പെർഎം - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനായി

പട്ടിക:

NAME

പെർം - ആനുകാലിക അകലത്തിലുള്ള വിത്തുകൾ ഉപയോഗിച്ച് ഹ്രസ്വ വായനകളുടെ കാര്യക്ഷമമായ മാപ്പിംഗ്

നിങ്ങൾക്ക് എന്തെങ്കിലും ഉപയോഗ ചോദ്യങ്ങളുണ്ടെങ്കിൽ, "yanghoch at usc dot edu" എന്ന് ഇമെയിൽ ചെയ്യുക.

സിനോപ്സിസ്

കമാൻഡ് ലൈൻ ഉപയോഗിക്കുന്നതിന്, ടൈപ്പ് ചെയ്യുക പെർം ക്രമത്തിൽ ആർഗ്സ് കൂടെ.

ഉദാഹരണങ്ങൾ

വേണ്ടി ഒറ്റ-അറ്റം വായിക്കുന്നു:

പെർം Ref വായിക്കുന്നു [ഓപ്ഷനുകൾ]

ഉദാഹരണങ്ങൾ:

പെർം Ref.fasta Reads.fasta -v 5 -o out.mapping -u ummappedReads.fa

പെർം RefFilesList.txt ReadsSetFilesList.txt -v 5 -u unmappedReads.fa -E

പെർം Ref.fasta Reads.csfasta -v 5 -m -s my.index --delimiter ´,´ --seed F3

പെർം my.index SingleEndReads.csfasta -v 5 -o out.sam -k 10 -a ambiguous10.csfasta

വേണ്ടി ജോടിയാക്കിയ അവസാനം വായിക്കുന്നു:

പെർം Ref -1 F3_വായനകൾ -2 R3_വായനകൾ [ഓപ്ഷനുകൾ]

ഉദാഹരണങ്ങൾ:

പെർം ref.fa -1 F3.fa -2 R3.fa -U 3000 -L 100 -v 5 -A -m -s -o out.sam

പെർം ref.txt -1 F3.fq -2 R3.fq -v 5 -m -s my.index -o out.mapping --seed F3

പെർം my.index -1 F3.fq -2 R3.fq -U 3000 -L 100 -v 5 -A -o out.sam

ലേക്ക് പണിയുക an സൂചിക മാത്രം:

പെർം Ref റീഡ്_ലെങ്ത് --വായന ഫോർമാറ്റ് <.csfasta|.fasta> -m -s സൂചിക പാത --വിത്ത് F3

ഉദാഹരണം:

പെർം hg18.txt 50 --വായന ഫോർമാറ്റ് .csfasta -m -s hg18_50_SOLiD.index

ഓപ്ഷനുകൾ

ആവശ്യമായ വാദങ്ങൾ

· റഫറൻസ് ഫയൽ ഒന്നുകിൽ ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റിൽ ആയിരിക്കണം .ഫാസ്റ്റ, .fna, അഥവാ .fa
ഫയൽ വിപുലീകരണം. റഫറൻസായി ഒന്നിലധികം ജീനുകളോ ഐസോഫോമുകളോ ഉള്ള ഒരു ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോമിന്,
എല്ലാ ഫാസ്റ്റ സീക്വൻസുകളും ഒരൊറ്റ ഫാസ്റ്റ ഫയലിൽ സംയോജിപ്പിക്കുക. അല്ലെങ്കിൽ, ഉണ്ടെങ്കിൽ
നിരവധി ഫയലുകൾ, ഉദാഹരണത്തിന് ഓരോ ക്രോമസോമിനും ഒന്ന്, ഉദാ: chr1.fa മുതൽ chrY.fa വരെ, ഫാസ്റ്റ ലിസ്റ്റ് ചെയ്യുക
ഉള്ള ഒരു ഫയലിൽ ഓരോ വരിയിലും ഓരോ ഫയലിന്റെ പേരുകൾ .txt വിപുലീകരണം. ദി .txt പ്രധാനമാണ്
കാരണം ഇൻപുട്ട് ഫയൽ ഒരു ലിസ്റ്റ് ആണോ എന്നറിയാൻ പെർഎം ഫയൽ എക്സ്റ്റൻഷൻ പരിശോധിക്കുന്നു
ഫയൽനാമങ്ങൾ. ഫയൽനാമങ്ങളിൽ ഫയൽ പാത്ത് (ആപേക്ഷിക അല്ലെങ്കിൽ കേവലം) ഉൾപ്പെടുത്തേണ്ടതുണ്ട്
FASTA ഫയലുകൾ എല്ലാം PerM പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്ന അതേ ഡയറക്‌ടറിയിലാണ്.

· റീഡ് ഫയൽ(കൾ) .fasta, .fastq, .csfasta അല്ലെങ്കിൽ .csfastq ഫോർമാറ്റിലായിരിക്കണം. പെർഎം
ഒരു ഫയൽ അതിന്റെ വിപുലീകരണം അല്ലെങ്കിൽ വ്യക്തമായി വ്യക്തമാക്കിയ ഫോർമാറ്റ് അനുസരിച്ച് പാഴ്‌സ് ചെയ്യുന്നു
--വായന ഫോർമാറ്റ് പതാക. ഒന്നിലധികം റീഡ് ഫയലുകൾ ഉണ്ടെങ്കിൽ, ഓരോ ഫയലിന്റെ പേരും ലിസ്റ്റുചെയ്യുക
ഓരോ വരിയിലും, ഒരു .txt ഫയലിൽ. PerM ഇത് ഇൻപുട്ടായി എടുക്കുകയും ഒന്നിലധികം റീഡ് സെറ്റുകൾ മാപ്പ് ചെയ്യുകയും ചെയ്യാം
സമാന്തരമായി [http://en.wikipedia.org/wiki/OpenMP ഓപ്പൺഎംപി].

കുറിയ ഓപ്ഷനുകൾ (ഗ്രൂപ്പ് ചെയ്തത് by ബന്ധപ്പെട്ടത് പ്രവർത്തനക്ഷമത)

-A ഔട്ട്പുട്ട് എല്ലാം പൊരുത്തക്കേടിന്റെ പരിധിക്കുള്ളിലെ വിന്യാസങ്ങൾ (കാണുക -v ഓപ്ഷൻ), അവസാനം മുതൽ അവസാനം വരെ.

-B ഔട്ട്പുട്ട് മികച്ച പരിധിയിലെ പൊരുത്തക്കേടുകളുടെ അടിസ്ഥാനത്തിൽ വിന്യാസങ്ങൾ (കാണുക -v ഓപ്ഷൻ). വേണ്ടി
ഉദാഹരണത്തിന്, ഒരു റീഡിന് കൃത്യമായ പൊരുത്ത വിന്യാസമില്ലെങ്കിൽ, രണ്ട് ഒറ്റ അടിസ്ഥാന പൊരുത്തക്കേട്
വിന്യാസങ്ങൾ, കൂടുതൽ പൊരുത്തക്കേടുകളുള്ള അധിക വിന്യാസങ്ങൾ, രണ്ട് ഒറ്റത്തവണ മാത്രം
അടിസ്ഥാന പൊരുത്തക്കേട് വിന്യാസങ്ങൾ ഔട്ട്പുട്ട് ആയിരിക്കും. -B ഇല്ലെങ്കിൽ ഡിഫോൾട്ട് മോഡ് ആണ് -A or -B
വ്യക്തമാക്കിയിട്ടുണ്ട്.

-E അദ്വിതീയമായി മാപ്പ് ചെയ്‌ത വായനകൾ മാത്രം ഔട്ട്‌പുട്ട് ചെയ്യുക ശേഷിക്കുന്നു ശേഷം The മികച്ച ഡൗൺ സെലക്ഷൻ ചെയ്തു
ബാധകമെങ്കിൽ പ്രയോഗിക്കുക. എന്നിവയുമായി സംയോജിപ്പിക്കുമ്പോൾ -A ഓപ്ഷൻ, ഒറ്റത്തവണ ഉപയോഗിച്ച് മാത്രം വായിക്കുന്നു
പൊരുത്തക്കേടിന്റെ പരിധിക്കുള്ളിലെ വിന്യാസം (കാണുക -v ഓപ്ഷൻ) ഔട്ട്പുട്ട് ആയിരിക്കും.

-v അനുവദനീയമായ പൊരുത്തക്കേടുകളുടെ പരമാവധി എണ്ണം (അല്ലെങ്കിൽ ജോഡി-എൻഡ് റീഡിനായി ഓരോ അറ്റത്തും അനുവദിച്ചിരിക്കുന്നു).
ഉപയോഗിച്ച വിത്ത് പൂർണ്ണമായും സെൻസിറ്റീവ് ആയ പൊരുത്തക്കേടുകളുടെ എണ്ണമാണ് ഡിഫോൾട്ട് മൂല്യം
ടു.

-k ഔട്ട്പുട്ടിലേക്ക് പരമാവധി എണ്ണം വിന്യാസങ്ങൾ വ്യക്തമാക്കുന്നു. എങ്കിൽ സ്ഥിര മൂല്യം 200 ആണ്
-k പതാക നൽകിയിട്ടില്ല. പരമാവധി സംഖ്യയേക്കാൾ കൂടുതൽ റീഡ് മാപ്പിംഗിനുള്ള വിന്യാസം
സ്ഥാനങ്ങൾ ഔട്ട്പുട്ട് ആകില്ല. കവിഞ്ഞ വായനകൾ ശേഖരിക്കാൻ -a ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കുക
പരമാവധി.

-t അവഗണിക്കാനുള്ള ഓരോ വായനയുടെയും 5´ അറ്റത്തുള്ള ബേസുകളുടെ എണ്ണം. ഉദാഹരണത്തിന്, ആദ്യ 5 ആണെങ്കിൽ
അടിസ്ഥാനങ്ങൾ ഒരു ബാർകോഡായി ഉപയോഗിക്കുന്നു അല്ലെങ്കിൽ ഒന്നിലധികം സാമ്പിളുകൾ ഒരുമിച്ച് സൂചികയിലാക്കാൻ, -t 5 ഉപയോഗിക്കുക. ഇല്ലെങ്കിൽ
വ്യക്തമാക്കിയിരിക്കുന്നു, പ്രാരംഭ അടിസ്ഥാനങ്ങളൊന്നും അവഗണിക്കില്ല.

-T -t ഓപ്‌ഷൻ അവഗണിച്ച ഏതെങ്കിലും ബേസുകൾക്ക് ശേഷം ആരംഭിക്കുന്ന ഓരോ വായനയിലും ഉപയോഗിക്കേണ്ട ബേസുകളുടെ എണ്ണം.
വായനയുടെ 3´-ലെ പിന്നീടുള്ള അടിസ്ഥാനങ്ങൾ അവഗണിക്കപ്പെടുന്നു. ഉദാഹരണത്തിന്, -T 30 എന്നാൽ ഉപയോഗം മാത്രം
ആദ്യ 30 ബേസുകൾ (സിഗ്നലുകൾ) -t ഓപ്ഷൻ കാരണം അവഗണിച്ച ഏതെങ്കിലും ബേസുകൾക്ക് ശേഷം.

-m ലഭ്യമാണെങ്കിലും സംരക്ഷിച്ച സൂചിക വീണ്ടും ഉപയോഗിക്കാതെ തന്നെ റഫറൻസ് സൂചിക സൃഷ്ടിക്കുക.

-s പാത
ഭാവിയിൽ മാപ്പിംഗ് ത്വരിതപ്പെടുത്തുന്നതിന് റഫറൻസ് സൂചിക സംരക്ഷിക്കുക. എങ്കിൽ പാത അല്ല
വ്യക്തമാക്കിയിരിക്കുന്നത്, നിലവിലെ വർക്കിംഗ് ഡയറക്ടറിയിൽ സൂചിക സൃഷ്ടിക്കപ്പെടും (അതായത് എവിടെ
സ്ഥിരസ്ഥിതി സൂചിക നാമം ഉപയോഗിച്ചാണ് PerM പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നത്). എങ്കിൽ പാത ഒരു ഡയറക്ടറിയാണ്, സൂചിക
സ്ഥിരസ്ഥിതി സൂചിക നാമം (ഡയറക്‌ടറി) ഉപയോഗിച്ച് നിർദ്ദിഷ്ട ഡയറക്‌ടറിയിൽ സൃഷ്‌ടിക്കും
നിലനിൽക്കണം; അത് സ്വയമേവ സൃഷ്ടിക്കപ്പെടില്ല). എങ്കിൽ പാത ഒരു ഫയൽ പാതയാണ്
നിർദ്ദിഷ്ട പേരിൽ സൂചിക സൃഷ്ടിക്കപ്പെടും.

-o ഫയൽ പാത
ഒരൊറ്റ റീഡ് സെറ്റ് മാപ്പ് ചെയ്യുമ്പോൾ മാപ്പിംഗ് ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലിന്റെ പേര്. ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ ഫോർമാറ്റ്
ഒന്നുകിൽ .മാപ്പിംഗ് ടാബ് ഡിലിമിറ്റഡ് ടെക്സ്റ്റ് ഫോർമാറ്റ് അല്ലെങ്കിൽ SAM ഫോർമാറ്റ് ആയിരിക്കും
ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽനാമത്തിന്റെ വിപുലീകരണത്താൽ നിർണ്ണയിക്കപ്പെടുന്നു. ഉദാഹരണത്തിന് {{{-o out.sam}}}
SAM ഫോർമാറ്റിൽ ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യും; {{{-o /path/to/out.mapping}}} .mapping-ൽ ഔട്ട്‌പുട്ട് ചെയ്യും
ഫോർമാറ്റ്. ഉപയോഗിക്കുക --ഔട്ട്പുട്ട് ഫോർമാറ്റ് ഈ സ്വഭാവത്തെ മറികടക്കാൻ. ദി -o ഓപ്ഷൻ ബാധകമല്ല
ഒന്നിലധികം റീഡ് സെറ്റുകൾ ഒരേസമയം മാപ്പ് ചെയ്യുമ്പോൾ ഒന്നിലധികം പ്രയോജനപ്പെടുത്താൻ
സിപിയു (കോറുകൾ); കാണുക -d ആ കേസിനുള്ള ഓപ്ഷൻ.

-d ദിർപത്ത്
ഒന്നിലധികം റീഡ് സെറ്റുകൾ മാപ്പ് ചെയ്യുമ്പോൾ ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയലുകൾ മാപ്പുചെയ്യുന്നതിനുള്ള ഔട്ട്‌പുട്ട് ഡയറക്‌ടറി (ഔട്ട്‌പുട്ട്
ഫയലുകൾ സ്വയമേവ നാമകരണം ചെയ്യപ്പെടും). വ്യക്തമാക്കിയ ഡയറക്‌ടറി നിലവിലില്ലെങ്കിൽ, the
പാരന്റ് ഡയറക്ടറി നിലവിലുണ്ടെങ്കിൽ ഔട്ട്പുട്ട് ഡയറക്ടറി സൃഷ്ടിക്കപ്പെടും. എങ്കിൽ -d
സ്വിച്ച് വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ല, ഫയലുകൾ പെർഎം പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്ന ഡയറക്ടറിയിലേക്ക് എഴുതപ്പെടും.
ശ്രദ്ധിക്കുക: if -d ഫയൽ പാത ഒരൊറ്റ റീഡ് സെറ്റ് മാപ്പ് ചെയ്യുമ്പോൾ വ്യക്തമാക്കിയിരിക്കുന്നു, ദിർപത്ത് ആയിരിക്കും
മുൻകൈയെടുത്തു ഫയൽ പാത; എന്നിരുന്നാലും, ഈ ഉപയോഗം ശുപാർശ ചെയ്യുന്നില്ല.

-a ഫയൽ പാത
ത്രെഷോൾഡിനേക്കാൾ കൂടുതൽ സ്ഥാനങ്ങളിലേക്ക് മാപ്പ് ചെയ്‌ത വായനകൾക്കായി ഒരു ഫാസ്റ്റ (FASTQ) ഫയൽ സൃഷ്‌ടിക്കുക
-k അല്ലെങ്കിൽ 200 ന്റെ ഡിഫോൾട്ട് വ്യക്തമാക്കിയത്.

-b ഫയൽ പാത
പ്രതീക്ഷിക്കുന്ന ദൈർഘ്യത്തേക്കാൾ ചെറുതോ ഉള്ളതോ ആയ വായനകൾക്കായി ഒരു FASTA (FASTQ) ഫയൽ സൃഷ്‌ടിക്കുക
വിചിത്ര കഥാപാത്രങ്ങൾ.

-u ഫയൽ പാത
മാപ്പ് ചെയ്യാത്ത വായനകളുടെ ഒരു FASTA (FASTAQ) ഫയൽ സൃഷ്‌ടിക്കുക. ഒരൊറ്റ റീഡ് സെറ്റ് മാപ്പ് ചെയ്യുമ്പോൾ,
ഫയലിന്റെ പേര് ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലിന്റെ പേര് വ്യക്തമാക്കുന്നു. ഒന്നിലധികം റീഡ് സെറ്റുകൾ മാപ്പ് ചെയ്യുമ്പോൾ,
ഫയലിന്റെ പേര് അപ്രസക്തമാണ്, ഒഴിവാക്കേണ്ടതാണ്; മാപ്പ് ചെയ്യാത്ത സീക്വൻസുകളുടെ ഫയലുകൾ ചെയ്യും
പെർഎം പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്ന ഡയറക്‌ടറിയിൽ സ്വയമേവ പേര് നൽകുകയും സൃഷ്‌ടിക്കുകയും ചെയ്യും.

നീളമുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ

--ambiguosവായിക്കാൻ മാത്രം
ആവർത്തനങ്ങൾ കണ്ടെത്തുന്നതിന് അവ്യക്തമായ മാപ്പിംഗ് മാത്രം ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുക (പകരം സ്ഥാപിക്കുന്നതിനുള്ള സമാന പ്രദേശങ്ങൾ
പരിധി). ഈ ഓപ്‌ഷൻ വ്യക്തമാക്കുമ്പോൾ, ഓവർ മാപ്പിംഗ് നമ്പറിലേക്ക് മാപ്പ് ചെയ്‌തത് വായിക്കുന്നു
-k വ്യക്തമാക്കിയ ത്രെഷോൾഡ് ഇപ്പോഴും പ്രിന്റ് ചെയ്യും.

--ambiguosReadInOneLine
utput ഒരു വരിയിൽ k-യിൽ കൂടുതൽ സ്ഥലങ്ങളിലേക്ക് മാപ്പ് ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു. ഈ ഓപ്ഷൻ എപ്പോൾ
വ്യക്തമാക്കിയത്, -k will വ്യക്തമാക്കിയ ഓവർ മാപ്പിംഗ് നമ്പർ ത്രെഷോൾഡിലേക്ക് മാപ്പ് ചെയ്തതായി വായിക്കുന്നു
ഇപ്പോഴും പ്രിന്റ് ചെയ്തിട്ടുണ്ടെങ്കിലും ഒരു വരിയിൽ പ്രിന്റ് ചെയ്യുന്നു.

--noSamHeader
ഒരു SAM തലക്കെട്ട് ഉൾപ്പെടുത്തരുത്. ഒന്നിലധികം SAM സംയോജിപ്പിക്കുന്നത് ഇത് എളുപ്പമാക്കുന്നു
ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ.

--includeReadsWN
നിർദ്ദിഷ്‌ട പരിധിയേക്കാൾ തുല്യമോ കുറവോ N അല്ലെങ്കിൽ ´.´ ബേസുകൾ ഉപയോഗിച്ച് മാപ്പ് വായിക്കുന്നു
N അല്ലെങ്കിൽ ´.´ എ അല്ലെങ്കിൽ 3 ആയി എൻകോഡിംഗ് ചെയ്യുന്നു. കൂടുതൽ 'N' ഉള്ള വായനകൾ നിരസിക്കും. സ്ഥിരസ്ഥിതി
ഏതെങ്കിലും ´N´ ഉപയോഗിച്ച് നിരസിക്കുന്ന ക്രമീകരണങ്ങൾ വായിക്കുന്നു.

-- സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ മാത്രം
ഫയലുകളിൽ അലൈൻമെന്റുകൾ സംരക്ഷിക്കാതെ, മാപ്പിംഗ് സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ stdout-ലേക്ക് മാത്രം ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുക.

--ഇഗ്നോർക്യുഎസ്
FASTQ അല്ലെങ്കിൽ QUAL ഫയലുകളിലെ ഗുണനിലവാര സ്കോറുകൾ അവഗണിക്കുക.

--printNM
ഗുണനിലവാര സ്കോറുകൾ ലഭ്യമാകുമ്പോൾ, പൊരുത്തക്കേടുകളുടെ എണ്ണം പ്രിന്റ് ചെയ്യാൻ ഈ ഫ്ലാഗ് ഉപയോഗിക്കുക,
മാപ്പിംഗ് ഫോർമാറ്റിലെ പൊരുത്തക്കേടുകൾക്ക് പകരം.

--വിത്ത് {F,,0,, | F,,1,, | F,,2,, | F,,3,, | F,,4,, | എസ്,,11,, | എസ്,,20,, | എസ്,,12,,}
വിത്ത് പാറ്റേൺ വ്യക്തമാക്കുക. എഫ്,,0,,, എഫ്,,1,,,, എഫ്,,2,,, എഫ്,,3,,, എഫ്,,4,, വിത്തുകൾ
യഥാക്രമം 0-4 പൊരുത്തക്കേടുകളോട് പൂർണ്ണമായും സെൻസിറ്റീവ്. S,,11,, S,,,20,, S,,12,, വിത്തുകൾ
SOLiD സീക്വൻസറിനായി രൂപകൽപ്പന ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു. ഒരു S,,kj,, വിത്ത് k യോട് പൂർണ്ണ സെൻസിറ്റീവ് ആണ്
തൊട്ടടുത്തുള്ള പൊരുത്തക്കേട് ജോഡികളും (എസ്എൻപി സിഗ്നേച്ചർ കളർ സ്പേസാണ്) j ഒറ്റപ്പെട്ട പൊരുത്തക്കേടുകളും.
കാണുക [http://code.google.com/p/perm/wiki/Algorithms അൽഗോരിതം പേജ്] കൂടുതൽ കാര്യങ്ങൾക്കായി
വിത്ത് പാറ്റേണുകളെക്കുറിച്ചുള്ള വിവരങ്ങൾ.

--refformat {വേഗത | പട്ടിക | സൂചിക }
റഫറൻസ് സീക്വൻസ് (കൾ) ഊഹിക്കുന്നതിനുപകരം നിർദ്ദിഷ്ട ഫോർമാറ്റിലാണെന്ന് കരുതുക
ഫയലിന്റെ വിപുലീകരണം അനുസരിച്ച്.

--വായന ഫോർമാറ്റ് |{വേഗത | ഫാസ്റ്റ്ക്യു | csfasta | csfastq}
അനുസരിച്ച് ഊഹിക്കുന്നതിനുപകരം, നിർദ്ദിഷ്ട ഫോർമാറ്റിൽ വായനകൾ ഉണ്ടെന്ന് കരുതുക
ഫയൽ(കൾ)' വിപുലീകരണം.

--ഔട്ട്പുട്ട് ഫോർമാറ്റ് { സാമ | മാപ്പിംഗ് }
ഡിഫോൾട്ട് ഔട്ട്‌പുട്ട് മാപ്പിംഗ് ഫോർമാറ്റ് ഓപ്‌ഷൻ അസാധുവാക്കുക അല്ലെങ്കിൽ എപ്പോൾ അത് വ്യക്തമായി വ്യക്തമാക്കുക
ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ എക്സ്റ്റൻഷൻ .sam അല്ലെങ്കിൽ .mapping അല്ല.

--ഡിലിമിറ്റർ പ്രതീകം
പ്രതീകം റീഡ് ഐഡിയെ വേർതിരിക്കാൻ ഡിലിമിറ്ററായി ഉപയോഗിക്കുന്ന ഒരു പ്രതീകമാണ്, കൂടാതെ
ഒരു ഫാസ്റ്റ അല്ലെങ്കിൽ CSFASTA ഫയൽ വായിക്കുമ്പോൾ > എന്ന വരിയിലെ അധിക വിവരങ്ങൾ.

--ലോഗ് ഫയൽ പാത
ഫയൽ പാത മാപ്പിംഗ് സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ അടങ്ങുന്ന ലോഗ് ഫയലിന്റെ പേര് വ്യക്തമാക്കുന്നു
അതും സ്ക്രീനിൽ പ്രിന്റ് ചെയ്യും.

--മുന്നോട്ട് മാത്രം
ഫോർവേഡ് സ്‌ട്രാൻഡിലേക്ക് മാത്രം മാപ്പ് വായിക്കുന്നു: (ഇത് SOLiD സ്‌ട്രാൻഡിന് വേണ്ടിയുള്ളതാണ്
ക്രമപ്പെടുത്തൽ).

--റിവേഴ്സ് മാത്രം
മാപ്പ് റിവേഴ്സ് സ്ട്രാൻഡിലേക്ക് മാത്രം വായിക്കുന്നു: (ഇത് SOLiD Strand-ന് വേണ്ടിയുള്ളതാണ്
ക്രമപ്പെടുത്തൽ)

ഓപ്ഷനുകൾ വേണ്ടി ജോടിയാക്കിയ അവസാനം വായിക്കുന്നു

ഓരോ അറ്റവും വെവ്വേറെ മാപ്പ് ചെയ്തുകൊണ്ട് ഇണ-ജോടിയാക്കിയ വായനകൾ പെർഎം കൈകാര്യം ചെയ്യുന്നു. എല്ലാ കോമ്പിനേഷനുകളും
ഇണചേരൽ ജോഡികൾ വേർതിരിക്കുകയാണെങ്കിൽ, ഒരേ റഫറൻസ് സീക്വൻസിലേക്ക് മാപ്പിംഗ് ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യും
വ്യക്തമാക്കിയിട്ടുള്ള അനുവദനീയമായ ശ്രേണിയിൽ -L ഒപ്പം -U പതാകകൾ.

-e അവ്യക്തമായ ജോടി ഒഴിവാക്കുക.

-L / --ലോവർബൗണ്ട് int
ഇണ-ജോടിയാക്കിയ വേർപിരിയൽ ദൂരത്തിന്റെ താഴ്ന്ന പരിധി

-U / --ഉയര്ന്ന പരിധി int
ഇണ-ജോടിയാക്കിയ വേർപിരിയൽ ദൂരത്തിന്റെ മുകളിലെ പരിധി

മുകളിലെ ബൗണ്ടും ലോവർ ബൗണ്ടും നെഗറ്റീവ് ആകാം, അത് പുനഃക്രമീകരണം പിടിച്ചേക്കാം
വ്യതിയാനങ്ങൾ. ഉപയോഗിക്കുക -A ശരിയായ ജോഡികൾ നഷ്ടപ്പെടാതിരിക്കാനുള്ള വാദം. എന്നിരുന്നാലും, ഇത് ചെയ്യാം
രണ്ട് അറ്റങ്ങളും ആവർത്തന മേഖലകളിലാണെങ്കിൽ പ്രവർത്തന സമയം വളരെയധികം വർദ്ധിപ്പിക്കുക.

--fr മാപ്പ് ജോടിയാക്കിയ-അവസാനം വ്യത്യസ്ത സ്ട്രാൻഡിലേക്ക് മാത്രം വായിക്കുന്നു

--ff മാപ്പ് ജോടിയാക്കിയത് ഒരേ സ്ട്രാൻഡിലേക്ക് മാത്രം വായിക്കുന്നു

--printRefSeq
മാപ്പ് ചെയ്‌ത റഫറൻസ് ജോടിയാക്കിയ സീക്വൻസ് .മാപ്പിങ്ങിലെ അവസാന രണ്ട് കോളങ്ങളായി പ്രിന്റ് ചെയ്യുക
ഫോർമാറ്റ്. | ഡിഫോൾട്ട് ഓപ്ഷൻ ഔട്ട്പുട്ട് മാപ്പിംഗ് ഒരേ അല്ലെങ്കിൽ വ്യത്യസ്ത സ്ട്രാൻഡിൽ.

പരാജയം ക്രമീകരണങ്ങൾ

അനുബന്ധ കമാൻഡ് ലൈൻ ഓപ്ഷൻ ഇല്ലെങ്കിൽ ഇനിപ്പറയുന്നവ സ്ഥിരസ്ഥിതി ക്രമീകരണങ്ങളാണ്
വ്യക്തമാക്കിയ. സ്ഥിരസ്ഥിതി ക്രമീകരണങ്ങൾ മാറ്റുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷൻ വ്യക്തമാക്കുക.

· ഓരോ അറ്റത്തും രണ്ട് പൊരുത്തക്കേടുകൾ മാത്രം അനുവദിക്കുക, സീഡ് F,,2,, S,,,11, അല്ലെങ്കിൽ F,,3,, ഉപയോഗിക്കുക
,വായന നീളവും തരവും അനുസരിച്ച് തിരഞ്ഞെടുത്തു.

· പൊരുത്തക്കേടുകളുടെ എണ്ണത്തിന്റെ അടിസ്ഥാനത്തിൽ ഓരോ വായനയ്ക്കും മികച്ച അലൈൻമെന്റുകൾ പ്രിന്റ് ചെയ്യുക.

· ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ *.മാപ്പിംഗ് ഫോർമാറ്റ്.

· പുതിയ സൂചിക നിർമ്മിക്കുന്നതിന് മുമ്പ് സ്ഥിര ഫയൽ നാമമുള്ള സംരക്ഷിച്ച സൂചികയ്ക്കായി തിരയുന്നു.

· {{{-s}}} വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ ഫയലിൽ സൂചിക സംരക്ഷിക്കില്ല.

ജോടിയാക്കിയ എൻഡ് റീഡുകൾക്ക്, ഡിഫോൾട്ട് അനുവദനീയമായ വേർതിരിക്കൽ ദൂരം 0-3000 bp ആണ്. മാറ്റുക
കൂടെ -L ഒപ്പം -U ഓപ്ഷനുകൾ.

സമാന്തരമായി മാപ്പിംഗ്

ഒരേ ഇൻഡക്‌സ് അന്വേഷിച്ച് ഒരു ലിസ്റ്റിലെ ഒന്നിലധികം റീഡ് സെറ്റുകൾ പെർഎം ഒരേസമയം മാപ്പ് ചെയ്യുന്നു. ഇത് ചെയ്യും
എത്ര CPU-കൾ (കോറുകൾ) ലഭ്യമാണെന്ന് കണ്ടെത്തി അവയിൽ ഓരോന്നിനും ഒരു റീഡ് സെറ്റ് നൽകുക. ഒരു വായിച്ചാൽ
സെറ്റ് പൂർത്തിയായി, ലിസ്റ്റിലെ അടുത്ത റീഡ് സെറ്റ് സ്വയമേവ പ്രോസസ്സ് ചെയ്യും. ഓരോ വായന സെറ്റ്
അതിന്റേതായ മാപ്പിംഗ് ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ ഉണ്ടായിരിക്കും. ഒരു നോഡിലെ എല്ലാ CPU-കളും നന്നായി ഉപയോഗിക്കുന്നതിന്, വലിയ വായനകൾ
സെറ്റ് നിരവധി ചെറിയ റീഡ് സെറ്റുകളായി വിഭജിച്ച് ഒരു പട്ടികയിൽ ഇടണം. ഒന്നിലധികം നോഡുകൾ ഉള്ളപ്പോൾ
ഒരേ ഫയൽ സിസ്റ്റത്തിൽ ഉപയോഗിക്കുന്നു, സൂചിക ആദ്യം ഒരു നോഡ് ഉപയോഗിച്ച് മുൻകൂട്ടി നിർമ്മിച്ചിരിക്കണം; മറ്റൊന്ന്
സൂചിക വീണ്ടും നിർമ്മിക്കാതെ തന്നെ നോഡുകൾ മുൻകൂട്ടി നിർമ്മിച്ച സൂചിക വായിക്കും. മുൻകൂട്ടി നിർമ്മിച്ച സൂചിക ഇല്ലാതെ,
ഓരോ മെഷീനും സ്വന്തം സൂചിക നിർമ്മിക്കാൻ ശ്രമിക്കും, സിപിയു സമയവും സംഭരണ ​​സ്ഥലവും പാഴാക്കുന്നു.

പുറത്ത് കോഡുകൾ

പെർഎം എക്സിറ്റ് കോഡ് വിജയകരമായി പൂർത്തിയാകുമ്പോൾ 0 ആയി സജ്ജീകരിക്കുന്നു, സാധാരണ Unix സ്വഭാവം. എങ്കിൽ
Ctrl-C (SIGINT) വഴി പ്രോഗ്രാം അവസാനിപ്പിച്ചു, എക്സിറ്റ് കോഡ് 2 ആയിരിക്കും, SIGINT-നുള്ള നമ്പർ
(കാണുക ഒന്ന് കൊല്ലുക). നിങ്ങൾ മറ്റൊരു ഭാഷയിൽ നിന്ന് PerM അഭ്യർത്ഥിക്കുകയാണെങ്കിൽ, നിങ്ങൾക്ക് റിട്ടേൺ കോഡ് പരിശോധിക്കാം
ബുദ്ധിപരമായി എന്തെങ്കിലും ചെയ്യുക. ഒരു പേൾ സ്യൂഡോ കോഡ് ഉദാഹരണം ഇതാ:

അതേസമയം (... ഒരുതരം ലൂപ്പ് ...) {
എന്റെ $cmd = "PerM ... ആർഗ്യുമെന്റുകളും സ്വിച്ചുകളും";
എന്റെ $ec = സിസ്റ്റം($cmd);
എങ്കിൽ ($ec == 2) {
പ്രിന്റ് STDERR "PerM Ctrl-C വഴി അവസാനിപ്പിച്ചു. റൺ നിർത്തുന്നു.\n\n";
# റീഡ് ഫയൽ ആയ ചെറിയ ഫയലുകൾ ഇല്ലാതാക്കുന്നത് പോലുള്ള ചില ക്ലീനപ്പ് ചെയ്തേക്കാം
സമാന്തര പ്രോസസ്സിംഗിനായി # വിഭജിക്കുക.
പുറത്തുകടക്കുക ($ec);
}
}

ഉപയോഗം പെർഎം on ഗാലക്സി

പൊതുമേഖലാ സ്ഥാപനത്തിലെ പ്രൊഫ ആന്റൺ നെക്രുട്ടെൻകോയ്ക്കും കെല്ലി വിൻസെന്റിനും നന്ദി, നിങ്ങൾക്ക് ഇപ്പോൾ പെർഎം ഉപയോഗിക്കാം
[http://test.g2.bx.psu.edu/ ഗാലക്സിയുടെ പരിശോധന സെർവർ]. Galaxy's പേജിലേക്കുള്ള ഹൈപ്പർലിങ്ക് പിന്തുടരുക,
ടൂൾ മെനുവിലെ NGS:Mapping ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക. ദയവായി തിരഞ്ഞെടുക്കൂ ഭൂപടം കൂടെ പെർഎം വേണ്ടി സോളിഡ് ഒപ്പം
ഇല്ലുമിന. നിങ്ങൾക്ക് നിങ്ങളുടെ സ്വന്തം റഫറൻസ് അപ്‌ലോഡ് ചെയ്യാനോ സിസ്റ്റത്തിൽ മുൻകൂട്ടി നിർമ്മിച്ച hg19 സൂചിക ഉപയോഗിക്കാനോ കഴിയും.
നിങ്ങൾക്ക് എന്തെങ്കിലും ബുദ്ധിമുട്ടുകൾ നേരിടുകയാണെങ്കിൽ ദയവായി എനിക്ക് ഇമെയിൽ ചെയ്യുക. സിസ്റ്റം അതിന്റെ സ്ഥിരത തെളിയിച്ചുകഴിഞ്ഞാൽ,
കൂടുതൽ പ്രീ-ബിൽറ്റ് റഫറൻസ് ഇൻഡക്‌സ് ഉപയോഗിച്ച് ഇത് ഗാലക്‌സിയുടെ പ്രധാന സെർവറിലേക്ക് മാറ്റും.

ഘടകം പരിശോധന

പെർഎം വികസിപ്പിച്ചപ്പോൾ, ഒരു യൂണിറ്റ് cppUnit ടെസ്റ്റ് മൊഡ്യൂളും തയ്യാറാക്കി. നിങ്ങളാണെങ്കിൽ
PerM-നുള്ള ടെസ്റ്റ് കോഡിൽ താൽപ്പര്യമുണ്ട്, ദയവായി എനിക്ക് ഇമെയിൽ ചെയ്യുക.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് പെർഎം ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക