hhsearch - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

hhsearch - ക്വറി അലൈൻമെന്റ് അല്ലെങ്കിൽ ക്വറി HMM ഉപയോഗിച്ച് HMM-കളുടെ ഒരു ഡാറ്റാബേസ് തിരയുക

സിനോപ്സിസ്

hh തിരയൽ -i അന്വേഷണം -d ഡാറ്റാബേസ് [ഓപ്ഷനുകൾ]

വിവരണം

HHsearch പതിപ്പ് 2.0.16 (ജനുവരി 2013) ഒരു അന്വേഷണ വിന്യാസം ഉപയോഗിച്ച് HMM-കളുടെ ഒരു ഡാറ്റാബേസ് തിരയുക അല്ലെങ്കിൽ
ചോദ്യം HMM (C) ജോഹന്നാസ് സോഡിംഗ്, മൈക്കൽ റെമ്മർട്ട്, ആൻഡ്രിയാസ് ബീഗർട്ട്, ആൻഡ്രിയാസ് ഹൗസർ സോഡിംഗ്,
J. HMM-HMM താരതമ്യം വഴി പ്രോട്ടീൻ ഹോമോളജി കണ്ടെത്തൽ. ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സ് 21:951-960 (2005).

-i
ഇൻപുട്ട്/ക്വറി മൾട്ടിപ്പിൾ സീക്വൻസ് അലൈൻമെന്റ് (a2m, a3m, FASTA) അല്ലെങ്കിൽ HMM

-d
hhm, HMMER, അല്ലെങ്കിൽ a3m ഫോർമാറ്റിലുള്ള സംയോജിത HMM-കളുടെ HMM ഡാറ്റാബേസ്, അല്ലെങ്കിൽ ഫയൽ ഉണ്ടെങ്കിൽ
വിപുലീകരണ സുഹൃത്ത്, HMM ഫയൽ പേരുകളുടെ ലിസ്റ്റ്, ഓരോ വരിയിലും ഒന്ന്. ഒന്നിലധികം dbs, HMMs, അല്ലെങ്കിൽ pal
ഉള്ള ഫയലുകൾ -d ' ...'

ഉടനീളം 'stdin' അല്ലെങ്കിൽ 'stdout' ആയിരിക്കാം.

ഔട്ട്പുട്ട് ഓപ്ഷനുകൾ:
-o
ഫയലിലേക്ക് സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഫോർമാറ്റിൽ ഫലങ്ങൾ എഴുതുക (default= )

-ഓഫാസ്
ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റിൽ കാര്യമായ പൊരുത്തങ്ങളുടെ ജോഡിവൈസ് അലൈൻമെന്റുകൾ എഴുതുക
a3m, a2m, psi ഫോർമാറ്റിൽ ഔട്ട്പുട്ട് (ഉദാ -Oa3m)

-oa3m
a3m ഫോർമാറ്റിൽ കാര്യമായ പൊരുത്തങ്ങളുടെ MSA എഴുതുക a2m, psi,
hhm ഫോർമാറ്റും (ഉദാ -ഓം)

-e [0,1]
ഒന്നിലധികം വിന്യാസത്തിൽ ഉൾപ്പെടുത്തുന്നതിനുള്ള ഇ-മൂല്യം കട്ട്ഓഫ് (def=0.001)

-സെക്
പരമാവധി പ്രദർശിപ്പിച്ചിരിക്കുന്ന അന്വേഷണ/ടെംപ്ലേറ്റ് സീക്വൻസുകളുടെ എണ്ണം (def=1) ഓവർഫ്ലോകൾ സൂക്ഷിക്കുക! എല്ലാം
ഈ സീക്വൻസുകൾ മെമ്മറിയിൽ സൂക്ഷിക്കുന്നു.

- ദോഷങ്ങൾ എംഎസ്എ ചോദ്യത്തിന്റെ മാസ്റ്റർ സീക്വൻസായി സമവായ ക്രമം കാണിക്കുക

-നോകോൺസ്
വിന്യാസങ്ങളിൽ സമവായ ക്രമം കാണിക്കരുത് (ഡിഫോൾട്ട്=ഷോ)

-നോപ്രെഡ്
വിന്യാസങ്ങളിൽ പ്രവചിച്ച 2ndary ഘടന കാണിക്കരുത് (സ്ഥിരസ്ഥിതി=ഷോ)

-nodssp
അലൈൻമെന്റുകളിൽ DSSP 2ndary ഘടന കാണിക്കരുത് (സ്ഥിരസ്ഥിതി=ഷോ)

-ssconf
വിന്യാസങ്ങളിൽ പ്രവചിക്കപ്പെട്ട 2ndary ഘടനയ്ക്കുള്ള ആത്മവിശ്വാസം കാണിക്കുക

-p
സംഗ്രഹത്തിലും വിന്യാസ ലിസ്റ്റിലും ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ സംഭാവ്യത (def=20)

-E
സംഗ്രഹത്തിലും വിന്യാസ പട്ടികയിലും പരമാവധി ഇ-മൂല്യം (def=1E+06)

-Z
സംഗ്രഹ ഹിറ്റ് ലിസ്റ്റിലെ പരമാവധി വരികളുടെ എണ്ണം (def=500)

-z
സംഗ്രഹ ഹിറ്റ് ലിസ്റ്റിലെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ വരികളുടെ എണ്ണം (def=10)

-B
വിന്യാസ പട്ടികയിലെ പരമാവധി എണ്ണം വിന്യാസങ്ങൾ (def=500)

-b
വിന്യാസ ലിസ്റ്റിലെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ അലൈൻമെന്റുകളുടെ എണ്ണം (def=10)

-അലിവ് [40,..[
വിന്യാസ ലിസ്റ്റിലെ ഒരു വരിയിലെ നിരകളുടെ എണ്ണം (def=80)

-dbstrlen
hhr ഫയലിൽ പ്രിന്റ് ചെയ്യേണ്ട ഡാറ്റാബേസ് സ്ട്രിംഗിന്റെ പരമാവധി ദൈർഘ്യം

ഫിൽട്ടർ ചോദ്യം മൾട്ടിപ്പിൾ സീക്വൻസ് അലൈൻമെന്റ്

-ഐഡി [0,100] പരമാവധി പെയർവൈസ് സീക്വൻസ് ഐഡന്റിറ്റി (%) (def=90)

-വ്യത്യാസം [0,inf[
ഏറ്റവും വൈവിധ്യമാർന്ന സീക്വൻസുകൾ തിരഞ്ഞെടുത്ത് MSA ഫിൽട്ടർ ചെയ്യുക, കുറഞ്ഞത് ഇത്രയെങ്കിലും നിലനിർത്തുക
50 നീളമുള്ള ഓരോ MSA ബ്ലോക്കിലെയും seqs (def=100)

-കോവ [0,100] ചോദ്യത്തോടുകൂടിയ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ കവറേജ് (%) (def=0)

-ക്വിദ് [0,100] ചോദ്യത്തോടുകൂടിയ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ സീക്വൻസ് ഐഡന്റിറ്റി (%) (def=0)

-qsc [0,100] ചോദ്യത്തോടുകൂടിയ ഓരോ കോളത്തിനും ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ സ്കോർ (def=-20.0)

-നെഫ് [1,inf]
വിന്യാസത്തിന്റെ ടാർഗെറ്റ് വൈവിധ്യം (സ്ഥിരസ്ഥിതി=ഓഫ്)

ഇൻപുട്ട് വിന്യാസം ഫോർമാറ്റ്:
-M a2m ഉപയോഗം A2M/A3M (സ്ഥിരസ്ഥിതി): വലിയ കേസ് = പൊരുത്തം; ലോവർ കേസ് = Insert; '-' = ഇല്ലാതാക്കുക; '.' =
ഇൻസെർട്ടുകളിലേക്ക് വിന്യസിച്ച വിടവുകൾ (ഒഴിവാക്കിയേക്കാം)

-M ആദ്യം
ഫാസ്റ്റ ഉപയോഗിക്കുക: ഒന്നാം ശ്രേണിയിലെ അവശിഷ്ടങ്ങളുള്ള നിരകൾ പൊരുത്തപ്പെടുന്ന അവസ്ഥകളാണ്

-M [0,100]
FASTA ഉപയോഗിക്കുക: X%-ൽ താഴെ വിടവുകളുള്ള നിരകൾ പൊരുത്തപ്പെടുന്ന അവസ്ഥകളാണ്

-ടാഗുകൾ His-, C-myc-, FLAG-tags, tripsin recognition sequence എന്നിവ നിർവീര്യമാക്കരുത്
പശ്ചാത്തല വിതരണം

എച്ച്എംഎം-എച്ച്എംഎം വിന്യാസം ഓപ്ഷനുകൾ:
- norealign
MAC അൽഗോരിതം ഉപയോഗിച്ച് പ്രദർശിപ്പിച്ച ഹിറ്റുകൾ പുനഃക്രമീകരിക്കരുത് (def=realign)

-മാക്ട് [0,1[
MAC റീ-അലൈൻമെന്റ് (def=0.350) പാരാമീറ്റർ നിയന്ത്രണങ്ങൾക്കുള്ള പിൻഭാഗത്തെ പ്രോബബിലിറ്റി ത്രെഷോൾഡ്
വിന്യാസം അത്യാഗ്രഹം: 0: ഗ്ലോബൽ >0.1: ലോക്കൽ

- ഗ്ലോബ്/-ലോകം
തിരയലിനും/റാങ്കിംഗിനും ആഗോള/പ്രാദേശിക വിന്യാസ മോഡ് ഉപയോഗിക്കുക (def=ലോക്കൽ)

-alt
ഇത്രയധികം പ്രധാനപ്പെട്ട ഇതര വിന്യാസങ്ങൾ കാണിക്കുക (def=2)

-vit തിരയലിനും / റാങ്കിംഗിനും Viterbi അൽഗോരിതം ഉപയോഗിക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി)

-മാക് തിരയലിനും റാങ്കിംഗിനും പരമാവധി കൃത്യത (MAC) അൽഗോരിതം ഉപയോഗിക്കുക

- മുന്നോട്ട്
തിരയലിനായി ഫോർവേഡ് പ്രോബബിലിറ്റി ഉപയോഗിക്കുക

-ഒഴികെ
അലൈൻമെന്റിൽ നിന്ന് അന്വേഷണ സ്ഥാനങ്ങൾ ഒഴിവാക്കുക, ഉദാ '1-33,97-168'

-ഷിഫ്റ്റ് [-1,1]
സ്കോർ ഓഫ്സെറ്റ് (def=-0.03)

-കോർ [0,1]
ജോഡി പരസ്പര ബന്ധങ്ങൾക്കുള്ള കാലാവധിയുടെ ഭാരം (def=0.10)

-sc അമിനോ ആസിഡ് സ്കോർ (tja: കോളം j-ലെ ടെംപ്ലേറ്റ് HMM) (def=1)

0 = ലോഗ്2 സം(tja*qia/pa) (pa: aa പശ്ചാത്തല ആവൃത്തികൾ)

1 = ലോഗ്2 തുക(tja*qia/pqa) (pqa = 1/2*(pa+ta) )

2 = ലോഗ്2 തുക(tja*qia/ta) (ta: av. ടെംപ്ലേറ്റിലെ aa ആവൃത്തികൾ)

3 = ലോഗ്2 തുക(tja*qia/qa) (qa: av. aa ആവൃത്തികൾ അന്വേഷണത്തിൽ)

5 പ്രാദേശിക അമിനോ ആസിഡ് ഘടന തിരുത്തൽ

-ssm {0,..,4}
0: ss സ്കോറിംഗ് ഇല്ല 1,2: ss സ്കോറിംഗ് അലൈൻമെന്റിന് ശേഷമോ സമയത്തോ [default=2] 3,4: ss
അലൈൻമെന്റിന് ശേഷമോ സമയത്തോ സ്കോറിംഗ്, പ്രവചിച്ചതും പ്രവചിച്ചതും

-ssw കോളം സ്‌കോറുമായി താരതമ്യം ചെയ്യുമ്പോൾ ss സ്‌കോറിന്റെ [0,1] ഭാരം (def=0.11)

-ssa [0,1] SS സബ്സ്റ്റിറ്റ്യൂഷൻ മാട്രിക്സ് = (1-ssa)*I + ssa*full-SS-substition-matrix
[def=1.00)

ഗ്യാപ്പ് ചെലവ് ഓപ്ഷനുകൾ:
-ഗാപ്പ് [0,inf[
ട്രാൻസിഷൻ സ്യൂഡോകൗണ്ട് മിശ്രിതം (def=1.00)

-gapd [0,inf[
ഓപ്പൺ ഗ്യാപ്പിനുള്ള ട്രാൻസിഷൻ സ്യൂഡോകൗണ്ട് അഡ്‌മിക്‌ചർ (ഡിഫോൾട്ട്=0.15)

- വിടവ് [0,1.5]
വിപുലീകരണ വിടവിനുള്ള ട്രാൻസിഷൻ സ്യൂഡോകൗണ്ട് മിശ്രിതം (def=1.00)

-gapf ]0,inf]
ഇല്ലാതാക്കലുകൾക്കുള്ള ഗ്യാപ്പ് ഓപ്പൺ പെനാൽറ്റി കൂട്ടുകയോ കുറയ്ക്കുകയോ ചെയ്യുന്ന ഘടകം (def=0.60)

-gapg ]0,inf]
ഇൻസെർട്ടുകൾക്കുള്ള ഗ്യാപ്പ് ഓപ്പൺ പെനാൽറ്റി കൂട്ടുന്നതിനോ കുറയ്ക്കുന്നതിനോ ഉള്ള ഘടകം (def=0.60)

-gaph ]0,inf]
ഇല്ലാതാക്കലുകൾക്കുള്ള പെനാൽറ്റി വിടവ് വർദ്ധിപ്പിക്കുന്നതിനും കുറയ്ക്കുന്നതിനുമുള്ള ഘടകം (def=0.60)

-ഗാപി ]0,inf]
ഇൻസെർട്ടുകൾക്കുള്ള ഗ്യാപ്പ് വിപുലീകരണ പെനാൽറ്റി വർദ്ധിപ്പിക്കുന്ന/കുറയ്ക്കുന്നതിനുള്ള ഘടകം (def=0.60)

-ഉദാ അന്വേഷണ അവശിഷ്ടങ്ങളുമായി വിന്യസിച്ച അവസാന വിടവുകൾക്കുള്ള [0,inf[ പെനാൽറ്റി (ബിറ്റുകൾ) (def=0.00)

- ഉദാ ടെംപ്ലേറ്റ് അവശിഷ്ടങ്ങളുമായി വിന്യസിച്ച അവസാന വിടവുകൾക്കുള്ള [0,inf[ പെനാൽറ്റി (ബിറ്റുകൾ) (def=0.00)

സ്യൂഡോകൗണ്ട് (പിസി) ഓപ്ഷനുകൾ:
-പിസിഎം {0,..,3}
പിസി അഡ്‌മിക്‌ചറിന്റെ സ്ഥാനം ആശ്രിതത്വം 'ടൗ' (പിസി മോഡ്, ഡിഫോൾട്ട്=2) 0: കപട എണ്ണങ്ങളൊന്നുമില്ല:
tau = 0 1: സ്ഥിരമായ tau = a 2: വൈവിധ്യത്തെ ആശ്രയിച്ചിരിക്കുന്നു: tau = a/(1 +
((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: കോളം i-ന് ചുറ്റുമുള്ള പ്രാദേശിക MSA-യിലെ ഫലപ്രദമായ സെക്കുകളുടെ എണ്ണം)
3: സ്ഥിരമായ വൈവിധ്യ കപടസംഖ്യകൾ

-പിസിഎ [0,1] മൊത്തത്തിലുള്ള സ്യൂഡോകൗണ്ട് മിശ്രിതം (def=1.0)

-പിസിബി [1,inf[നുള്ള നെഫ് ത്രെഷോൾഡ് മൂല്യം -പിസിഎം 2 (def=1.5)

-പിസിസി [0,3] വംശനാശ ഘാതം c -പിസിഎം 2 (def=1.0)

സന്ദർഭ-നിർദ്ദിഷ്ട കപട കണക്കുകൾ:
-nocontxt
സന്ദർഭ-നിർദ്ദിഷ്ട കപട കൗണ്ടുകൾക്ക് പകരം സബ്സ്റ്റിറ്റ്യൂഷൻ-മാട്രിക്സ് ഉപയോഗിക്കുക

-contxt സന്ദർഭ-നിർദ്ദിഷ്ട കപട കൗണ്ടുകൾ കമ്പ്യൂട്ടിംഗ് ചെയ്യുന്നതിനുള്ള സന്ദർഭ ഫയൽ
(default=./data/context_data.lib)

-cslib
വേഗത്തിലുള്ള ഡാറ്റാബേസ് പ്രിഫിൽട്ടറിംഗിനുള്ള കോളം സ്റ്റേറ്റ് ഫയൽ (default=./data/cs219.lib)

-csw [0,inf] cs pseudocount മോഡിൽ കേന്ദ്ര സ്ഥാനത്തിന്റെ ഭാരം (def=1.6)

-സിഎസ്ബി cs pc മോഡിലെ സ്ഥാനങ്ങൾക്കായുള്ള [0,1] ഭാരം ക്ഷയിക്കുന്ന പാരാമീറ്റർ (def=0.9)

മറ്റു ഓപ്ഷനുകൾ:
-സിപിയു
ഉപയോഗിക്കാനുള്ള സിപിയുകളുടെ എണ്ണം (പങ്കിട്ട മെമ്മറി എസ്എംപികൾക്ക്) (സ്ഥിരസ്ഥിതി=1)

-v
വെർബോസ് മോഡ്: 0: സ്‌ക്രീൻ ഔട്ട്‌പുട്ട് ഇല്ല 1: വാറിംഗ്സ് 2 മാത്രം: വാചാലത

- പരമാവധി
HMM നിരകളുടെ പരമാവധി എണ്ണം (def=15002)

- പരമാവധി [1,inf[ GB-യിൽ ലഭ്യമായ പരമാവധി മെമ്മറി (def=3.0)

-സ്കോർ ഫയലിലേക്ക് എല്ലാ ജോഡിവൈസ് താരതമ്യങ്ങൾക്കും സ്കോറുകൾ എഴുതുക

- ശാന്തം {0,..,3} 0:ക്വറി 1:ടെംപ്ലേറ്റ് 2:രണ്ടിന്റെ അനുഭവപരമായ സ്കോർ കാലിബ്രേഷൻ

ഡിഫോൾട്ട് 3: EVD പാരാമുകളുടെ ന്യൂറൽ നെറ്റ്‌വർക്ക് അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള എസ്റ്റിമേഷൻ

ഉദാഹരണം: hhsearch -i a.1.1.1.a3m -d scop70_1.71.hhm

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഓൺലൈനായി hhsearch ഉപയോഗിക്കുക