gmx-bar - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

gmx-bar - ബെന്നറ്റിന്റെ സ്വീകാര്യത അനുപാതം വഴി സൗജന്യ ഊർജ്ജ വ്യത്യാസം കണക്കാക്കുക

സിനോപ്സിസ്

gmx ബാർ [-f [<.xvg> [...]]] [-g [<.edr> [...]]] [-o [<.xvg>]]
[-ഓയ് [<.xvg>]] [-ഓ [<.xvg>]] [-[ഇല്ല] w] [-xvg ]
[-b ] [-e ] [-താപനില ] [-പ്രെസി ]
[-nbmin ] [-nbmax ] [-എൻബിൻ ] [-[no]extp]

വിവരണം

gmx ബാർ ബെന്നറ്റിന്റെ സ്വീകാര്യത അനുപാതം വഴി സൗജന്യ ഊർജ്ജ വ്യത്യാസം കണക്കാക്കുന്നു
രീതി (BAR). ഇത് സ്വയമേവ ലഭിക്കുന്ന വ്യക്തിഗത സ്വതന്ത്ര ഊർജ്ജങ്ങളുടെ പരമ്പരയും ചേർക്കുന്നു
സംയോജിത സൗജന്യ ഊർജ്ജ എസ്റ്റിമേറ്റിലേക്ക് ബാർ.

ഓരോ വ്യക്തിഗത BAR രഹിത ഊർജ്ജ വ്യത്യാസവും വ്യത്യസ്ത സംസ്ഥാനങ്ങളിലെ രണ്ട് സിമുലേഷനുകളെ ആശ്രയിച്ചിരിക്കുന്നു:
ലാംഡ എന്ന പരാമീറ്റർ നിയന്ത്രിച്ചത് പോലെ സ്റ്റേറ്റ് എ, സ്റ്റേറ്റ് ബി എന്നിവ പറയുക (കാണുക .mdp പാരാമീറ്റർ
init_lambda). BAR രീതി ഹാമിൽട്ടോണിയൻ ശരാശരിയുടെ ഒരു അനുപാതം കണക്കാക്കുന്നു
സംസ്ഥാന B യുടെ വ്യത്യാസം A നൽകിയിരിക്കുന്നു, തിരിച്ചും. ഊർജ്ജം മറ്റൊന്നുമായി വ്യത്യാസപ്പെട്ടിരിക്കുന്നു
സിമുലേഷൻ സമയത്ത് സംസ്ഥാനം വ്യക്തമായി കണക്കാക്കണം. ഇത് ഉപയോഗിച്ച് ചെയ്യാം .mdp
ഓപ്ഷൻ വിദേശ_ലാംഡ.

ഇൻപുട്ട് ഓപ്ഷൻ -f ഒന്നിലധികം പ്രതീക്ഷിക്കുന്നു dhdl.xvg ഫയലുകൾ. രണ്ട് തരത്തിലുള്ള ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ പിന്തുണയ്ക്കുന്നു:

· ഒന്നിൽ കൂടുതൽ ഉള്ള ഫയലുകൾ y- മൂല്യം. ഫയലുകളിൽ dH/dlambda കൂടാതെ കോളങ്ങൾ ഉണ്ടായിരിക്കണം
ഡെൽറ്റലംബ്ഡ. ലാംഡ മൂല്യങ്ങൾ ഐതിഹ്യങ്ങളിൽ നിന്ന് അനുമാനിച്ചതാണ്: ലാംഡ ഓഫ് ദി
dH/dlambda എന്ന ഇതിഹാസത്തിൽ നിന്നുള്ള അനുകരണവും വിദേശ ലാംഡ മൂല്യങ്ങളും
ഡെൽറ്റയുടെ ഇതിഹാസങ്ങൾ എച്ച്

· ഒന്ന് മാത്രമുള്ള ഫയലുകൾ y- മൂല്യം. ഉപയോഗിച്ച് -extp ഈ ഫയലുകൾക്കുള്ള ഓപ്ഷൻ, അത് അനുമാനിക്കപ്പെടുന്നു
അതാണ് y-മൂല്യം dH/dlambda ആണ്, ഹാമിൽട്ടോണിയൻ രേഖീയമായി ലാംഡയെ ആശ്രയിച്ചിരിക്കുന്നു.
സിമുലേഷന്റെ ലാംഡ മൂല്യം ഉപശീർഷകത്തിൽ നിന്ന് അനുമാനിച്ചതാണ് (നിലവിലുണ്ടെങ്കിൽ),
അല്ലെങ്കിൽ ഫയൽ നാമത്തിലുള്ള ഉപഡയറക്‌ടറിയിലെ ഒരു സംഖ്യയിൽ നിന്ന്.

സിമുലേഷന്റെ ലാംഡ പാഴ്‌സ് ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു dhdl.xvg സ്ട്രിംഗ് അടങ്ങുന്ന ഫയലിന്റെ ലെജൻഡ്
'd' എന്ന വലിയ അക്ഷരങ്ങൾ ഉൾക്കൊള്ളുന്ന ഇതിഹാസത്തിൽ നിന്നുള്ള വിദേശ ലാംഡ മൂല്യങ്ങൾ, ഒപ്പം
'എച്ച്'. 'T =' അടങ്ങിയിരിക്കുന്ന ലെജൻഡ് ലൈനിൽ നിന്ന് താപനില പാഴ്‌സ് ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു.

ഇൻപുട്ട് ഓപ്ഷൻ -g ഒന്നിലധികം പ്രതീക്ഷിക്കുന്നു .edr ഫയലുകൾ. ഇവയിൽ ഏതെങ്കിലും ഊർജ്ജത്തിന്റെ ലിസ്റ്റുകൾ അടങ്ങിയിരിക്കാം
വ്യത്യാസങ്ങൾ (കാണുക .mdp ഓപ്ഷൻ വേറിട്ട_dhdl_file), അല്ലെങ്കിൽ ഹിസ്റ്റോഗ്രാമുകളുടെ ഒരു പരമ്പര (കാണുക
.mdp ഓപ്ഷനുകൾ dh_hist_size ഒപ്പം dh_hist_spacing). താപനിലയും ലാംഡ മൂല്യങ്ങളും
എന്നതിൽ നിന്ന് യാന്ത്രികമായി കണക്കാക്കുന്നു ener.edr ഫയൽ.

കൂടാതെ .mdp ഓപ്ഷൻ വിദേശ_ലാംഡ, ഊർജ്ജ വ്യത്യാസവും ആകാം
dH/dlambda മൂല്യങ്ങളിൽ നിന്ന് വേർതിരിച്ചെടുത്തത്. ഇത് ``-extp`` ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ചാണ് ചെയ്യുന്നത്
സിസ്റ്റത്തിന്റെ ഹാമിൽട്ടോണിയൻ രേഖീയമായി ലാംഡയെ ആശ്രയിച്ചിരിക്കുന്നു, അത് സാധാരണമല്ല
കേസ്.

സ്വതന്ത്ര ഊർജ എസ്റ്റിമേറ്റുകൾ BAR ഉപയോഗിച്ച് ബൈസെക്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച് കൃത്യമായി നിർണ്ണയിക്കപ്പെടുന്നു
ഔട്ട്പുട്ട് സെറ്റ് -പ്രെസി. സമയ ബന്ധങ്ങൾ കണക്കിലെടുത്ത് ഒരു പിശക് കണക്കാക്കൽ ആണ്
ഡാറ്റയെ ബ്ലോക്കുകളായി വിഭജിച്ച് സ്വതന്ത്ര ഊർജ്ജ വ്യത്യാസങ്ങൾ നിർണ്ണയിച്ചുകൊണ്ടാണ് നിർമ്മിച്ചിരിക്കുന്നത്
ആ ബ്ലോക്കുകളും ബ്ലോക്കുകൾ സ്വതന്ത്രമാണെന്ന് അനുമാനിക്കുന്നു. അന്തിമ പിശക് കണക്കാക്കൽ
5 ബ്ലോക്കുകളേക്കാൾ ശരാശരി വ്യത്യാസത്തിൽ നിന്ന് നിർണ്ണയിക്കപ്പെടുന്നു. പിശകിനുള്ള ബ്ലോക്ക് നമ്പറുകളുടെ ഒരു ശ്രേണി
ഓപ്‌ഷനുകൾക്കൊപ്പം എസ്റ്റിമേറ്റ് നൽകാം -nbmin ഒപ്പം -nbmax.

gmx ബാർ ഒരേ 'നേറ്റീവ്', 'ഫോറിൻ' ലാംഡ മൂല്യങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് സാമ്പിളുകൾ കൂട്ടിച്ചേർക്കാൻ ശ്രമിക്കുന്നു, പക്ഷേ
എല്ലായ്പ്പോഴും സ്വതന്ത്ര സാമ്പിളുകൾ അനുമാനിക്കുന്നു. കുറിപ്പ് ഊർജ്ജം സമാഹരിക്കുമ്പോൾ
വ്യത്യസ്ത സാമ്പിൾ ഇടവേളകളുള്ള വ്യത്യാസങ്ങൾ/ഡെറിവേറ്റീവുകൾ, ഇത് മിക്കവാറും അല്ല
ശരിയാണ്. സാധാരണയായി തുടർന്നുള്ള ഊർജ്ജങ്ങൾ പരസ്പരബന്ധിതമാണ്, വ്യത്യസ്ത സമയ ഇടവേളകൾ അർത്ഥമാക്കുന്നു
സാമ്പിളുകൾ തമ്മിലുള്ള പരസ്പര ബന്ധത്തിന്റെ വ്യത്യസ്ത അളവുകൾ.

ഫലങ്ങൾ രണ്ട് ഭാഗങ്ങളായി തിരിച്ചിരിക്കുന്നു: അവസാന ഭാഗത്ത് kJ/mol-ൽ അന്തിമ ഫലങ്ങൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു,
ഓരോ ഭാഗത്തിനും ആകെയുള്ള പിശക് എസ്റ്റിമേറ്റ് സഹിതം. ആദ്യഭാഗം ഉൾക്കൊള്ളുന്നു
kT യുടെ യൂണിറ്റുകളിൽ വിശദമായ സൗജന്യ ഊർജ്ജ വ്യത്യാസ കണക്കുകളും ഘട്ടം സ്പേസ് ഓവർലാപ്പ് അളവുകളും
(അവരുടെ കണക്കുകൂട്ടിയ പിശക് എസ്റ്റിമേറ്റിനൊപ്പം). അച്ചടിച്ച മൂല്യങ്ങൾ ഇവയാണ്:

· lam_A: പോയിന്റ് A യുടെ ലാംഡ മൂല്യങ്ങൾ.

· lam_B: പോയിന്റ് B യുടെ ലാംഡ മൂല്യങ്ങൾ.

ഡിജി: സ്വതന്ത്ര ഊർജ്ജ എസ്റ്റിമേറ്റ്.

· s_A: A-യിലെ B യുടെ ആപേക്ഷിക എൻട്രോപ്പിയുടെ ഏകദേശ കണക്ക്.

· s_B: ബിയിലെ A യുടെ ആപേക്ഷിക എൻട്രോപ്പിയുടെ ഒരു ഏകദേശ കണക്ക്.

· stdev: ഒരു സാമ്പിൾ സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഡീവിയേഷൻ പ്രതീക്ഷിക്കുന്ന ഒരു എസ്റ്റിമേറ്റ്.

പരസ്പരം സമന്വയത്തിലെ രണ്ട് അവസ്ഥകളുടെയും ആപേക്ഷിക എൻട്രോപ്പിയെ ഒരു ആയി വ്യാഖ്യാനിക്കാം
ഫേസ് സ്പേസ് ഓവർലാപ്പിന്റെ അളവ്: lambda_B യുടെ വർക്ക് സാമ്പിളുകളുടെ ആപേക്ഷിക എൻട്രോപ്പി s_A
lambda_A യുടെ സമന്വയത്തിൽ (തിരിച്ചും s_B ന്), 'ദൂരത്തിന്റെ' ഒരു അളവുകോലാണ്
രണ്ട് സംസ്ഥാനങ്ങളുടെ ബോൾട്ട്‌സ്‌മാൻ വിതരണങ്ങൾക്കിടയിൽ, അത് സമാനതയ്ക്കായി പൂജ്യത്തിലേക്ക് പോകുന്നു
വിതരണങ്ങൾ. Wu & Kofke, J. Chem കാണുക. ഫിസി. കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക് 123 084109 (2005)

ബെന്നറ്റിന്റെ ഒറിജിനലിൽ നൽകിയിരിക്കുന്നത് പോലെ, പ്രതീക്ഷിക്കുന്ന ഓരോ സാമ്പിൾ സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഡീവിയേഷന്റെ എസ്റ്റിമേറ്റ്
ബാർ പേപ്പർ: ബെന്നറ്റ്, ജെ. കോംപ്. ഫിസി. 22, പേജ് 245 (1976). സമ. അതിൽ 10 ഒരു എസ്റ്റിമേറ്റ് നൽകുന്നു
സാമ്പിളിന്റെ ഗുണനിലവാരം (യഥാർത്ഥ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്ക് പിശകിന്റെ നേരിട്ടല്ല, കാരണം അത് അനുമാനിക്കുന്നു
സ്വതന്ത്ര സാമ്പിളുകൾ).

ഫേസ് സ്പേസ് ഓവർലാപ്പിന്റെ വിഷ്വൽ എസ്റ്റിമേറ്റ് ലഭിക്കാൻ, ഉപയോഗിക്കുക -ഓ പരമ്പര എഴുതാനുള്ള ഓപ്ഷൻ
ഹിസ്റ്റോഗ്രാമുകൾ, ഒപ്പം -എൻബിൻ ഓപ്ഷൻ.

ഓപ്ഷനുകൾ

ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-f [<.xvg> [...]] (dhdl.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-g [<.edr> [...]] (ener.edr) (ഓപ്ഷണൽ)
ഊർജ്ജ ഫയൽ

ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-o [<.xvg>] (bar.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-ഓയ് [<.xvg>] (barint.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-ഓ [<.xvg>] (histogram.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

മറ്റ് ഓപ്ഷനുകൾ:

-[ഇല്ല] w (അല്ല)
ഔട്ട്പുട്ട് കാണുക .xvg, .xpm, .eps ഒപ്പം .പിഡിബി ഫയലുകൾ

-xvg
xvg പ്ലോട്ട് ഫോർമാറ്റിംഗ്: xmgrace, xmgr, ഒന്നുമില്ല

-b (0)
BAR-ന്റെ സമയം ആരംഭിക്കുക

-e (-ക്സനുമ്ക്സ)
BAR-ന്റെ അവസാന സമയം

-താപനില (-ക്സനുമ്ക്സ)
താപനില (കെ)

-പ്രെസി (2)
ദശാംശ പോയിന്റിന് ശേഷമുള്ള അക്കങ്ങളുടെ എണ്ണം

-nbmin (5)
പിശക് കണക്കാക്കുന്നതിനുള്ള ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ എണ്ണം ബ്ലോക്കുകൾ

-nbmax (5)
പിശക് കണക്കാക്കുന്നതിനുള്ള പരമാവധി എണ്ണം ബ്ലോക്കുകൾ

-എൻബിൻ (100)
ഹിസ്റ്റോഗ്രാം ഔട്ട്പുട്ടിനുള്ള ബിന്നുകളുടെ എണ്ണം

-[no]extp (അല്ല)
ഊർജ്ജമായി ഉപയോഗിക്കുന്നതിന് dH/dl മൂല്യങ്ങൾ രേഖീയമായി എക്സ്ട്രാപോളേറ്റ് ചെയ്യണോ എന്ന്

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gmx-bar ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക