Ini ialah arahan idba yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
idba_hybrid - Iterative de Bruijn Graph Assembler untuk data penjujukan hibrid
SINOPSIS
idba_hibrid -r baca.fa -o output_dir [--rujukan ref.fa]
DESCRIPTION
IDBA-Tran ialah penghimpun bacaan pendek De Bruijn Graph De Novo untuk transkriptom.
Ia adalah penghimpun de novo semata-mata berdasarkan hanya bacaan penjujukan RNA. IDBA-Tran menggunakan tempatan
perhimpunan untuk membina semula k-mers yang hilang dalam transkrip yang dinyatakan rendah dan kemudian menggunakan
potongan progresif pada contigs untuk memisahkan graf kepada komponen. Setiap komponen
sepadan dengan satu gen dalam kebanyakan kes dan tidak mengandungi banyak transkrip. Heuristik
algoritma berdasarkan bacaan akhir pasangan kemudian digunakan untuk mencari isoform.
PILIHAN
-o, --keluar arg (=keluar)
direktori output
-r, --baca berhujah
fail baca cepat (<=128)
--read_level_2 berhujah
bacaan akhir berpasangan pantas untuk perancah tahap kedua
--read_level_3 berhujah
bacaan akhir berpasangan pantas untuk perancah peringkat ketiga
--read_level_4 berhujah
bacaan akhir berpasangan pantas untuk perancah tahap keempat
--read_level_5 berhujah
bacaan akhir berpasangan pantas untuk perancah tahap kelima
-l, --panjang_baca berhujah
fail baca panjang cepat (>128)
--rujukan berhujah
genom rujukan
--mink arg (=20)
nilai k minimum (<=124)
--maks arg (=100)
nilai k maksimum (<=124)
--langkah arg (=20)
kenaikan k-mer setiap lelaran
--mink_dalam arg (=10)
nilai k minimum dalaman
--langkah_dalam arg (=5)
kenaikan dalaman k-mer
--awalan arg (=3)
panjang awalan yang digunakan untuk membina jadual sub k-mer
--min_count arg (=2)
kepelbagaian minimum untuk menapis k-mer apabila membina graf
--min_support arg (=1)
supoort minimum dalam setiap lelaran
--bilangan_benang arg (=0)
bilangan benang
--seed_kmer arg (=30)
saiz kmer benih untuk penjajaran
--min_contig arg (=200)
saiz minimum contig
--min_region arg (=500)
saiz minimum rantau dalam genom rujukan
--serupa arg (=0.95)
persamaan untuk penjajaran
--max_mismatch arg (=3)
ketidakpadanan maksimum pembetulan ralat
--min_pasangan arg (=3)
bilangan pasangan minimum
--max_gap arg (=50)
jurang maksimum dalam rujukan
--no_local
jangan gunakan perhimpunan tempatan
--tiada_liputan
jangan berulang pada liputan
--tidak_betul
jangan buat pembetulan
--pre_correction
lakukan prapembetulan sebelum pemasangan
Gunakan idba dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net