Ini ialah arahan gmod_gff3_preprocessor.plp yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS
JADUAL:
NAMA
$0 - Menyediakan fail GFF3 untuk memuatkan pukal ke dalam pangkalan data chado.
SINOPSIS
% gmod_gff_preprocessor [pilihan] --gfffile
TALIAN PERINTAH PILIHAN
--gfffile Fail yang mengandungi GFF3 (pilihan, boleh dibaca
dari stdin)
--outfile Nama kernel yang akan digunakan untuk menamakan fail hasil
--splitfile Pisahkan fail kepada bahagian yang lebih terurus, dengan menyediakan
hujah untuk mengawal perpecahan
--onlysplit Pisahkan fail dan kemudian berhenti (iaitu, jangan isih)
--nosplit Jangan pisahkan fail (iaitu, susun sahaja)
--hasrefseq Tetapkan ini jika fail mengandungi baris jujukan rujukan
(Hanya diperlukan jika tidak membelah fail)
--dbprofile Tentukan nama profil gmod.conf (jika tidak gunakan lalai)
--inheritance_tiers Berapa tahap warisan yang anda jangkakan fail ini
untuk mempunyai (lalai: 3)
DESCRIPTION
splitfile -- Hanya menetapkan bendera ini kepada 1 akan menyebabkan fail dipecah mengikut rujukan
urutan. Jika anda memberikan hujah pilihan, ia akan dipecahkan lagi mengikut
peraturan ini:
source=1 Pisahkan fail mengikut nilai dalam lajur sumber
source=a,b,c Meletakkan baris dengan sumber yang sepadan (melalui ungkapan biasa)
'a', 'b' atau 'c' dalam fail berasingan
type=a,b,c Meletakkan baris dengan jenis yang sepadan dengan 'a', 'b' atau 'c' dalam a
fail berasingan
Contohnya, jika anda mahu semua hasil analisis anda dimasukkan ke dalam fail yang berasingan, anda
boleh menunjukkan '--splitfile type=match', dan semua cDNA_match, EST_match dan
Ciri cross_genome_match akan dimasukkan ke dalam fail berasingan (diasingkan mengikut urutan rujukan).
inheritence_tiers -- Bilangan peringkat warisan yang ada pada fail ini. Sebagai contoh, jika
fail itu mempunyai gen "dogma pusat" di dalamnya (gen/mRNA/ ekson,polipeptida), maka ia mempunyai 3. Ke atas
hingga 4 disokong tetapi semakin tinggi nombornya, semakin perlahan ia berfungsi. Jika anda tidak
tahu, 3 adalah tekaan yang munasabah.
CEPAT turutan
Jika fail GFF3 mengandungi jujukan FASTA pada penghujungnya, jujukan akan diletakkan dalam a
fail berasingan dengan sambungan '.fasta'. Fail fasta ini boleh dimuatkan secara berasingan selepas
fail GFF3 split dan/atau diisih dimuatkan, menggunakan arahan:
gmod_bulk_load_gff3.pl -g
Gunakan gmod_gff3_preprocessor.plp dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net