Ini ialah arahan pymvpa2-prep-afni-surf yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
prep_afni_surf - praproses permukaan FreeSurfer untuk AFNI/SUMA
DESCRIPTION
penggunaan: pymvpa2-prep-afni-surf [-h] [-v] [-s SID] [-d SURFDIR] [-a ANATVOL]
[-e EPIVOL] [-x EXPVOL] [-E {ya,tidak}] -r REFDIR
[-p LANGKAH] [-l LD] [--tulis ganti] [--hemi {l,r,l+r}] [-S {ya,tidak}] [--aea_opts
AEA_OPTS] [-I] [-A {ya,tidak}] [-f {gifti,ascii}] [-T] [-t]
Prapemprosesan anatomi untuk menjajarkan permukaan FreeSurfer dengan data AFNI.
Ia menyediakan fungsi untuk:
- tukar permukaan FreeSurfer kepada format AFNI/SUMA (menggunakan SUMA_Make_Spec_FS).
- sampel semula permukaan kepada topologi standard (menggunakan MapIcosahedron) pada pelbagai resolusi.
- menjana permukaan tambahan dengan purata permukaan sedia ada.
- pendaftaran bersama keluaran freesurfer ke volum anatomi atau fungsi AFNI/SUMA (menggunakan
align_epi_anat.py).
- jalankan @AddEdge untuk menggambarkan pendaftaran bersama.
- gabungkan hemisfera kiri (lh) dan kanan (rh) menjadi fail tunggal (mh).
- menjana pelbagai pandangan permukaan melambung kiri+kanan.
- jana fail spesifikasi SUMA, dan lihat_suma* skrip shell.
Skrip ini menganggap saluran paip pemprosesan dengan FreeSurfer untuk pembinaan semula permukaan, dan
AFNI/SUMA untuk pendaftaran bersama dan visualisasi. Secara khusus diandaikan bahawa permukaan
telah dibina semula menggunakan recon-semua FreeSurfer. Butiran lanjut boleh didapati di
dokumentasi boleh didapati di http://surfing.sourceforge.net
Jika EPI daripada berbilang sesi diselaraskan, skrip ini harus menggunakan direktori yang berbeza
untuk refdir untuk setiap sesi, jika tidak, konflik penamaan mungkin berlaku.
Fungsi ini tidak mengambil semula atau mengubah mana-mana data berfungsi. Sebaliknya, permukaan adalah
diubah menjadi sejajar dengan ANATVOL atau EPIVOL.
Untuk kegunaan biasa ia memerlukan tiga argumen: (1) "-e epi_filename" atau "-a
anat_filename" (2) "-d freesurfer/directory/surf" (3) "-r outputdir"' (*) "-T" [jika
"epi_filename" / "anat_filename" berada dalam ruang templat (MNI/Tal)"
Nota:
- Sila semak penjajaran secara visual.
- Fail Nifti (.nii atau .nii.gz) disokong, tetapi AFNI mungkin tidak dapat membaca
{S,Q}-membentuk maklumat dengan betul. Jika data berfungsi telah dipraproses dengan program lain
daripada AFNI, sila semak penjajaran secara visual dengan program lain daripada AFNI, seperti
MRIcron.
HAKCIPTA
Hak Cipta 2010-2012 Nikolaas N. Oosterhofnikolaas.oosterhof@unitn.it>
pilihan hujah:
-h, - membantu
tunjukkan mesej bantuan ini dan keluar
-v, --versi
tunjukkan nombor versi program dan keluar
-s SID, --sid SID
id subjek yang digunakan dalam @SUMA_Make_Spec_FS
-d SURFDIR, --surfdir SURFDIR
FreeSurfer melayari/ direktori
-a ANATVOL, --anatvol ANATVOL
Anatomi yang diandaikan sejajar dengan data EPI yang diminati
-e EPIVOL, --epivol EPIVOL
Data EPI yang diminati
-x EXPVOL, --expvol EXPVOL
Kelantangan percubaan yang dijajarkan dengan SurfVol
-E {Ya tidak}, --isepi {Ya tidak}
Adakah isipadu eksperimen EPI (ya) atau anatomi (tidak)
-r REFDIR, -o REFDIR, --refdir REFDIR
Direktori output di mana volum dan permukaan merujuk kepada ANATVOL atau
EPIVOL
-p LANGKAH-LANGKAH, --langkah-langkah LANGKAH
Langkah pemprosesan dipisahkan oleh aksara "+". "semua" ialah lalai dan setara
untuk "toafni+mapico+moresurfs +skullstrip+align+makespec+makespeckedua-dua+surfmasks"
-l LD, --ld LD
Pembahagian linear MapIcosahedron, cth 80, atau 16+96 (untuk kedua-dua 16 atau 96). lalai
is 4+8+16+32+64+128
--tulis ganti
Tulis ganti fail sedia ada
--hemi {l,r,l+r}
Hemisfera untuk memproses ([l+r])
-S {Ya tidak}, --expvol_ss {Ya tidak}
Isipadu percubaan jalur tengkorak ([ya],tidak)
--aea_opts AEA_OPTS
Pilihan diberikan kepada align_epi_anat ([-cmass cmass+xyz -big_move])
-I, --identiti
Gunakan transformasi identiti antara SurfVol dan anat/epivol (tiada penjajaran)
-A {Ya tidak}, --AddEdge {Ya tidak}
Jalankan AddEdge pada volum sejajar ([ya])
-f {gifti,ascii}, --surfformat {gifti,ascii}
Format keluaran permukaan: 'ascii' (lalai - buat masa ini) atau 'gifti'
-T, --template
Nyatakan bahawa isipadu percubaan (dibekalkan oleh '-e', '-a' atau '-x') adalah dalam
ruang templat. Ini akan menambah "-Allineate_opts '-maxrot 10 -maxshf 10 -maxscl 1.5 '"
kepada --aea_opts
-t, --notemplate
Nyatakan bahawa isipadu percubaan (dibekalkan oleh '-e', '-a' atau '-x') tidak berada dalam
ruang templat.
Fungsi ini adalah *percubaan*; menggunakan --tulis ganti pilihan boleh mengalih keluar dan/atau menulis ganti
fail sedia ada.
Gunakan pymvpa2-prep-afni-surf dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net