ GPU 2012. ການສົນທະນາສາມາດເຂົ້າເຖິງໄດ້ທີ່ http://www.gputechconf.com/gtcnew/on-demand-GTC.php?sessionTopic=58&searchByKeyword=&submit=&select=+&sessionEvent=&sessionYear=&sessionFormat=#1303.
ເພື່ອຕິດຕັ້ງ ແລະເປີດໃຊ້ Swift, ກະລຸນາເບິ່ງທີ່ໜ້າ Wiki: http://sourceforge.net/p/swiftseqaligner/wiki/Home/
ຖ້າທ່ານຕ້ອງການຄວາມຊ່ວຍເຫຼືອເພີ່ມເຕີມໃນການຕິດຕັ້ງຫຼືແລ່ນ Swift, ກະລຸນາຕິດຕໍ່ Pankaj Gupta ທີ່ pankaj.gupta@stjude.org.
ຄຸນລັກສະນະ
- ຜະລິດການຈັດຮຽງທີ່ມີຊ່ອງຫວ່າງໂດຍໃຊ້ສູດການຄິດໄລ່ Smith-Waterman
- Smith-Waterman algorithm ເຮັດວຽກຢູ່ໃນ GPU (ຫນ່ວຍປະມວນຜົນກາຟິກ)
- ຍອມຮັບໄຟລ໌ອ່ານ (ຮູບແບບ FASTA) ແລະໄຟລ໌ອ້າງອີງ (ຮູບແບບ FASTA) ເປັນວັດສະດຸປ້ອນ
- ເອົາຊື່ອ້າງອີງ, ຊື່ການອ່ານ, ການຈັດວາງ gapped, ຄະແນນການຈັດຕໍາແຫນ່ງ, ຕໍາແຫນ່ງເລີ່ມຕົ້ນແລະສິ້ນສຸດການຈັດຕໍາແຫນ່ງ, ແລະຄວາມຍາວການຈັດຕໍາແຫນ່ງ
- ຮອງຮັບການອ່ານ Illumina (ຄວາມຍາວຄົງທີ່)
- ຄວາມຕ້ອງການ: Linux OS; ຫນ່ວຍຄວາມຈໍາຂອງລະບົບ 4 GB; ບັດກາຟິກທີ່ມີຄວາມສາມາດ CUDA; ຊຸດເຄື່ອງມື CUDA 4.2+; 6 GB ຫນ່ວຍຄວາມຈໍາທົ່ວໂລກ; 49 KB ຫນ່ວຍຄວາມຈໍາທີ່ໃຊ້ຮ່ວມກັນ
Audience
ວິທະຍາສາດ/ການຄົ້ນຄວ້າ
ປະເພດ
ນີ້ແມ່ນແອັບພລິເຄຊັນທີ່ຍັງສາມາດເອົາມາຈາກ https://sourceforge.net/projects/swiftseqaligner/. ມັນໄດ້ຖືກຈັດຢູ່ໃນ OnWorks ເພື່ອໃຫ້ດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ໃນວິທີທີ່ງ່າຍທີ່ສຸດຈາກຫນຶ່ງໃນລະບົບປະຕິບັດງານຟຣີຂອງພວກເຮົາ.