phytime - Dalam talian di Awan

JADUAL:

NAMA

phytime - Anggaran Bayesian bagi masa perbezaan daripada penjajaran jujukan besar

DESCRIPTION

Anggaran Bayesian bagi masa perbezaan daripada jujukan molekul bergantung pada yang canggih
Teknik rantaian Markov Monte Carlo, dan pensampel Metropolis-Hastings (MH) telah digunakan
berjaya digunakan dalam konteks itu. Pendekatan ini melibatkan beban pengiraan berat yang
boleh menghalang analisis set data filogenomik yang besar. Anggaran perbezaan yang boleh dipercayai
masa juga boleh sangat memakan masa, jika tidak mustahil, untuk penjajaran jujukan
yang menyampaikan isyarat filogenetik yang lemah atau bercanggah, menekankan keperluan untuk lebih
kaedah persampelan yang cekap. Artikel ini menerangkan pendekatan baharu yang menganggarkan
ketumpatan posterior kadar penggantian dan masa nod. Pengagihan kadar sebelum ini
mengambil kira potensi autokorelasi mereka sepanjang garis keturunan, manakala prior pada umur nod
dimodelkan dengan ketumpatan seragam. Juga, fungsi kemungkinan dianggarkan dengan a
ketumpatan normal multivariate. Gabungan komponen ini membawa kepada kemudahan
penyederhanaan matematik, membolehkan pengedaran posterior kadar dan masa menjadi
dianggarkan menggunakan algoritma persampelan Gibbs. Analisis empat set data dunia sebenar
menunjukkan bahawa pensampel ini mengatasi pendekatan MH standard dan menunjukkan
kesesuaian kaedah baharu ini untuk menganalisis set data yang besar dan/atau sukar.

SINOPSIS

phytime [args arahan]

PILIHAN

Semua pilihan di bawah adalah pilihan kecuali '-i','-u' dan '--calibration'.

Pilihan arahan:

-i (atau --input) nama_fail seq

seq_file_name ialah nama fail jujukan nukleotida atau asid amino dalam PHYLIP
format.

-d (Atau --jenis data) jenis data

jenis_data ialah 'nt' untuk nukleotida (lalai), 'aa' untuk jujukan asid amino, atau
'generik', (gunakan format fail NEXUS dan parameter 'simbol' di sini).

-q (Atau --berurutan)

Menukar format berjalin (lalai) kepada format berjujukan.

-m (Atau --model) model

model : nama model penggantian. - Model berasaskan nukleotida : HKY85 (lalai) |
JC69 | K80 | F81 | F84 | TN93 | GTR | tersuai (*) (*): untuk pilihan tersuai, a
rentetan enam digit mengenal pasti model. Sebagai contoh, 000000

sepadan dengan F81 (atau JC69 dengan syarat taburan frekuensi nukleotida adalah
seragam). 012345 sepadan dengan GTR. Pilihan ini boleh digunakan untuk pengekodan mana-mana
model yang bersarang dalam GTR.

- Model berasaskan asid amino : LG (lalai) | WAG | JTT | MtREV | Dayhoff | DCMut |
RtREV | CpREV | VT

Blosum62 | MtMam | MtArt | HIVw |
HIVb | adat

--aa_rate_file nama fail

nama fail ialah nama fail yang menyediakan kadar penggantian asid amino
matriks dalam format PAML. Ia adalah wajib untuk menggunakan pilihan ini semasa menganalisis amino
jujukan asid dengan model `custom'.

--penentukuran nama fail

nama fail ialah nama fail penentukuran yang menyediakan apriori yang ditakrifkan
sempadan untuk umur nod. Sila baca manual untuk mendapatkan maklumat lanjut tentang
format fail ini.

-t (Atau --ts/tv) ts/tv_nisbah

ts/tv_nisbah : nisbah peralihan/pindahan. Urutan DNA sahaja. Boleh menjadi tetap
nilai positif (cth:4.0) atau e untuk mendapatkan anggaran kemungkinan maksimum.

-v (Atau --pinv) prop_invar

prop_invar : perkadaran tapak tidak boleh ubah. Boleh menjadi nilai tetap dalam [0,1]
julat atau e untuk mendapatkan anggaran kemungkinan maksimum.

-c (Atau --kelas) nb_subst_cat

nb_subst_cat : bilangan kategori kadar penggantian relatif. Lalai:
nb_subst_cat=4. Mestilah integer positif.

-a (Atau --alfa) gamma

gamma : taburan parameter bentuk taburan gamma. Boleh menjadi tetap
nilai positif atau e untuk mendapatkan anggaran kemungkinan maksimum.

-u (Atau --inputtree) user_tree_file

user_tree_file : memulakan nama fail pokok. Pokok itu mestilah dalam format Newick.

--r_seed num

num ialah benih yang digunakan untuk memulakan penjana nombor rawak. Mestilah integer.

--run_id rentetan_ID

Tambahkan rentetan ID_string pada penghujung setiap fail output PhyML. Pilihan ini mungkin
berguna apabila menjalankan simulasi yang melibatkan PhyML.

--senyap

Tiada soalan interaktif (untuk berjalan dalam mod kelompok) dan output senyap.

--no_memory_check

Tiada soalan interaktif untuk penggunaan memori (untuk berjalan dalam mod kelompok). Keluaran biasa
sebaliknya.

--rantai_len num

num ialah bilangan generasi atau larian Markov Chain Monte Carlo. Ditetapkan untuk
1E+6 secara lalai. Mestilah integer.

--sample_freq num

Rantaian diambil sampel setiap num generasi. Tetapkan kepada 1E+3 secara lalai. Mestilah seorang
bilangan bulat.

--tiada data

Gunakan pilihan ini untuk mengambil sampel dari prior sahaja (bukan dari sendi posterior
ketumpatan parameter model).

--fastlk

Gunakan anggaran normal multivariate kepada kemungkinan dan percepatkan
pengiraan

Gunakan phytime dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net