gmx-nmeig - Dalam Talian di Awan

JADUAL:

NAMA

gmx-nmeig - Diagonalkan Hessian untuk analisis mod biasa

SINOPSIS

gmx nmeig [-f [<.mtx>]] [-s [<.tpr>]] [-daripada [<.xvg>]] [-ol [<.xvg>]]
[-awak [<.xvg>]] [-qc [<.xvg>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-xvg ] [-[tidak]m] [-pertama ] [-terakhir ]
[-maxspec ] [-T ] [-[no]constr] [-lebar ]

DESCRIPTION

gmx nmeig mengira vektor eigen/nilai bagi matriks (Hessian), yang boleh
dikira dengan gmx mdrun. Vektor eigen ditulis pada fail trajektori (-v). The
struktur ditulis dahulu dengan t=0. Vektor eigen ditulis sebagai bingkai dengan
nombor vektor eigen sebagai cap masa. Vektor eigen boleh dianalisis dengan gmx anaeig, Pada
ensemble struktur boleh dihasilkan daripada vektor eigen dengan gmx nmens. Apabila jisim
pemberat digunakan, vektor eigen yang dihasilkan akan dikecilkan semula kepada Cartesian biasa
koordinat sebelum menjana output. Dalam kes ini, mereka tidak lagi tepat
ortogon dalam norma Cartesian standard, tetapi dalam norma berwajaran jisim mereka akan menjadi.

Program ini boleh digunakan secara pilihan untuk mengira pembetulan kuantum kepada kapasiti haba dan
entalpi dengan menyediakan hujah fail tambahan -qcorr. Lihat manual GROMACS, Bab 1,
untuk butiran. Hasilnya termasuk menolak darjah kebebasan harmonik pada yang diberikan
suhu. Jumlah pembetulan dicetak pada skrin terminal. Cara yang disyorkan
untuk mengeluarkan pembetulan ialah:

gmx nmeig -s topol.tpr -f nm.mtx -pertama 7 -terakhir 10000 -T 300 -qc [-constr]

. -constr pilihan harus digunakan apabila kekangan ikatan digunakan semasa simulasi
khususnya semua yang kovalen bon. Jika ini tidak berlaku, anda perlu menganalisis
quant_corr.xvg fail sendiri.

Untuk menjadikan perkara lebih fleksibel, program ini juga boleh mengambil kira tapak maya apabila
pengiraan pembetulan kuantum. Apabila memilih -constr and -qc, yang -mulakan and -akhir pilihan
akan ditetapkan secara automatik juga. Sekali lagi, jika anda rasa anda lebih mengetahuinya, sila semak
yang eigenfreq.xvg output.

PILIHAN

Pilihan untuk menentukan fail input:

-f [<.mtx>] (hessian.mtx)
Matriks Hessian

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Fail input run xdr mudah alih

Pilihan untuk menentukan fail output:

-daripada [<.xvg>] (eigenfreq.xvg)
fail xvgr/xmgr

-ol [<.xvg>] (eigenval.xvg)
fail xvgr/xmgr

-awak [<.xvg>] (spektrum.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr

-qc [<.xvg>] (quant_corr.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr

-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
Trajektori ketepatan penuh: trr cpt tng

Pilihan lain:

-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tiada

-[tidak]m (ya)
Bahagikan unsur Hessian dengan hasil darab persegi(jisim) atom terlibat sebelum
penpenjurukan. Ini harus digunakan untuk analisis 'Mod Biasa'

-pertama (1)
eigenvector pertama untuk dihapuskan

-terakhir (50)
eigenvector terakhir untuk dihapuskan

-maxspec (4000)
Frekuensi tertinggi (1/cm) untuk dipertimbangkan dalam spektrum

-T (298.15)
Suhu untuk mengira kapasiti haba kuantum dan entalpi apabila menggunakan mod biasa
pengiraan untuk membetulkan simulasi klasik

-[no]constr (tidak)
Jika kekangan digunakan dalam simulasi tetapi tidak dalam analisis mod biasa
(ini adalah cara yang disyorkan untuk melakukannya) anda perlu menetapkan ini untuk pengkomputeran
pembetulan kuantum.

-lebar (1)
Lebar (sigma) puncak gaussian (1/cm) apabila menjana spektrum

Gunakan gmx-nmeig dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net