Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator അല്ലെങ്കിൽ MAC OS ഓൺലൈൻ എമുലേറ്റർ എന്നിങ്ങനെയുള്ള ഞങ്ങളുടെ ഒന്നിലധികം സൗജന്യ ഓൺലൈൻ വർക്ക്‌സ്റ്റേഷനുകളിലൊന്ന് ഉപയോഗിച്ച് OnWorks സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് ദാതാവിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കാൻ കഴിയുന്ന xplor2gmx കമാൻഡ് ആണിത്.
പട്ടിക:
NAME
xplor2gmx - XPLOR ദൂര നിയന്ത്രണങ്ങൾ Gromacs ഫോർമാറ്റിലേക്ക് പരിവർത്തനം ചെയ്യുക
സിനോപ്സിസ്
xplor2gmx (അവശിഷ്ടം ഓഫ്സെറ്റ്) input.pdb
വിവരണം
xplor2gmx ദൂര നിയന്ത്രണ ഡാറ്റയുള്ള ഒരു XPLOR ഇൻപുട്ട് ഫയൽ വായിക്കുന്നു
പിഡിബി ഡാറ്റാബേസ് (http://www.pdb.org). ഈ ഇൻപുട്ട് ഫയലിൽ നിന്ന് ഡൈഹെഡ്രൽ നിയന്ത്രണങ്ങൾ ഉണ്ടായിരിക്കണം
ദൂര നിയന്ത്രണങ്ങൾ മാത്രം ശേഷിക്കുന്ന തരത്തിൽ നീക്കം ചെയ്തു. സ്ക്രിപ്റ്റിന് അവ്യക്തത കൈകാര്യം ചെയ്യാൻ കഴിയും
നിയന്ത്രണങ്ങൾ. ഇത് ദൂര നിയന്ത്രണങ്ങളെ GROMACS ഫോർമാറ്റിലേക്ക് പരിവർത്തനം ചെയ്യുന്നു.
STDIN-ൽ ഒരു നിയന്ത്രണ ഫയൽ (.dat) നൽകണം, അനുയോജ്യമായ ഒരു ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ (.itp) ആണ്
STDOUT-ലേക്ക് അയച്ചു.
ഉദാഹരണങ്ങൾ
xplor2gmx.pl 33 conf.pdb < restraints.dat > disre.itp
ഓപ്ഷനുകൾ
xplor2gmx രണ്ട് കമാൻഡ് ലൈൻ ഓപ്ഷനുകൾ ആവശ്യമാണ്: ആദ്യം, റെസിഡ്യൂ ഓഫ്സെറ്റ് (പൂർണ്ണസംഖ്യ); രണ്ടാമത്,
.pdb ഫയലിന്റെ പേര്. പിഡിബി ഫയലിൽ കൃത്യമായ ആറ്റം നമ്പറുകൾ ഉണ്ടായിരിക്കണം.
onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് xplor2gmx ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക