gmx-spol - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

gmx-spol - ലായക ദ്വിധ്രുവ ഓറിയന്റേഷനും ലായനികൾക്ക് ചുറ്റുമുള്ള ധ്രുവീകരണവും വിശകലനം ചെയ്യുക

സിനോപ്സിസ്

gmx spol [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ] [-[ഇല്ല] w]
[-xvg ] [-[no]com] [-refat ] [-ആർമിൻ ]
[-rmax ] [-മുക്കുക ] [-bw ]

വിവരണം

gmx സ്പോൾ ഒരു ലായനിക്ക് ചുറ്റുമുള്ള ദ്വിധ്രുവങ്ങളെ വിശകലനം ചെയ്യുന്നു; ധ്രുവീകരിക്കാവുന്ന വെള്ളത്തിന് ഇത് പ്രത്യേകിച്ചും ഉപയോഗപ്രദമാണ്.
റഫറൻസ് ആറ്റങ്ങളുടെ ഒരു കൂട്ടം, അല്ലെങ്കിൽ ബഹുജന റഫറൻസിന്റെ കേന്ദ്രം (ഓപ്ഷൻ -com) കൂടാതെ ഒരു കൂട്ടം
ലായക ആറ്റങ്ങൾ ആവശ്യമാണ്. പ്രോഗ്രാം ലായക ആറ്റങ്ങളുടെ ഗ്രൂപ്പിനെ തന്മാത്രകളായി വിഭജിക്കുന്നു.
ഓരോ ലായക തന്മാത്രയ്ക്കും റഫറൻസ് ഗ്രൂപ്പിലെ ഏറ്റവും അടുത്തുള്ള ആറ്റത്തിലേക്കോ അല്ലെങ്കിൽ ആറ്റത്തിലേക്കോ ഉള്ള ദൂരം
COM നിർണ്ണയിക്കപ്പെടുന്നു. ഈ ദൂരങ്ങളുടെ ഒരു ക്യുമുലേറ്റീവ് ഡിസ്ട്രിബ്യൂഷൻ ആസൂത്രണം ചെയ്തിട്ടുണ്ട്. ഓരോന്നിനും
തമ്മിലുള്ള ദൂരം -ആർമിൻ ഒപ്പം -rmax ദൂരം വെക്‌ടറിന്റെയും ദ്വിധ്രുവത്തിന്റെയും ആന്തരിക ഉൽപ്പന്നം
ലായക തന്മാത്ര നിർണ്ണയിക്കപ്പെടുന്നു. നെറ്റ് ചാർജ് (അയോണുകൾ) ഉള്ള ലായക തന്മാത്രകൾക്ക്, the
ഓരോ അയോണിന്റെയും തിരഞ്ഞെടുപ്പിൽ അയോണിന്റെ നെറ്റ് ചാർജ് എല്ലാ ആറ്റങ്ങളിൽ നിന്നും തുല്യമായി കുറയ്ക്കുന്നു.
ഈ ദ്വിധ്രുവ ഘടകങ്ങളുടെ ശരാശരി അച്ചടിച്ചിരിക്കുന്നു. ധ്രുവീകരണത്തിനും ഇതുതന്നെയാണ് ചെയ്യുന്നത്.
ഇവിടെ തൽക്ഷണ ദ്വിധ്രുവത്തിൽ നിന്ന് ശരാശരി ദ്വിധ്രുവം കുറയ്ക്കുന്നു. യുടെ അളവ്
ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച് ശരാശരി ദ്വിധ്രുവം സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നു -മുക്കുക, ദിശ നിർവചിക്കുന്നത് വെക്റ്റർ ആണ്
തിരഞ്ഞെടുത്ത ലായകഗ്രൂപ്പിലെ ആദ്യ ആറ്റം രണ്ടാമത്തേതിനും ദ്വിതീയത്തിനും ഇടയിലുള്ള മധ്യബിന്ദുവിലേക്ക്
മൂന്നാമത്തെ ആറ്റം.

ഓപ്ഷനുകൾ

ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
പാത: xt trr സിപിടി വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb ടിഎൻജി

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
പോർട്ടബിൾ xdr റൺ ഇൻപുട്ട് ഫയൽ

-n [<.ndx>] (index.ndx) (ഓപ്ഷണൽ)
സൂചിക ഫയൽ

ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-o [<.xvg>] (scdist.xvg)
xvgr/xmgr ഫയൽ

മറ്റ് ഓപ്ഷനുകൾ:

-b (0)
പാതയിൽ നിന്ന് വായിക്കേണ്ട ആദ്യ ഫ്രെയിം (ps).

-e (0)
പാതയിൽ നിന്ന് വായിക്കാനുള്ള അവസാന ഫ്രെയിം (ps).

-dt (0)
t MOD dt = ആദ്യമായി (ps) ആയിരിക്കുമ്പോൾ മാത്രം ഫ്രെയിം ഉപയോഗിക്കുക

-[ഇല്ല] w (അല്ല)
ഔട്ട്പുട്ട് കാണുക .xvg, .xpm, .eps ഒപ്പം .പിഡിബി ഫയലുകൾ

-xvg
xvg പ്ലോട്ട് ഫോർമാറ്റിംഗ്: xmgrace, xmgr, ഒന്നുമില്ല

-[no]com (അല്ല)
റഫറൻസ് സ്ഥാനമായി പിണ്ഡത്തിന്റെ കേന്ദ്രം ഉപയോഗിക്കുക

-refat (1)
ലായക തന്മാത്രയുടെ റഫറൻസ് ആറ്റം

-ആർമിൻ (0)
പരമാവധി ദൂരം (nm)

-rmax (0.32)
പരമാവധി ദൂരം (nm)

-മുക്കുക (0)
ശരാശരി ദ്വിധ്രുവം (D)

-bw (0.01)
ബിൻ വീതി

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gmx-spol ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക