MethyMer എന്ന് പേരിട്ടിരിക്കുന്ന Linux ആപ്പാണിത്, ഇതിന്റെ ഏറ്റവും പുതിയ പതിപ്പ് MethyMer.plus.DB.v.1.1.tar.gz ആയി ഡൗൺലോഡ് ചെയ്യാം. വർക്ക്സ്റ്റേഷനുകൾക്കായുള്ള സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് ദാതാവായ OnWorks-ൽ ഇത് ഓൺലൈനായി പ്രവർത്തിപ്പിക്കാം.
MethyMer എന്ന് പേരിട്ടിരിക്കുന്ന ഈ ആപ്പ് OnWorks-നൊപ്പം സൗജന്യമായി ഓൺലൈനായി ഡൗൺലോഡ് ചെയ്ത് പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക.
ഈ ആപ്പ് പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിന് ഈ നിർദ്ദേശങ്ങൾ പാലിക്കുക:
- 1. നിങ്ങളുടെ പിസിയിൽ ഈ ആപ്ലിക്കേഷൻ ഡൗൺലോഡ് ചെയ്തു.
- 2. ഞങ്ങളുടെ ഫയൽ മാനേജറിൽ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX എന്നതിൽ നിങ്ങൾക്ക് ആവശ്യമുള്ള ഉപയോക്തൃനാമം നൽകുക.
- 3. അത്തരം ഫയൽമാനേജറിൽ ഈ ആപ്ലിക്കേഷൻ അപ്‌ലോഡ് ചെയ്യുക.
- 4. ഈ വെബ്സൈറ്റിൽ നിന്ന് OnWorks Linux ഓൺലൈനോ Windows ഓൺലൈൻ എമുലേറ്ററോ MACOS ഓൺലൈൻ എമുലേറ്ററോ ആരംഭിക്കുക.
- 5. നിങ്ങൾ ഇപ്പോൾ ആരംഭിച്ച OnWorks Linux OS-ൽ നിന്ന്, നിങ്ങൾക്ക് ആവശ്യമുള്ള ഉപയോക്തൃനാമത്തോടുകൂടിയ ഞങ്ങളുടെ ഫയൽ മാനേജർ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX എന്നതിലേക്ക് പോകുക.
- 6. ആപ്ലിക്കേഷൻ ഡൌൺലോഡ് ചെയ്യുക, അത് ഇൻസ്റ്റാൾ ചെയ്ത് പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക.
സ്ക്രീൻഷോട്ടുകൾ:
മെത്തിമെർ
വിവരണം:
സമ്പൂർണ്ണ CpG ദ്വീപുകളുടെ ആംപ്ലിഫിക്കേഷനായി പ്രത്യേക പ്രൈമറുകൾ തിരഞ്ഞെടുക്കാൻ ലക്ഷ്യമിട്ടുള്ള ഒരു പൈത്തൺ അധിഷ്ഠിത ഉപകരണമാണ് MethyMer. ഈ പ്രദേശങ്ങൾ അവയുടെ കുറഞ്ഞ സങ്കീർണ്ണത, പോളിഎൻ-, സിജി-സമ്പന്നത മുതലായവ കാരണം ഉചിതമായ പ്രൈമറുകൾ തിരഞ്ഞെടുക്കുന്നതിൽ ബുദ്ധിമുട്ടാണ്.
MethyMer-ന് പ്രശ്‌നമുള്ള പ്രദേശങ്ങളിൽ (ഉദാ. SpG ദ്വീപുകൾ) പ്രൈമറുകൾ തിരഞ്ഞെടുക്കാൻ കഴിവുള്ള ഒരു ഫ്ലെക്‌സിബിൾ സ്കോറിംഗ് സിസ്റ്റം ഉണ്ട്, കൂടാതെ സ്‌പെസിസിറ്റി ടെസ്റ്റ് (ബൈസൾഫൈറ്റ്-ട്രീറ്റ് ചെയ്ത ജീനോമിനെതിരായ ബൗട്ടി വിന്യാസത്തെ അടിസ്ഥാനമാക്കി) ഉൾപ്പെടുന്നു.
ഇത് TCGA CpG മെഥൈലേഷൻ (മൈക്രോഅറേകൾ), ജീൻ എക്സ്പ്രഷൻ (RNA-Seq) ഡാറ്റ എന്നിവയും 20 മനുഷ്യ കാൻസർ തരങ്ങൾക്കായുള്ള മിഥിലേഷൻ-എക്സ്പ്രഷൻ കോറിലേഷൻ വിശകലന ഫലങ്ങളും ഉൾക്കൊള്ളുന്നു.
ENCODE ജീനോം മേഖലകളുടെ വ്യാഖ്യാന ഡാറ്റയും MethyMer-ൽ സംയോജിപ്പിച്ചിരിക്കുന്നു
സവിശേഷതകൾ
- സമ്പൂർണ്ണ സിപിജി ദ്വീപ് അല്ലെങ്കിൽ മറ്റ് ടാർഗെറ്റ് ജനിതക മേഖലകൾ വർദ്ധിപ്പിക്കാൻ കഴിവുള്ള പ്രൈമർ ജോഡികളുടെ കോമ്പിനേഷനുകൾ എടുക്കൽ;
- വഴക്കമുള്ളതും മാറ്റാവുന്നതുമായ സ്കോറിംഗ് സിസ്റ്റം
- നിർദ്ദിഷ്ട പരിശോധന
- ടിസിജിഎയിൽ നിന്ന് ഉരുത്തിരിഞ്ഞ 450 ട്യൂമർ തരങ്ങൾക്കായുള്ള സംയോജിത സിപിജി മെഥിലേഷൻ ഡാറ്റ (ഇല്ലുമിന ഇൻഫിനിയം ഹ്യൂമൻ മെഥിലേഷൻ 20 കെ മൈക്രോഅറേകൾ)
- സംയോജിത TCGA RNA-Seq - CpG മെത്തിലേഷൻ അസോസിയേഷനുകളുടെ പഠന ഡാറ്റ
- ദൃശ്യവൽക്കരണം: സിജി ഉള്ളടക്ക പ്ലോട്ട്, സ്‌കോർ പ്ലോട്ട്, പ്രൈമർ സ്‌പെസിസിറ്റി പ്ലോട്ട്, എൻകോഡ് ജീനോം വ്യാഖ്യാനം, ടിസിജിഎ ഡാറ്റ
ഉപയോക്തൃ ഇന്റർഫേസ്
കൺസോൾ/ടെർമിനൽ
പ്രോഗ്രാമിംഗ് ഭാഷ
പൈത്തൺ
Categories
ഇത് https://sourceforge.net/projects/methymer/ എന്നതിൽ നിന്നും ലഭിക്കാവുന്ന ഒരു ആപ്ലിക്കേഷനാണ്. ഞങ്ങളുടെ സൗജന്യ ഓപ്പറേറ്റീവ് സിസ്റ്റങ്ങളിലൊന്നിൽ നിന്ന് ഏറ്റവും എളുപ്പമുള്ള രീതിയിൽ ഓൺലൈനിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിനായി ഇത് OnWorks-ൽ ഹോസ്റ്റ് ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു.