ഇതാണ് ISVASE എന്ന് പേരിട്ടിരിക്കുന്ന Linux ആപ്പ്, ഇതിന്റെ ഏറ്റവും പുതിയ പതിപ്പ് ISVASE1.1.tar.gz ആയി ഡൗൺലോഡ് ചെയ്യാം. വർക്ക്സ്റ്റേഷനുകൾക്കായുള്ള സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് ദാതാവായ OnWorks-ൽ ഇത് ഓൺലൈനായി പ്രവർത്തിപ്പിക്കാം.
ISVASE എന്ന് പേരിട്ടിരിക്കുന്ന ഈ ആപ്പ് OnWorks-നൊപ്പം സൗജന്യമായി ഓൺലൈനായി ഡൗൺലോഡ് ചെയ്ത് പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക.
ഈ ആപ്പ് പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിന് ഈ നിർദ്ദേശങ്ങൾ പാലിക്കുക:
- 1. നിങ്ങളുടെ പിസിയിൽ ഈ ആപ്ലിക്കേഷൻ ഡൗൺലോഡ് ചെയ്തു.
- 2. ഞങ്ങളുടെ ഫയൽ മാനേജറിൽ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX എന്നതിൽ നിങ്ങൾക്ക് ആവശ്യമുള്ള ഉപയോക്തൃനാമം നൽകുക.
- 3. അത്തരം ഫയൽമാനേജറിൽ ഈ ആപ്ലിക്കേഷൻ അപ്‌ലോഡ് ചെയ്യുക.
- 4. ഈ വെബ്സൈറ്റിൽ നിന്ന് OnWorks Linux ഓൺലൈനോ Windows ഓൺലൈൻ എമുലേറ്ററോ MACOS ഓൺലൈൻ എമുലേറ്ററോ ആരംഭിക്കുക.
- 5. നിങ്ങൾ ഇപ്പോൾ ആരംഭിച്ച OnWorks Linux OS-ൽ നിന്ന്, നിങ്ങൾക്ക് ആവശ്യമുള്ള ഉപയോക്തൃനാമത്തോടുകൂടിയ ഞങ്ങളുടെ ഫയൽ മാനേജർ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX എന്നതിലേക്ക് പോകുക.
- 6. ആപ്ലിക്കേഷൻ ഡൌൺലോഡ് ചെയ്യുക, അത് ഇൻസ്റ്റാൾ ചെയ്ത് പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക.
സ്ക്രീൻഷോട്ടുകൾ:
ISVASE
വിവരണം:
ശരിയായ പക്വതയുള്ള mRNA-കൾ സൃഷ്ടിക്കുന്നതിന്, എക്സോണുകളെ തിരിച്ചറിയുകയും ആർഎൻഎ സ്പ്ലിക്കിംഗ് മെക്കാനിസം വഴി കൃത്യമായും കാര്യക്ഷമമായും ഒന്നിച്ച് കൂട്ടിച്ചേർക്കുകയും വേണം. രോഗമുണ്ടാക്കുന്ന എല്ലാ മ്യൂട്ടേഷനുകളുടെയും മൂന്നിലൊന്നോ പകുതിയോ ആർഎൻഎ വിഭജനത്തെ ബാധിക്കുന്നുവെന്നത് ശ്രദ്ധിക്കേണ്ടതാണ്. എന്നിരുന്നാലും, ആർഎൻഎ-സെക് ഡാറ്റയെ അടിസ്ഥാനമാക്കി സ്പ്ലിസിംഗ് ഇവന്റുകളുമായി (എസ്‌വി‌എസ്‌ഇ) ബന്ധപ്പെട്ട സീക്വൻസ് വേരിയന്റുകളെ നേരിട്ട് തിരിച്ചറിയാൻ ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സ് ടൂളുകൾ കുറവാണ്. RNA-seq ഡാറ്റ ഉപയോഗിച്ച് SVASE നേരിട്ട് തിരിച്ചറിയുന്നതിനുള്ള ലളിതവും സൗകര്യപ്രദവുമായ ഉപകരണമായ ISVASE ഞങ്ങൾ വികസിപ്പിച്ചെടുത്തു. നിലവിലുള്ള സോഫ്‌റ്റ്‌വെയർ PVAAS-മായി താരതമ്യപ്പെടുത്തുമ്പോൾ, ഞങ്ങളുടെ രീതിക്ക് ഓരോ ഘട്ടത്തിലും കർശനമായ റൂൾ-ഡിപെൻഡഡ് ഫിൽട്ടറുകളും സ്റ്റാറ്റിസ്റ്റിക്കൽ ഫിൽട്ടറുകളും, അറിയപ്പെടുന്ന സ്പ്ലിസിംഗ് ഇവന്റുകൾക്കായുള്ള ഡിറ്റക്ഷൻ സീക്വൻസ് വേരിയന്റുകൾ, സ്‌പ്ലിക്കിംഗിന്റെ (ജംഗ്ഷൻ) വെവ്വേറെയുള്ള ഐഡന്റിഫിക്കേഷൻ സീക്വൻസ് വേരിയന്റുകൾ, ഡിറ്റക്ഷൻ ജംഗ്ഷൻ ഷിഫ്റ്റ് എന്നിങ്ങനെ നിരവധി ഗുണങ്ങളുണ്ട്. അറിയപ്പെടുന്ന സ്പ്ലിസിംഗ് വ്യാഖ്യാനം നൽകുകയാണെങ്കിൽ, സ്പ്ലിസിംഗ് സിഗ്‌നൽ വിലയിരുത്തുക, അറിയപ്പെടുന്ന ഡിഎൻഎ മ്യൂട്ടേഷൻ കൂടാതെ/അല്ലെങ്കിൽ ആർഎൻഎ എഡിറ്റിംഗ് ഡാറ്റയുമായി താരതമ്യപ്പെടുത്തൽ, ചെറിയ പ്രവർത്തന സമയം എന്നിവ.
സവിശേഷതകൾ
- പുതിയ സ്പ്ലിസിംഗ് വേരിയന്റുകൾക്കും അറിയപ്പെടുന്ന സ്പ്ലിസിംഗ് വേരിയന്റുകൾക്കുമായി സ്പ്ലിസിംഗ് ഇവന്റുമായി ബന്ധപ്പെട്ട സീക്വൻസ് വേരിയന്റ് തിരിച്ചറിയാനുള്ള ആദ്യത്തെ ടൂളാണിത്.
- ISVASE ആദ്യം ഓരോ സ്പ്ലിസിംഗ് വേരിയന്റിനുമുള്ള സീക്വൻസ് വേരിയന്റുകൾ തിരിച്ചറിയുന്നു, തുടർന്ന് താരതമ്യ വിശകലനത്തിനും സ്റ്റാറ്റിസ്റ്റിക്കൽ ടെസ്റ്റിനുമായി ബന്ധപ്പെട്ട എല്ലാ സ്പ്ലിസിംഗ് വേരിയന്റുകളുടെയും (അതേ ജംഗ്ഷൻ ആരംഭം അല്ലെങ്കിൽ അവസാനം) സീക്വൻസ് വേരിയന്റുകൾ തിരിച്ചറിയുന്നു.
- ജംഗ്ഷന്റെ രണ്ട് ഭാഗങ്ങൾക്കുമുള്ള സീക്വൻസ് വേരിയന്റുകളെ ISVASE തിരിച്ചറിയുകയും വിധിക്കുകയും ചെയ്യുന്നു, ഇത് ജംഗ്ഷന്റെ വിവിധ ഭാഗങ്ങൾക്കുള്ള സീക്വൻസ് വേരിയന്റുകളുടെ പ്രഭാവം കൂടുതൽ വേർതിരിച്ചറിയാൻ കഴിയും.
- ISVASE നിരവധി കർശനമായ നിയമങ്ങളെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള ഫിൽട്ടറുകളും സ്റ്റാറ്റിസ്റ്റിക്കൽ ഫിൽട്ടറുകളും വ്യത്യസ്ത ഘട്ടങ്ങളിൽ പ്രയോഗിക്കുന്നു.
- തെറ്റായ സ്പ്ലിസിംഗ് വേരിയന്റുകൾ നീക്കം ചെയ്യുന്നതിനായി ജംഗ്ഷൻ ഷിഫ്റ്റ് ഇവന്റുകളും ജംഗ്ഷൻ സിഗ്നലുകളും (5' ss, 3' ss) ISVASE പരിഗണിക്കുന്നു.
- സീക്വൻസ് വേരിയന്റുകളുടെ ഉറവിട തരം നിർണ്ണയിക്കാൻ ISVASE-ന് ഉപയോക്താവ് നൽകിയ DNA മ്യൂട്ടേഷനും RNA എഡിറ്റിംഗ് ഡാറ്റയും ഉപയോഗിക്കാം.
- എക്‌സോണിക് സ്പ്ലിക്കിംഗ് എൻഹാൻസർ മോട്ടിഫ് തിരയലിനായി ISVASE സീക്വൻസ് വേരിയന്റുകളുടെ ഫ്ലാങ്കിംഗ് സീക്വൻസ് നേടുന്നു.
- വേരിയന്റ് വ്യാഖ്യാനത്തിനായി ISVASE-ന് ഡിഫോൾട്ട് സീക്വൻസ് വേരിയന്റ് ഫയലിനെ ANNOVAR ഇൻപുട്ട് ഫോർമാറ്റ് ഫയലാക്കി മാറ്റാനാകും.
- സ്പൈക്കിംഗ് ഇവന്റുകളുമായി ബന്ധപ്പെട്ട സീക്വൻസ് വേരിയന്റുകളുടെ സവിശേഷതകൾ കാണിക്കാൻ ISVASE 8 കണക്കുകൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു.
പ്രേക്ഷകർ
ശാസ്ത്രം/ഗവേഷണം
പ്രോഗ്രാമിംഗ് ഭാഷ
പേൾ
Categories
ഇത് https://sourceforge.net/projects/isvase/ എന്നതിൽ നിന്നും ലഭിക്കാവുന്ന ഒരു ആപ്ലിക്കേഷനാണ്. ഞങ്ങളുടെ സൗജന്യ ഓപ്പറേറ്റീവ് സിസ്റ്റങ്ങളിലൊന്നിൽ നിന്ന് ഏറ്റവും എളുപ്പമുള്ള രീതിയിൽ ഓൺലൈനിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിനായി ഇത് OnWorks-ൽ ഹോസ്റ്റ് ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു.