gt-ltrharvest - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

gt-ltrharvest - LTR റിട്രോട്രാൻസ്പോണുകൾ പ്രവചിക്കുക.

സിനോപ്സിസ്

gt വിളവെടുപ്പ് [ഓപ്ഷൻ ...] -സൂചിക

വിവരണം

-സൂചിക [സ്ട്രിംഗ്]
മെച്ചപ്പെടുത്തിയ സഫിക്സ് അറേ സൂചികയുടെ പേര് വ്യക്തമാക്കുക (നിർബന്ധം) (സ്ഥിരസ്ഥിതി: നിർവചിക്കാത്തത്)

-പരിധി [തുടക്കം അവസാനിക്കുന്നു]
LTR ജോഡികൾ തിരയുന്ന ഇൻപുട്ട് സീക്വൻസ്(കളിൽ) ശ്രേണി വ്യക്തമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി:
[0..0])

-വിത്ത് [മൂല്യം]
കൃത്യമായ ആവർത്തനങ്ങൾക്കായി ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ വിത്ത് ദൈർഘ്യം വ്യക്തമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 30)

-minlenltr [മൂല്യം]
ഓരോ LTR-നും ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ദൈർഘ്യം വ്യക്തമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 100)

-maxlenltr [മൂല്യം]
ഓരോ LTR-നും പരമാവധി ദൈർഘ്യം വ്യക്തമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 1000)

-mindistltr [മൂല്യം]
LTR ആരംഭ സ്ഥാനങ്ങളുടെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ദൂരം വ്യക്തമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 1000)

-maxdistltr [മൂല്യം]
LTR ആരംഭ സ്ഥാനങ്ങളുടെ പരമാവധി ദൂരം വ്യക്തമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 15000)

- സമാനമായ [മൂല്യം]
[1..100%] ശ്രേണിയിൽ സാമ്യതയുടെ പരിധി വ്യക്തമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 85.000000)

-mintsd [മൂല്യം]
ഓരോ TSD-യ്‌ക്കും ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ദൈർഘ്യം വ്യക്തമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 4)

-maxtsd [മൂല്യം]
ഓരോ TSD-യ്‌ക്കും പരമാവധി ദൈർഘ്യം വ്യക്തമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 20)

-രൂപം [സ്ട്രിംഗ്]
2 ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകൾ സ്റ്റാർട്ട്മോട്ടിഫ് + 2 ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകൾ എൻഡ്മോട്ടിഫ് വ്യക്തമാക്കുക: ** (സ്ഥിരസ്ഥിതി: നിർവചിച്ചിട്ടില്ല)

-മോട്ടിഫിസ് [മൂല്യം]
മോട്ടിഫിലെ പൊരുത്തക്കേടുകളുടെ പരമാവധി എണ്ണം വ്യക്തമാക്കുക [0,3] (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 4)

-വിക് [മൂല്യം]
തിരയുന്ന ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകളുടെ എണ്ണം (ഇടത്തോട്ടും വലത്തോട്ടും) വ്യക്തമാക്കുക
പ്രവചിക്കപ്പെട്ട LTR റിട്രോ ട്രാൻസ്‌പോസണുകളുടെ 5', 3' അതിർത്തിക്ക് ചുറ്റുമുള്ള TSD-കൾ കൂടാതെ/അല്ലെങ്കിൽ മോട്ടിഫുകൾക്കായി
(സ്ഥിരസ്ഥിതി: 60)

-ഓവർലാപ്സ് [...]
no|best|എല്ലാം വ്യക്തമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: മികച്ചത്)

-xdrop [മൂല്യം]
വിപുലീകരണ-വിന്യാസത്തിനായി xdropbelowscore വ്യക്തമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 5)

-മാറ്റ് [മൂല്യം]
വിപുലീകരണ-വിന്യാസത്തിനായി മാച്ച്‌സ്‌കോർ വ്യക്തമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 2)

- തെറ്റ് [മൂല്യം]
വിപുലീകരണ-വിന്യാസത്തിനായി പൊരുത്തപ്പെടാത്ത സ്‌കോർ വ്യക്തമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: -2)

-ഇൻസ് [മൂല്യം]
എക്സ്റ്റൻഷൻ-അലൈൻമെന്റിനായി ഇൻസെർഷൻസ്കോർ വ്യക്തമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: -3)

-ഡെൽ [മൂല്യം]
വിപുലീകരണ-വിന്യാസത്തിനായി ഇല്ലാതാക്കൽ സ്കോർ വ്യക്തമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: -3)

-v [അതെ|ഇല്ല]
വെർബോസ് മോഡ് (സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഇല്ല)

-ടാബൗട്ട് [അതെ|ഇല്ല]
കാണിക്കുക പഴയത് stdout-ൽ GFF3-ന് പകരം ടാബുലാർ ഔട്ട്പുട്ട് (സ്ഥിരസ്ഥിതി: അതെ)

-സെക്വിഡ്സ് [അതെ|ഇല്ല]
GFF3 ഔട്ട്‌പുട്ടിൽ സീക്വൻസ് നമ്പറുകൾക്ക് പകരം സീക്വൻസ് വിവരണങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുക (ഡിഫോൾട്ട്: ഇല്ല)

-md5 [അതെ|ഇല്ല]
GFF5 ഔട്ട്‌പുട്ടിൽ സെക്വിഡുകളിലേക്ക് MD3 ഹാഷുകൾ ചേർക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഇല്ല)

-ലോംഗ്ഔട്ട്പുട്ട് [അതെ|ഇല്ല]
അധിക മോട്ടിഫ്/ടിഎസ്ഡി ഔട്ട്പുട്ട് (ഡിഫോൾട്ട്: ഇല്ല)

-പുറത്ത് [സ്ട്രിംഗ്]
ഫാസ്റ്റ ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയലിന്റെ പേര് വ്യക്തമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: നിർവചിക്കാത്തത്)

-ഔട്ട്നർ [സ്ട്രിംഗ്]
ആന്തരിക പ്രദേശങ്ങൾക്കായി ഫാസ്റ്റ ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയലിന്റെ പേര് വ്യക്തമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: നിർവചിക്കാത്തത്)

-gff3 [സ്ട്രിംഗ്]
GFF3 outputfilename വ്യക്തമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: നിർവചിക്കാത്തത്)

-ഓഫ്സെറ്റ് [മൂല്യം]
ഓഫ്‌സെറ്റ് GFF3 കോർഡിനേറ്റുകളിലേക്ക് ചേർത്തു (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 0)

- സ്കാൻ ചെയ്യുക [അതെ|ഇല്ല]
മൊത്തത്തിൽ മെമ്മറിയിലേക്ക് മാപ്പ് ചെയ്യുന്നതിനുപകരം സൂചികയെ തുടർച്ചയായി സ്കാൻ ചെയ്യുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: അതെ)

-ഹെൽപ്പ്
അടിസ്ഥാന ഓപ്ഷനുകൾക്കും പുറത്തുകടക്കുന്നതിനുമുള്ള സഹായം പ്രദർശിപ്പിക്കുക

-സഹായം+
എല്ലാ ഓപ്‌ഷനുകൾക്കും സഹായം പ്രദർശിപ്പിച്ച് പുറത്തുകടക്കുക

-പതിപ്പ്
പതിപ്പ് വിവരങ്ങൾ പ്രദർശിപ്പിക്കുകയും പുറത്തുകടക്കുകയും ചെയ്യുക

അധിക വിവരം

വിശദമായ വിവരങ്ങൾക്ക്, ltrharvest-ന്റെ മാനുവൽ പരിശോധിക്കുക.

റിപ്പോർട്ടുചെയ്യുന്നു ബഗുകൾ

ബഗുകൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുകgt-users@genometools.org>.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gt-ltrharvest ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക