Ini ialah arahan ipig yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
ipig - Mengintegrasikan PSM Ke dalam visualisasi pelayar Genom
SINOPSIS
ipig <psm fail> |-g|-c|-cg [ ]
DESCRIPTION
iPiG menyasarkan penyepaduan padanan spektrum peptida (PSM) daripada spektrometri jisim
(MS) pengenalpastian peptida ke dalam visualisasi genom yang disediakan oleh pelayar genom seperti
sebagai pelayar genom UCSC (http://genome.ucsc.edu/).
iPiG mengambil PSM daripada format standard MS mzIdentML (*.mzid) atau dalam format teks dan
memberikan hasil dalam format trek genom (fail BED dan GFF3), yang boleh dilakukan dengan mudah
diimport ke dalam pelayar genom.
PILIHAN
<psm fail>
menunjukkan fail dengan padanan spektrum peptida (mzid/txt)
-g, -gui
memulakan antara muka pengguna grafik iPiG
-c, -kawalan
memulakan kawalan gen, fail yang diperlukan perlu ditunjukkan dalam konfigurasi
fail
-cg, -controlgui
memulakan antara muka pengguna grafik bagi kawalan gen
-d, -pemuat turun
memulakan muat turun gui
fail konfigurasi yang berbeza boleh ditunjukkan (jika tidak ipig.conf dimuatkan oleh
lalai)
keperluan tambahan:
menggunakan mod bukan gui, fail konfigurasi (ipig.conf secara lalai) perlu mengandungi beberapa
parameter tambahan, cth menunjukkan genom rujukan dsb.
dalam mod gui (-g and -cg), parameter tambahan boleh ditunjukkan dengan dua cara, dalam
antara muka atau dengan fail konfigurasi juga.
lihat readme.txt dan ipig.conf untuk contoh dan butiran lanjut tentang
parameter tambahan
Gunakan ipig dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net