king-probe - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

കിംഗ്-പ്രോബ് - പ്രോട്ടീൻ ഇന്ററാറ്റോമിക് പാക്കിംഗ് വിലയിരുത്തുകയും ദൃശ്യവൽക്കരിക്കുകയും ചെയ്യുക

വിവരണം

വാക്യഘടന: അന്വേഷണം input.pdb >> out.kin

അല്ലെങ്കിൽ: അന്വേഷണം [ഫ്ലാഗുകൾ] "src പാറ്റേൺ" ["ടാർഗെറ്റ് പാറ്റേൺ"] pdbfiles... >> out.kin

ഫ്ലാഗുകൾ‌:
-സ്വയം സ്വയം കവല: src -> src (സ്ഥിരസ്ഥിതി)

- രണ്ടും രണ്ട് വഴികളും മുറിക്കുക: src <=> targ

-ഒരിക്കല് ഒറ്റ കവല: src -> ടാർഗ്

-ഔട്ട് എസ്ആർസിയുടെ ബാഹ്യ വാൻ ഡെർ വാൽസ് ഉപരിതലം (ലായക കോൺടാക്റ്റ് ഉപരിതലം)

-ഓട്ടോബോണ്ട്രോട്ട് ഫയലിന്റെ പേര്
ഒരു autobondrot ഫയൽ വായിച്ച് പ്രോസസ്സ് ചെയ്യുക

കുറുക്കുവഴികൾ:

< > അതേപോലെ: -4 എച്ച് -എംസി -ഹെറ്റ് - സ്വയം "altA ogt33"

-ഡിഫോൾട്ടുകൾ
അതുപോലെ: < >, എന്നാൽ മറ്റ് ചില ഫ്ലാഗുകൾ അനുവദിക്കുന്നു

-എസ്‌സി ഉപരിതലം അതുപോലെ: - ഡ്രോപ്പ് -റാഡ്1.4 -പുറത്ത് "വെള്ളമല്ല"

-എക്സ്പോസ്ഡ്
അതുപോലെ: - ഡ്രോപ്പ് -റാഡ്1.4 -പുറത്ത് (ശ്രദ്ധിക്കുക: ഉപയോക്തൃ വിതരണ പാറ്റേൺ)

- ഉപരിതലം
അതുപോലെ: - ഡ്രോപ്പ് -റാഡ്0.0 -1 ചേർക്കുക.4 -പുറത്ത് "വെള്ളമല്ല"

-പ്രവേശനം
അതുപോലെ: - ഡ്രോപ്പ് -റാഡ്0.0 -1 ചേർക്കുക.4 -പുറത്ത് (ശ്രദ്ധിക്കുക: ഉപയോക്തൃ വിതരണ പാറ്റേൺ)

-SCAN0 അതുപോലെ: -4 എച്ച് -എംസി - സ്വയം "alta blt40 ogt33"

-SCAN1 അതുപോലെ: -4 എച്ച് -ഒരിക്കല് "sc alta blt40 ogt33" "alta blt40 ogt65,(വെള്ളം ogt33 അല്ല)"

-ഡംപറ്റോമിൻഫോ
തിരഞ്ഞെടുപ്പിലെ ആറ്റങ്ങൾ എണ്ണുക: src

(രണ്ടും ഒരിക്കൽ എന്നതിന് രണ്ട് പാറ്റേണുകൾ ആവശ്യമാണെന്ന് ശ്രദ്ധിക്കുക

ഔട്ട്, സെൽഫ്, ഡംപറ്റോമിൻഫോ എന്നിവയ്ക്ക് ഒരു പാറ്റേൺ മതി)

- പരോക്ഷമായി
അവ്യക്തമായ ഹൈഡ്രജൻ

-വ്യക്തം
വ്യക്തമായ ഹൈഡ്രജൻ (സ്ഥിരസ്ഥിതി)

-സാന്ദ്രത#
ഡോട്ട് സാന്ദ്രത സജ്ജീകരിക്കുക (ഡിഫോൾട്ട് 16 ഡോട്ട്സ്/സ്ക്വയർ എ)

-ആരം#.#
പ്രോബ് ആരം സജ്ജമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.25 എ)

-ADDvdw#.#
വാൻ ഡെർ വാൽസ് റേഡിയിലേക്ക് ഓഫ്സെറ്റ് ചേർത്തു (സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.0)

-അളവ്#.# വാൻ ഡെർ വാൽസ് റേഡിയിനായുള്ള സ്കെയിൽ ഘടകം (സ്ഥിരസ്ഥിതി 1.0)

-COSCale#.#
സ്കെയിൽ C=O കാർബൺ വാൻ ഡെർ വാൽസ് ആരം (സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.94)

- സ്പൈക്ക് ഡോട്ടുകൾക്ക് പകരം സ്പൈക്ക് വരയ്ക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി)

- സ്പൈക്ക്#.#
സ്പൈക്ക് സ്കെയിൽ സജ്ജമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി=0.5)

- നോസ്പൈക്ക്
ഡോട്ടുകൾ മാത്രം വരയ്ക്കുക

-HB റെഗുലർ#.# റെഗുലർ എച്ച്ബോണ്ടുകൾക്കായി പരമാവധി ഓവർലാപ്പ് (ഡിഫോൾട്ട്=0.6)

-HBCചാർജ്ജ് ചെയ്തുചാർജ്ജ് ചെയ്ത Hbonds-ന് #.# പരമാവധി ഓവർലാപ്പ് (ഡിഫോൾട്ട്=0.8)

- സൂക്ഷിക്കുക തിരഞ്ഞെടുക്കാത്ത ആറ്റങ്ങൾ സൂക്ഷിക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി)

-ഡ്രോപ്പ് തിരഞ്ഞെടുക്കാത്ത ആറ്റങ്ങൾ ഡ്രോപ്പ് ചെയ്യുക

-പരിധി ചുംബിക്കുമ്പോൾ ബമ്പ് ഡോട്ടുകൾ പരമാവധി ദൂരത്തേക്ക് പരിമിതപ്പെടുത്തുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി)

-പരിധിയില്ല
ബമ്പ് ഡോട്ടുകൾ പരിമിതപ്പെടുത്തരുത്

-ലെന്സ് കിൻ ഫയലിലേക്ക് ലെൻസ് കീവേഡ് ചേർക്കുക

-നോലെൻസ്
കിൻ ഫയലിലേക്ക് ലെൻസ് കീവേഡ് ചേർക്കരുത് (സ്ഥിരസ്ഥിതി)

-എം.സി മെയിൻചെയിൻ->മെയിൻചെയിൻ ഇടപെടലുകൾ ഉൾപ്പെടുന്നു

-എച്ച്ഇടികൾ നോൺ-വാട്ടർ HET ഗ്രൂപ്പുകളിലേക്ക് ഡോട്ടുകൾ ഉൾപ്പെടുത്തുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി)

-നോഹെറ്റുകൾ
നോൺ-വാട്ടർ HET ഗ്രൂപ്പുകളിലേക്ക് ഡോട്ടുകൾ ഒഴിവാക്കുക

-വെള്ളം
വെള്ളത്തിലേക്ക് ഡോട്ടുകൾ ഉൾപ്പെടുത്തുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി)

-NOWATers
വെള്ളത്തിലേക്ക് ഡോട്ടുകൾ ഒഴിവാക്കുക

-WAT2wat
വെള്ളങ്ങൾക്കിടയിൽ ഡോട്ടുകൾ കാണിക്കുക

-ഡംപ്2ഒ
വെള്ളം H ഉൾപ്പെടുത്തണോ? ഔട്ട്പുട്ടിൽ വെക്റ്റർലിസ്റ്റ്

-4 എച്ച് H-ന് വേണ്ടി ബോണ്ട് ചെയിൻ ഡോട്ട് നീക്കം 4 ആയി നീട്ടുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി)

-3 ബോണ്ട് ചെയിൻ ഡോട്ട് നീക്കം 3 ആയി പരിമിതപ്പെടുത്തുക

-2 ബോണ്ട് ചെയിൻ ഡോട്ട് നീക്കം 2 ആയി പരിമിതപ്പെടുത്തുക

-1 ബോണ്ട് ചെയിൻ ഡോട്ട് നീക്കം 1 ആയി പരിമിതപ്പെടുത്തുക

-അവഗണിക്കുക "പാറ്റേൺ" വ്യക്തമായ ഡ്രോപ്പ്: പാറ്റേൺ അനുസരിച്ച് തിരഞ്ഞെടുത്ത ആറ്റങ്ങളെ അവഗണിക്കുക

-DOCHO
CH..O Hbonds തിരിച്ചറിയുക

-ചോ#.#
CH..O Hbond സ്കോറിനുള്ള സ്കെയിൽ ഘടകം (സ്ഥിരസ്ഥിതി=0.5)

-പോളാർ എച്ച്
ധ്രുവീയ ഹൈഡ്രജന്റെ ഹ്രസ്വ ആരം ഉപയോഗിക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി)

-NOPolarH
ധ്രുവീയ ഹൈഡ്രജന്റെ ആരങ്ങൾ ചെറുതാക്കരുത്

-NOFACEhbond എച്ച്ബോണ്ടുകളെ സുഗന്ധമുള്ള മുഖങ്ങളിലേക്ക് തിരിച്ചറിയരുത്

-നാമം "പേര്" ഗ്രൂപ്പിന്റെ പേര് വ്യക്തമാക്കുന്നു (സ്ഥിര "ഡോട്ട്")

-ഡോട്ട്മാസ്റ്റർ
ലിസ്റ്റുകളിൽ അധിക മാസ്റ്ററായി ഉപയോഗിച്ചിരിക്കുന്ന ഗ്രൂപ്പിന്റെ പേര്={name}

-NOGroup
.kin ഫോർമാറ്റ് ഔട്ട്‌പുട്ടിൽ @group പ്രസ്താവന സൃഷ്ടിക്കരുത്

-കൈൻമേജ്
.kin ഫോർമാറ്റ് ഔട്ട്പുട്ടിന്റെ മുകളിൽ @kinemage 1 പ്രസ്താവന ചേർക്കുക

-കൌണ്ട്ഡോട്ടുകൾ
ഡോട്ടുകളുടെ എണ്ണം ഉണ്ടാക്കുക-ഒരു ഡോട്ട്‌ലിസ്റ്റ് അല്ല

- വിവരമില്ലാത്തത്
ഔട്ട്പുട്ട് റോ ഡോട്ട് വിവരം

name:pat:type:srcAtom:targAtom:mingap:gap:spX:
spY:spZ:spikeLen:score:stype:ttype:x:y:z:sBval:tBval:

-ഫോർമാറ്റ്
ഔട്ട്‌പുട്ട് ഡോട്ട് വിവരം O-യിൽ പ്രദർശിപ്പിക്കുന്നതിനായി ഫോർമാറ്റ് ചെയ്‌തു

-XVFORMAT
XtalView-ൽ പ്രദർശിപ്പിക്കുന്നതിനായി ഔട്ട്‌പുട്ട് ഡോട്ട് വിവരം ഫോർമാറ്റ് ചെയ്‌തു

-വൺലൈൻ
ഔട്ട്പുട്ട് ഒരു വരി :contacts:by:severity:type:

-GAPcolor
വിടവ് തുക പ്രകാരം വർണ്ണ ഡോട്ടുകൾ (ഡിഫോൾട്ട്)

-ATOMcolor
ആറ്റം തരം അനുസരിച്ച് വർണ്ണ ഡോട്ടുകൾ

-ബേസ് കളർ
ന്യൂക്ലിക് ആസിഡ് ബേസ് തരം അനുസരിച്ച് കളർ ഡോട്ടുകൾ

-COLORബേസ്
വിടവും ന്യൂക്ലിക് ആസിഡ് ബേസ് തരവും അനുസരിച്ച് കളർ ഡോട്ടുകൾ

-ഔട്ട്‌കോലോർ "പേര്" എന്നതിന്റെ പോയിന്റ് നിറം വ്യക്തമാക്കുന്നു -ഔട്ട് (ഡിഫോൾട്ട് "ഗ്രേ")

-GAP വെയ്റ്റ്#
സ്കോറിംഗ് വിടവുകൾക്കായി ഭാരം സജ്ജമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.25)

-ബമ്പ് വെയ്റ്റ്ബമ്പുകൾ സ്‌കോർ ചെയ്യുന്നതിനായി # ആപേക്ഷിക സ്കെയിൽ സജ്ജമാക്കുക (ഡിഫോൾട്ട് 10.0)

-HBവെയ്റ്റ്#
Hbonds സ്കോർ ചെയ്യുന്നതിന് ആപേക്ഷിക സ്കെയിൽ സജ്ജമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി 4.0)

-ഡിവ് ലോ#.#
ബമ്പ് വിഭാഗങ്ങൾക്കുള്ള ഡിവിഷൻ (ഡിഫോൾട്ട് -0.ക്സനുമ്ക്സ)

-ഡിവ്ഹൈ#.#
കോൺടാക്റ്റ് വിഭാഗങ്ങൾക്കുള്ള ഡിവിഷൻ (ഡിഫോൾട്ട് 0.25)

-മിനോക്കുപൻസി#.#
ഇതിന് താഴെയുള്ള താമസം പൂജ്യത്തിന് തുല്യമാണ് (ഡിഫോൾട്ട് 0.02)

-ഘടകം
കിൻ ഔട്ട്പുട്ടിൽ വ്യത്യസ്ത ഘടകങ്ങൾക്കായി മാസ്റ്റർ ബട്ടണുകൾ ചേർക്കുക

-നോഹ്ബൗട്ട്
HBonds-നായി കോൺടാക്റ്റുകൾ ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യരുത്

-നോക്ലാഷൗട്ട്
ഏറ്റുമുട്ടലുകൾക്കായി കോൺടാക്റ്റുകൾ ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യരുത്

-നോവ്ഡൗട്ട്
വാൻ ഡെർ വാൽസ് ഇടപെടലുകൾക്കായി കോൺടാക്റ്റുകൾ ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യരുത്

-ബാഡൗട്ട് മാത്രം
ബാഡ്ഔട്ട് ഔട്ട്പുട്ട് മോശം ക്ലാഷുകൾ (കടുത്ത ഓവർലാപ്പ് കോൺടാക്റ്റുകൾ)

-സംഗ്രഹം
കോൺടാക്‌റ്റുകളുടെയും ക്ലാഷുകളുടെയും ഔട്ട്‌പുട്ട് സംഗ്രഹ ലിസ്റ്റ്

-വൺലൈൻ
ഒൺലൈനിൽ ഔട്ട്പുട്ട് സംഗ്രഹ ലിസ്റ്റ്

- നോട്ടിക്കുകൾ
പ്രോസസ്സിംഗ് സമയത്ത് അവശിഷ്ട നാമ ടിക്കർ പ്രദർശിപ്പിക്കരുത്

-STDBOND-കൾ
സാധാരണ അവശിഷ്ടങ്ങളിൽ സാധാരണ ബോണ്ടിംഗ് പാറ്റേണുകൾ മാത്രം അനുമാനിക്കുക

-നോപാരന്റ്
പാരന്റ് ഹെവി ആറ്റങ്ങളുടെ പട്ടികയെ അടിസ്ഥാനമാക്കി ഹൈഡ്രജൻ ബന്ധിപ്പിക്കരുത്

-SEGID അവശിഷ്ടങ്ങൾ തമ്മിൽ വിവരിക്കാൻ PDB SegID ഫീൽഡ് ഉപയോഗിക്കുക

-OLDU പഴയ ശൈലി സൃഷ്ടിക്കുക -u ഔട്ട്പുട്ട്: kissEdge2BullsEye, മുതലായവ

-VErbose
വെർബോസ് മോഡ് (സ്ഥിരസ്ഥിതി)

- റഫറൻസ്
റഫറൻസ് സ്ട്രിംഗ് പ്രദർശിപ്പിക്കുക

-മാറ്റങ്ങൾ
പ്രോഗ്രാം മാറ്റങ്ങളുടെ ഒരു ലിസ്റ്റ് പ്രദർശിപ്പിക്കുക

- നിശബ്ദം നിശബ്ദ മോഡ്

-സഹായം വിപുലീകരിച്ച സഹായ അറിയിപ്പ് കാണിക്കുക (മറ്റ് ഫ്ലാഗുകൾ ഉൾപ്പെടുന്നു)

-പതിപ്പ്
stdout-ലേക്കുള്ള ഒരു വരി പതിപ്പ്

പാറ്റേൺ ഘടകങ്ങൾ: (കമാൻഡ് ലൈനിൽ ഉദ്ധരണികൾ നൽകണം)

FILE# ഫയലിനുള്ളിൽ #

MODEL# മോഡലിനുള്ളിൽ #

ചൈനാ
ചെയിൻ ഉള്ളിൽ a

SEGaaaa
സെഗ്‌മെന്റ് ഐഡന്റിഫയർ aaaa (ഇവിടെ _ ശൂന്യമായതിനെ പ്രതിനിധീകരിക്കുന്നു)

ALTa ഇതര കോൺഫോർമേഷൻ a

ATOMaaaa
ആറ്റത്തിന്റെ പേര് aaaa (ഇവിടെ _ ശൂന്യമായതിനെ പ്രതിനിധീകരിക്കുന്നു) (എല്ലാ 4 പ്രതീകങ്ങളും ഉപയോഗിച്ചിരിക്കുന്നതിനാൽ H ആയിരിക്കും
ATOM_H__)

RESaaa അവശിഷ്ടം aaa

# അവശിഷ്ടം #

#ഒരു അവശിഷ്ടം #, തിരുകുക a

#-# അവശിഷ്ട ശ്രേണി # (ഇൻസേർട്ട് കോഡുകൾ അവഗണിച്ചു)

ഒരു അക്ഷര കോഡുകളാൽ ഒരു അവശിഷ്ട തരം (ഉദാ. y)

aaa അവശിഷ്ട തരം മൂന്ന് അക്ഷര കോഡുകളാൽ (ഉദാ. ടൈർ)

എല്ലാം, പ്രോട്ടീൻ, MC, SC, ബേസ്, ആൽഫ, ബീറ്റ, നൈട്രജൻ, കാർബൺ,
ഓക്സിജൻ, സൾഫർ, ഫോസ്ഫറസ്, ഹൈഡ്രജൻ, ലോഹം, പോളാർ,
നോൺപോളാർ, ചാർജ്ജ് ചെയ്ത, ദാതാവ്, സ്വീകരിക്കുന്നയാൾ, ആരോമാറ്റിക്, മെഥൈൽ, HET, വാട്ടർ, ഡിഎൻഎ, ആർഎൻഎ

എല്ലാ അല്ലെങ്കിൽ ആറ്റങ്ങളുടെ ഒരു ഉപവിഭാഗം

OLT# താമസം # (പൂർണ്ണസംഖ്യ ശതമാനം)

OGT# ഒക്യുപൻസി # (പൂർണ്ണസംഖ്യ ശതമാനം)

BLT# B-മൂല്യം #-ൽ താഴെ (പൂർണ്ണസംഖ്യ)

BGT# B-മൂല്യം #-നേക്കാൾ വലുത് (പൂർണ്ണസംഖ്യ)

INSa കോഡ് എ ചേർക്കുക (ഇവിടെ _ ശൂന്യമായതിനെ പ്രതിനിധീകരിക്കുന്നു)

#.# ന്റെ #.#, #.#, #.#
പോയിന്റിൽ നിന്ന് അകലത്തിലുള്ള ആറ്റങ്ങൾ

പാറ്റേണുകൾ "trp,phe, tyr" അർത്ഥം പോലെയുള്ള കോമ വേർതിരിക്കുന്ന ലിസ്റ്റുകളായി സംയോജിപ്പിക്കാം
TRP അല്ലെങ്കിൽ PHE അല്ലെങ്കിൽ TYR.

ശൂന്യതകളാൽ വേർതിരിക്കുന്ന പാറ്റേണുകൾ എല്ലാം ശരിയായിരിക്കണം, അതായത് "ചെയിൻബ് 1-5" അർത്ഥം
ബി ചെയിൻ 1 മുതൽ 5 വരെയുള്ള അവശിഷ്ടങ്ങൾ.

നിങ്ങൾക്ക് പരാന്തീസിസ് ഉപയോഗിച്ച് പാറ്റേണുകൾ ഗ്രൂപ്പുചെയ്യാനും | ഉപയോഗിച്ച് ഒന്നിലധികം പാറ്റേണുകൾ വേർതിരിക്കാനും കഴിയും
'അല്ലെങ്കിൽ' എന്നർത്ഥം കൂടാതെ "നോട്ട് ഫയൽ1" എന്നതിലെ പോലെ NOT എന്ന പൂരകം തിരഞ്ഞെടുക്കുക
ഫയൽ 1.

ഒരു autobondrot ഫയൽ മറ്റ് PDB ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾക്ക് സമാനമാണ് എന്നാൽ അതിൽ വിവരങ്ങൾ ഉൾപ്പെടുന്നു
ഭ്രമണങ്ങൾക്കും മറ്റ് പരിവർത്തനങ്ങൾക്കും വിധേയമായ ആറ്റങ്ങളെ തിരിച്ചറിയുന്നു.

കാൽഫ-സിബെറ്റ ബോണ്ട് റൊട്ടേഷനും ആനുകാലികവും കാണിക്കുന്ന ഓട്ടോബോൺഡ്രോട്ട് ഫയൽ ശകലം ഉദാഹരണം
ഈ ഭ്രമണത്തിന് ടോർഷൻ പെനാൽറ്റി ഫംഗ്‌ഷൻ

ATOM 1 CB TYR 61 34.219 17.937 4.659 1.00 0.00

ബോണ്ട്രോട്ട്:ചി1:78.7:
0:359:5:33.138:18.517: 5.531:34.219:17.937: 4.659

വില:-3:60:3: ATOM 1 1HB TYR 61 34.766 18.777 4.206 1.00 0.00
ATOM 1 2HB TYR 61 34.927 17.409 5.315 1.00 0.00 ATOM 1 CG
TYR 61 33.836 16.989 3.546 1.00 0.00 ...

മൂല്യങ്ങൾ വേർതിരിക്കാൻ ഓട്ടോബോൺഡ്രോട്ട് കമാൻഡുകൾ കോളണുകൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു പരിവർത്തനങ്ങൾ:
BONDROT:id:currAng:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

TRANS: id:currpos:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

NULL # ഡമ്മി

പക്ഷപാത പ്രവർത്തനങ്ങൾ:
COS:scale:phaseOffset:frequency POLY:scale:offset:polynomialDegree CONST:value

ശാഖകൾ:
സംരക്ഷിച്ച് പുനഃസ്ഥാപിക്കുക അല്ലെങ്കിൽ "(" കൂടാതെ ")"

(ഉദാ. ഓരോ ചിയും ഐസോലൂസിനിനായുള്ള മീഥൈലുകളും തിരിക്കുക

ക്രമം ഇതാണ്: rotChi1/SAVE/rotChi2/rotCD1/RESTORE/rotCG2)

ഓറിയന്റേഷൻ സജ്ജമാക്കുക: GO:angle1:angle2:... ഫയലുകൾ ഉൾപ്പെടുത്തുക: @filename അഭിപ്രായങ്ങൾ:
# കമന്റ് ടെക്സ്റ്റ്

അന്വേഷണം: പതിപ്പ് 2.13.110909, പകർപ്പവകാശം 1996-2011, ജെ. മൈക്കൽ വേഡ്

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് കിംഗ്-പ്രോബ് ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക