Dit is het commando bp_revtrans-motifp dat kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
bp_revtrans-motif - Omgekeerde vertaling van een Profam-achtig eiwitmotief
VERSIE
versie 0.01
KORTE INHOUD
Vanuit een bestand:
bp_revtrans-motif.pl -i motieven.txt
Pijpen gebruiken:
bp_revtrans-motif.pl <motieven.txt > uitvoer.txt
Interactief gebruiken vanaf de opdrachtprompt:
$ bp_revtrans-motief.pl
MAAEEL[VIKP]
1. ATGGCNGCNGARGARYTNVHN
[^P]H(IW){2,3}
2. NDNCAY(ATHTGG){2,3}
PRODUCTBESCHRIJVING
Dit script neemt een eiwitmotief als invoer en retourneert een gedegenereerd oligonucleotide
bijbehorende volgorde. De belangrijkste reden om dit te doen is om gedegenereerd te ontwerpen
primers die een bepaald sequentiepatroon amplificeren.
Het invoermotief bestaat uit een reeks residuen van één letter, met een van de volgende
syntactische elementen:
[...] : Redundante positie.
Een positie waarin meer dan één residu is toegestaan. Voorbeeld:
[TS]JW[RKSD]
^^ ^^^^
[^...] : Negatieve positie.
Een positie waarin eventuele resten zijn toegestaan, behalve die tussen haakjes. Voorbeeld:
[^PW]MK[LAE]
^^
(...){n,m,...} : Herhaald motief.
Een motief dat zich herhaalt n or m keer. Het kan elk van de vorige syntactische elementen hebben
elementen. Voorbeeld:
A[SN]C(TXX){2,4,8}
^^^
De toegestane letters zijn de letters die overeenkomen met de 20 natuurlijke aminozuren, plus:
B = N + D
Z = Q + E
X = Alles
OPTIES
-i Invoer bestand:
Een bestand met een lijst met motieven die omgekeerd moeten worden vertaald.
-h
Geef dit helpbericht weer.
Gebruik bp_revtrans-motifp online met behulp van onworks.net-services