Ini ialah arahan xplor2gmx yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
xplor2gmx - Tukar sekatan jarak XPLOR kepada format Gromacs
SINOPSIS
xplor2gmx (sisa mengimbangi) input.pdb
DESCRIPTION
xplor2gmx membaca fail input XPLOR dengan data sekatan jarak seperti yang kadangkala ditemui dalam
pangkalan data pdb (http://www.pdb.org). Daripada fail input ini, sekatan dihedral sepatutnya
dialih keluar, supaya hanya sekatan jarak yang tinggal. Skrip boleh mengendalikan samar-samar
sekatan. Ia menukar sekatan jarak kepada format GROMACS.
Fail sekatan (.dat) hendaklah disediakan pada STDIN dan fail keluaran yang sesuai (.itp) ialah
dihantar ke STDOUT.
CONTOH
xplor2gmx.pl 33 conf.pdb < restraints.dat > disre.itp
PILIHAN
xplor2gmx memerlukan dua pilihan baris arahan: pertama, baki mengimbangi (integer); kedua,
nama fail .pdb. Fail pdb mesti mempunyai nombor atom yang betul.
Gunakan xplor2gmx dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net