Ini ialah arahan genome-music-bmr-calc-wig-covgp yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS
JADUAL:
NAMA
muzik genom bmr calc-wig-covg - Kira pangkalan tertutup per gen untuk setiap trek goyang yang diberikan
format fail.
VERSION
Dokumen ini menerangkan muzik genom bmr calc-wig-covg versi 0.04 (2016-01-01 di
23:10:18)
SINOPSIS
muzik genom bmr calc-wig-covg --roi-file=? --jujukan-jujukan=? --senarai rambut palsu=?
--output-dir=?
Penggunaan am:
... muzik bmr calc-wig-covg
--wig-list input_dir/wig_list
--output-dir output_dir/
--rujukan-jujukan input_dir/all_sequences.fa
--roi-file input_dir/all_coding_exons.tsv
DIKEHENDAKI HUJAH
roi-fail teks
Senarai ROI yang dibataskan tab [chr start stop gene_name] (Lihat Penerangan)
rujukan-urutan teks
Laluan ke jujukan rujukan dalam format FASTA
senarai rambut palsu teks
Senarai fail WIG yang dibataskan tab [sample_name wig_file] (Lihat Penerangan)
output-dir teks
Direktori tempat fail output dan subdirektori akan ditulis
DESCRIPTION
Skrip ini mengira pangkalan dengan liputan yang mencukupi dalam ROI setiap gen daripada yang diberikan
goyangkan fail format trek, dan kategorikannya kepada - kiraan AT, CG (bukan CpG) dan CpG.
Ia juga menambah kiraan asas ini merentas semua ROI setiap gen untuk setiap sampel, tetapi
pangkalan berbumbung yang terletak dalam ROI bertindih tidak dikira lebih daripada sekali
jumlah kiraan ini.
HUJAH
--roi-fail
Kawasan kepentingan (ROI) bagi setiap gen biasanya adalah kawasan yang disasarkan
penjujukan atau digabungkan exon loci (daripada berbilang transkrip) gen dengan 2-bp
rusuk (splice junctions). Untuk kiraan asas per gen, asas bertindih adalah
dikira setiap kali ia muncul dalam ROI gen yang sama. Untuk mengelakkan ini, pastikan anda
bergabung bersama ROI yang bertindih bagi gen yang sama. BEDtools' mergeBed boleh membantu jika digunakan
setiap gen.
--jujukan-jujukan
Urutan rujukan dalam format FASTA. Jika indeks jujukan rujukan tidak ditemui
bersebelahan fail ini (fail .fai), ia akan dibuat.
--senarai rambut palsu
Sediakan fail yang mengandungi nama sampel dan lokasi fail format trek goyang
setiap satu. Gunakan format yang dibataskan tab [sample_name wig_file] setiap baris. Lajur tambahan
seperti data klinikal dibenarkan, tetapi diabaikan. Nama_sampel mestilah sama dengan
nama sampel tumor yang digunakan dalam fail MAF (lajur ke-16, dengan pengepala
Tumor_Sample_Barcode).
--output-dir
Tentukan direktori output di mana perkara berikut akan dibuat/ditulis: roi_covgs:
Subdirektori yang mengandungi kiraan asas dilindungi per-ROI untuk setiap sampel. gene_covgs:
Subdirektori yang mengandungi kiraan asas dilindungi per gen untuk setiap sampel. total_covgs:
Fail yang mengandungi keseluruhan liputan tidak bertindih bagi setiap sampel.
Gunakan genome-music-bmr-calc-wig-covgp dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net