kalign - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

kalign - ബയോളജിക്കൽ സീക്വൻസുകളുടെ ഒന്നിലധികം വിന്യാസം നടത്തുന്നു.

സിനോപ്സിസ്

കാലിൻ [infile.fasta] [outfile.fasta] [ഓപ്ഷനുകൾ]

കാലിൻ [-ഐ infile.fasta] [-ഒ outfile.fasta] [ഓപ്ഷനുകൾ]

കാലിൻ [< infile.fasta] [> outfile.fasta] [ഓപ്ഷനുകൾ]

വിവരണം

കാലിൻ ബയോളജിക്കൽ സീക്വൻസുകളുടെ ഒന്നിലധികം വിന്യാസം നടത്തുന്നതിനുള്ള ഒരു കമാൻഡ് ലൈൻ ഉപകരണമാണ്. അത്
കൃത്യതയും വേഗതയും മെച്ചപ്പെടുത്താൻ Muth?Manber സ്ട്രിംഗ്-മാച്ചിംഗ് അൽഗോരിതം ഉപയോഗിക്കുന്നു
വിന്യാസത്തിന്റെ. ഇത് ആഗോളവും പുരോഗമനപരവുമായ വിന്യാസ സമീപനം ഉപയോഗിക്കുന്നു, ഇത് ഉപയോഗിക്കുന്നതിലൂടെ സമ്പുഷ്ടമാണ്
ഏകദേശ സ്ട്രിംഗ്-മാച്ചിംഗ് അൽഗോരിതം ക്രമ ദൂരങ്ങൾ കണക്കാക്കാനും സംയോജിപ്പിക്കാനും
അല്ലാത്തപക്ഷം ആഗോള വിന്യാസത്തിലേക്ക് പ്രാദേശിക പൊരുത്തങ്ങൾ.

ഓപ്ഷനുകൾ

-s -ജിപിഒ - ഗാപോപെൻ - വിടവ്_തുറക്കുക x
ഗ്യാപ്പ് ഓപ്പൺ പെനാൽറ്റി.

-e -ജിപിഇ -gap_ext - ഗ്യാപ്‌ടെൻഷൻ x
വിടവ് വിപുലീകരണ പിഴ.

-t -tgpe -terminal_gap_extension_പെനാൽറ്റി x
ടെർമിനൽ വിടവ് പിഴകൾ.

-m -ബോണസ് -മാട്രിക്സ്_ബോണസ് x
സബ്സ്റ്റിറ്റ്യൂഷൻ മാട്രിക്സിലേക്ക് ഒരു സ്ഥിരാങ്കം ചേർത്തു.

-c - അടുക്കുക <ഇൻപുട്ട്, വൃക്ഷം, വിടവുകൾ.>
ഔട്ട്പുട്ട് വിന്യാസത്തിൽ സീക്വൻസുകൾ ദൃശ്യമാകുന്ന ക്രമം.

-g - സവിശേഷത
ഫീച്ചർ മോഡ് തിരഞ്ഞെടുത്ത് ഏതൊക്കെ ഫീച്ചറുകളാണ് ഉപയോഗിക്കേണ്ടതെന്ന് വ്യക്തമാക്കുന്നു: ഉദാ. എല്ലാം, maxplp,
STRUCT, PFAM-A?

-അതേ_ഫീച്ചർ_സ്കോർ
സമാന സവിശേഷതകൾ വിന്യസിക്കുന്നതിനുള്ള സ്കോർ.

-diff_feature_score
വ്യത്യസ്ത സവിശേഷതകൾ വിന്യസിക്കുന്നതിനുള്ള പിഴ.

-d - ദൂരം <wu, ജോടി>
വിദൂര രീതി

-b -വൃക്ഷം -വഴികാട്ടി-മരം <nj, upgma>
ഗൈഡ് ട്രീ രീതി.

-z -zcutoff
വു-മാൻബർ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള ദൂരം കണക്കുകൂട്ടലിൽ ഉപയോഗിക്കുന്ന പാരാമീറ്റർ.

-i - ൽ -ഇൻപുട്ട്
ഇൻപുട്ട് ഫയലിന്റെ പേര്.

-o -പുറത്ത് - ഔട്ട്പുട്ട്
ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലിന്റെ പേര്.

-a -gap_inc
നിലവിലുള്ള വിടവുകളുടെ എണ്ണം അനുസരിച്ച് വിടവ് പിഴകൾ വർദ്ധിപ്പിക്കുന്നു.

-f - ഫോർമാറ്റ് <വേഗത, msf, ആൽൻ, ക്ലൂ, macsim>
ഔട്ട്പുട്ട് ഫോർമാറ്റ്.

-q - നിശബ്ദം
STDERR-ലേക്ക് ഒന്നും പ്രിന്റ് ചെയ്യരുത്. STDIN-ൽ നിന്ന് ഒന്നും വായിക്കരുത്.

അവലംബം

ടിമോ ലാസ്മാനും എറിക് എൽഎൽ സോൺഹാമറും (2005) കാലിൻ - കൃത്യവും വേഗത്തിലുള്ളതുമായ ഗുണിതം
സീക്വൻസ് അലൈൻമെന്റ് അൽഗോരിതം. ബിഎംസി ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സ് 6:298

· ടിമോ ലാസ്മാൻ, ഒലിവർ ഫ്രിംഗ്സ്, എറിക് LL Sonnhammer (2009) Kalign2:
പ്രോട്ടീൻ, ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് സീക്വൻസുകളുടെ ഉയർന്ന പ്രകടനമുള്ള ഒന്നിലധികം വിന്യാസം അനുവദിക്കുന്നു
ബാഹ്യ സവിശേഷതകൾ. ന്യൂക്ലിക് ആസിഡ് റിസർച്ച് 3:858?865.

AUTHORS

ടിമോ ലാസ്മാൻ <timolassmann@gmail.com>
കലൈനിന്റെ അപ്‌സ്ട്രീം രചയിതാവ്.

ചാൾസ് പ്ലെസി <plessy@debian.org>
മാൻപേജ് എഴുതി.

പകർപ്പവകാശ

പകർപ്പവകാശം © 2004, 2005, 2006, 2007, 2008 ടിമോ ലാസ്മാൻ

കാലിൻ ഒരു സ്വതന്ത്ര സോഫ്റ്റ്‌വെയർ ആണ്. നിബന്ധനകൾക്ക് കീഴിൽ നിങ്ങൾക്ക് ഇത് പുനർവിതരണം ചെയ്യാനും കൂടാതെ/അല്ലെങ്കിൽ പരിഷ്ക്കരിക്കാനും കഴിയും
ഫ്രീ സോഫ്റ്റ്‌വെയർ ഫൗണ്ടേഷൻ പ്രസിദ്ധീകരിച്ച ഗ്നു ജനറൽ പബ്ലിക് ലൈസൻസ്.

ഈ മാനുവൽ പേജ് എഴുതിയത് ചാൾസ് പ്ലെസിയാണ്plessy@debian.org> ഡെബിയനു(TM)
സിസ്റ്റം (എന്നാൽ മറ്റുള്ളവർക്ക് ഉപയോഗിക്കാം). പകർത്താനും വിതരണം ചെയ്യാനും കൂടാതെ/അല്ലെങ്കിൽ അനുമതി നൽകാനും അനുമതിയുണ്ട്
kalign-ന്റെ അതേ നിബന്ധനകൾക്ക് കീഴിൽ ഈ പ്രമാണം പരിഷ്ക്കരിക്കുക.

ഡെബിയൻ സിസ്റ്റങ്ങളിൽ, ഗ്നു ജനറൽ പബ്ലിക് ലൈസൻസ് പതിപ്പ് 2 ന്റെ പൂർണ്ണമായ വാചകം ആകാം
ൽ കണ്ടെത്തി /usr/share/common-licenses/GPL-2.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് kalign ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക