hmm2search - Dalam Talian di Awan

JADUAL:

NAMA

hmm2search - cari pangkalan data jujukan dengan profil HMM

SINOPSIS

hmm2search [pilihan] hmmfile seqfile

DESCRIPTION

hmm2search membaca HMM daripada hmmfile dan carian seqfile untuk persamaan yang ketara
padanan urutan.

seqfile akan dicari dahulu dalam direktori kerja semasa, kemudian dalam direktori
dinamakan oleh pembolehubah persekitaran BLASTDB. Ini membolehkan pengguna menggunakan pangkalan data BLAST sedia ada,
jika BLAST telah dikonfigurasikan untuk tapak.

hmm2search mungkin mengambil masa beberapa minit atau jam untuk dijalankan, bergantung pada saiz jujukan
pangkalan data. Adalah idea yang baik untuk mengubah hala output ke fail.

Output terdiri daripada empat bahagian: senarai kedudukan urutan pemarkahan terbaik, a
senarai kedudukan domain pemarkahan terbaik, penjajaran untuk semua domain pemarkahan terbaik dan
histogram markah. Skor jujukan mungkin lebih tinggi daripada skor domain untuk
jujukan yang sama jika terdapat lebih daripada satu domain dalam jujukan; skor urutan mengambil
mengambil kira semua domain. Semua jujukan mendapat markah di atas -E and -T potongan ditunjukkan
dalam senarai pertama, kemudian setiap domain yang terdapat dalam senarai ini ditunjukkan dalam senarai kedua
hits domain. Jika dikehendaki, nilai E dan ambang skor bit juga boleh digunakan pada
senarai domain menggunakan --domE and --domT pilihan.

PILIHAN

-h Cetak bantuan ringkas; termasuk nombor versi dan ringkasan semua pilihan, termasuk
pilihan pakar.

-A Hadkan output penjajaran kepada domain pemarkahan terbaik. -A0 mematikan
output penjajaran dan boleh digunakan untuk mengurangkan saiz fail output.

-E Tetapkan pemotongan nilai-E untuk senarai hit yang ditarafkan setiap jujukan kepada , di mana ialah
nombor nyata positif. Lalai ialah 10.0. Hit dengan nilai-E lebih baik daripada (kurang
daripada) ambang ini akan ditunjukkan.

-T Tetapkan pemotongan skor bit untuk senarai hit diperingkat setiap jujukan kepada , di mana is
nombor sebenar. Lalai ialah infiniti negatif; secara lalai, ambangnya ialah
dikawal oleh nilai-E dan bukan oleh skor bit. Hit dengan skor bit lebih baik daripada
(lebih daripada) ambang ini akan ditunjukkan.

-Z Kira skor E-nilai seolah-olah kita telah melihat pangkalan data jujukan
urutan. Lalai ialah bilangan jujukan yang dilihat dalam fail pangkalan data anda
.

EXPERT PILIHAN

--compat
Gunakan format output HMMER 2.1.1, keluaran awam 1998-2001; dengan syarat begitu
2.1.1 penghurai tidak perlu ditulis semula.

--CPU
Menetapkan bilangan maksimum CPU yang program akan dijalankan. Lalai adalah untuk menggunakan
semua CPU dalam mesin. Mengatasi pembolehubah persekitaran HMMER_NCPU. Sahaja
mempengaruhi versi berulir HMMER (lalai pada kebanyakan sistem).

--cut_ga
Gunakan pemotongan skor Pfam GA (ambang pengumpulan). Bersamaan dengan --globT
--domT , tetapi potongan GA2 dan GA1 dibaca daripada fail HMM. hmm2build
meletakkan potongan ini di sana jika fail penjajaran dianotasi dalam mesra Pfam
format penjajaran (format SELEX lanjutan atau Stockholm) dan GA pilihan
baris anotasi hadir. Jika potongan ini tidak ditetapkan dalam fail HMM, --cut_ga
tidak berfungsi.

--cut_tc
Gunakan pemotongan skor Pfam TC (potongan dipercayai). Bersamaan dengan --globT --domT
, tetapi potongan TC2 dan TC1 dibaca daripada fail HMM. hmm2build meletakkan ini
pemotongan di sana jika fail penjajaran telah dijelaskan dalam penjajaran mesra Pfam
format (format SELEX atau Stockholm lanjutan) dan baris anotasi TC pilihan ialah
hadir. Jika potongan ini tidak ditetapkan dalam fail HMM, --cut_tc tidak berfungsi.

--cut_nc
Gunakan pemotongan skor Pfam NC (noise cutoff). Bersamaan dengan --globT --domT ,
tetapi potongan NC1 dan NC2 dibaca daripada fail HMM. hmm2build meletakkan ini
pemotongan di sana jika fail penjajaran telah dijelaskan dalam penjajaran mesra Pfam
format (format SELEX atau Stockholm lanjutan) dan baris anotasi NC pilihan ialah
hadir. Jika potongan ini tidak ditetapkan dalam fail HMM, --cut_nc tidak berfungsi.

--domE
Tetapkan pemotongan E-nilai untuk senarai hit kedudukan setiap domain kepada , di mana ialah
nombor nyata positif. Lalai ialah infiniti; secara lalai, semua domain dalam
jujukan yang melepasi ambang pertama akan dilaporkan dalam senarai kedua, jadi
bahawa bilangan domain yang dilaporkan dalam senarai setiap jujukan adalah konsisten dengan
nombor yang muncul dalam senarai setiap domain.

--domT
Tetapkan pemotongan skor bit untuk senarai hit kedudukan setiap domain kepada , di mana ialah
nombor sebenar. Lalai ialah infiniti negatif; secara lalai, semua domain dalam
jujukan yang melepasi ambang pertama akan dilaporkan dalam senarai kedua, jadi
bahawa bilangan domain yang dilaporkan dalam senarai setiap jujukan adalah konsisten dengan
nombor yang muncul dalam senarai setiap domain. penting catatan: hanya satu domain dalam a
jujukan dikawal sepenuhnya oleh parameter ini, atau oleh --domT. Yang kedua dan
domain seterusnya dalam urutan mempunyai ambang skor bit de facto 0 kerana
butiran cara HMMER berfungsi. HMMER memerlukan sekurang-kurangnya satu laluan melalui
model utama setiap urutan; untuk melakukan lebih daripada satu pas (lebih daripada satu domain) yang
penjajaran multidomain mesti mempunyai skor yang lebih baik daripada penjajaran domain tunggal,
dan oleh itu domain tambahan mesti menyumbang skor positif. Lihat Panduan Pengguna
untuk lebih terperinci.

--ke hadapan
Gunakan algoritma Forward dan bukannya algoritma Viterbi untuk menentukan per-
skor urutan. Skor setiap domain masih ditentukan oleh algoritma Viterbi.
Ada yang berpendapat bahawa Forward adalah algoritma yang lebih sensitif untuk mengesan jarak jauh
urutan homolog; Walau bagaimanapun, percubaan saya dengan HMMER tidak mengesahkan ini.

--maklumat
Tegaskan bahawa input seqfile adalah dalam format ; jangan jalankan format Babelfish
autodection. Ini sedikit sebanyak meningkatkan kebolehpercayaan program, kerana
Babelfish boleh membuat kesilapan; terutamanya disyorkan untuk tanpa pengawasan, tinggi-
larian throughput HMMER. Rentetan format yang sah termasuk FASTA, GENBANK, EMBL, GCG,
PIR, STOCKHOLM, SELEX, MSF, CLUSTAL dan PHYLIP. Lihat Panduan Pengguna untuk a
senarai lengkap.

--null2
Matikan model nol kedua post hoc. Secara lalai, setiap penjajaran dinilai semula oleh
langkah pasca pemprosesan yang mengambil kira kemungkinan komposisi berat sebelah dalam sama ada
HMM atau urutan sasaran. Ini hampir penting dalam carian pangkalan data,
terutamanya dengan model penjajaran tempatan. Terdapat peluang yang sangat kecil untuk ini
pasca pemprosesan mungkin mengalih keluar padanan sebenar, dan dalam kes ini --null2 mungkin bertambah baik
sensitiviti dengan mengorbankan mengurangkan kekhususan dengan membiarkan komposisi berat sebelah
melanda.

--pvm Jalankan pada Mesin Maya Selari (PVM). PVM mesti sudah berjalan. The
program klien hmm2search-pvm mesti dipasang pada semua nod PVM. PVM pilihan
sokongan mesti telah disusun ke dalam HMMER.

--xnu Hidupkan penapisan XNU bagi jujukan protein sasaran. Tidak mempunyai kesan ke atas asid nukleik
urutan. Dalam eksperimen percubaan, --xnu nampaknya berprestasi kurang baik daripada
model post hoc null2 lalai.

Gunakan hmm2search dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net