miraconvert - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

miraconvert - അസംബ്ലിയും സീക്വൻസിംഗ് ഫയൽ തരങ്ങളും പരിവർത്തനം ചെയ്യുക

സിനോപ്സിസ്

അത്ഭുതകരമായ പരിവർത്തനം [-എഫ് ] [-ടി [-ടി ...]] [-aAChimMsuZ]
[-cflnNoPqrtvxXyYz {...}] {infile} {outfile} [ ...]

ഓപ്ഷനുകൾ

-f
ഈ തരത്തിലുള്ള പ്രോജക്റ്റ് ഫയലുകൾ ലോഡ് ചെയ്യുക, ഇവിടെ fromtype:

കഫം CAF-ൽ നിന്നുള്ള ഒരു സമ്പൂർണ്ണ അസംബ്ലി അല്ലെങ്കിൽ ഒറ്റ സീക്വൻസുകൾ

മാഫ് CAF-ൽ നിന്നുള്ള ഒരു സമ്പൂർണ്ണ അസംബ്ലി അല്ലെങ്കിൽ ഒറ്റ സീക്വൻസുകൾ

ഫാസ്റ്റ ഒരു ഫാസ്റ്റ ഫയലിൽ നിന്നുള്ള സീക്വൻസുകൾ

ഫാസ്റ്റ്ക്യു ഒരു FASTQ ഫയലിൽ നിന്നുള്ള സീക്വൻസുകൾ

gb[f|k|ff] ഒരു GenBank ഫയലിൽ നിന്നുള്ള സീക്വൻസുകൾ

phd ഒരു PHD ഫയലിൽ നിന്നുള്ള സീക്വൻസുകൾ

fofnexp ഫയൽനാമങ്ങളുടെ ഫയലിൽ നിന്നുള്ള EXP ഫയലുകളിലെ സീക്വൻസുകൾ

-t
ഈ തരത്തിലേക്ക് ക്രമങ്ങൾ/അസംബ്ലി എഴുതുക (ഒന്നിലധികം പരാമർശങ്ങൾ -t അനുവദനീയമാണ്):

ഏസ് സീക്വൻസുകൾ അല്ലെങ്കിൽ ACE-ലേക്ക് സമ്പൂർണ്ണ അസംബ്ലി

കഫം സീക്വൻസുകൾ അല്ലെങ്കിൽ CAF-ലേക്ക് സമ്പൂർണ്ണ അസംബ്ലി

മാഫ് MAF-ലേക്ക് ക്രമങ്ങൾ അല്ലെങ്കിൽ സമ്പൂർണ്ണ അസംബ്ലി

സാമ SAM-ലേക്ക് അസംബ്ലി പൂർത്തിയാക്കുക

samnbb മുകളിൽ പറഞ്ഞതുപോലെ, എന്നാൽ മാപ്പിംഗ് അസംബ്ലികളിൽ റഫറൻസ് (നട്ടെല്ലുകൾ) ഉപേക്ഷിക്കുന്നു

gb[f|k|ff] ക്രമങ്ങൾ അല്ലെങ്കിൽ GenBank-ന് സമവായം

gff3 GFF3 ന് സമവായം

വിഗ് ഫയൽ വിഗിൾ ചെയ്യാൻ അസംബ്ലി കവറേജ് വിവരം

gcwig ഫയൽ വിഗിൾ ചെയ്യാൻ ജിസി ഉള്ളടക്ക വിവരങ്ങൾ കൂട്ടിച്ചേർക്കുക

ഫാസ്റ്റ സീക്വൻസുകൾ അല്ലെങ്കിൽ ഫാസ്റ്റ ഫയലിലേക്കുള്ള സമവായം (. ക്വാളിറ്റിയിലേക്കുള്ള ഗുണങ്ങൾ)

ഫാസ്റ്റ്ക്യു FASTQ ഫയലിലേക്കുള്ള സീക്വൻസുകൾ അല്ലെങ്കിൽ സമവായം

exp ഡയറക്‌ടറികളിലെ EXP ഫയലുകളിലേക്കുള്ള ക്രമങ്ങൾ അല്ലെങ്കിൽ സമ്പൂർണ്ണ അസംബ്ലി. സമ്പൂർണ്ണ അസംബ്ലികൾ
നിർദ്ദേശിച്ച അസംബ്ലി പ്രകാരം gap4 ഇറക്കുമതിക്ക് അനുയോജ്യമാണ്. ശ്രദ്ധിക്കുക: ഇറക്കുമതി ചെയ്യാൻ caf2gap ഉപയോഗിക്കുന്നു
എങ്കിലും gap4-ലേക്ക് ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു

ടെക്സ്റ്റ് വാചക വിന്യാസം പൂർത്തിയാക്കുക (എപ്പോൾ മാത്രം -f is കഫം, മാഫ് or gbf)

HTML HTML-ലേക്ക് അസംബ്ലി പൂർത്തിയാക്കുക (എപ്പോൾ മാത്രം -f is കഫം, മാഫ് or gbf)

ടിസിഎസ് tcs-ലേക്ക് സമ്പൂർണ്ണ അസംബ്ലി

hsnp SNP ടാഗുകളുടെ (SROc, SAOc, SIOc) HTML-ലേക്ക് ചുറ്റുപാടും (എപ്പോൾ മാത്രം -f is കഫം, മാഫ്
or gbf)

asnp എസ്എൻപി ടാഗുകളുടെ വിശകലനം (എപ്പോൾ മാത്രം -f is കഫം, മാഫ് or gbf)

cstats MIRA-ൽ നിന്നുള്ള പോലെയുള്ള contig സ്റ്റാറ്റിസ്റ്റിക്സ് ഫയൽ (ഉറവിടത്തിൽ contigs ഉള്ളപ്പോൾ മാത്രം)

crlist MIRA-ൽ നിന്നുള്ള പോലെ contig റീഡ് ലിസ്റ്റ് ഫയൽ (ഉറവിടം contigs ഉള്ളപ്പോൾ മാത്രം)

മുഖംമൂടി ഫാസ്റ്റ സീക്വൻസിംഗ് വെക്റ്റർ മാസ്ക് ഔട്ട് (എക്സ് ഉപയോഗിച്ച്) ഫാസ്റ്റ ഫയലിലേക്ക് എവിടെയാണെന്ന് വായിക്കുന്നു
(ഗുണങ്ങൾ .qual)

സ്കാർ സീക്വൻസുകൾ അല്ലെങ്കിൽ സിംഗിൾ സീക്വൻസുകളിലേക്കുള്ള സമ്പൂർണ്ണ അസംബ്ലി CAF

-a റീറൈറ്റിംഗിന് പകരം ടാർഗെറ്റ് ഫയലുകളിലേക്ക് ചേർക്കുക

-A സീക്വൻസ് കേസ് ക്രമീകരിക്കരുത്

ക്ലിപ്പിംഗ് പോയിന്റുകൾ നിർവചിക്കുന്ന ഫോർമാറ്റുകൾ വായിക്കുമ്പോൾ, അത് ചെയ്യുന്ന ഫോർമാറ്റുകളിലേക്ക് സംരക്ഷിക്കുക
ക്ലിപ്പിംഗ് വിവരങ്ങൾ ഇല്ല, miraconvert സാധാരണയായി വായനയുടെ കേസ് ക്രമീകരിക്കുന്നു
ക്രമങ്ങൾ: ക്ലിപ്പുചെയ്‌ത ഭാഗങ്ങളുടെ ചെറിയക്ഷരം, റീഡുകളുടെ ക്ലിപ്പ് ചെയ്യാത്ത ഭാഗങ്ങളുടെ വലിയക്ഷരം.
ഉപയോഗം -A നിങ്ങൾക്ക് ഇത് ആവശ്യമില്ലെങ്കിൽ. ഇതും കാണുക -C.

കോൺടിഗുകൾ അടങ്ങിയിട്ടില്ലാത്ത ഫയലുകൾ/ഫോർമാറ്റുകൾക്ക് മാത്രം ബാധകമാണ്.

-b അന്ധമായ ഡാറ്റ

റീഡ്/കോൺറ്റിഗുകളിലെ എല്ലാ ബേസുകളും ഒരു 'സി' ഉപയോഗിച്ച് മാറ്റിസ്ഥാപിക്കുന്നു

-C വായിക്കാൻ ഹാർഡ് ക്ലിപ്പ് നടത്തുക

ക്ലിപ്പിംഗ് പോയിന്റുകൾ നിർവചിക്കുന്ന ഫോർമാറ്റുകൾ വായിക്കുമ്പോൾ, ക്ലിപ്പ് ചെയ്യാത്തവ മാത്രം സംരക്ഷിക്കും
ഫല ഫയലിലേക്ക് ഭാഗം.

കോൺടിഗുകൾ അടങ്ങിയിട്ടില്ലാത്ത ഫയലുകൾ/ഫോർമാറ്റുകൾക്ക് മാത്രം ബാധകമാണ്.

-d വിടവ് മാത്രം നിരകൾ ഇല്ലാതാക്കുക

ഔട്ട്പുട്ട് contigs ആയിരിക്കുമ്പോൾ: പൂർണ്ണമായും വിടവുള്ള നിരകൾ ഇല്ലാതാക്കുക (ഉണ്ടാക്കിയതിന് ശേഷം പോലെ
gap4 അല്ലെങ്കിൽ സമാനമായ എഡിറ്റിംഗ് സമയത്ത് റീഡുകൾ ഇല്ലാതാക്കി)

ഔട്ട്പുട്ട് റീഡ് ചെയ്യുമ്പോൾ: റീഡുകളിലെ വിടവുകൾ ഇല്ലാതാക്കുക

-F വ്യത്യസ്ത ഫയലുകളിലേക്ക് റീഡ് ഗ്രൂപ്പുകൾ ഫിൽട്ടർ ചെയ്യുക

റീഡ്‌ഗ്രൂപ്പുകളുള്ള (CAF/MAF) 3 (അല്ലെങ്കിൽ 4) ഫയലുകൾ സൃഷ്‌ടിച്ച ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾക്കായി മാത്രം പ്രവർത്തിക്കുന്നു: ഒന്ന്
അല്ലെങ്കിൽ ജോടിയാക്കിയതിന് രണ്ടെണ്ണം, ജോടിയാക്കാത്തതിന് ഒന്ന്, ഡെബ്രിസ് റീഡുകൾക്ക് ഒന്ന്.

ജോടിയാക്കിയ ഫയലിലെ റീഡുകൾ ഡിഫോൾട്ടായി ഇന്റർലേസ് ചെയ്തിരിക്കുന്നു, ഉപയോഗിക്കുക -F പ്രത്യേകം സൃഷ്ടിക്കാൻ രണ്ടുതവണ
ഫയലുകൾ.

-m കോണ്ടിഗുകൾ ഉണ്ടാക്കുക (ഇതിനായി മാത്രം -t = കഫം or മാഫ്)

സിംഗിൾ റീഡുകൾ CAF/MAF ഫയലിലേക്ക് കോൺടിഗ് സിംഗിൾറ്റുകളായി എൻകേസ് ചെയ്യുക.

-n
നൽകുമ്പോൾ, ആ ഫയലിൽ പേര് നൽകിയ റീഡുകളോ കോൺടിഗുകളോ മാത്രം തിരഞ്ഞെടുക്കുന്നു.

-N
പോലെ -n, എന്നാൽ ഫയലിൽ നൽകിയിരിക്കുന്ന ക്രമം അനുസരിച്ച് ഔട്ട്പുട്ട് അടുക്കുന്നു.

-i എപ്പോൾ -n ഉപയോഗിക്കുന്നു, തിരഞ്ഞെടുപ്പിനെ വിപരീതമാക്കുന്നു

-o ടി
FASTQ നിലവാരമുള്ള ഓഫ്‌സെറ്റ് (ഇതിനായി മാത്രം -f = 'fastq')

FASTQ ഫയലിലെ ഗുണനിലവാര മൂല്യങ്ങളുടെ ഓഫ്‌സെറ്റ്. 33 ലോഡ് സാംഗർ/ഫ്രെഡ് ശൈലിയുടെ ഡിഫോൾട്ട്
ഫയലുകൾ, 0 ഉപയോഗിച്ച് സ്വയമേവ തിരിച്ചറിയാൻ ശ്രമിക്കുന്നു.

-P
പാഴ്‌സ് ചെയ്യേണ്ട MIRA പാരാമീറ്ററുകളുള്ള സ്ട്രിംഗ്

സമവായ കോളിംഗിനെ ബാധിക്കുന്ന പാരാമീറ്ററുകൾ സജ്ജീകരിക്കുമ്പോൾ ഉപയോഗപ്രദമാണ് -സി.ഒ:mrpg തുടങ്ങിയവ.

ഉദാ: -P "454_ക്രമീകരണങ്ങൾ -സി.ഒ:mrpg=3"

-q
ഗുണനിലവാര മൂല്യങ്ങളില്ലാതെ ഫയൽ തരങ്ങളിലെ ബേസുകൾക്കായി സ്ഥിര നിലവാരം സജ്ജമാക്കുക. കൂടാതെ, ചെയ്യുക
പ്രതീക്ഷിച്ച ഗുണമേന്മയുള്ള ഫയലുകൾ നഷ്‌ടമായാൽ നിർത്തരുത് (ഉദാ '.ഫാസ്റ്റ')

-R
ഒരു കൗണ്ടർ ഉള്ള നെയിം സ്ട്രിംഗ് ഉപയോഗിച്ച് കോൺടിഗുകൾ/സിംഗിൾസ്/റീഡുകൾ എന്നിവയുടെ പേര് മാറ്റുക
അനുബന്ധമായി.

അറിയപ്പെടുന്ന ബഗ്: ഇൻപുട്ടിൽ contigs/singlets എന്നിവയും ഉണ്ടെങ്കിൽ തനിപ്പകർപ്പ് പേരുകൾ സൃഷ്ടിക്കും
സ്വതന്ത്രമായി വായിക്കുന്നതുപോലെ, അതായത് കോൺടിഗുകളിലോ സിംഗിൾറ്റുകളിലോ അല്ല വായിക്കുന്നത്.

-S
(പേര്)വായനകളുടെ പേരുമാറ്റുന്നതിനുള്ള സ്കീം, ജോടിയാക്കിയ അറ്റങ്ങൾക്ക് പ്രധാനമാണ്. 'സൊലെക്സ' മാത്രമാണ്
നിലവിൽ പിന്തുണയ്ക്കുന്നു.

-T സിംഗിൾ റീഡുകൾ പരിവർത്തനം ചെയ്യുമ്പോൾ, N, X എന്നിവയുടെ നീളവും അറ്റങ്ങളും ട്രിം ചെയ്യുക/ക്ലിപ്പ് ചെയ്യുക
വായിക്കുന്നു. ശ്രദ്ധിക്കുക: ഉപയോഗിക്കാൻ ഓർക്കുക -C ഒരു ഹാർഡ് ക്ലിപ്പ് നടത്താനും (ഉദാ: ഫാസ്റ്റ ഉപയോഗിച്ച്
outputട്ട്പുട്ട്).

-v പതിപ്പ് നമ്പർ പ്രിന്റ് ചെയ്ത് പുറത്തുകടക്കുക

-Y
വരുമാനം. പരിവർത്തനം ചെയ്യാനുള്ള പരമാവധി (ക്ലിപ്പ് ചെയ്ത/പാഡഡ്) ബേസുകൾ.

റീഡുകളിൽ ഉപയോഗിക്കുമ്പോൾ: ദൈർഘ്യം ക്ലിപ്പ് ചെയ്‌ത ഫയലിന്റെ ആദ്യ വായനകൾ ഔട്ട്‌പുട്ടിൽ അടങ്ങിയിരിക്കും
അടിസ്ഥാന മൊത്തത്തിൽ കുറഞ്ഞത് -Y. കോണ്ടിഗുകളിൽ ഉപയോഗിക്കുമ്പോൾ: ഔട്ട്പുട്ടിൽ ആദ്യ കോൺടിഗുകൾ അടങ്ങിയിരിക്കും
പാഡ് ചെയ്‌ത കോൺടിഗുകളുടെ നീളം കുറഞ്ഞത് ആകെയുള്ള ഫയലിന്റെ -Y.

ഇൻപുട്ടിൽ (CAF അല്ലെങ്കിൽ MAF) contigs അടങ്ങിയിരിക്കുമ്പോൾ മാത്രമേ ഇനിപ്പറയുന്ന സ്വിച്ചുകൾ പ്രവർത്തിക്കൂ. സൂക്ഷിക്കുക: CAF ഒപ്പം
MAf-ൽ വെറും വായനകളും അടങ്ങിയിരിക്കാം.

-M കോൺടിഗുകൾ (അല്ലെങ്കിൽ അവയുടെ സമവായം) എക്‌സ്‌ട്രാക്‌റ്റ് ചെയ്യരുത്, പക്ഷേ അവ വായിക്കുന്നതിന്റെ ക്രമം
രചിച്ചത്.

-r [cCqf]
സമവായവും കൂടാതെ / അല്ലെങ്കിൽ സമവായ ഗുണനിലവാര മൂല്യങ്ങളും കൂടാതെ / അല്ലെങ്കിൽ SNP ഫീച്ചർ ടാഗുകളും വീണ്ടും കണക്കാക്കുക.

'c'കോൺസ് & കോൻസ് ഗുണങ്ങൾ (ഐയുപിഎസിക്കൊപ്പം)

'C'കോൺസ് & കോൻസ് ഗുണങ്ങൾ (ഐയുപിഎസി ഇതര നിർബന്ധമാക്കൽ)

'q' സമവായ ഗുണങ്ങൾ മാത്രം ഓർമ്മിക്കുക

'f' SNP സവിശേഷതകൾ തിരിച്ചുവിളിക്കുക

ശ്രദ്ധിക്കുക: അവസാനത്തേത് മാത്രം cCq പ്രസക്തമാണ്, f ഒരു സ്വിച്ച് ആയി പ്രവർത്തിക്കുകയും സംയോജിപ്പിക്കുകയും ചെയ്യാം
കൂടെ cQq (ഉദാ"-r C -r f")

ശ്രദ്ധിക്കുക: CAF/MAF-ൽ ഒന്നിലധികം സ്‌ട്രെയിനുകൾ അടങ്ങിയിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ, ദോഷങ്ങളും ദോഷങ്ങളും വീണ്ടും കണക്കാക്കുക
ഗുണങ്ങൾ നിർബന്ധിതമാണ്, IUPAC-കൾ ഉപയോഗിക്കുന്നുണ്ടോ ഇല്ലയോ എന്ന് നിങ്ങൾക്ക് സ്വാധീനിക്കാം.

-s ഒരൊറ്റ ഫയൽ സൃഷ്‌ടിക്കുന്നതിന് പകരം ഔട്ട്‌പുട്ട് ഒന്നിലധികം ഫയലുകളായി വിഭജിക്കുക

-u 'FillUp strain genomes'

ഒരു സ്ട്രെയിനിന്റെ (N അല്ലെങ്കിൽ @) ജീനോമിലെ ദ്വാരങ്ങൾ ഒരു സമവായത്തിൽ നിന്നുള്ള ക്രമത്തിൽ നിറയ്ക്കുക
മറ്റ് സമ്മർദ്ദങ്ങൾ

ഉപയോഗിച്ച് മാത്രമേ പ്രാബല്യത്തിൽ വരികയുള്ളൂ -r ഒപ്പം -t FASTA/Q-ൽ gbf അല്ലെങ്കിൽ fasta/q: പൂരിപ്പിച്ച അടിസ്ഥാനങ്ങൾ ഉള്ളതാണ്
GBF-ൽ ചെറിയ അക്ഷരം: പൂരിപ്പിച്ച അടിസ്ഥാനങ്ങൾ വലിയക്ഷരത്തിലാണ്

-Q
ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ഗുണമേന്മ നിർവ്വചിക്കുന്നു, ഒരു സ്‌ട്രെയിന് ഉണ്ടായിരിക്കേണ്ട സമവായ അടിത്തറ, സമവായ അടിത്തറ
ഇതിന് താഴെ 'N' ഡിഫോൾട്ട്: 0 ആയിരിക്കും

കൂടെ മാത്രം ഉപയോഗിച്ചു -r, ഒപ്പം -f കഫ്/മാഫ് ആണ് -t ആണ് (ഫാസ്റ്റ അല്ലെങ്കിൽ ജിബിഎഫ്)

-V
ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ കവറേജ് നിർവചിക്കുന്നു, ഒരു സ്‌ട്രെയിന് ഉണ്ടായിരിക്കേണ്ട സമവായ അടിത്തറ
ഇതിന് താഴെയുള്ള കവറേജ് 'N' ഡിഫോൾട്ട് ആയിരിക്കും: 0

കൂടെ മാത്രം ഉപയോഗിച്ചു -r, ഒപ്പം -t ആണ് (ഫാസ്റ്റ അല്ലെങ്കിൽ ജിബിഎഫ്)

-x
കുറഞ്ഞ കോണ്ടിംഗ് അല്ലെങ്കിൽ ക്ലിപ്പ് ചെയ്യാത്ത വായന ദൈർഘ്യം

ലോഡുചെയ്യുമ്പോൾ, ഈ മൂല്യത്തേക്കാൾ കുറഞ്ഞ ദൈർഘ്യമുള്ള എല്ലാ കോണ്ടിഗുകളും / റീഡുകളും ഉപേക്ഷിക്കുക.
സ്ഥിരസ്ഥിതി: 0 (=സ്വിച്ച് ഓഫ്)

കുറിപ്പ്: കോൺടിഗുകളിലെ വായനകൾക്ക് ബാധകമല്ല!

-X
സമാനമായ -x എന്നാൽ വായനകൾക്കും പിന്നീട് ക്ലിപ്പ് ചെയ്ത ദൈർഘ്യത്തിനും മാത്രം ബാധകമാണ്.

-y
ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ശരാശരി കോൺടിഗ് കവറേജ് ലോഡ് ചെയ്യുമ്പോൾ, ശരാശരിയുള്ള എല്ലാ കോണ്ടിഗുകളും ഉപേക്ഷിക്കുക
കവറേജ് ഈ മൂല്യത്തേക്കാൾ കുറവാണ്. സ്ഥിരസ്ഥിതി: 1

-z
കോൺടിഗിലെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ റീഡുകളുടെ എണ്ണം ലോഡ് ചെയ്യുമ്പോൾ, ഒരു നമ്പറുള്ള എല്ലാ കോണ്ടിഗുകളും ഉപേക്ഷിക്കുക
ഈ മൂല്യത്തേക്കാൾ കുറവ് വായനകൾ. സ്ഥിരസ്ഥിതി: 0 (=സ്വിച്ച് ഓഫ്)

-l
ടെക്സ്റ്റ് അല്ലെങ്കിൽ HTML ആയി ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുമ്പോൾ: ഒരു വിന്യാസ വരിയിൽ കാണിച്ചിരിക്കുന്ന ബേസുകളുടെ എണ്ണം. ഡിഫോൾട്ട്:
60.

-c
ടെക്സ്റ്റ് അല്ലെങ്കിൽ HTML ആയി ഔട്ട്‌പുട്ട് ചെയ്യുമ്പോൾ: എൻഡ്‌ഗാപ്പുകൾ പാഡ് ചെയ്യാൻ പ്രതീകം ഉപയോഗിക്കുന്നു. ഡിഫോൾട്ട്: ' ' (ശൂന്യം)

ഉദാഹരണങ്ങൾ

miraconvert source.maf dest.sam

miraconvert source.caf dest.fasta wig ace

miraconvert -x 2000 -y 10 source.caf dest.caf

miraconvert -x 40 -C -F -F source.maf .fastq

miraconvert: infile, out-basename എന്നിവ ആർഗ്യുമെന്റുകളായി കാണുന്നില്ല!

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് miraconvert ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക