mauveAligner - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

mauveAligner - ഒന്നിലധികം ജീനോം വിന്യാസങ്ങൾ കാര്യക്ഷമമായി നിർമ്മിക്കുന്നു

സിനോപ്സിസ്

mauveAligner [ഓപ്ഷനുകൾ] ...
ഫയലിന്റെ പേര്>

വിവരണം

മൗവ്അലൈനർ, പ്രോഗ്രസീവ് മൗവ് അലൈൻമെന്റ് അൽഗോരിതങ്ങൾ ഇപ്രകാരം നടപ്പിലാക്കി
ഡൗൺലോഡ് ചെയ്യാവുന്ന Mauve സോഫ്‌റ്റ്‌വെയറിനൊപ്പം കമാൻഡ്-ലൈൻ പ്രോഗ്രാമുകൾ ഉൾപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട്. നിന്ന് ഓടുമ്പോൾ
കമാൻഡ്-ലൈൻ, ഈ പ്രോഗ്രാമുകൾ ഗ്രാഫിക്കൽ ഇന്റർഫേസിൽ ഇതുവരെ ലഭ്യമല്ലാത്ത ഓപ്ഷനുകൾ നൽകുന്നു.

ഓപ്ഷനുകൾ

--ഔട്ട്‌പുട്ട്=ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലിന്റെ പേര്.
ഡിഫോൾട്ടായി സ്ക്രീനിലേക്ക് പ്രിന്റ് ചെയ്യുന്നു

--അമ്മമാർ MUM-കൾ മാത്രം കണ്ടെത്തുക, പ്രാദേശികമായി കോളിനിയർ ബ്ലോക്കുകൾ (LCB-കൾ) നിർണ്ണയിക്കാൻ ശ്രമിക്കരുത്

--ആവർത്തനമില്ല ആവർത്തന ആങ്കർ ഐഡന്റിഫിക്കേഷൻ നടത്തരുത് (അതായത്
--നോ-ഗാപ്പഡ്-അലൈൻമെന്റ്)

--no-lcb-extension എൽസിബികൾ തീരുമാനിക്കുകയാണെങ്കിൽ, എൽസിബികൾ നീട്ടാൻ ശ്രമിക്കരുത്

--seed-size=പ്രാരംഭ വിത്ത് പൊരുത്ത വലുപ്പം, ഡിഫോൾട്ട് log_2 ആണ് (ശരാശരി സെക്യു. നീളം )

--max-extension-iterations=എൽസിബി വിപുലീകരണങ്ങൾ ഈ എണ്ണത്തിൽ പരിമിതപ്പെടുത്തുക,
സ്ഥിരസ്ഥിതി 4 ആണ്

--എലിമിനേറ്റ്-ഉൾപ്പെടുത്തലുകൾ ഉപസെറ്റ് പൊരുത്തങ്ങളിൽ ലിങ്ക് ചെയ്‌ത ഉൾപ്പെടുത്തലുകൾ ഇല്ലാതാക്കുക.

--ഭാരം=ഓരോ ക്രമത്തിലും അടിസ്ഥാന ജോഡികളിൽ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ LCB ഭാരം

--match-input=പൊരുത്തങ്ങൾക്കായി തിരയുന്നതിന് പകരം നിർദ്ദിഷ്ട മാച്ച് ഫയൽ ഉപയോഗിക്കുക

--lcb-match-input മാച്ച് ഇൻപുട്ട് ഫയലിൽ പൊരുത്തങ്ങൾ അടങ്ങിയിട്ടുണ്ടെന്ന് സൂചിപ്പിക്കുന്നു
എൽസിബികളായി കൂട്ടമായി

--lcb-input=എൽസിബികൾ നിർമ്മിക്കുന്നതിനുപകരം നിർദ്ദിഷ്ട എൽസിബി ഫയൽ ഉപയോഗിക്കുക (എൽസിബി ഒഴിവാക്കുക
തലമുറ)

--scratch-path=വലിയ ജീനോമുകൾക്കായി, താൽക്കാലിക ഡാറ്റയുടെ സംഭരണത്തിനായി ഒരു ഡയറക്ടറി ഉപയോഗിക്കുക.
വ്യത്യസ്ത പാതകളിലേക്ക് രണ്ടോ അതിലധികമോ തവണ നൽകണം.

--id-matrix=LCB സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ സൃഷ്ടിച്ച് അവ നിർദ്ദിഷ്ട ഫയലിലേക്ക് എഴുതുക

--island-size=നൽകിയിരിക്കുന്ന സംഖ്യയേക്കാൾ വലിയ ദ്വീപുകൾ കണ്ടെത്തുക

--island-output=തന്നിരിക്കുന്ന ഫയൽ ഔട്ട്പുട്ട് ദ്വീപുകൾ (ആവശ്യമാണ് --ദ്വീപ് വലിപ്പം)

--backbone-size=നൽകിയിരിക്കുന്ന ബിപിയുടെ എണ്ണത്തേക്കാൾ നീളമുള്ള നട്ടെല്ലിന്റെ നീളം കണ്ടെത്തുക

--max-backbone-gap=ഈ നീളം വരെയുള്ള വിടവുകളാൽ നട്ടെല്ലിനെ തടസ്സപ്പെടുത്താൻ അനുവദിക്കുക
bp

--backbone-output=തന്നിരിക്കുന്ന ഫയൽ ഔട്ട്പുട്ട് ദ്വീപുകൾ (ആവശ്യമാണ് --ദ്വീപ് വലിപ്പം)

--coverage-output=നിർദ്ദിഷ്ട ഫയലിലേക്ക് ഒരു കവറേജ് ലിസ്റ്റ് ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുക (- stdout-ന്)

--ആവർത്തിക്കുന്നു ഒരു ആവർത്തന മാപ്പ് സൃഷ്ടിക്കുന്നു. ഒരു ക്രമം മാത്രമേ വ്യക്തമാക്കാൻ കഴിയൂ

--output-guide-tree=നിയുക്ത ഫയലിലേക്ക് ഒരു ഗൈഡ് ട്രീ എഴുതുക

--കോളിനിയർ ഇൻപുട്ട് സീക്വൻസുകൾ കോളിനിയർ ആണെന്ന് കരുതുക - അവയ്ക്ക് പുനഃക്രമീകരണം ഇല്ല

വിടവ് വിന്യാസം നിയന്ത്രണങ്ങൾ:
--നോ-ഗാപ്പഡ്-അലൈൻമെന്റ് വിടവുള്ള വിന്യാസം നടത്തരുത്

--max-gapped-aligner-length=വിന്യസിക്കാൻ ശ്രമിക്കേണ്ട അടിസ്ഥാന ജോഡികളുടെ പരമാവധി എണ്ണം
വിടവുള്ള അലൈനർ

--min-recursive-gap-length=മൗവ് ആവർത്തനാത്മകമായി നിർവഹിക്കുന്ന വിടവുകളുടെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ വലുപ്പം
MUM ആങ്കറിംഗ് ഓണാണ് (സ്ഥിരസ്ഥിതി 200 ആണ്)

സൈൻ ഇൻ ചെയ്തു പെർമാറ്റിഷൻ മാട്രിക്സ് ഓപ്ഷനുകൾ:
--permutation-matrix-output=എൽസിബികൾ ഒപ്പിട്ട പെർമ്യൂട്ടേഷൻ മാട്രിക്‌സ് ആയി എഴുതുക
തന്നിരിക്കുന്ന ഫയൽ

--permutation-matrix-min-weight=ഓരോന്നിനും ഒരു പെർമ്യൂട്ടേഷൻ മാട്രിക്സ് എഴുതപ്പെടും
ഈ മൂല്യത്തിനും മൂല്യത്തിനും ഇടയിലുള്ള ഭാരമുള്ള LCB-കളുടെ കൂട്ടം --ഭാരം

വിന്യാസം ഔട്ട്പുട്ട് ഓപ്ഷനുകൾ:
--alignment-output-dir=ഒരു കൂട്ടം വിന്യാസ ഫയലുകൾ (എൽസിബിക്ക് ഒന്ന്) a ലേക്ക് ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുന്നു
നൽകിയ ഡയറക്ടറി

--alignment-output-format=ഇതിനായുള്ള ഔട്ട്പുട്ട് ഫോർമാറ്റ് തിരഞ്ഞെടുക്കുന്നു --അലൈൻമെന്റ്-ഔട്ട്പുട്ട്-ദിയർ

--output-alignment=നിയുക്ത ഫയലിലേക്ക് ഒരു XMFA ഫോർമാറ്റ് വിന്യാസം എഴുതുക

പിന്തുണയ്‌ക്കുന്ന വിന്യാസ ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫോർമാറ്റുകൾ ഇവയാണ്: phylip, clustal, msf, nexus, mega, codon

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് mauveAligner ഓൺലൈനിൽ ഉപയോഗിക്കുക