Ini ialah arahan gff2aplot yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
gff2aplot - Menukar fail GFF untuk penjajaran berpasangan kepada PostScript.
SINOPSIS
gff2aplot [pilihan]
DESCRIPTION
Halaman manual ini mendokumentasikan secara ringkas gff2aplot perintah.
gff2aplot ialah program yang melukis plot penjajaran penuh warna daripada fail GFF untuk itu
penjajaran dan dua anotasi urutan.
PILIHAN
Sempang berganda pada dirinya sendiri "--" menandakan tamat pilihan dan permulaan nama fail (jika
hadir). Anda boleh menggunakan satu sempang "-" sebagai pemegang tempat STDIN. Pilihan yang ada dan a
penerangan ringkas disenaraikan di sini:
-h, - membantu
Tunjukkan ringkasan pilihan.
--versi
Menunjukkan versi semasa dan keluar.
-v, --verbose
Mod bertele-tele, laporan penuh dihantar kepada ralat standard (lalai ditetapkan untuk menunjukkan
hanya AMARAN).
-V, --log-nama fail
Laporan ditulis pada fail log.
-q, --senyap
Mod senyap, jangan tunjukkan sebarang mesej/amaran kepada ralat standard (laporan sahaja
KESILAPAN).
-p, --saiz halaman
Menetapkan saiz halaman antara yang telah ditentukan, lihat di bawah untuk senarai halaman yang tersedia
format).
--margin-kiri
--margin-kanan
--margin-atas
--margin-bawah
Menetapkan setiap jidar halaman kepada . Jika tiada unit disediakan, mata diandaikan,
anda boleh menggunakan mata, milimeter, sentimeter atau inci (pt, mm, cm atau dalam,
masing-masing).
-B, --warna latar belakang
Warna latar belakang.
-F, --warna latar depan
Warna latar depan.
-T, --tajuk
Menentukan tajuk plot.
-t, --sari kata
Menentukan sari kata plot.
-X, --x-label
Menentukan label paksi-X.
-Y, --y-label
Mentakrifkan label paksi Y.
-L, --label-kotak-peratus
Menentukan label kotak peratus.
-l, --label-kotak-tambahan
Menentukan Label Kotak Tambahan.
-x, --x-sequence-coords
-S, --start-x-jujukan
Menetapkan urutan X nukleotida pertama.
-E, --akhir-x-jujukan
Menetapkan urutan X nukleotida terakhir.
-y, ---y-sequence-coords
-ya, --start-y-jujukan
Tetapkan nukleotida pertama jujukan Y.
-e, --urutan-y-akhir
Menetapkan urutan Y nukleotida terakhir.
--x-jujukan-zum
--y-jujukan-zum
-Z, --zum [ [-S ] [-E ] [-s ] [-e ] ]
Pilihan ini mengezum kawasan yang telah anda pilih dengan -S,-E,-s,-e (semua 4 adalah pilihan).
-z, --zum-kawasan [ [-S ] [-E ] [-s ] [-e ] ]
Pilihan ini menandakan kawasan zum pada plot anda, tetapi tidak membuat zum.
-A, --nama-penjajaran
Menentukan penjajaran yang akan diplot jika anda mempunyai lebih daripada satu penjajaran
dalam input gff anda.
-N, --x-jujukan-nama
Menentukan urutan yang akan diplot pada paksi-X.
-n, --y-jujukan-nama
Menentukan jujukan mana yang akan diplot pada paksi-Y.
-r, --aplot-xy-noteq
Secara lalai, paksi X dan Y mempunyai panjang yang sama, pilihan ini melumpuhkan kelakuan sedemikian, jadi X
dan jujukan Y akan mempunyai panjang paksi yang berkadar dengan panjang nukleotidanya.
-R, --xy-axes-scale <X/Y nisbah>
Pilihan ini membolehkan seseorang menetapkan skala yang berbeza antara panjang paksi X dan Y (oleh
lalai ialah '1'). Di bawah 1 nilai menjadikan Y lebih besar daripada X, dan lebih besar daripada 1 terhasil
semakin X lebih besar daripada Y. # Mesti diterangkan dengan lebih baik.
-W, --aln-skala-lebar
Penskalaan skor pada lebar untuk baris Aplot.
-w, --aln-skala-warna
Skor penskalaan pada warna untuk garisan Aplot.
-K, --tunjuk-reben
Paksa Reben untuk semua ciri pada paksi menjadi: (N)satu, (L)in, (R)ribbon, (B)oth.
-G, --pamer-grid
Menukar grid 'hidup' (lalai ialah 'mati').
-g, --hide-grid
Mematikan grid 'mati' (jika dihidupkan daripada fail penyesuaian).
-saya, --tunjuk-peratus-kotak
Menghidupkan kotak Peratusan (lalai ialah 'mati').
-saya, --sorok-peratus-kotak
Matikan kotak Peratusan 'mati' (jika ditetapkan kepada 'hidup' pada fail tersuai).
-O, --tunjukkan-kotak-tambahan
Menghidupkan 'kotak tambahan' (lalai adalah 'mati').
-o, --sorok-kotak-tambahan
Matikan kotak tambahan (jika ditetapkan kepada 'hidup' pada fail tersuai).
-D, --warna-kotak-aplot
Alot warna latar belakang kotak utama.
-d, --peratus-kotak-warna
Warna latar belakang kotak peratus.
-b, --warna-kotak-tambahan
Warna latar belakang kotak tambahan.
--nopswarning
Matikan amaran yang mungkin muncul pada angka PostScript akhir apabila urutan X,
Data input jujukan dan/atau penjajaran Y tiada.
-A, --sembunyikan-kredit
Matikan talian kredit gff2aplot pada plot.
--nyahpepijat
Melaporkan kandungan berubah-ubah semasa menguji program. Memerlukan fail laporan log itu
pilihan juga diaktifkan.
--layout-var ''
--sequence-var ''
--source-var ''
--strand-var ''
--group-var ''
--feature-var ''
Memuatkan pembolehubah penyesuaian ciri/kumpulan/strand/sumber/jujukan/reka letak daripada
baris arahan. Anda boleh menetapkan beberapa pembolehubah dengan mengulangi mana-mana pilihan ini,
iaitu:
... --feature-var 'cds::feature_shape=box'
--feature-var 'cds::feature_color=blue' ...
-C, --nama fail tersuai
Memuatkan parameter penyesuaian daripada fail tertentu (jika lalai ".gff2aplotrc"
wujud dimuatkan sebelum itu).
Itulah warna yang ditakrifkan dalam gff2aplot:
+ Warna Lalai: hitam putih.
+ Palet Warna:
kelabu merah jambu magenta violet biru langit biru cyan hijau laut
hijau limau hijau kuning jingga merah coklat
Anda boleh mendapatkan sehingga sembilan warna warna daripada Variable Colors dengan "sangat mendalam",
awalan "deep", "sangat gelap", "gelap", "terang", "sangat terang", "pucat" dan "sangat pucat",
sebagai contoh:
biru sangat dalam, biru tua, biru sangat gelap, biru tua, biru, biru muda, biru sangat terang,
biru pucat dan biru pucat sangat.
+ Warna dinamik: pelangi kecerunan.
Saiz halaman berikut tersedia: dari A0 hingga A10, dari B0 hingga B10, 10x14,
eksekutif, folio, lejar, undang-undang, surat, kuarto, penyata dan tabloid.
PERSEKITARAN PELBAGAI
Terdapat dua pembolehubah persekitaran yang boleh ditetapkan oleh pengguna mengikut keutamaan mereka:
+ Anda boleh menentukan laluan di mana gff2aplot boleh mencari fail lalai dengan shell
pembolehubah "GFF2APLOT_CUSTOMPATH". Nilai lalai ialah laluan yang anda jalankan
gff2aplot.
+ Anda juga boleh menentukan nama fail tersuai lalai yang anda suka dengan pembolehubah
"GFF2APLOT_CUSTOMFILE", nama fail lalai program untuk fail tersuai ialah ".gff2aplotrc".
+ Kini gff2aplot tidak perlu menulis sebarang fail sementara, supaya versi sebelumnya
pembolehubah laluan direktori sementara lalai ("GFF2APLOT_TMP") tidak lagi digunakan.
+ Menetapkan vars tersebut dalam Bourne-shell dan C-shell:
o Menggunakan Bourne-Shell (cth. bash):
eksport GFF2APLOT_CUSTOMPATH="path" eksport GFF2APLOT_CUSTOMFILE="file_name"
o Menggunakan C-Shell:
setenv GFF2APLOT_CUSTOMPATH "laluan" setenv GFF2APLOT_CUSTOMFILE "nama_fail"
Gunakan gff2aplot dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net