Ini ialah arahan gmx-tcaf yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
gmx-tcaf - Kira kelikatan cecair
SINOPSIS
gmx tcaf [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-tidak [<.xvg>]] [-oa [<.xvg>]] [-o [<.xvg>]] [-daripada [<.xvg>]]
[-oc [<.xvg>]] [-ov [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[tidak]w] [-xvg ] [-[no]mol] [-[tidak]k34]
[-wt ] [-acflen ] [-[no]normalkan] [-P ]
[-fitfn ] [-mulakan ] [-endfit ]
DESCRIPTION
gmx tcaf mengira autokorelasi arus rentas. Ini digunakan untuk menganggarkan
kelikatan ricih, eta. Untuk butiran lihat: Palmer, Phys. Rev. E 49 (1994) ms 359-366.
Arus melintang dikira menggunakan k-vektor (1,0,0) dan (2,0,0) setiap satu juga dalam
yang y- dan z-arah, (1,1,0) dan (1,-1,0) setiap satu juga dalam 2 satah lain (ini
vektor tidak bebas) dan (1,1,1) dan 3 pepenjuru kotak yang lain (juga tidak
bebas). Untuk setiap k-vektor sinus dan kosinus digunakan, dalam kombinasi dengan
halaju dalam 2 arah serenjang. Ini memberikan jumlah 16*2*2=64 melintang
arus. Satu autokorelasi dikira dipasang untuk setiap k-vektor, yang memberikan 16
TCAF. Setiap TCAF ini dipasang pada f(t) = exp(-v)(cosh(Wv) + 1/W sinh(Wv)), v = -t/(2
tau), W = sqrt(1 - 4 tau eta/rho k^2), yang memberikan 16 nilai tau dan eta. yang sesuai
pemberat mereput secara eksponen dengan pemalar masa w (diberikan dengan -wt) sebagai exp(-t/w), dan
TCAF dan kesesuaian dikira sehingga masa 5*w. Nilai eta hendaklah dipasang pada 1 - a
eta(k) k^2, dari mana seseorang boleh menganggarkan kelikatan ricih pada k=0.
Apabila kotak adalah padu, seseorang boleh menggunakan pilihan -oc, yang purata TCAF ke atas semua
k-vektor dengan panjang yang sama. Ini menghasilkan TCAF yang lebih tepat. Kedua-dua kubik
TCAF dan muat ditulis kepada -oc Anggaran eta padu juga ditulis kepada -ov.
Dengan pilihan -mol, arus melintang ditentukan oleh molekul dan bukannya atom. Dalam
kes ini, kumpulan indeks harus terdiri daripada nombor molekul dan bukannya nombor atom.
Kelikatan yang bergantung kepada k dalam -ov fail hendaklah dipasang pada eta(k) = eta_0 (1 - ak^2)
untuk mendapatkan kelikatan pada panjang gelombang tak terhingga.
Catatan: pastikan anda menulis koordinat dan halaju dengan cukup kerap. yang awal,
bukan eksponen, sebahagian daripada fungsi autokorelasi adalah sangat penting untuk mendapatkan a
sesuai.
PILIHAN
Pilihan untuk menentukan fail input:
-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
Trajektori ketepatan penuh: trr cpt tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Pilihan)
Struktur+jisim(db): tpr hebat g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Pilihan)
Fail indeks
Pilihan untuk menentukan fail output:
-tidak [<.xvg>] (transcur.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr
-oa [<.xvg>] (tcaf_all.xvg)
fail xvgr/xmgr
-o [<.xvg>] (tcaf.xvg)
fail xvgr/xmgr
-daripada [<.xvg>] (tcaf_fit.xvg)
fail xvgr/xmgr
-oc [<.xvg>] (tcaf_cub.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr
-ov [<.xvg>] (visc_k.xvg)
fail xvgr/xmgr
Pilihan lain:
-b (0)
Bingkai pertama (ps) untuk dibaca dari trajektori
-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari trajektori
-dt (0)
Hanya gunakan bingkai apabila t MOD dt = kali pertama (ps)
-[tidak]w (tidak)
Lihat output .xvg, .xpm, .eps and .pdb fail
-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tiada
-[no]mol (tidak)
Kira TCAF bagi molekul
-[tidak]k34 (tidak)
Juga gunakan k=(3,0,0) dan k=(4,0,0)
-wt (5)
Masa pereputan eksponen untuk pemberat muat TCAF
-acflen (-1)
Panjang ACF, lalai ialah separuh daripada bilangan bingkai
-[no]normalkan (ya)
Normalkan ACF
-P (0)
Susunan polinomial Legendre untuk ACF (0 menunjukkan tiada): 0, 1, 2, 3
-fitfn (Tiada)
Fungsi muat: tiada, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9
-mulakan (0)
Masa untuk memulakan muat eksponen bagi fungsi korelasi
-endfit (-1)
Masa di mana untuk menamatkan muat eksponen bagi fungsi korelasi, -1 adalah sehingga
akhir
Gunakan gmx-tcaf dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net