Ini ialah arahan cd-hit-2d-para yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS
JADUAL:
NAMA
cd-hit-2d-para.pl - bahagikan kerja pengelompokan besar kepada beberapa bahagian untuk menjalankan cd-hit-2d atau cd-hit-
pekerjaan est-2d
SINOPSIS
cd-hit-2d-para.pl pilihan
DESCRIPTION
Skrip ini membahagikan kerja pengelompokan besar kepada beberapa bahagian dan menyerahkan tugas kepada jarak jauh
komputer melalui rangkaian untuk menjadikannya selari. Selepas semua kerja selesai, yang
skrip menggabungkan hasil pengelompokan seolah-olah anda hanya menjalankan satu cd-hit-2d atau
cd-hit-est-2d.
Anda juga boleh menggunakannya untuk membahagikan kerja besar pada satu komputer jika komputer anda melakukannya
tidak mempunyai RAM yang mencukupi (dengan -L pilihan).
Keperluan:
1 Apabila menjalankan skrip ini melalui rangkaian, direktori tempat anda
jalankan skrip dan fail input mesti tersedia pada semua hos jauh dengan
laluan yang sama.
2 Jika anda memilih "ssh" untuk menghantar kerja, anda perlu mempunyai
ssh tanpa kata laluan kepada mana-mana hos jauh, lihat manual ssh untuk mengetahui cara menyediakan
ssh tanpa kata laluan.
3 Saya cadangkan untuk menggunakan sistem beratur dan bukannya ssh,
Saya kini menyokong PBS dan SGE
4 cd-hit-2d cd-hit-est-2d cd-hit-div cd-hit-div.pl mestilah
dalam direktori yang sama di mana skrip ini berada.
Pilihan
-i masukkan nama fail untuk db pertama dalam format fasta, diperlukan
-i2 masukkan nama fail untuk db ke-2 dalam format fasta, diperlukan
-o nama fail keluaran, diperlukan
--P atur cara, "cd-hit-2d" atau "cd-hit-est-2d", lalai "cd-hit-2d"
--B nama fail senarai hos, diperlukan melainkan -Q or -L pilihan dibekalkan
--L bilangan cpus pada komputer tempatan, lalai 0 apabila anda tidak menjalankannya melalui a
kluster, anda boleh menggunakan pilihan ini untuk membahagikan kerja pengelompokan besar kepada kepingan kecil,
Saya cadangkan anda hanya menggunakan "--L 1" melainkan anda mempunyai RAM yang mencukupi untuk setiap cpu
--S Bilangan segmen untuk dipecahkan db pertama, lalai 1
--S2 Bilangan segmen untuk dipecahkan db ke-2, lalai 8
--Q bilangan kerja untuk diserahkan kepada sistem baris gilir, lalai 0 secara lalai, program
gunakan mod ssh untuk menyerahkan kerja jauh
--T jenis sistem beratur, "PBS", "SGE" disokong, PBS lalai
--R mulakan semula fail, digunakan selepas ranap larian
-h cetak bantuan ini
Lebih banyak pilihan cd-hit-2d/cd-hit-est-2d boleh dinyatakan dalam baris arahan
Soalan, pepijat, hubungi Weizhong Li di liwz@sdsc.edu
Gunakan cd-hit-2d-para dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net