chemtool - Dalam Talian di Awan

JADUAL:

NAMA

chemtool - penyunting struktur kimia

SINOPSIS

chemtool [nama fail]

DESCRIPTION

chemtool ialah program untuk melukis molekul organik dan mengeksportnya sebagai peta bit X, PNG,
Fail PicTeX, Xfig, SVG, SXD, MDL atau EPS. Ia berjalan di bawah Sistem Tetingkap X menggunakan GTK
set widget.

Program ini menawarkan pada dasarnya undo/buat semula tanpa had, dua fon teks ditambah simbol, tujuh
warna, lukisan pada beberapa skala zum, dan grid tirai latar segi empat sama dan heksagon untuk lebih mudah
penjajaran.

CONTOH

Dalam semua mod lukisan dan penyuntingan, butang tetikus satu (biasanya butang kiri) digunakan untuk
tanda atau lukis objek, manakala butang tiga (butang kanan) boleh digunakan untuk memadam objek
daripada jenis semasa. Butang tengah digunakan terutamanya dalam mod lukisan ikatan di mana ia
membolehkan perubahan cepat jenis ikatan. Bermula dengan versi 1.5, storan lalai
direktori untuk fail data, dan sambungan nama fail untuk digunakan, boleh disimpan melalui a
dialog konfigurasi.

Lukisan of bon:
Ikatan boleh dilukis dalam 4 tetapan sudut yang berbeza (heksagon dengan selang 30°, dua
pentagon dengan selang 72° (orientasi berbeza), dan oktagon 45° i). (Perantaraan
sudut adalah mungkin dalam semua mod ini juga - abaikan sahaja titik penanda dalam ini
kes).

Pemilih gaya ikatan di tengah-tengah bar butang menentukan jenis ikatan itu
dilukis - pada mulanya, ini adalah ikatan tunggal. Jika anda ingin menukar jenis bon kemudian,
sama ada klik padanya dengan butang tengah tetikus anda untuk maju ke jenis seterusnya, atau
pilih jenis yang sesuai dalam pemilih dan kemudian tukar kepada mod jenis ikatan dan pilih semua
bon yang anda ingin tukar kepada jenis baharu. (Warna yang digunakan untuk ikatan ialah
dikemas kini pada masa yang sama jika perlu.) Menekan butang tetikus tengah pada ikatan apabila masuk
Mod 'Jenis Bon' membalikkan arah ikatan itu.

Menggunakan butang tetikus ketiga (biasanya kanan) memadamkan ikatan di sebelah kursor
kedudukan.

Jenis bon yang tersedia ialah:

· ikatan tunggal

· ikatan berganda

· ikatan berganda (garisan yang lebih pendek di sisi lain)

· ikatan ganda berpusat

· ikatan rangkap tiga (garisan mengapit lebih pendek daripada pusat)

· ikatan rangkap tiga (dengan panjang garis yang sama)

· ikatan empat kali ganda

· ikatan berbentuk baji

· ikatan berbentuk baji putus-putus

· garisan beralun

· separuh anak panah

· anak panah biasa

· ikatan yang luas

· bulatan

· garis putus-putus

· ikatan tunggal bertindih (yang memotong segmen daripada sebarang ikatan yang dilintasinya)

· lobus orbital pi ringan

· lobus orbital pi gelap

Semiautomatik melukis of cincin:
Cincin 3 hingga 12 ahli boleh dilukis dengan mudah dengan menahan kekunci Ctrl sambil melukis a
barisan. Garisan ini kemudiannya akan menjadi segmen pertama cincin yang dilukis secara automatik
mengikut arah jam. Saiz cincin menjadi lalai kepada yang sesuai untuk yang dipilih
mod lukisan (iaitu 5, 6 atau 8 sisi), tetapi ia boleh ditetapkan pada asas setiap cincin dengan menekan
Ctlr- sebelum melukis cincin, di mana nombor 3-9 sepadan dengan 3 hingga 9 ahli
deringan, manakala 0 hingga 2 memilih deringan 10, 11 dan 12 ahli, masing-masing.

Cincin yang baru dilukis boleh dipadamkan dengan menekan Ctrl dan butang tetikus 3 bersama-sama.

Lukisan of melengkung garisan:
Garisan melengkung untuk objek seperti anak panah atau lobus orbit boleh dilukis dalam mod lengkung spline dengan
menyatakan empat titik kawalan yang membentuk poligon terikat (titik permulaan, dua titik pada
sama ada sisi puncak, titik akhir). Daripada jenis ikatan biasa yang terdapat dalam menu Gaya,
'baris tunggal', 'semiarrow', anak panah dan 'garis putus-putus' mengekalkan fungsi biasa mereka, manakala
jenis 'garis lebar' digunakan untuk menandakan poligon yang diisi. Titik kawalan adalah sahaja
kelihatan dalam Bergerak mod, di mana mereka boleh diseret ke sekeliling untuk menukar bentuk lengkung selepas itu
ia dilukis.

Menetapkan bon gaya
Dalam mod gaya bon, mengklik mana-mana bon dalam rajah menukar perwakilannya kepada
taip dipilih dalam menu tarik turun di sebelah Jenis .

Jenis bon tambahan yang terdapat dalam menu tarik turun,

anak panah melengkung

hanya tersedia untuk lukisan. Ia sebenarnya adalah jalan pintas untuk salah satu lukisan lengkung
fungsi yang diterangkan di atas, dengan titik kawalan kedua dan ketiga secara automatik
dihasilkan. Oleh itu, ia tidak boleh ditukar kepada atau daripada mana-mana jenis bon konvensional.

(Walau bagaimanapun, seseorang boleh menukarnya kepada mana-mana jenis lengkung lain, contohnya untuk menukar jenis
kepala anak panah). Bentuk anak panah biasanya perlu dilaraskan dengan mengalihkan
titik kawalan yang muncul di sebelahnya dalam mod 'Gerak'.

Memasukkan teks
Teks yang ditulis ke dalam kotak teks boleh diletakkan dengan kursor dan mungkin muncul di kiri,
tengah atau dijajar kanan dalam lukisan. Saiz dan warna teks boleh dipilih daripada tetap
senarai pilihan. Terdapat dua aksara khas untuk digunakan untuk sub- dan superskrip
watak berikut:

'^' untuk beralih ke atas (cth N^+)

'_' untuk beralih ke bawah (cth CH_3)

Aksara kawalan '|' digunakan untuk mencondongkan aksara berikut, seperti dalam |t-Bu.

Jenis huruf tebal, biasanya digunakan untuk penomboran sebatian, boleh dipilih dengan mendahului
watak dengan '#'.

Aksara khas '@' bertukar kepada mod simbol, yang menggunakan simbol X11 standard
fon. Semua kekunci abjad menghasilkan aksara Yunani yang sepadan dalam mod ini, dan
beberapa simbol lain tersedia jika persamaan Latin1 standardnya sudah ada
dipetakan pada papan kekunci:

yen -> infiniti

tanda sempang -> anak panah atas

macron -> anak panah bawah

Simbol 'plusminus' dan 'berdaftar' (tanda dagangan) sudah ada dalam fon standard,
walaupun ia biasanya tidak tersedia pada papan kekunci. Gunakan arahan berikut (atau
tambahkan pengisytiharan pada anda .xmodmaprc ) untuk menyediakannya melalui +
( + ):

xmodmap -e 'keysym r = r R didaftarkan'
-e 'keysym o = o O yen'
-e 'keysym p = p P plusminus'
-e 'keysym u = u U tanda sempang'
-e 'keysym d = d D macron'

(ini membawa kepada AltGr-P = plusminus, AltGr-R = didaftarkan dalam mod biasa dan AltGr-O =
infiniti, AltGr-U = anak panah atas, AltGr-D = anak panah bawah dalam fon simbol).

Untuk gambar rajah 'titik-dan-palang', pemetaan berikut kepada fon simbol mungkin
berguna: akut -> silang (cth keysym x = x X akut) titik tengah -> titik terisi (cth keysym
d = d D periodcentered) (menggunakan tanda darjah untuk titik terbuka).

Versi bulatan tanda tambah dan tolak untuk menandakan cas ionik tersedia sebagai @+
dan @- .

Apabila anda ingin menggunakan simbol sebagai sub-atau superskrip, letakkan sub-atau superskrip
aksara sebelum aksara '@', cth K_@a .

Dalam mod teks, butang kanan tetikus memadamkan label pada kedudukan kursor. Berubah
saiz, fon atau warna label boleh dilakukan dengan mengklik kiri padanya selepas memilih
gabungan tetapan yang dikehendaki. Apabila kotak masukan teks di atas kawasan lukisan kosong,
hanya tetapan dikemas kini tanpa mengubah kandungan label, jika tidak
teks label diganti juga. Jika anda ingin menyalin teks label sedia ada ke
kotak entri teks, klik padanya dengan butang tengah tetikus.

Melabelkan Pintasan
Dalam semua mod lukisan ikatan, beberapa pintasan papan kekunci tersedia untuk menambah simbol atom
tanpa perlu meninggalkan mod lukisan. Label diletakkan pada kedudukan lukisan semasa
(titik akhir baris terakhir yang dilukis, atau tempat terakhir diklik).

Kekunci 'c','h','n','o','s', 'p' dan 'r' masukkan huruf besar yang sepadan, 'l'
(huruf kecil L) memasukkan 'Cl', manakala '1', '2', '3' masing-masing memasukkan CH,CH_2 dan CH_3. The
kekunci asterisk (*) memasukkan bulatan yang diisi.

Menekan bar ruang sekali membolehkan anda memasukkan label sewenang-wenangnya, yang akan diletakkan di
kedudukan semasa apabila anda menekan kekunci Return.

Lukisan elektron pasangan
Kekunci papan kekunci berangka boleh digunakan untuk melukis garisan pendek 'pasangan elektron' di sebelah an
simbol elemen - jika seseorang membayangkan simbol elemen berada pada kekunci '5' pusat,
setiap kunci menarik pasangan elektron yang sesuai untuk kedudukannya. Apabila digunakan bersama-sama dengan
Kekunci Shift, dua titik dilukis dan bukannya garisan - hanya padamkan satu daripada titik itu sekali lagi jika
anda memerlukan bilangan elektron yang ganjil.

Penomboran atom
Untuk penomboran cepat atom dalam molekul, tukar kepada salah satu mod teks, tahan
kekunci Kawalan dan pilih setiap atom berturut-turut dengan butang tetikus kiri. Penomboran
bermula pada 1, dan urutan boleh ditetapkan semula pada bila-bila masa dengan mengklik butang kanan tetikus.
Jika anda perlu menggunakan skema penomboran anda sendiri, klik butang tengah (semasa masih
menahan kekunci Kawalan) menjadikannya mengambil sebarang nombor dalam medan kemasukan teks.

Berpusat
Jika tidak ada ruang yang cukup untuk molekul anda, anda boleh meletakkannya di tengah helaian
dengan butang tengah.

Mengeksport kepada asing format:
Anda boleh mengeksport molekul anda sebagai peta bit X, imej PNG atau EMF, terkapsul
fail postskrip, fail input untuk Brian Smith' xfig(1) program, versi MDL. 2000 molfile
untuk pertukaran data dengan pakej komersial, fail SVG untuk halaman web XHTML, atau dalam
Format PicTeX untuk kemasukan langsung dalam dokumen LaTeX. PicTeX, PNG, EMF dan
Fungsi output postscript bergantung pada fig2dev81) program daripada transfig(1) pakej
dan hanya tersedia apabila program ini dikesan pada permulaan. Sekiranya rajah2sxd(1)
program dipasang, pilihan eksport tambahan tersedia untuk format OpenOffice SXD.
Begitu juga, jika program babel (terbuka) dipasang, menu Eksport tambahan menyediakan
akses kepada semua jenis fail yang disokong oleh alat ini tersedia.

Anda boleh mencipta output dalam saiz yang berbeza mengikut skala zum semasa.
Fail Postscript dan PicTeX juga boleh dibuat pada skala sewenang-wenangnya yang boleh dipilih pada
menu eksport fail.

Pilihan dalam menu konfigurasi boleh ditetapkan untuk memanggil fig2dev dalam bahasa antarabangsa
mod, yang secara automatik akan memaparkan sebarang teks yang ditulis dalam fon ganti (Masa) menggunakan
fon posskrip yang sesuai untuk tempat semasa (kini Croatia, Cyrillic,
Czech, Hungary, Jepun, Korea, Poland). Lihat fig2dev dokumentasi untuk perincian.

Untuk memasukkan fail PicTeX dalam dokumen LaTeX anda, anda memerlukan pakej makro pictex.
Bergantung pada versi yang anda gunakan, anda mungkin juga perlu memuatkan pakej 'warna' dalam
mukadimah fail LaTeX anda. Jika anda mengalami mesej ralat 'Melebihi kapasiti TeX',
tingkatkan parameter extra_mem_bot dalam anda texmf.cnf fail (biasanya dalam
/usr/share/texmf/web2c, /usr/local/texmf or /etc/texmf). Pictex terkenal dengan ciri yang luar biasa
(mengikut piawaian teks) keperluan memori, dan tetapan standard tidak mengambil kira perkara ini
(walaupun anda mungkin mendapati komen ala 'ubah ini jika anda menggunakan pictex' dalam texmf.cnf
fail). Sesuatu seperti extra_mem_bot=400000 tidak sepatutnya menyakitkan pada mana-mana yang sederhana moden
sistem.

Printing lukisan
Sejak versi 1.5, pencetakan terus gambar rajah ke peranti pencetakan berkeupayaan Postscript (atau
lebih lazimnya baris gilir cetak yang menjalankan ghostscript) adalah mungkin. Saiz kertas,
pembesaran, nama pencetak dan arahan cetak untuk digunakan (pada masa ini sama ada lp(1), lpr(1)
or kprinter(1)) boleh disimpan dalam Dialog Konfigurasi.

Memilih semua or bahagian of a melukis Untuk transformasi:
Menggunakan butang 'Mark', anda boleh memilih bahagian lukisan semasa dengan mudah dengan melampirkan
mereka dengan segi empat tepat 'gelang getah'.

Jika anda perlu menambah atom di luar kawasan segi empat tepat pada pilihan anda, lukis sahaja
satu lagi gelang getah di sekeliling mereka sambil menahan kekunci Ctrl.

Bahagian yang dipilih akan kelihatan diserlahkan dengan warna biru dan tersedia serta-merta untuk

bergerak hanya seret serpihan ke kedudukan yang dikehendaki dengan tetikus sambil memegang
ke bawah butang tetikus kiri. (Jika anda hanya perlu menggerakkan atom individu atau
bon, anda boleh memilih dan menyeretnya dalam mod 'Gerak' tanpa perlu menandainya
mereka dahulu).

berputar pergerakan mendatar tetikus diterjemahkan untuk melancarkan putaran di sekeliling
titik pangsi dipilih apabila menekan butang tetikus

membalikkan (mencerminkan) serpihan tentang satah cermin mendatar atau menegak melalui
pusatnya: ini dilakukan dengan mengklik pada butang menu yang sesuai

menyalin mengklik pada butang menu 'Salin' mencipta salinan tepat yang dipilih
serpihan diimbangi sedikit kepada yang asal. Tandanya secara automatik
dipindahkan ke salinan baharu.

penskalaan semula pergerakan tetikus mendatar diterjemahkan kepada peningkatan atau penurunan yang lancar sebanyak
saiz serpihan yang ditanda

memotong untuk memadam serpihan yang ditanda, cuma klik yang ketiga (biasanya sebelah kanan)
butang tetikus selepas ia diserlahkan.

rangka memilih salah satu ikon daripada senarai juntai bawah gaya bingkai dan kurungan
melukis objek yang sepadan, cth sepasang kurungan bulat, mengelilingi
serpihan yang diserlahkan.

mengoptimumkan mengklik pada simbol 'baldi dan penyapu' memanggil fungsi yang mengalih keluar
ikatan dan label bertindih (pendua) daripada lukisan dan diluruskan
garisan yang hampir mendatar atau menegak.

Menambah sebelum ini disimpan angka:
Untuk menambah molekul lain daripada lukisan chemtool yang disimpan sebelum ini, pilihnya dalam fail
tetingkap pilihan yang muncul apabila anda menekan butang 'Tambah'. Klik tunggal pada mana-mana
nama fail dalam senarai memaparkan pratonton kecil molekul untuk membantu dalam pemilihan. The
molekul yang baru ditambah secara automatik dibuat aktif supaya ia boleh diletakkan semula sebagai
dikehendaki.

Jika anda ingin menambahkannya pada kedudukan yang telah ditetapkan pada molekul lain, anda boleh menandakannya
tapak lampiran dengan mengklik kiri padanya dan bukannya menyeret segi empat tepat penanda. Kecil
titik hijau akan muncul pada kedudukan rujukan sekarang untuk bahagian baharu. Jika anda menyimpan
molekul dengan set penanda sedemikian, ia seterusnya akan menentukan tapak lampiran mereka apabila mereka
ditambah pada lukisan lain.

Menambah 1 of yang dipratentukan templat:
Memilih 'Templat' daripada menu 'Alat' membuka tetingkap kedua dengan koleksi kecil
daripada struktur yang telah ditetapkan. Hanya klik pada imej molekul yang dikehendaki untuk menambahnya
lukisan anda. Tetingkap Templat boleh dibuka sepanjang sesi chemtool - jika ia
disembunyikan oleh tetingkap lain, anda boleh mengalihkannya ke hadapan dengan memilih menu 'Templat'
dalam chemtool lagi.

Data dalam sistem templat berbeza daripada lukisan chemtool biasa hanya dengan fakta bahawa
ia disimpan dalam program, dan dalam format yang agak janggal (koordinat x dan y
disenaraikan secara berasingan dalam templat fail sumber.h). Ini bertujuan untuk menyediakan a
set asas yang mudah tersedia untuk semua pengguna, tetapi tidak boleh dilanjutkan secara individu (anda boleh menggunakan
fungsi 'Tambah' untuk struktur anda sendiri). Sila maklumkan kepada kami jika anda mahu khusus
molekul ditambahkan pada templat - nama mereka atau idealnya fail lukisan chemtool biasa
adalah semua yang kita perlukan. (hantar e-mel ke martin@ruby.chemie.uni-freiburg.de)

Mengimport asing fail format:
Chemtool menyediakan fungsi untuk mengimport fail dalam kedua-dua format PDB yang digunakan oleh Protein
Pangkalan data (dan oleh kebanyakan pakej pemodelan molekul) dan format molfile MDL proprietari
digunakan oleh ISISdraw dan difahami oleh pakej lukisan struktur lain dan pangkalan data
bahagian hadapan.

Memandangkan kedua-duanya adalah format fail 3D, manakala chemtool hanya mengendalikan unjuran 2D, diimport
molekul dibaca ke dalam simpanan sementara pada mulanya dan dipaparkan dengan warna biru pada kanvas.
Perwakilan 3D ini kemudiannya boleh diputar menggunakan tetikus. Hanya selepas menekan Return
kekunci pada papan kekunci ialah ia ditukar kepada unjuran 2D akhir yang boleh diedit. manakala
import 3d sedemikian sedang dijalankan, semua fungsi lukisan dan penyuntingan biasa dilumpuhkan.

Dengan import molfile MDL, label atom karbon dibuang secara automatik. Untuk PDB
import, jumlah pelabelan boleh dipilih dalam dialog pemilihan fail, yang menawarkan
pengekalan sama ada semua label, hanya bagi atom bukan hidrogen, atau hanya bukan angka
sebahagian daripada label.

Jika babel program dipasang - sama ada versi asal yang ditulis oleh Pat Walters atau
usaha OpenBabel yang lebih terkini - chemtool secara automatik akan menawarkan pilihan menu untuk
mengimport daripada mana-mana format fail yang disokong ini.

menentukan jumlah formula and molekul berat badan:
Pengagihan mengandungi program pembantu, cht(1), oleh Radek Liboska (Prague) untuk mengira
formula jumlah dan berat molekul (tepat) daripada fail lukisan chemtool. Ia juga
tersedia dari dalam chemtool untuk mengira data ini untuk struktur semasa atau a
serpihan yang ditandakannya. cht boleh disesatkan oleh ikatan pendua ( chemtool tidak mengeluarkan
ikatan bertindih, seperti yang mungkin terhasil daripada sistem gelang bercantum, secara automatik) dan
dengan simbol 'cincin aromatik', jadi anda harus mengelakkan ini dan menyemak kebolehpercayaan
formula jumlah yang dijana jika boleh.

Lukisan fungsi tidak tersedia dalam Chemtool:
Untuk ciri yang tidak disokong oleh chemtool pada masa ini, seperti fungsi lukisan garisan umum,
mendapatkan pakej lukisan XFig Brian Smith xfig amat disyorkan. Tentang satu-satunya
perkara yang tidak ditawarkan ialah sokongan untuk jenis garis 'kimia' dan sudut lukisan - iaitu
mengapa chemtool ditulis sebagai sejenis program pendamping. (Mungkin akan ada lebih banyak lagi
pilihan lukisan yang paling diperlukan ditambah pada chemtool dari semasa ke semasa, tetapi menduplikasi
ciri tujuan umum yang lebih xfig nampaknya tidak berguna.)

Gunakan chemtool dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net