Ini ialah arahan autodock4 yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
autodock - dok ligan kimia kepada reseptor protein
SINOPSIS
autodok4 [pilihan]
DESCRIPTION
AutoDock melaksanakan dok automatik sebatian kimia kepada protein, iaitu ia meramalkan
bagaimana molekul kecil, seperti substrat atau calon ubat, mengikat kepada reseptor 3D yang diketahui
struktur.
AutoDockSuite terdiri daripada dua program utama yang mana AutoDock melakukan dok
ligan kepada satu set grid yang menerangkan protein sasaran dan pra-pengiraan AutoGrid
grid ini.
PILIHAN
-p parameter_nama fail
-l log_nama fail
-o Gunakan format PDBQ lama, caj q dalam lajur 55-61
-k Simpan nombor sisa asal
-i Abaikan penyemakan pengepala
-t Parsing fail PDBQ untuk menyemak kilasan, kemudian berhenti.
-c < command_file Mod arahan, mengikut fail
-c | control_program Mod arahan, oleh control_program
CONTOH
Pada Debian, direktori /usr/share/doc/autodock menawarkan contoh untuk dijalankan. Tukar kepada itu
direktori dan bongkar (sebagai akar) fail peta gzip, kemudian laksanakan AutoDock seperti yang ditunjukkan
di bawah:
gunzip *.map.gz
autodock4 -p 1pgp.dpf -l /tmp/1pgp.dlg
Tafsiran hasil dibantu oleh suite AutoDockTools. Sila juga periksa
tutorial yang ditawarkan dalam talian.
Gunakan autodock4 dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net