ഫോർമാറ്റ്ഡിബി - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

ഫോർമാറ്റ്ഡിബി - ബ്ലാസ്റ്റിനുള്ള പ്രോട്ടീൻ അല്ലെങ്കിൽ ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് ഡാറ്റാബേസുകൾ ഫോർമാറ്റ് ചെയ്യുക

സിനോപ്സിസ്

ഫോർമാറ്റ്ഡിബി [-] [-B ഫയലിന്റെ പേര്] [-F ഫയലിന്റെ പേര്] [-L ഫയലിന്റെ പേര്] [-T ഫയലിന്റെ പേര്] [-V] [-a] [-b] [-e]
[-i ഫയലിന്റെ പേര്] [-l ഫയലിന്റെ പേര്] [-n str] [-o] [-p F] [-s] [-t str] [-v N]

വിവരണം

ഫോർമാറ്റ്ഡിബി പ്രോട്ടീൻ അല്ലെങ്കിൽ ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് ഉറവിട ഡാറ്റാബേസുകൾ ഫോർമാറ്റ് ചെയ്യുന്നതിന് മുമ്പ് ഉപയോഗിക്കേണ്ടതാണ്
ഈ ഡാറ്റാബേസുകൾ blastall, blastpgp അല്ലെങ്കിൽ MegaBLAST വഴി തിരയാൻ കഴിയും. ഉറവിട ഡാറ്റാബേസ്
FASTA അല്ലെങ്കിൽ ASN.1 ഫോർമാറ്റിൽ ആയിരിക്കാം. FASTA ഫോർമാറ്റ് മിക്കപ്പോഴും ഉപയോഗിക്കുന്നുണ്ടെങ്കിലും
ഇൻപുട്ട് ഫോർമാറ്റ്ഡിബി, ASN.1 ഉപയോഗിക്കുന്നത് ASN.1 ആയി ഉപയോഗിക്കുന്നവർക്ക് പ്രയോജനകരമാണ്
GenBank റിപ്പോർട്ട് പോലുള്ള മറ്റ് ഫോർമാറ്റുകൾക്കുള്ള പൊതുവായ ഉറവിടം. ഒരിക്കൽ ഒരു ഉറവിട ഡാറ്റാബേസ് ഫയൽ
ഫോർമാറ്റ് ചെയ്തിട്ടുണ്ട് ഫോർമാറ്റ്ഡിബി അത് BLAST-ന് ആവശ്യമില്ല. നിങ്ങളാണെങ്കിൽ ദയവായി ശ്രദ്ധിക്കുക
ഉപയോഗിച്ച് നിങ്ങളുടെ BLAST ഡാറ്റാബേസുകളിലേക്ക് ആനുകാലിക അപ്‌ഡേറ്റുകൾ പ്രയോഗിക്കാൻ പോകുന്നു fmerge(1), നിങ്ങൾക്ക് ഇത് ആവശ്യമാണ്
ഉറവിട ഡാറ്റാബേസ് ഫയൽ സൂക്ഷിക്കുക.

ഓപ്ഷനുകൾ

ഓപ്ഷനുകളുടെ ഒരു സംഗ്രഹം ചുവടെ ഉൾപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട്.

- ഉപയോഗ സന്ദേശം അച്ചടിക്കുക

-B ഫയലിന്റെ പേര്
വ്യക്തമാക്കിയ Gifile-ൽ നിന്ന് നിർമ്മിച്ച ബൈനറി Gifile -F. ഈ ഓപ്ഷൻ വ്യക്തമാക്കുന്നു
ഒരു ബൈനറി GI ലിസ്റ്റ് ഫയലിന്റെ പേര്. കൂടെ ഈ ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കണം -F ഓപ്ഷൻ. എ
ടെക്‌സ്‌റ്റ് ജിഐ ലിസ്‌റ്റ് ഇതിനൊപ്പം വ്യക്തമാക്കിയേക്കാം -F ഓപ്ഷൻ കൂടാതെ -B ഓപ്ഷൻ ഉത്പാദിപ്പിക്കും
ബൈനറി ഫോർമാറ്റിലുള്ള GI ലിസ്റ്റ്. ബൈനറി ഫയൽ ചെറുതാണ്, BLAST ആവശ്യമില്ല
ഇത് പരിവർത്തനം ചെയ്യാൻ, അത് വേഗത്തിൽ വായിക്കാൻ കഴിയും.

-F ഫയലിന്റെ പേര്
ഉപയോഗിക്കുന്നതിന് ജിഫൈൽ (ജിയുടെ ലിസ്റ്റ് അടങ്ങുന്ന ഫയൽ). -B or -L

-L ഫയലിന്റെ പേര്
എന്ന പേരുള്ള ഒരു അപരനാമം സൃഷ്ടിക്കുക ഫയലിന്റെ പേര്, തിരഞ്ഞ സീക്വൻസുകളെ അവയിലേക്ക് പരിമിതപ്പെടുത്തുന്നു
വ്യക്തമാക്കിയത് -F.

-T ഫയലിന്റെ പേര്
ASN.1-ൽ ടാക്സോണമി ഐഡികൾ സജ്ജീകരിക്കുക ഫയലിന്റെ പേര്.

-V വെർബോസ്: ഡാറ്റാബേസിൽ അദ്വിതീയമല്ലാത്ത സ്ട്രിംഗ് ഐഡികൾക്കായി പരിശോധിക്കുക

-a ഇൻപുട്ട് ഫയൽ ASN.1 ഫോർമാറ്റിലുള്ള ഡാറ്റാബേസാണ് (അല്ലെങ്കിൽ ഫാസ്റ്റ പ്രതീക്ഷിക്കുന്നു)

-b ASN.1 ഡാറ്റാബേസ് ബൈനറി ആണ് (ASCII ടെക്‌സ്‌റ്റിന് വിരുദ്ധമായി)

-e ഇൻപുട്ട് ഒരു സെക്-എൻട്രിയാണ്. ഒരു ഉറവിടം ASN.1 ഡാറ്റാബേസ് (വാചകം ascii അല്ലെങ്കിൽ ബൈനറി).
ഒരു ബയോസെക്-സെറ്റ് അല്ലെങ്കിൽ ഒരു ബയോസെക് അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു. പിന്നീടുള്ള കേസിൽ -e നൽകണം.

-i ഫയലിന്റെ പേര്
ഫോർമാറ്റിംഗിനായി ഫയൽ(കൾ) ഇൻപുട്ട് ചെയ്യുക

-l ഫയലിന്റെ പേര്
ലോഗ് ഫയലിന്റെ പേര് (ഡിഫോൾട്ട് = formatdb.log)

-n str BLAST ഫയലുകളുടെ അടിസ്ഥാന നാമം (യഥാർത്ഥ ഫാസ്റ്റ ഫയലിന്റെ പേരിലേക്ക് സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി)

-o SeqID പാഴ്സ് ചെയ്ത് സൂചികകൾ സൃഷ്ടിക്കുക. ഉറവിട ഡാറ്റാബേസ് ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റിലാണെങ്കിൽ, ദി
ഫാസ്റ്റ ഡെഫനിഷൻ ലൈനിലെ ഡാറ്റാബേസ് ഐഡന്റിഫയറുകൾ കൺവെൻഷനുകൾ പാലിക്കണം
ഫാസ്റ്റ ഡിഫ്‌ലൈൻ ഫോർമാറ്റ്.

-p F ഇൻപുട്ട് ഒരു ന്യൂക്ലിയോടൈഡാണ്, ഒരു പ്രോട്ടീനല്ല.

-s പ്രവേശനം വഴി മാത്രം സൂചിക, ലോക്കസ് വഴിയല്ല. സീക്വൻസ് സെറ്റുകൾക്ക് ഇത് പ്രത്യേകിച്ചും ഉപയോഗപ്രദമാണ്
പ്രവേശനവും ലോക്കസ് പേരുകളും ഒരുപോലെയുള്ള EST പോലെ. ഫോർമാറ്റ്ഡിബി പ്രവർത്തിക്കുന്നു
ഈ ഓപ്‌ഷൻ ഉപയോഗിക്കുകയാണെങ്കിൽ വേഗമേറിയതും ചെറിയ താൽക്കാലിക ഫയലുകൾ നിർമ്മിക്കുന്നതും. അത് ശക്തമാണ്
EST, STS, GSS, HTGS എന്നിവയ്‌ക്കായി ശുപാർശ ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു.

-t str ഡാറ്റാബേസ് ഫയലിന്റെ പേര് [സ്ട്രിംഗ്]

-v N വലിയ ഫാസ്റ്റ ഫയലുകളെ വലുപ്പമുള്ള 'വോളിയങ്ങളായി' വിഭജിക്കുക N ദശലക്ഷം അക്ഷരങ്ങൾ (4000 by
സ്ഥിരസ്ഥിതി). ഒരു വോളിയം സൃഷ്ടിക്കുന്നതിന്റെ ഭാഗമായി, ഫോർമാറ്റ്ഡിബി ഒരു പുതിയ തരം BLAST എഴുതുന്നു
'nal' അല്ലെങ്കിൽ `pal' എന്ന വിപുലീകരണത്തോടുകൂടിയ അപരനാമ ഫയൽ എന്ന് വിളിക്കപ്പെടുന്ന ഡാറ്റാബേസ് ഫയൽ.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഫോർമാറ്റ്ഡിബി ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക