Ini ialah arahan fa2dna yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
fa2dna - format pangkalan data fasta untuk digunakan dengan ANFO
SINOPSIS
fa2dna [ pilihan | fail ... ]
DESCRIPTION
fa2dna membaca satu atau lebih fail dalam format fasta dan memformatkannya ke dalam pangkalan data yang sesuai
Untuk anfo(1). Fail input boleh mengandungi lebih daripada satu jujukan, dan setiap jujukan boleh
dipecahkan kepada berbilang contigs dengan regangan Ns. Semua kod kekaburan IUPAC adalah
disokong sepenuhnya.
PILIHAN
-V, - Penukaran
Cetak nombor versi dan keluar.
-o fail, --output fail
Tulis output ke fail.fail sepatutnya berakhir .dna, Kerana anfo dan beberapa di hilir
alatan mungkin tersandung pada sambungan yang berbeza. Lalai ialah nama genom dengan
yang .dna sambungan.
-m N, --maxn N
Menetapkan bilangan maksimum Ns untuk ditafsirkan sebagai kod kekaburan IUPAC kepada N; mana-mana
regangan yang lebih panjang ditafsirkan sebagai memisahkan contigs. Lalai ialah 2.
-g nama, --nama genom
Menetapkan nama genom kepada nama. Nama ini disimpan dalam fail output dan akan
digunakan oleh anfo untuk mengenal pasti genom yang dipadankan dalam keluarannya. Genom hendaklah a
awalan nama fail output untuk membolehkan alat hiliran mencarinya. Nama
hendaklah pendek, tetapi unik, sesuatu seperti "hg18" atau "pt2" untuk manusia atau cimpanzi
genom akan berfungsi dengan baik.
-d teks, --teks penerangan
Tambah teks sebagai penerangan kepada metadata. Ini adalah maklumat semata-mata.
-v, --verbose
Menyebabkan penunjuk kemajuan dicetak.
Gunakan fa2dna dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net