ആർഎൻഎഎഫക്റ്റീവ് - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

ആർഎൻഎഎഫക്റ്റീവ് - ഓർത്തോലോജസ് മൈആർഎൻഎ ടാർഗെറ്റുകളുടെ ഫലപ്രദമായ സംഖ്യകളുടെ കണക്കുകൂട്ടൽ

സിനോപ്സിസ്

ആർഎൻഎ ഫലപ്രദമാണ് [-h] [-ഡി ഫ്രീക്വൻസി_ഫയൽ] [-എഫ് മുതൽ, വരെ] [-കെ സാമ്പിൾ_സൈസ്] [-എൽ ശരാശരി, എസ്.ടി.ഡി] [-എം
max_target_length] [-എൻ max_query_length] [-യു iloop_upper_limit] [-വി bloop_upper_limit]
[-കൾ] [-ടി target_file] [-ക്യു query_file] [അന്വേഷണം]

വിവരണം

ആർഎൻഎ ഫലപ്രദമാണ് ഓർത്തോലോഗസ് miRNA ടാർഗെറ്റുകളുടെ ഫലപ്രദമായ എണ്ണം നിർണ്ണയിക്കുന്നതിനുള്ള ഒരു ഉപകരണമാണ്.
മൾട്ടി-യിൽ കൂടുതൽ കൃത്യമായ സംയുക്ത പി-മൂല്യങ്ങൾ കണക്കാക്കാൻ ഈ നമ്പർ ഉപയോഗിക്കാം.
സ്പീഷീസ് വിശകലനങ്ങൾ. റാൻഡം മൈആർഎൻഎകൾ ഉപയോഗിച്ച് ഒരു കൂട്ടം ടാർഗെറ്റ് സീക്വൻസുകൾ ആർഎൻഎഎഫക്റ്റീവ് തിരയുന്നു
കമാൻഡ് ലൈനിൽ നൽകാം അല്ലെങ്കിൽ അതനുസരിച്ച് ക്രമരഹിതമായ ക്രമങ്ങൾ സൃഷ്ടിക്കുന്നു
സാമ്പിൾ വലുപ്പം, ദൈർഘ്യ വിതരണ പാരാമീറ്ററുകൾ, ഡൈന്യൂക്ലിയോടൈഡ് ആവൃത്തികൾ എന്നിവ നൽകിയിരിക്കുന്നു. ദി
സംയുക്ത പി-മൂല്യങ്ങളുടെ അനുഭവപരമായ വിതരണം p-മൂല്യങ്ങളുമായി താരതമ്യപ്പെടുത്തുന്നു, കൂടാതെ
സ്വതന്ത്ര ലക്ഷ്യങ്ങളുടെ ഫലപ്രദമായ സംഖ്യയാണ് തമ്മിലുള്ള വ്യതിയാനം കുറയ്ക്കുന്നത്
രണ്ട് വിതരണങ്ങൾ.

ഓപ്ഷനുകൾ

-h കമാൻഡ് ലൈൻ ഓപ്ഷനുകളുടെ ഒരു ചെറിയ സംഗ്രഹം നൽകുക.

-d ഫ്രീക്വൻസി_ഫയൽ
നൽകിയിരിക്കുന്ന ഡൈന്യൂക്ലിയോടൈഡ് ആവൃത്തികൾക്കനുസരിച്ച് ക്രമരഹിതമായ ശ്രേണികൾ സൃഷ്ടിക്കുക
ഫ്രീക്വൻസി_ഫയൽ. ഉദാഹരണത്തിന് ഫയലുകൾക്കായി ഉദാഹരണ ഡയറക്ടറി കാണുക.

-f മുതൽ, വരെ
സ്ഥാനത്ത് നിന്ന് ഒരു ഹെലിക്സ് ഉണ്ടായിരിക്കാൻ എല്ലാ ഘടനകളെയും നിർബന്ധിക്കുന്നു നിന്ന് സ്ഥാനത്തേക്ക് ലേക്ക് കൂടെ
ചോദ്യത്തോടുള്ള ബഹുമാനം. ആദ്യ അടിത്തറയ്ക്ക് സ്ഥാനം 1 ഉണ്ട്.

-k സാമ്പിൾ_സൈസ്
സൃഷ്ടിക്കുക സാമ്പിൾ_സൈസ് ക്രമരഹിതമായ ക്രമങ്ങൾ. സ്ഥിര മൂല്യം 5000 ആണ്.

-l ശരാശരി, എസ്.ടി.ഡി
ശരാശരിയുടെ ഒരു സാധാരണ ദൈർഘ്യ വിതരണം ഉപയോഗിച്ച് ക്രമരഹിതമായ ശ്രേണികൾ സൃഷ്ടിക്കുക അർത്ഥമാക്കുന്നത് ഒപ്പം
സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഡീവിയേഷൻ ക്ലാസ്. സ്ഥിര മൂല്യങ്ങൾ യഥാക്രമം 22 ഉം 0 ഉം ആണ്.

-m max_target_length
ഒരു ലക്ഷ്യ ശ്രേണിയുടെ അനുവദനീയമായ പരമാവധി ദൈർഘ്യം. സ്ഥിര മൂല്യം 2000 ആണ്. ഇത്
-t ഓപ്‌ഷനോടൊപ്പം ഒരു ടാർഗെറ്റ് ഫയൽ നൽകിയാൽ മാത്രമേ ഓപ്ഷന് ഫലമുണ്ടാകൂ (ചുവടെ കാണുക).

-n max_query_length
ഒരു അന്വേഷണ ശ്രേണിയുടെ അനുവദനീയമായ പരമാവധി ദൈർഘ്യം. സ്ഥിര മൂല്യം 30 ആണ്. ഇത്
-q ഓപ്‌ഷനോടൊപ്പം ഒരു അന്വേഷണ ഫയൽ നൽകിയാൽ മാത്രമേ ഓപ്ഷന് ഫലമുണ്ടാകൂ (ചുവടെ കാണുക).

-u iloop_upper_limit
ഇന്റേണലിന്റെ ഇരുവശത്തും ജോടിയാക്കാത്ത ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകളുടെ പരമാവധി അനുവദനീയമായ എണ്ണം
ലൂപ്പ്.

-v bloop_upper_limit
ഒരു ബൾജ് ലൂപ്പിൽ ജോടിയാക്കാത്ത ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകളുടെ പരമാവധി അനുവദനീയമായ എണ്ണം.

-s നൽകിയിരിക്കുന്ന ഡൈന്യൂക്ലിയോടൈഡ് ഡിസ്ട്രിബ്യൂഷൻ അനുസരിച്ച് ക്രമരഹിതമായ ശ്രേണികൾ സൃഷ്ടിക്കുക
അന്വേഷണങ്ങൾ (ഒന്നുകിൽ -q ഓപ്ഷൻ അല്ലെങ്കിൽ കമാൻഡ് ലൈനിൽ. -q നൽകിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ, അവസാനത്തേത്
ആർഎൻഎഎഫക്റ്റീവിലേക്കുള്ള വാദം ഒരു ചോദ്യമായി എടുക്കുന്നു). -q ഓപ്ഷൻ കാണുക.

-q query_file
-s ഓപ്‌ഷൻ ഇല്ലാതെ, ഓരോ അന്വേഷണ ക്രമവും query_file വിധേയമാണ്
ഓരോ ലക്ഷ്യങ്ങളുമായും സങ്കരവൽക്കരണം (അവയിൽ നിന്നുള്ളവയാണ് target_file; കാണുക -t
താഴെ). ലെ സീക്വൻസുകൾ query_file ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റിൽ ആയിരിക്കണം, അതായത്. ഒരു വരി
ഒരു > എന്നതിൽ തുടങ്ങി നേരിട്ട് ഒരു പേര്, തുടർന്ന് ഇനിപ്പറയുന്ന ഒന്നോ അതിലധികമോ വരികൾ
ക്രമം തന്നെ. ഓരോ വ്യക്തിഗത സീക്വൻസ് ലൈനിനും കൂടുതൽ ഉണ്ടായിരിക്കരുത്
1000 പ്രതീകങ്ങൾ.

-s ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച്, ക്വറി (അല്ലെങ്കിൽ അന്വേഷണ ഫയൽ) ഡൈന്യൂക്ലിയോടൈഡ് വിതരണം കണക്കാക്കുന്നു,
ഈ വിതരണത്തിനനുസരിച്ച് ക്രമരഹിതമായ ക്രമങ്ങൾ സൃഷ്ടിക്കപ്പെടുന്നു.

-q നൽകിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ, മുകളിൽ വിവരിച്ചതുപോലെ ക്രമരഹിതമായ ക്രമങ്ങൾ സൃഷ്ടിക്കപ്പെടും (കാണുക -d
ഓപ്ഷൻ).

-t target_file
മുകളിലുള്ള -q ഓപ്ഷൻ കാണുക.

അവലംബം

ഊർജ്ജ പാരാമീറ്ററുകൾ എടുത്തത്:

മാത്യൂസ് ഡിഎച്ച്, സബീന ജെ, സുക്കർ എം, ടർണർ ഡിഎച്ച്. "തെർമോഡൈനാമിക്സിന്റെ വികസിപ്പിച്ച അനുക്രമ ആശ്രിതത്വം
പാരാമീറ്ററുകൾ ആർഎൻഎ ദ്വിതീയ ഘടനയുടെ പ്രവചനം മെച്ചപ്പെടുത്തുന്നു" J Mol Biol., 288 (5), pp
XXX, 911, 940

പതിപ്പ്

ഈ മാൻ പേജ് ആർഎൻഎഎഫക്റ്റീവിൻ്റെ പതിപ്പ് 2.0 ഡോക്യുമെൻ്റ് ചെയ്യുന്നു.

AUTHORS

മാർക്ക് റെംസ്മിയർ, പീറ്റർ സ്റ്റെഫൻ, മത്തിയാസ് ഹോച്ച്സ്മാൻ.

പരിമിതികൾ

പ്രതീക ആശ്രിത ഊർജ്ജ മൂല്യങ്ങൾ [acgtuACGTU] എന്നതിന് മാത്രമേ നിർവചിച്ചിട്ടുള്ളൂ. മറ്റെല്ലാ കഥാപാത്രങ്ങളും
ഈ സന്ദർഭങ്ങളിൽ പൂജ്യത്തിന്റെ മൂല്യങ്ങളിലേക്ക് നയിക്കുന്നു.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ആർഎൻഎഎഫക്റ്റീവ് ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക