Ini ialah perintah delta-filter yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
delta-filter - baca fail penjajaran delta daripada nucmer atau promer dan tapis
penjajaran
SINOPSIS
penapis delta [pilihan]
DESCRIPTION
-1 Penjajaran 1-ke-1 membenarkan penyusunan semula (persimpangan -r and -q penjajaran)
-g Penjajaran global 1-ke-1 tidak membenarkan penyusunan semula
-h Paparkan maklumat bantuan
-i terapung
Tetapkan identiti penjajaran minimum [0, 100], lalai 0
-l int Tetapkan panjang penjajaran minimum, lalai 0
-m Penjajaran banyak-ke-banyak membenarkan penyusunan semula (penyatuan -r and -q penjajaran)
-q Petakan setiap kedudukan setiap pertanyaan kepada hit terbaik dalam rujukan, membenarkan
rujukan bertindih
-r Petakan setiap kedudukan setiap rujukan kepada hit terbaiknya dalam pertanyaan, membenarkan
pertanyaan bertindih
-u float Tetapkan keunikan penjajaran minimum, iaitu peratus daripada
penjajaran yang sepadan dengan rujukan unik DAN urutan pertanyaan [0, 100], lalai 0
-o terapung
Tetapkan pertindihan penjajaran maksimum untuk -r and -q pilihan sebagai peratus daripada
panjang penjajaran [0, 100], lalai 100
-v Cetak penjajaran yang dibuang dan bukannya yang melepasi penapis
-b Penduaan peta (XOR daripada -r and -q penjajaran, satu atau yang lain tetapi bukan kedua-duanya)
Membaca fail penjajaran delta sama ada daripada nucmer atau promer dan menapis penjajaran berdasarkan
pada suis baris arahan, hanya meninggalkan penjajaran yang diingini yang akan dikeluarkan
stdout dalam format delta yang sama seperti input. Untuk berbilang suis, susunan operasi
adalah seperti berikut: -i -l -u -q -r -g -m -1 -b. Jika penjajaran dikecualikan oleh yang sebelumnya
operasi, ia akan diabaikan oleh operasi yang seterusnya.
Perbezaan penting antara -g pilihan dan -1 and -m pilihan ialah itu -g
memerlukan penjajaran untuk saling konsisten dalam susunan mereka, manakala -1 and -m
pilihan tidak diperlukan untuk saling konsisten dan oleh itu bertolak ansur dengan translokasi,
penyongsangan, dsb. Dalam kes umum, -m pilihan adalah pilihan terbaik, walau bagaimanapun -1 boleh
berguna untuk aplikasi seperti penemuan SNP yang memerlukan pemetaan 1-ke-1. Akhirnya, untuk
pemetaan contigs pertanyaan, atau bacaan jujukan, kepada genom rujukan, gunakan -q. Yang
pendua dicetak dengan -b pilihan ialah -r and -q penjajaran yang tidak terdapat dalam
penjajaran 1-ke-1. Penjajaran ini juga merupakan perbezaan antara -1 and -m
penjajaran
Gunakan penapis delta dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net