hhsearch - Dalam talian dalam Awan

JADUAL:

NAMA

hhsearch - cari pangkalan data HMM dengan penjajaran pertanyaan atau HMM pertanyaan

SINOPSIS

hhsearch -i pertanyaan -d pangkalan data [pilihan]

DESCRIPTION

HHsearch versi 2.0.16 (Januari 2013) Cari pangkalan data HMM dengan penjajaran pertanyaan atau
pertanyaan HMM (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas Hauser Soding,
J. Pengesanan homologi protein oleh perbandingan HMM-HMM. Bioinformatik 21:951-960 (2005).

-i
input/pertanyaan penjajaran jujukan berbilang (a2m, a3m, FASTA) atau HMM

-d
Pangkalan data HMM bagi HMM bercantum dalam format hhm, HMMER atau a3m, ATAU, jika fail mempunyai
kawan sambungan, senarai nama fail HMM, satu setiap baris. Berbilang dbs, HMM atau rakan
fail dengan -d ' ...'

mungkin 'stdin' atau 'stdout' sepanjang.

Output pilihan yang berikut:
-o
tulis keputusan dalam format standard ke fail (default= )

-Ofas
tulis penjajaran berpasangan bagi padanan penting dalam format FASTA Analogi untuk
output dalam format a3m, a2m dan psi (cth -Oa3m)

-oa3m
tulis MSA padanan penting dalam format a3m Analogi untuk output dalam a2m, psi,
dan format hhm (cth -ohh)

-e [0,1]
Potongan nilai-e untuk dimasukkan dalam penjajaran berbilang (def=0.001)

-seq
maks. bilangan urutan pertanyaan/templat dipaparkan (def=1) Berhati-hati dengan limpahan! Semua
urutan ini disimpan dalam ingatan.

-keburukan tunjukkan jujukan konsensus sebagai jujukan induk pertanyaan MSA

-nocons
jangan tunjukkan jujukan konsensus dalam penjajaran (default=show)

-nopred
jangan tunjukkan struktur 2ndary yang diramalkan dalam penjajaran (default=show)

-nodssp
jangan tunjukkan struktur DSSP 2ndary dalam penjajaran (default=show)

-ssconf
tunjukkan keyakinan untuk struktur 2ndary yang diramalkan dalam penjajaran

-p
kebarangkalian minimum dalam senarai ringkasan dan penjajaran (def=20)

-E
nilai E maksimum dalam senarai ringkasan dan penjajaran (def=1E+06)

-Z
bilangan baris maksimum dalam senarai hit ringkasan (def=500)

-z
bilangan baris minimum dalam senarai hit ringkasan (def=10)

-B
bilangan maksimum penjajaran dalam senarai penjajaran (def=500)

-b
bilangan penjajaran minimum dalam senarai penjajaran (def=10)

-aliw [40,..[
bilangan lajur setiap baris dalam senarai penjajaran (def=80)

-dbstrlen
panjang maksimum rentetan pangkalan data untuk dicetak dalam fail hhr

Penjajaran jujukan berbilang pertanyaan penapis

-ID [0,100] identiti jujukan berpasangan maksimum (%) (def=90)

-berbeza [0,inf[
tapis MSA dengan memilih set jujukan yang paling pelbagai, mengekalkan sekurang-kurangnya jumlah ini
seqs dalam setiap blok MSA dengan panjang 50 (def=100)

-cov [0,100] liputan minimum dengan pertanyaan (%) (def=0)

-qid [0,100] identiti jujukan minimum dengan pertanyaan (%) (def=0)

-qsc [0,100] skor minimum setiap lajur dengan pertanyaan (def=-20.0)

-neff [1,inf]
sasaran kepelbagaian penjajaran (lalai=mati)

Input penjajaran format:
-M a2m gunakan A2M/A3M (lalai): huruf besar = Padanan; huruf kecil = Masukkan; '-' = Padam; '.' =
jurang sejajar dengan sisipan (boleh ditinggalkan)

-M pertama
gunakan FASTA: lajur dengan baki dalam urutan pertama ialah keadaan padanan

-M [0,100]
gunakan FASTA: lajur dengan jurang kurang daripada X% ialah keadaan padanan

-tag JANGAN meneutralkan jujukan pengecaman His-, C-myc-, FLAG-, dan trypsin kepada
pengedaran latar belakang

HMM-HMM penjajaran pilihan yang berikut:
-norealign
JANGAN selaraskan semula hits yang dipaparkan dengan algoritma MAC (def=realign)

-mact [0,1[
ambang kebarangkalian posterior untuk penjajaran semula MAC (def=0.350) Kawalan parameter
keserakahan penjajaran: 0:global >0.1: setempat

-glob/-loc
gunakan mod penjajaran global/tempatan untuk mencari/kedudukan (def=local)

-alt
muncul kepada banyak penjajaran alternatif yang penting ini(def=2)

-vit gunakan algoritma Viterbi untuk mencari/kedudukan (lalai)

-Mac gunakan algoritma Ketepatan Maksimum (MAC) untuk mencari/kedudukan

-teruskan
gunakan kebarangkalian Hadapan untuk mencari

-tidak termasuk
kecualikan kedudukan pertanyaan daripada penjajaran, cth '1-33,97-168'

-anjakan [-1,1]
mengimbangi skor (def=-0.03)

-corr [0,1]
berat sebutan untuk korelasi pasangan (def=0.10)

-sc skor asid amino (tja: templat HMM pada lajur j) (def=1)

0 = log2 Jumlah(tja*qia/pa) (pa: frekuensi latar belakang aa)

1 = log2 Jumlah(tja*qia/pqa) (pqa = 1/2*(pa+ta) )

2 = log2 Jumlah(tja*qia/ta) (ta: av. aa kekerapan dalam templat)

3 = log2 Jumlah(tja*qia/qa) (qa: av. aa kekerapan dalam pertanyaan)

5 pembetulan komposisi asid amino tempatan

-ssm {0,..,4}
0: tiada pemarkahan ss 1,2: pemarkahan ss selepas atau semasa penjajaran [default=2] 3,4: ss
pemarkahan selepas atau semasa penjajaran, diramal lwn diramalkan

-ssw [0,1] berat skor ss berbanding skor lajur (def=0.11)

-ssa [0,1] Matriks penggantian SS = (1-ssa)*I + ssa*matriks-substitusi-SS penuh
[def=1.00)

Jurang kos pilihan yang berikut:
-gapb [0,inf[
Campuran pseudocount peralihan (def=1.00)

-gapd [0,inf[
Campuran pseudocount peralihan untuk jurang terbuka (lalai=0.15)

-nganga [0,1.5]
Campuran pseudocount peralihan untuk jurang lanjutan (def=1.00)

-gapf ]0,inf]
faktor untuk menambah/mengurangkan penalti terbuka jurang untuk pemadaman (def=0.60)

-gapg ]0,inf]
faktor untuk menambah/mengurangkan penalti terbuka jurang untuk sisipan (def=0.60)

-gaph ]0,inf]
faktor untuk menambah/mengurangkan jurang melanjutkan penalti untuk pemadaman(def=0.60)

-gapi ]0,inf]
faktor untuk menambah/mengurangkan jurang memanjangkan penalti untuk sisipan(def=0.60)

-cth Penalti [0,inf[ (bit) untuk jurang akhir sejajar dengan sisa pertanyaan (def=0.00)

-cth Penalti [0,inf[ (bit) untuk jurang akhir sejajar dengan sisa templat (def=0.00)

Pseudocount (pc) pilihan yang berikut:
-pcm {0,..,3}
pergantungan kedudukan campuran pc 'tau' (mod pc, lalai=2) 0: tiada kiraan pseudo:
tau = 0 1: malar tau = a 2: bergantung kepada kepelbagaian: tau = a/(1 +
((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: bilangan seq berkesan dalam MSA tempatan di sekitar lajur i)
3: pseudocount kepelbagaian malar

-pca [0,1] keseluruhan campuran pseudocount (def=1.0)

-pcb [1,inf[ Nilai ambang Neff untuk -pcm 2 (def=1.5)

-pcc [0,3] eksponen kepupusan c untuk -pcm 2 (def=1.0)

Konteks khusus pseudo-counts:
-nocontxt
gunakan matriks penggantian dan bukannya pseudocount khusus konteks

-contxt fail konteks untuk mengira pseudocount khusus konteks
(lalai=./data/context_data.lib)

-cslib
fail keadaan lajur untuk prapenapisan pangkalan data pantas (default=./data/cs219.lib)

-csw [0,inf] berat kedudukan tengah dalam mod pseudocount cs (def=1.6)

-csb [0,1] parameter pereputan berat untuk kedudukan dalam mod cs pc (def=0.9)

lain-lain pilihan yang berikut:
-CPU
bilangan CPU untuk digunakan (untuk SMP memori dikongsi) (lalai=1)

-v
mod verbose: 0: tiada keluaran skrin 1: only warings 2: verbose

-maxres
bilangan maksimum lajur HMM (def=15002)

-maxmem [1,inf[ maks memori tersedia dalam GB (def=3.0)

-skor tulis skor untuk semua perbandingan berpasangan untuk difailkan

-tenang {0,..,3} penentukuran skor empirikal 0:pertanyaan 1:templat 2:kedua-duanya

lalai 3: anggaran berasaskan rangkaian saraf param EVD

Contoh: hhsearch -i a.1.1.1.a3m -d scop70_1.71.hhm

Gunakan hhsearch dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net