Ini ialah arahan gmx-make_ndx yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
gmx-make_ndx - Buat fail indeks
SINOPSIS
gmx make_ndx [-f [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx> [...]]] [-o [<.ndx>]]
[-natom ] [-[tiada]kembar]
DESCRIPTION
Kumpulan indeks diperlukan untuk hampir setiap program GROMACS. Semua program ini boleh
menjana kumpulan indeks lalai. Anda HANYA perlu guna gmx make_ndx apabila anda perlukan SPECIAL
kumpulan indeks. Terdapat kumpulan indeks lalai untuk keseluruhan sistem, 9 kumpulan indeks lalai
untuk protein, dan kumpulan indeks lalai dijana untuk setiap nama sisa lain.
Apabila tiada fail indeks dibekalkan, juga gmx make_ndx akan menjana kumpulan lalai. Dengan
editor indeks yang anda boleh pilih pada atom, sisa dan nama rantai dan nombor. Apabila berlari
fail input dibekalkan anda juga boleh memilih jenis atom. Anda boleh menggunakan NOT, DAN dan ATAU, anda
boleh memecahkan kumpulan kepada rantai, sisa atau atom. Anda boleh memadam dan menamakan semula kumpulan.
Penomboran atom dalam editor dan fail indeks bermula pada 1.
. -kembar suis menduplikasi semua kumpulan indeks dengan offset daripada -natom, yang berguna
untuk persediaan membran dua lapisan Elektrofisiologi Pengiraan.
PILIHAN
Pilihan untuk menentukan fail input:
-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro) (Pilihan)
Fail struktur: hebat g96 pdb brk ent esp tpr
-n [<.ndx> [...]] (index.ndx) (Pilihan)
Fail indeks
Pilihan untuk menentukan fail output:
-o [<.ndx>] (index.ndx)
Fail indeks
Pilihan lain:
-natom (0)
tetapkan bilangan atom (lalai: baca daripada fail koordinat atau indeks)
-[tiada]kembar (tidak)
Salin semua kumpulan indeks dengan offset -natoms
Gunakan gmx-make_ndx dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net