ഇതാണ് iCAS എന്ന് പേരിട്ടിരിക്കുന്ന Linux ആപ്പ് - Linux-ൽ ഓൺലൈനിൽ പ്രവർത്തിക്കാനുള്ള Illumina Clone Assembly System, ഇതിന്റെ ഏറ്റവും പുതിയ പതിപ്പ് icas_v062.tar.bz2 ആയി ഡൗൺലോഡ് ചെയ്യാം. വർക്ക് സ്റ്റേഷനുകൾക്കായുള്ള സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് ദാതാവായ OnWorks-ൽ ഇത് ഓൺലൈനായി പ്രവർത്തിപ്പിക്കാം.
iCAS എന്ന് പേരിട്ടിരിക്കുന്ന ഈ ആപ്പ് ഓൺലൈനായി ഡൗൺലോഡ് ചെയ്ത് പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക - OnWorks-ൽ സൗജന്യമായി Linux-ൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കാനുള്ള Illumina Clone Assembly System.
ഈ ആപ്പ് പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിന് ഈ നിർദ്ദേശങ്ങൾ പാലിക്കുക:
- 1. നിങ്ങളുടെ പിസിയിൽ ഈ ആപ്ലിക്കേഷൻ ഡൗൺലോഡ് ചെയ്തു.
- 2. ഞങ്ങളുടെ ഫയൽ മാനേജറിൽ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX എന്നതിൽ നിങ്ങൾക്ക് ആവശ്യമുള്ള ഉപയോക്തൃനാമം നൽകുക.
- 3. അത്തരം ഫയൽമാനേജറിൽ ഈ ആപ്ലിക്കേഷൻ അപ്‌ലോഡ് ചെയ്യുക.
- 4. ഈ വെബ്സൈറ്റിൽ നിന്ന് OnWorks Linux ഓൺലൈനോ Windows ഓൺലൈൻ എമുലേറ്ററോ MACOS ഓൺലൈൻ എമുലേറ്ററോ ആരംഭിക്കുക.
- 5. നിങ്ങൾ ഇപ്പോൾ ആരംഭിച്ച OnWorks Linux OS-ൽ നിന്ന്, നിങ്ങൾക്ക് ആവശ്യമുള്ള ഉപയോക്തൃനാമത്തോടുകൂടിയ ഞങ്ങളുടെ ഫയൽ മാനേജർ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX എന്നതിലേക്ക് പോകുക.
- 6. ആപ്ലിക്കേഷൻ ഡൌൺലോഡ് ചെയ്യുക, അത് ഇൻസ്റ്റാൾ ചെയ്ത് പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക.
iCAS - ലിനക്സിൽ ഓൺലൈനിൽ പ്രവർത്തിക്കാനുള്ള ഒരു ഇല്ലുമിന ക്ലോൺ അസംബ്ലി സിസ്റ്റം
വിവരണം:
വലുതും സങ്കീർണ്ണവുമായ ജീനോമുകൾക്കായി ഉയർന്ന നിലവാരമുള്ള അസംബ്ലികൾ നേടുന്നതിനുള്ള ഒരു മാർഗമെന്ന നിലയിൽ, ക്ലോൺ-ബൈ-ക്ലോൺ സീക്വൻസിംഗ്, ഉയർന്ന ത്രൂപുട്ട് സീക്വൻസിംഗിന്റെ കാലഘട്ടത്തിൽ വളരെ പ്രസക്തമായി തുടരുന്നു. എന്നിരുന്നാലും, നിലവിലുള്ള മുഴുവൻ ജീനോം അസംബ്ലറുകൾ ഉപയോഗിച്ച് ലഭിക്കുന്ന അസംബ്ലികൾ പലപ്പോഴും വിഘടിക്കപ്പെടുകയും ചിലപ്പോൾ മൾട്ടിപ്ലക്‌സ് സീക്വൻസിംഗ് അവതരിപ്പിക്കുന്ന വ്യത്യസ്ത ഡാറ്റാ സ്വഭാവസവിശേഷതകൾ കാരണം ജീനോം സമ്പൂർണ്ണതയുടെ പ്രശ്‌നങ്ങൾ ഉണ്ടാകുകയും ചെയ്യും.iCAS-നൊപ്പം ഡാറ്റ ഫിൽട്ടറിംഗ് പ്രക്രിയ ഒരു നോവൽ kmer ഫ്രീക്വൻസി അൽഗോരിതം അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ളതാണ്, ഇത് പൂർണ്ണമായ പ്രീ-അസംബ്ലി റീഡുകൾക്ക് കാരണമാകുന്നു. വ്യത്യസ്ത അസംബ്ലി അൽ‌ഗോരിതങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ചാണ് കോണ്ടിഗുകൾ സൃഷ്‌ടിക്കുന്നത്, തുടർന്ന് ദൈർഘ്യമേറിയ തുടർച്ച നേടുന്നതിന് ഒരുമിച്ച് ലയിപ്പിക്കുന്നു. എല്ലാ റീഡുകളും ഡ്രാഫ്റ്റ് കോൺടിഗുകളിലേക്ക് വീണ്ടും വിന്യസിക്കുകയും ഓരോ സീക്വൻസ് ബേസും വീണ്ടും കാലിബ്രേറ്റ് ചെയ്യുകയും ചെയ്യുന്നത് അന്തിമ സമവായം കൈവരിക്കുന്നു. ക്യുസിക്കായി പൂർത്തിയായ ക്ലോണുകൾ ഉപയോഗിച്ച്, പൈപ്പ്ലൈനിന് 99.7% ക്ലോൺ കവറേജും Q39 ന്റെ അടിസ്ഥാന നിലവാരവും ഉള്ള അസംബ്ലികൾ നേടാനാകും.
വെൽകം ട്രസ്റ്റ് സാംഗർ ഇൻസ്റ്റിറ്റ്യൂട്ടിൽ വികസിപ്പിച്ചെടുത്തു.
പ്രേക്ഷകർ
ശാസ്ത്രം/ഗവേഷണം
പ്രോഗ്രാമിംഗ് ഭാഷ
പേൾ, സി
ഇത് https://sourceforge.net/projects/icas/ എന്നതിൽ നിന്നും ലഭിക്കാവുന്ന ഒരു ആപ്ലിക്കേഷനാണ്. ഞങ്ങളുടെ സൗജന്യ ഓപ്പറേറ്റീവ് സിസ്റ്റങ്ങളിലൊന്നിൽ നിന്ന് ഏറ്റവും എളുപ്പമുള്ള രീതിയിൽ ഓൺലൈനിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിനായി ഇത് OnWorks-ൽ ഹോസ്റ്റ് ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു.