Ini ialah arahan bowtie-build yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
bowtie-build - membina indeks ruang warna untuk bowtie
SINOPSIS
bowtie-build [pilihan]*
DESCRIPTION
rujukan_dalam
senarai fail yang dipisahkan koma dengan jujukan ref
ebwt_outfile_base
tulis data Ebwt ke fail dengan dir/nama asas ini
PILIHAN
-f fail rujukan ialah Fasta (lalai)
-c jujukan rujukan yang diberikan pada baris cmd (as )
--indeks besar
memaksa indeks yang dijana menjadi 'besar', walaupun ref mempunyai kurang daripada 4 bilion
nukleotida
-C/--warna
membina indeks ruang warna
-a/--noauto
lumpuhkan automatik -p/--bmax/--pemasangan memori dcv
-p/--berbungkus
gunakan rentetan yang dibungkus secara dalaman; lebih perlahan, menggunakan kurang mem
--bmax
baldi maks sz untuk pembina tatasusunan akhiran mengikut blok
--bmaxdivn
baldi maks sz sebagai pembahagi ref len (lalai: 4)
--dcv
tempoh perlindungan berbeza untuk arah blok (lalai: 1024)
--angguk lumpuhkan diff-cover (algoritma menjadi kuadratik)
-r/--noref
jangan bina bahagian .3/.4.ebwt (rujukan padat).
-3/--justref
hanya bina bahagian .3/.4.ebwt (rujukan yang dibungkus).
-o/--offrate
SA diambil sampel setiap aksara BWT 2^offRate (lalai: 5)
-t/--ftabchars
# aksara yang digunakan dalam carian awal (lalai: 10)
--ntoa tukar Ns merujuk kepada As
--benih
benih untuk penjana nombor rawak
-q/--senyap
output verbose (untuk debugging)
-h/--bantuan
cetak penerangan terperinci tentang alat dan pilihannya
--penggunaan
cetak mesej penggunaan ini
--versi
cetak maklumat versi dan berhenti
64-bit Dibina pada lgw01-11 Kha 26 Nov 11:11:03 UTC 2015 Penyusun: gcc versi 5.2.1 20151123
(Ubuntu 5.2.1-25ubuntu1) Pilihan: -O3 -Wl,--gaya hash=keduanya -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2
-fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-keselamatan -g -O2 -fstack-protector-strong
-Wformat -Werror=format-keselamatan -Wl,-Fungsi-simbolik -Wl,-z,relro Saiz {int, panjang,
panjang panjang, kosong*, saiz_t, off_t}: {4, 8, 8, 8, 8, 8}
Gunakan bowtie-build dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net